Motif

R包SCENIC：分析流程

分析1.GENIE3/GRNBoost：基于共表达情况鉴定每个TF的潜在靶点;过滤表达矩阵并运行R包GENIE3/GRNBoost；将得到的靶点格式化为共表达模块；2.RcisTarget：基于DNA-motif
阿糖胞苷_SYSU·2020-06-22 04:53

qt 5.12.1 下载安装详细教程

基本上，Qt同XWindow上的Motif,Openwin,GTK等图形界面库以及Windows平台上的MFC、OWL、VCL、ATL是同类型的东西。
liushoujin·2020-06-21 06:35

CS224W笔记-第五课

CS224W笔记-第五课：频谱聚类上节课讲到了如何进行社区发现或者检测算法，而这节课会继续这个话题，同时也会和第三课里面的Motif的概念有联系。本节课主要关注的是和谱相关的聚类算法。
infovisthinker·2020-05-16 22:58

最文艺的温暖 -- Motif 米田

首次打开Motif感受到的是满满的文艺的设计感，当细心去体验之后才发现整个Motif带给我的都是温暖的复古情怀。
享应APP·2020-04-13 21:20

第8篇：用网页版工具做功能分析和motif分析

除此之外，下游分析通常还包括鉴定我们感兴趣的蛋白质结合的motif；鉴定这些结合区域的基因以及这些基因的富集通路或网络。
六六_ryx·2020-04-09 23:07

基因功能注释

EBI开发的一个集成了蛋白质结构域和功能位点的数据库，其中把SWISS-PROT、TrEMBL、PROTSITE、PRINTS、PFAM、ProDom等数据库提供的蛋白质序列中的各种局域模式，如结构域、motif
shannonnana·2020-04-09 11:01

【cs224w】Lecture 3 - Motif, Graphlet 及 结构性角色

目录NetworkMotifsConfigurationModelGraphletsHowtoFindMotifsandGraphletsStructuralRoles转自本人：https://blog.csdn.net/New2World/article/details/105291956大量真实网络都有一个规律，即这些网络都是由一些buildingblock构成，类似Kronecker图有大量
WineChocolate·2020-04-04 19:00

数据框去除离群点

getwd()setwd("E:/fanyixian/data")m1<-read.table("XXX.txt",header=F)for(iin1:nrow(m1)){motif_1[i,m1[i,
F_U_N·2020-04-01 22:23

biostar handbook(六)|正则表达式和K-mers在模式匹配中的使用

比如说你想从基因组中寻找motif，转录因子结合位点，CDS,或者检测测序结果里是否有接头等，这些行为都可以解读为根据已有的模式去寻找目标序列中符合要求的片段。
徐洲更hoptop·2020-03-31 22:55

整理-P2 MAST文件处理

1.MSAT文件空格替换成TAB分隔awk'BEGIN{OFS="\t"}{printNR,$0}'hg38.motif.1015.hit.bed>hg38.motif.1015.hit.tab.bed
F_U_N·2020-03-26 04:47

GTRD:最全面的人和小鼠转录因子chip_seq数据库

GTRD从SRA,GEO,ENCODE等公共数据库中收集转录因子相关的chip_seq数据，采用标准流程进行peakcalling分析，并基于已有的转录因子motif数据，预测了转录因子结合位点TFBS
生信修炼手册·2020-03-25 14:45

找个motif嘛，简单

我在生信菜鸟团发布的自学CHIP-seq分析第八讲就提到过如何寻找motif，motif是比较有特征的短序列，会多次出现的，一般认为它的生物学意义重大，做完CHIP-seq分析之后，一般都会寻找motif
生信技能树·2020-03-22 10:06

转录因子详细介绍(motif)

TF:transcriptionfactor转录因子TFBS:transcriptionfactorbindingsite转录因子结合位点TFBS是序列内的location，TF特异结合在这里，这个site有这种特点1和一些参考相关的一个位置（开始，结束，strand），这些reference可以是染色体开始，geneTSS。也可以是一段sequence2ASITE可以是实验证实的（已知的），也可
Y大宽·2020-03-22 05:11

SeqLogo的私人定制？你可以的。

(Amazing系列-比如AmazingHeatMap，又多了一个成员)写在前面前述，TBtools增加了一个功能，使各个操作系统下，用户均可以正常使用MEME/MAST，进行一定的motif分析（即使你是
生信札记·2020-03-21 23:43

5️⃣蛋白质的特征信息3:卷曲螺旋预测

序列比对和序列特征分析总目录卷曲螺旋是蛋白质中的结构motif，其中2-7个α-螺旋像绳索一样缠绕在一起，其中最常见的类型是二聚体和三聚体。
Y大宽·2020-03-21 19:55

用情怀锁定专属用户，这三款个性化的壁纸App送给特定风格的你

1、森女系田园风的Motif米田：简单图案·复古情怀“Motif米田”追求简单即丰盛，时尚是个圈
元茜姑娘·2020-03-18 09:29

ChIP-Seq数据挖掘系列-1: Motif 分析(1) - HOMER 安装

HOMERHOMER是一套用于Motif查找和二代数据分析的工具。HOMER中的工具是使用Perl和C++编写的，适用于unix操作系统。
_eason_·2020-03-17 02:09

ChIP-Seq数据挖掘系列-2: Motif 分析(2) - HOMER Motif 分析基本步骤

HOMER在基因组调控元件分析中，HOMER可以用于发现新的motif。
_eason_·2020-03-15 20:39

Homer软件的介绍-Homer 找 DNA motif

官网界面HOMER是一套用于Motif查找和二代数据分析的工具。HOMER中的工具是使用Perl和C++编写的，是Linuxcommandlinebased。
黄晶_id·2020-03-14 06:17

MOTIF米田图案壁纸小工具：这个壁纸有你的味道！

传统四方图案今天要介绍的这款微信小程序【MOTIF米田图案壁纸小工具】，没有大量的壁纸图库，每天也就更新几张图片，也不是一般的风景、人物、卡通一类的图片，而是传统的四方图案，喜欢的话，快去看看吧!
第九程序·2020-03-12 10:45

一些有用的小程序资料

小程序名单：富媒体：腾讯视频猫眼电影青蜻蜓宝宝微空间表情家园开眼视频藏识相册桔子创投内参口袋书架小睡眠毒蛇电影社区名堂一些事一些情MOTIF米田图案壁纸小工具DRIVE玩车潮流360好书推荐51经典电影美柚
bityou·2020-03-09 04:04

6️⃣蛋白质序列的功能信息分析1:基于蛋白质基序motif

序列比对和序列特征分析总目录蛋白质具有多种生物学功能，具体可参照《生物化学》。蛋白质若发挥生物学功能，须以空间结构形式。而蛋白质多肽链一旦合成，即可在其他物质协助下，自然折叠，形成一定的空间构象。1如果两种蛋白质一级结构相似，那么其空间结构和功能也相似，也有例外。2分子进化角度，来自不同种属生物体的同一功能的蛋白质，进化位置距离越近，那么他们一级结构的差别越小。因为蛋白质的空间结构是发挥功能的基础
Y大宽·2020-03-06 19:27

TFTG:human转录因子靶基因数据库

另外一种方式是建立在转录因子的motif已知的情况下，可以采用FIMO等软件在基因的启动子序列上进行查找，如果能够匹配上，
生信修炼手册·2020-03-04 05:40

游戏开发者的思考：什么是游戏设计的核心？

游戏设计的核心是：做游戏的动机，或者叫调性，英文就是：Motif。按照现在主流的词汇来概括，游戏设计的核心（即动机）分为两种：商业化和独立化。
GameRes游资网·2020-03-03 00:00

TBtools基因家族分析详细教程(2)基因家族成员的基本分析

包括基因成员的序列特征分析（分子量等电点等）基于motif分析成员序列保守特征与可视化（蛋白与核酸，可用于挖掘未知，尤其是核酸水平-非编码水平的保守）基于domain分析成员结构域的保守型与可视化（往往已知
Y大宽·2020-03-01 11:14

MEME在线网站查找motif步骤

小白日记第一天，记录一下自己查找motif的步骤，以便日后忘记了再重学。
沉_0cb2·2020-02-25 22:44

基因家族分析 | 番茄Nramp基因家族分析（二）

1.motif分析meme:http://meme-suite.org/tools/meme；方法参见M
pomela·2020-02-25 08:50

JASPAR:转录因子motif数据库

网址如下http://jaspar.genereg.net/在该数据库中，提供了以下9种不同来源和类别的转录因子信息1.JASPARCORE该类别下都是从文献中收集的，有实验证据支持的真核生物转录因子motif
生信修炼手册·2020-02-25 03:06

FactorBook:人和小鼠转录因子chip_seq数据库

FactorBook整合了ENCODE数据库中人和小鼠的chip_seq数据，以转录因子为中心，进行了转录因子motif分析,与其他转录因子或者组蛋白修饰的关联分析，数据库网址如下http://www.factorbook.org
生信修炼手册·2020-02-20 15:32

Ubuntu上Qt安装以及配置完整步骤

基本上，Qt和XWindow上的Motif、Openwin、GTK等图形界面库和Windows平台上的MFC、OWL、VCl以及ATl是相同类型的东西。
辣条灬总裁·2020-02-19 12:53

一张图一次性展示进化树-Motif Pattern-基因结构，却不能编辑树？

如题。TBtools的AmaizingOptionalGeneViewer早已非常灵活。现在还有9分钟就第二天啦，用一张图回答这个问题。答案是太简单。只是如何触发这个进化树编辑操作，我当时还搞了一个猜中有奖的活动，详细见微信历史推文。一共奖出接近200RMB。这个工具，其实本身其实不仅可用来一次性展示进化树MEME基因结构，而且正如他的名字，Optional，意思就是：可以只展示任意一者，进化树或
生信石头·2020-01-30 08:27

用perl搜索motif-一个简单小程序

#Searchingformotifs#Asktheuserforthefilenameofthefilecontaining#theproteinsequencedata,andcollectitfromthekeyboardprint"Pleasetypethefilenameoftheproteinsequencedata:\n";$proteinfilename=;#Removethene
王诗翔·2020-01-05 03:56

基因集合可视化---如何更优雅、快速、方便而全面？

很多时候，一图胜千言，故还是先放一张结果图片进化树与motif以及基因结构同时展示为什么写？写这个工具，主要是为了课题需要...当然主要也是为了方便。
生信札记·2019-12-27 19:39

2019-01-07

主要调控染色质对转录因子的可接近性，而PBAF属于SIW/SNF，因此该研究使用ATAC-seq评估了Pbrm1缺陷型细胞系在有和没有IFNγ处理的情况下，与对照组细胞相比24h的染色质可接近性，并进行了motif
Mingyan_C·2019-12-22 22:28

细菌基因组结构分析

甲基化修饰甲基化分析结果（直接从服务器下载，文件名乱码）/opt/pacbio_soft/smrtanalysis/userdata/jobs/016/jobID/data从该文件夹下载modification和motif
琼脂糖·2019-12-20 19:21

ChIP-Seq数据挖掘系列-3: Motif 分析(3) - 利用ChIP-Seq结果在基因组区域中寻找富集的Motifs

#命令findMotifsGenome.pl-size#[options]#1.设定寻找motif的区域大小(-size#or-sizegiven,default:200)如果想在提供的peak中寻找motifs
_eason_·2019-12-13 11:13

ChIP-seq实践（非转录因子，非组蛋白）

chip-seq实战就跟在转录组和外显子上的实战是没有本质区别的，只是它多了一些分析，转录组只找表达量做差异分析，外显子只找变异做变异注释，那chip-seq找的是peaks和motif。
生信start_site·2019-12-12 04:03

干货—技能篇之分子生物学常用小软件分享

其主要界面是分为序列编辑窗口（Genetank），引物设计窗口（PrimerDesign），酶切分析窗口（RestrictionSites）和Motif分析窗口。
华联科生物·2019-12-12 02:53

Motif和domain的区别

Proteindomain：结构域的概念由Wetlaufer于1973年首次提出，他定义结构域为可以自动折叠的稳定的蛋白质结构单位。过去，结构域被描述为，折叠单位，致密结构单位，功能和进化单位。每个定义都是有效的并且经常重叠。紧密结构单位结构域在很多不同的蛋白质中被发现，它在结构环境内容易独立折叠。自然界经常把几个domains结合在一起形成多结构域和多功能蛋白质。在一个多结构域蛋白质中，每一个结
Y大宽·2019-12-01 01:42

Arxiv网络科学论文摘要10篇(2019-08-23)

由于集体压力导致温和意见的产生;社交媒体新闻频道的情感动态;motif2vec：异构网络考虑模体的节点表示学习;自适应超图学习的块随机优化;使用社交媒体进行口碑营销;审核YouTube上的激演化路径;时间邻域聚合
ComplexLY·2019-08-24 08:31

【每周文献】R蛋白Pb1和WRKY45互作影响稻瘟病抗性 2013-PNAS

2.Pb1编码一个CC-NBS-LRR蛋白，但是Pb1并没有P-loop，并且其他的几个R蛋白保守的motif也发生退化，暗示Pb1可能有不同的机制。
曹务强·2019-08-20 23:59

【GTK】GTK介绍

最初是PeterMattis和SpencerKimball为GNUImageManipulationProgram(GIMP)编写，用来替代付费的Motif。
ideami·2019-06-27 00:00

2018-10-16 The Crack of Dawn---Day 2

2.Rhetoricalfigures(不知为何，脑中突然闪现Friends里Rachel跟他爸爸电话里说You'reashoe的画面）tropes（多体会和欣赏文中的比喻手法）motif（太抽象，后边的内容再注意
罗罗ph·2018-10-16 16:06

Qt简介

基本上，Qt同XWindow上的Motif，Openwin，GTK等图形界面库和Windows平台上的MFC，OWL，VCL，ATL是同类型的东西。
Dachao1013·2018-08-29 22:01

迟到的太久，就不必到了

christmas-motif-2938558_960_720.jpg人生是一趟旅行，只有单程票，没有回程票；只有每时每刻的现场直播，没有彩排；只有错过的不再需要，没有重复的选择。
九尾非辰·2018-07-29 19:14

Motif

image.pngimage.pngSequencemotif,asequencepatternofnucleotidesinaDNAsequenceoraminoacidsinaproteinStructuralmotif,apatterninaproteinstructureformedbythespatialarrangementofaminoacidsShortlinearmotif,as
翠湖心影·2018-07-21 10:37

设计模式之抽象工厂（abstract factory）

动机考虑一个ui的工具箱，使它能够支持多种风格标准，例如Motif和PresentationManager.不同的风格标准为ui组件如滚动条，窗口，按钮定义了不同的展示和行为。
hermes_lch·2018-03-04 23:26

【生物信息笔记】HOMER 找 DNA motif

WhatisHOMER？HOMERisasoftwareformotifdiscoveryandChIP-SeqanalysisHOMER软件是Linuxcommandlinebased，常用来查找DNAmotif，偶尔以及一些ChIP-seq的分析（如，peakcalling）。其他的DNAmotif查找软件如非常有名的在线tool:MEME。其他的peakcallingtool：Macs2（更
Runuply·2017-08-22 11:52

ABSTRACT FACTORY抽象工厂 - 对象创建型模式（四）

2.别名Kit3.动机考虑一个支持多种视感标准的用户界面工具包，列入Motif和PresentationManager.不同的视感风格为诸如滚动条、窗口和按钮等用户界面“窗口组件”定义不同的外观和行为。
qq_28809143·2016-05-03 09:00

eclipse使用教程系列一：配置环境变量和jdk以及集成tomcat_maven_svn图文详解

我使用的eclipse版本是月神：luna，tomcat：v7.0，jdk：1.6介绍个小知识eclipse各个版本的代号：Eclipse1.0    2001年11月7日（Win32/Linux32Motif
wabiaozia·2016-04-20 18:00
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