Motif

Oracle点滴

如果有motif界面，可以用ora

zwei1121·2024-09-07 02:06

用Python实现生信分析——基序（Motif）识别详解

1.什么是基序（Motif）？在生物信息学中，基序（Motif）是指在生物序列（如DNA、RNA或蛋白质序列）中具有特定功能或结构的短序列片段。

写代码的M教授·2024-08-28 08:19

NAC转录因子家族分析文章解读

文章内容很简单，一起来看一下具体内容：说起基因家族分析，不外乎以下分析内容：1、搜索基因家族成员蛋白保守结构域，鉴定基因家族成员；2、预测基因家族成员的顺势作用元件；3、构建系统进化发育树；4、基因家族成员MOTIF

组学大讲堂·2024-02-12 19:33

2.1Ubuntu20.4安装QT5.14.2

基本上，Qt和XWindow上的Motif、Openwin、GTK等图形界面库和Windows平台上的MFC、OWL、VCl以及ATl是相同类型的东西。

羁堑·2024-01-23 06:38

Rosalind Java|Speeding Up Motif Finding

Rosalind编程问题之计算错误矩阵（failurearray）输出前后缀检索匹配。SpeedingUpMotifFindingProblem：Aprefixofalengthnstringsisasubstrings[1:j];asuffixofsisasubstrings[k:n].ThefailurearrayofsisanarrayPoflengthnforwhichP[k]isthel

学术程稻属·2024-01-15 20:00

Rosalind 033 Finding a Shared Spliced Motif

题目背景：上述问题的解决方法是使用动态规划来找出两个DNA字符串的最长公共子序列（LCS）。https://rosalind.info/problems/lcsq/很经典的动态规划问题了。直接给出解题步骤：1.初始化矩阵：创建一个大小为(len(s)+1)x(len(t)+1)的矩阵。将第一行和第一列的元素初始化为零。这些代表了一个字符串与空字符串的LCS，其长度为零2.填充矩阵：对于矩阵中的每个

Kyookk·2023-12-31 10:28

Rosalind 032 Speeding Up Motif Finding

题目背景：这个问题涉及到计算一个给定DNA字符串的失败数组（failurearray）。失败数组是一种在字符串匹配算法（如KMP算法）中常用的工具。对于字符串s，它的失败数组P是一个数组，其中P[k]代表字符串s中从第j个字符到第k个字符的子串s[j:k]（不包括第k个字符）与s的某个前缀s[1:k-j+1]完全匹配的最长长度，且这里的j不能等于1（否则P[k]总是等于k）。按照惯例，P[1]=0

Kyookk·2023-12-31 10:27

2020.9.17丨Chip-seq结果可视化之peak检测（下）

这一部分是使用deeptools对样品进行相关性分析以及主成分分析，同时从peak中去挖掘motif。

穆易青·2023-12-29 19:43

在论文中经常读到的motifs是什么意思？

在许多领域的论文，尤其是生物和计算机类的论文中，我们经常会见到motif，那么motif是什么意思？

LotusQ·2023-12-21 17:51

07-抽象工厂

类图示例以上示例是Copy自GOF的《设计模式》，开始读时感觉晦涩难懂，不要太在意Motif和Pre

猪粉肠·2023-12-17 08:07

Qt5.14.2 编程应用

基本上，Qt同XWindow上的Motif，Openwin，GTK等图形界面库和Windows平台上的MFC，OWL，VCL，ATL是同类型的东西，但是Qt具有下列优点:1.1优

hellohellohhw·2023-12-03 05:10

基因组浏览器使用 (EPGG)

相比于最终提供的表格，基因组浏览器可以提供更多的信息，如直观展示突变位点、查看有无新转录本或新的可变剪接形式、查看peak的可信度、上下游基因、区域保守性、重复元件、蛋白结合motif等。

生信宝典·2023-12-01 11:53

ubuntu查找qt安装的路径_Ubuntu上Qt安装以及配置完整步骤

基本上，Qt和XWindow上的Motif、Openwin、GTK等图形界面库和Windows平台上的MFC、OWL、VCl以及ATl是相同类型的东西。

贺志武·2023-11-21 01:08

wxwidget编译安装_Ubuntu/Debian/Linux Mint 中编译安装 wxWidgets 框架

目前的2.x版本支持所有版本的Windows、带GTK或Motif的Unix和MacOS。wxWidgets是一个C程序开发框架/库，支持Windows、Mac、Linux中使用相同的代码跨平台开发。

思睿-three·2023-11-17 01:05

文献笔记|分子性质预测|Motif-based Graph Self-Supervised Learning for Molecular Property Prediction

Motif-basedGraphSelf-SupervisedLearningforMolecularPropertyPrediction题目：基于模体的图自监督学习用于分子性质预测来源：NeurIPS2021

江城暮·2023-10-30 06:18

Motif可视化——从PFM矩阵到sequence logo

作者：snail审稿：童蒙编辑：amethyst计算PFM还是以MEMEexample中第一个的Motif结果举个栗子~根据包含该Motif的各序列中，统计每个位点四种核苷酸出现的次数，并计算频数即得到

生信阿拉丁·2023-10-29 23:28

免疫组库数据分析||immunarch教程：Kmer 与 Motif 分析

immunarch—FastandSeamlessExplorationofSingle-cellandBulkT-cell/AntibodyImmuneRepertoiresinR10×Genomics单细胞免疫组库VDJ分析必知必会免疫组库数据分析||immunarch教程：快速开始免疫组库数据分析||immunarch教程：克隆型分析免疫组库数据分析||immunarch教程：探索性数据分析

周运来就是我·2023-10-27 12:55

Motif和domain的区别

Proteindomain：结构域domain的概念由Wetlaufer于1973年首次提出，他定义结构域为可以自动折叠的稳定的蛋白质结构单位。过去，结构域被描述为，折叠单位，致密结构单位，功能和进化单位。每个定义都是有效的并且经常重叠。紧密结构单位结构域在很多不同的蛋白质中被发现，它在结构环境内容易独立折叠。自然界经常把几个domains结合在一起形成多结构域和多功能蛋白质。在一个多结构域蛋白质

Seurat_Satija·2023-10-25 05:28

同质图，异质图，二部图，多元图等常见图的类型

文章目录前言一、常见图类型二、Motif同配性轨道常见模体聚类系数前言传统的图数据分析通常采用监督学习的框架,即通过人为特征提取或端到端图深度学习模型将图数据作为输入,经过训练后,挖掘图数据中的有效信息

李飞飞，·2023-10-18 01:25

ATAC-seq专题---生信分析流程

ATAC-seq信息分析流程主要分为以下几个部分：数据质控、序列比对、峰检测、motif分析、峰注释、富集分析，下面将对各部分内容进行展开讲解。

诺禾致源·2023-10-09 21:06

Motif 分析

1.Homer1.1.homer的安装和配置按照这个链接里的教程进行。1.2.installmm10nohupperl/home/xpan/.conda/envs/atac/share/homer-4.9.1-6/.//configureHomer.pl-installmm10&1.3.findmotifls*txt|whilereadid;do(findMotifsGenome.pl$idmm1

大吉岭猹·2023-10-09 03:20

motif到底是什么

https://mp.weixin.qq.com/s/bCkZ4L9IJTJTFUWKJMsuFw来自联川生物什么是motif？

一只小脑斧·2023-10-05 16:27

SCENIC单细胞转录因子分析原理

1.简介SCENIC（single-cellregulatorynetworkinferenceandclustering）是一个基于共表达和motif分析，计算单细胞转录组数据基因调控网络重建以及细胞状态鉴定的方法

Seurat_Satija·2023-09-25 08:51

已知矩阵，制作RNA_motif的logo

这是一个很简单的诉求，可以用的方法有很多，今天谈一下MotifStack.介绍链接：MotifStack先弄清楚，motif的矩阵格式。

Ray钱·2023-09-11 13:59

实验篇—— 基因家族Motif 分析

实验篇——基因家族Motif分析文章目录前言一、名词解释二、实操1.MEME工具箱2.MotifDiscovery（基序发现）1.结果网页2.在TBtools中（额外）2.MotifEnrichment

星石传说·2023-08-30 21:10

生物笔记——暑期学习笔记（三）

blast基因家族鉴定2.hmm鉴定3.理化性质与亚细胞定位4.基因重复类型分析5.家族成员染色体位置分析6.基因组共线性分析7.多序列比对，构树8.Ka/Ks分析9.GO、KEGG富集分析10.基因家族Motif

星石传说·2023-08-30 21:08

易基因：m6A-seq等揭示RBM33参与调控m6A去甲基化酶ALKBH5活性及其底物选择性｜科研进展

越来越多的证据表明，RBP通过调控编码或非编码RNA的可变剪接、转运、稳定性、降解和翻译，在基因表达的转录后调控中发挥着关键作用，但RBP中RNA结合motif蛋白33（RNA-bindingmotifprotein33

易基因科技·2023-08-29 13:09

motif分析——从实战到原理（Homer篇）

一、不求甚解系列软件下载及配置conda安装：condainstall-cbiocondahomer使用configureHomer.pl完成HOMER软件的配置#下载配置文件wgethttp://homer.salk.edu/homer/configureHomer.pl#使用配置文件进行软件配置perlconfigureHomer.pl-install#下载hg19人的参考基因组#将hg1

鹿无为·2023-08-18 01:22

Qt入门之基础篇 ( 一 ) ：Qt4及Qt5的下载与安装

基本上，Qt同XWindow上的Motif,Openwin,GTK等图形界面库以及Windows平台上的MFC、OWL、VCL、ATL是同类型的东西。本系列教程以Qt

zhangbijun1230·2023-08-17 11:47

awk

awk'{if($1=="MOTIF"){$2="";print}else{print$0}}'MAST.PWM.MOTIF.1-1367>MAST.PWM.MOTIF.1-1367ForMotifName

F_U_N·2023-08-17 05:25

JASPAR:转录因子motif数据库

网址如下http://jaspar.genereg.net/在该数据库中，提供了以下9种不同来源和类别的转录因子信息1.JASPARCORE该类别下都是从文献中收集的，有实验证据支持的真核生物转录因子motif

生信修炼手册·2023-08-16 23:08

checksysconf命令查询cadnece软件依赖库是否齐全

IC618/tools.ln86/bin查看是否存在checksysconf文件，直接执行checksysconf查看依赖库是否齐全checksysconfIC6.1.8下面是输出的结果，显示我缺少了motif.i686

赤~峰·2023-07-30 00:15

设计模式：创建型模式

抽象工厂abstractfactory例子考虑一个多风格的界面应用，要求可以切换不同风格类型的组件（窗口，滚动条，按钮等）风格/组件pm风格motif风格滚动条pmScrollBarmotifScrollBar

蜉蝣之翼❉·2023-07-25 01:03

基因功能注释

根据数据库中已知编码基因的注释信息（包括motif、domain），基于同源比对，对基因中的模序和结构域、新基因编码的蛋白质功能、所参与的信号传导通路和代谢途径等的预测。基因组注释内容还

队长的生物实验室·2023-07-19 18:11

【陪你学·生信】十三、蛋白质3D结构简单预测

一旦在氨基酸序列水平发现有趣的序列（比如一个模体（motif）或者进化上保守的片段），下一步往往就是研究这段序列的3-D结构。（试图解决以下问题：这段氨基酸序列是否有助于蛋白质结构的稳定？

乔伊nikkie·2023-07-17 19:41

Motif分析百宝箱（一）

模体（Motif）是指序列中局部的保守区域，或者是一组序列中共有的一小段序列模式；与转录因子、组蛋白等结合。

生信阿拉丁·2023-06-15 15:56

study

databaseofinteractingproteins)http://dip.doe-mbi.ucla.edu/dip/Main.cgi在页面点击Searchby:[protein][sequence][motif

山小溪·2023-06-13 20:09

ArchR官网教程学习笔记12:Motif和Feature富集

系列回顾：ArchR官网教程学习笔记1：GettingStartedwithArchRArchR官网教程学习笔记2:基于ArchR推测DoubletArchR官网教程学习笔记3:创建ArchRProjectArchR官网教程学习笔记4:ArchR的降维ArchR官网教程学习笔记5:ArchR的聚类ArchR官网教程学习笔记6:单细胞嵌入（Single-cellEmbeddings）ArchR官网教

生信start_site·2023-06-11 16:43

《微服务设计》--读书笔记

Motif——Swing。系统经常做的是创建和

Krashe·2023-06-10 19:43

[wxWidgets]源码和samples编译

支持所有版本的Windows,带GTK+或Motif的Unix和MacOS.至于wx

Foxalien·2023-06-07 14:11

利用HOMER预测目标序列的motif（从运行程序到结果解读，以及注意事项）

关于查找motif，目前有很多种软件可以进行预测。

生信start_site·2023-04-06 00:58

使用SnapATAC分析单细胞ATAC-seq数据（一）: SnapATAC简介与安装

是一个能够快速、准确和全面分析单细胞ATAC-seq数据的R包，它可以对单细胞ATAC-seq数据进行常规的数据降维、聚类和批次校正分析，鉴定远端调控元件并预测其调控的靶基因，调用chromVAR软件进行motif

Davey1220·2023-04-05 10:37

Motif 文库筛选策略——精准定义转录因子结合 DNA 基序！—钟鼎生物

在基因转录调控研究的过程中，可以简化为转录因子蛋白TF与DNA序列的结合问题。为了解锁上述奥义，经典的技术Chip-seq应运而生。但是在植物科学领域，Chip级别的抗体难以获得，遗传转化材料的获取周期较长，阻碍了研究进程。随着生物技术的创新发展，特别是高通量测序技术的日益成熟，近几年涌现出Dap-seq，Cut&tag,ATAC-seq等一系列新的技术手段，转录因子蛋白与DNA结合的面纱被一层层

钟小博·2023-03-29 05:31

MEME 使用简介

原作者：浓香鸭腿面MEME是一款用于研究Motif的组合工具套。Motif是指在一组序列中重复出现的相似的序列模式（pattern）。

标准生信·2023-03-16 06:18

[文献分享]植物受体激酶的起源和多样性

Abstract以前对RLK的研究大部分集中在激酶域，本篇文章重点在与激酶域联系的motif和其他结构域的介绍。1.Introduction

巩翔宇Ibrahimovic·2023-03-09 01:20

使用TBtools绘制进化树+motif分析+基因结构~三图合一

今天推文的内容重点是画图用到的输入文件的准备image.png图一基因家族分析的论文中通常会把基因家族成员的进化树、基因结构、motif分析放在一张图里。效果如图一。

小明的数据分析笔记本·2023-02-18 13:37

【文献解读】-单细胞调控网络的推理和聚类（SCENIC）

基于共表达和DNA模基序（motif）分析推断基因调控网络，然后在每个细胞中分析网络活性以鉴定细胞状态。

基因侦探·2023-02-18 07:06

图神经网络论文阅读(十六) GraLSP: Graph Neural Networks with Local Structural Patterns,AAAI 2020

有很多研究都是基于Motif（或者叫graphlet）进行的，比如HighOrderNetworkRepresentation，W

五月的echo·2023-02-07 09:04

MotifStack

MotifStack:motif可视化https://www.plob.org/article/15953.htmlmotifStack|绘制motif序列结构图https://zhuanlan.zhihu.com

大胆冒险实践者·2023-01-29 06:57

2019-06-17 homer motif结果作气泡图

y<-read.table("motif-logP.txt",sep=",",header=T)head(y)motiflogPvaluetype1RBPJ-1281.00Female-ko2LEF1-

njmujjc·2023-01-27 17:45

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