NCBI 第12页

如何通过PMID找出相关文献，并进行下载的方法

1、打开网址https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC167893/2、选中AllDatabases,然后在输入框输入如下格式：PMID:xxxxxxxx

xgysimida·2020-08-25 17:29

unigene

(一)关于RefSeq：NCBI参考序列NCBI的参考序列计划（RefSeq）将为中心法则中自然存在的分子，从染色体到mRNA到蛋白提供参考序列标准。

doudou8486·2020-08-25 09:14

ncbi数据库API挖掘：rentrez包

简介rentrez包可以调用ncbi数据库中的API来进行对数据的查询和汇总。这里就介绍一下目前可以想到的用法。其核心用法是基于entrez_search通过关键词搜索指定数据库。

xhog·2020-08-24 23:05

fastq-dump并行版pfastq-dump的使用

fastq-dump转换SRA文件到fastq文件很慢，并行版本成为趋势；无论怎么换，先要打好基础，使用并行版本的前提是要保证NCBI的fastq-dump可以在服务器上正常运行。

dulunar·2020-08-24 16:45

blast算法初探

因此NCBI数据库开发了blast算法，用来快速的找到与query序列相似度最高的序列。blast算法简介blast算法采用的是一种启发式算法。

井底蛙蛙呱呱呱·2020-08-24 12:33

关于简并引物设计的心得体会

第一、去NCBI下载不同物种的同一蛋白质的氨基酸序列，保存为FASTA格式；第二、利用clustalW软件进行多序列比对，也可以用blockmaker进行，找到block第三、利用找到的block进行简并引物设计

Emory_Lu·2020-08-24 07:51

转录组分析——利用GEO数据挖掘构建基因表达图谱

二、什么是GEO数据库GEO数据库全称GENEEXPRESSIONOMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并

糕糕python·2020-08-24 04:02

生物信息学数据库

http://www.ebi.ac.uk/embl.html★GenBank，美国国家生物技术信息中心（NCBI）所维护的供公

iteye_8260·2020-08-24 00:47

生物信息学网站

[b]通用的生物信息学门户[/b]www.ncbi.nlm.nih.gov美国国家生物技术信息中心主页。

iteye_8260·2020-08-24 00:47

Day 4_1 NCBI下载SRP数据——配置aspera

第0步：为了加快下载速度需要配置aspera网址下载页面nohupwget-chttps://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.9.6/ibm-aspera-connect-3.9.6.173386-linux-g2.12-64.tar.gz&tarzxvfibm-aspera-connect-3.9.6.173386-linux-g2.1

陈宇乔·2020-08-23 17:09

Gilmour 2000 不建议用高次多项式拟合空间模型

Recoveryofinformationandspatialanalysisinfieldexperiments.Biometrics[Internet].2000;56:944–6.Availablefrom:http://www.ncbi.nlm.nih.gov

董八七·2020-08-23 09:51

Day 4_1 NCBI下载RNA-seq数据

《Day4_1NCBI下载RNA-seq数据》----第0步：为了加快下载速度需要配置aspera网址安装成功标志：第一步：找到并下载下载SRR_Achttps://www.jianshu.com/p/

梦想180·2020-08-23 08:45

构建NCBI本地BLAST数据库 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast构建索引 | makeblastdb...

下载blast：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+先了解BLASTDatabases：BLASTFTPSite 如何下载NCBIblast

weixin_33806300·2020-08-23 03:28

下载 SRA 原始数据

第一步：安装SRAToolkit软件包下载地址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?

Weiyx·2020-08-22 21:06

sratoolkit_fastq-dump

软件包下载：wgetftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz解压：tar-xzfsratoolkit.current-centos_linux64

J_Fun·2020-08-21 18:10

学习小组Day7笔记-----张钧保

2：序列ID号，gi号，NCBI数据库的标识符，具有唯一性。格式为：gi|gi号|来

别叫我小天使·2020-08-21 04:58

CDD分析（rpsblast分析）研究

目录定义使用方法获取数据格式1：格式2建立数据库数据库分类NCBI-CuratedDomainsNCBIfamsExternalDataSources执行rpsblast解析输出结果关于个性化的rpslast

weixin_43364556·2020-08-20 13:50

Bioinfomatics dataset

#1000GenomesProjecthttp://www.1000genomes.org/Datacollectionandacatalogofhumanvariation###dbSNPhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov

weixin_30709809·2020-08-20 12:21

将fasta模拟成fastq数据格式

你没有真实的样本，你可以在ncbi中下载该物种的基因组序列，将它模拟成测序的下机结果。再用你的流程去验证。1，脚本可设

巴拉巴拉11·2020-08-19 17:38

如何从NCBI下载SRA数据

我在做的时候使用的是：ExperimentAccession，因为用sampleAccession，搜索结果页没有对应的那个链接：2.打开NCBI，然后搜索：SRX1458083.点击：，如下图所示：4

SicongFu·2020-08-19 16:49

使用Blast2GO进行GO注释

主要功能：1将序列比对到NCBI的Nr数据库，得到Nr注释2对核酸或蛋白质序列进行InterPro注释3在得带Nr注释之后，通过Blast2GO数据库，将Nr注释结果转换为可信的GO注释;。。

SicongFu·2020-08-19 16:18

Jobs

ArticleID=2038#16Chinesemedicine:https://zh.wikipedia.org/wiki/%E9%99%88%E7%AB%BAhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov

zhoujj2013·2020-08-19 05:31

RNA-seq(4):下载参考基因组及基因注释

3.截图几个基因的IGV可视化结构4.下载ENSEMBL，NCBI的gtf，也导入IGV看看，截图基因结构5.了解IGV常识来源于生信技能树：http://www.biotrainee.com/forum.php

Y大宽·2020-08-18 23:26

会了GEO数据下载，来看看怎么上传吧

刘小泽写于2020.8.121注册NCBIGEO账号先注册NCBI账号，在：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/然后注册GEO账号，在：https://www.ncbi.nlm.nih.gov

刘小泽·2020-08-17 15:17

可从文献、图片、PDF等提取化学结构的开源软件

参考文献https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2889020/该软件很贴心的提供了在线预测服务，网址：https://cactus

xiaolan39·2020-08-16 04:32

如何下载生物数据（四）：SRA数据下载

SRA数据库介绍https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRA（SequenceReadArchive）数据库是NCBI用于存储二代测序的原始数据

基因学苑·2020-08-13 23:48

NCBI组学数据上传流程

论文发表之前我们常常会有递交测序数据到NCBI的需求，这些数据例如：基因组，转录组，ChIP-seq，ATAC-seq，基因组注释文件，三代测序原始数据等都有不同的NCBI子数据库将其收集。

王忙·2020-08-13 15:58

送书 | 耗时很长的程序忘加nohup就运行了怎么办？

在NGS基础：测序原始数据下载一文中提到可以使用SRA-toolkit中的命令fastq-dump从NCBI下载原始测序数据，命令如下。

生信宝典·2020-08-11 17:08

R: clusterProfiler/enrichplot 富集分析与可视化神器

release/bioc/html/clusterProfiler.htmlID转换功能函数：bitr;bitr_kegg功能：实现GeneSymbol,GeneID,Ensembl,UniprotID,ncbi-protein

下凡的生信人·2020-08-11 00:49

Linux下从NCBI批量下载SRA数据的sra和aspera方法

[email protected]#从NCBI下载SRA数据,最近在疯狂下载宏基因组数据，试着解决一下这个问题~方法一：软件准备：使用ncbi提供的下载工具

minus_yao·2020-08-10 18:09

python 下载pubmed数据

importrequestsimportjsonsearch_url="https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?

huangwuming002·2020-08-08 16:00

万能转换：R图转成Word、PPT、Excel、HTML、Latex、矢量图等

你和PPT高手之间，就只差一个iSlideExcel改变了你的基因名，30%相关Nature文章受影响，NCBI也受波及特点可以用命令将交互式R图或ggplot2、Lattice或baseR图保存到MicrosoftWor

刘永鑫Adam·2020-08-08 01:52

原始数据极速上传NCBI SRA教程

近日依旧收到不少老师的邮件，咨询如何将数据上传NCBI数据库的。今天小美就老话再谈，各位老师跟着小美再乘坐一次极速上传SRA的高铁，准备好了吗？Let'sgo!!!

刘永鑫Adam·2020-08-08 01:47

耗时很长的程序忘加nohup就运行了怎么办？

在NGS基础：测序原始数据下载一文中提到可以使用SRA-toolkit中的命令fastq-dump从NCBI下载原始测序数据，命令如下。

刘永鑫Adam·2020-08-08 01:12

采集科研文献和数据，我告诉你一个能自动采集的黑科技

论文数据库：WileyInterScience、EBSCOASP、Blackwell、Springer等；科研数据库：NCBI、EMBL、ICPSR等。为什么收

博为小帮606·2020-08-07 21:40

北京大学生物信息学-第三周-序列数据库 BLAST

序列数据库Genbank是美国国家生物技术信息中心(NationalCenterforBiotechnologyInformation，NCBI)建立的DNA序列数据库，从公共资源中获取序列数据SRA（

Leesuha·2020-08-05 12:38

如何在NCBI实现大批量数据的一一对应

先来讲讲NCBI的。用FTP登陆ftp.ncbi.nih.gov（windows下可以直接打开或是用迅雷/Flastget等下载工具）。cdg

blacklee123·2020-08-05 00:45

从PubMed的HTML页面提取标题和摘要文本

Alex.Zhangimporturllib.requestimportrepmids=['18235848','18235847','18235849']count=0forpmidinpmids:count+=1url='https://www.ncbi.nlm.nih.gov

weixin_30411819·2020-08-04 19:30

在线pubmed

ESearch（文本搜索）eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgihttp://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/

小熊写代码·2020-08-04 19:59

解析pubmed文献数据库中的xml文章结构-01

首先，pubmed文献数据库的网址是https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/，下载了部分年份的文章，文章结构主要如下：2553497820150821

speecher·2020-08-04 16:39

解析pubmed文献数据库的xml文章结构

第一步：下载pubmed文章以下是pubmed文献数据库的网址，https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/文章结构如下：2553497820150821201612151744

weixin_36132427·2020-08-04 11:18

Mac下使用Aspera Connect下载NCBI Sra 数据

Mac下使用AsperaConnect全速下载大型NCBI文件的方法1，下载安装SRAToolkitDocumentationSRAToolkit下载2，下载安装AsperaConnect的dmg文件AsperaConnect3

melodyhaya·2020-08-03 20:51

本地blast（2018-06-02）

1下载有关的物种rna信息比如（下同）：Glycinemaxwget-cftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Glycine_max/RNA/rna.fa.gzcicerarietinum

简单点lili·2020-07-31 22:56

2018-04-13 从genbank中下载SRA文件（SRA Toolkit的安装和使用）

最开始的时候，我只是从NCBI上面之间点击下载fastq文件，用浏览器自带的下载工具下载，但是有些时候，你会发现并没有fastq文件可以下载，取而代之的是SRA。那么什么是SRA呢？

小郑的学习笔记·2020-07-30 22:44

SRA Toolkit

一、简介：SRAToolkit是将ncbi上.sra文件（文献中的各种数据，如：Chip、Rna-seq等一般都以sra格式储存在ncbi数据库中https://www.ncbi.nlm.nih.gov

DL_ec5d·2020-07-30 19:37

生物信息学数据库资源 {#database}

故本章首先介绍常用的参考基因组和注释文件，然后介绍生物信息常用的数据库资源如：NCBI，Ensembl，UCSC，ENCODE，GE

ypfzhao·2020-07-30 04:44

如何下载一个物种的全部EST序列 | NCBI | 表达序列标签

常见下载方式有两种：1.NCBIWeb下载https://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/打开，搜索你要的物

lyuharvey·2020-07-30 03:28

NCBI生物分类数据库（Taxonomy）

白墨石·2020-07-30 01:20

生物信息学分析常用网站

1.BLAST（核酸蛋白序列比对）：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi2.miRBase（miRNA数据库网站）：http://www.mirbase.org

ZJayHan·2020-07-29 22:36

快速从NCBI下载sra数据

hzau_yang·2020-07-29 19:53

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