PSSM

2021.03.25【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章 高级数据库搜索 上）

学习目标定义位置特异性打分矩阵（PSSM）；解释位置特异性迭代BLAST(PSI-BLAST)和DELTA-BLAST怎样大幅提升蛋白质BLAST蛋白搜索的灵敏度；描述谱隐马尔可夫模型（HMMs）并解释其与
穆易青·2023-11-14 01:41

Linux下实现 psi-blast 的多进程并批量生成 pssm 文件

0.说明：在Linux通过Python的多进程模块实现psi-blast的并行，批量生成pssm文件。
@ZyuanZhang·2023-10-30 19:51

Fiddler+逍遥模拟器抓包显示tunnel to无法抓包的解决方法

pwd=pssm提取码:pssm1.安装OpenSSL下载便携式安装包：https://slproweb.com/products/Win32OpenSS
YXWik6·2023-10-18 06:23

PSSM矩阵的生成（ncbi-blast

PSSM矩阵的生成（ncbi-blast-2.9.0±win64）参考链接：https://blog.csdn.net/sxz940613/article/details/97102046https:/
carebon·2023-09-11 12:56

获取蛋白质PSSM矩阵获取

传统方法获取PSSM矩阵通过blast中的PSI-blast进行的，最大的问题在于数据库的下载过程，53G的数据即使是迅雷等加速软件也无法快速进行下载完成。
mmam·2023-04-20 14:33

PSI-BLAST 输出MSA与fasta

PSSM（position-specificscoringmatrix），PSI-BLAST中要用到的中间结果，也被称为profile（配置文件）。
气旋_c8b6·2023-03-10 18:28

论文解读：《一种基于长短期记忆网络深度学习的药物靶相互作用预测方法》

Adeeplearning-basedmethodfordrug-targetinteractionpredictionbasedonlongshort-termmemoryneuralnetwork》略缩词1.文章概括2.背景2.材料和方法2.1数据收集2.2药物分子的表征2.3目标蛋白的表征位置特异性得分矩阵（PSSM
风灬陌·2022-12-27 11:18

PSSM矩阵（位置权重矩阵）

PSSM矩阵（位置权重矩阵）定义-参考维基百科-同时参考这篇优秀的博客：http://www.nohup.cc/article/112/可以反映出每个位置上不同碱基出现的频率，矩阵每一列表示相应位置上碱基出现的频率
zjy1125·2022-12-24 08:03

python 服务器批处理得到PSSM矩阵的问题

目录1.在linux上安装psiblast2.下载并编译用于比对的大型蛋白质数据库3.获取PSSM矩阵1）单条蛋白质序列的处理方法2）批处理获取的方法参考文献：1.在linux上安装psiblast最好新建一个
·2022-07-21 14:23

BLAST（基本局部比对工具）

megablast相似序列（单物种）之间比对discontiguousmegablast跨物种序列比对proteinblastblasp标准搜索psi-blast使用blastp搜索结果构建位置特异性得分矩阵（PSSM
Janton Wang·2020-07-29 16:48

生物信息领域常用软件工具及数据库

常用工具1.PSi-blastPsi-balst是一种更加高灵敏的Blastp程序，对于发现远亲物种的相似蛋白或某个蛋白家族的新成员非常有效.多用于生成蛋白质的多序列比对(MSA)和PSSM(特异性位置打分矩阵
MtoIronman·2020-07-09 14:52

实时阴影渲染(三)：软阴影深度校正

上一篇介绍的软阴影技术已经可以生成很好的软阴影再结合第一篇介绍的PSSM就可以实现不错的阴影效果但在实际应用中的会遇到一个很重要的问题：阴影渲染中的自阴影问题这种问题的产生的原因和锯齿原因类似：视空间中的像素和灯光空间像素不一致比如视空间中的一块区域
weixin_30721899·2020-06-27 23:04

Unity3D手游开发-移动平台实时阴影方案

id=50357973阴影这个东西,说来就话长了,很多年前人们就开始研究出各种阴影技术,但都存在各种瑕疵和问题,直到近几年出现了PSSM,也就是CE3的CSM,阴影技术才算有个比较完美的解决方案.Unity
JumboWu·2020-01-07 03:33

GraphicsLab Project之再谈Shadow Map

在之前的博文中，我们讨论过PSSM。这是一种为了解决大场景阴影贴图
i_dovelemon·2019-06-07 22:00

psiblast生成pssm矩阵及psiblast参数详解

PSI-BLAST:敏感度更高的蛋白序列与蛋白序列之间的比对：一般用来生成pssm打分矩阵其常用命令有USAGEpsiblast[-h][-help][-import_search_strategyfilename
Bruce chen·2019-03-28 22:20

windows平台本地化blast2.8.0（构建NR本地数据库，批量生成pssm打分矩阵）

3、修改环境变量并本地化blast程序4、将自己的序列与数据库文件对比，生成pssm矩阵5、通过python程序批量生成pssm矩阵一、下载blast+程序(#mark1)从ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov
Bruce chen·2019-03-28 22:33

Unity移动端软阴影技术总结

在移动端实现阴影技术可以提升画面品质，我们说的实时阴影也成为软阴影，鉴于移动端硬件的限制，一些复杂的算法比如PSSM，CSM等不可能在移动端去实时，我们只能找一种捷径，既能把实时阴影实现出来，效率还要正常运行
海洋_·2018-09-06 08:03

GraphicsLab Project之Parallel Split Shadow Map(PSSM)

作者：i_dovelemon日期：2017/04/19来源：CSDN主题：ShadowMap,PSSM引言在GLB渲染库中早就集成了ShadowMap的功能，只是在较大的场景中，阴影的效果会很差。
i_dovelemon·2017-04-19 23:28

Unity3D手游开发日记(1) - 移动平台实时阴影方案

工作环境比较封闭,就没写过博客了,离开以后,开发移动游戏,相对自由,又可以重操旧业,分享一下自己的心得.阴影这个东西,说来就话长了,很多年前人们就开始研究出各种阴影技术,但都存在各种瑕疵和问题,直到近几年出现了PSSM
大叔才是主流·2015-12-19 14:59

Unity3D手游开发日记(1) - 移动平台实时阴影方案

工作环境比较封闭,就没写过博客了,离开以后,开发移动游戏,相对自由,又可以重操旧业,分享一下自己的心得.阴影这个东西,说来就话长了,很多年前人们就开始研究出各种阴影技术,但都存在各种瑕疵和问题,直到近几年出现了PSSM
qq18052887·2015-12-19 14:00

PSSM特征-从生成到处理

新浪微博：拾毅者本节内容：pssm生成pssm简化标准的pssm构建滑动pssm生成在基于蛋白质序列的相关预测中，使用PSSM打分矩阵会得将预测效果大大提高，同时，如果使用滑动的PSSM，效果又会进一步提高
拾毅者·2015-07-07 22:00

PSSM特征-从生成到处理

新浪微博：拾毅者本节内容：pssm生成pssm简化标准的pssm构建滑动pssm生成在基于蛋白质序列的相关预测中，使用PSSM打分矩阵会得将预测效果大大提高，同时，如果使用滑动的PSSM，效果又会进一步提高
拾毅者·2015-07-07 22:00

PSSM特征-从生成到处理

新浪微博：拾毅者本节内容：pssm生成pssm简化标准的pssm构建滑动pssm生成在基于蛋白质序列的相关预测中，使用PSSM打分矩阵会得将预测效果大大提高，同时，如果使用滑动的PSSM，效果又会进一步提高
Dream_angel_Z·2015-07-07 22:00

Shadow学习笔记（PSM，LiSPSM，TSM，PSSM，CSM）

Shadow很重要，伴随着我最近学习ShadowMap相关的东西，在这里记录一下，以便日后有需要的时候，再去看一、简单总结阴影实现的方法，目前能够大多数硬件都支持的包括：ShadowVolume和ShadowMap。关于上述两种阴影的简单介绍，可以通过下面这个ppt的介绍：http://download.csdn.net/detail/junjie020/6760047ShadowVolume是基
Kitchen020·2013-12-22 00:52

Shadow学习笔记（PSM，LiSPSM，TSM，PSSM，CSM）

Shadow很重要，伴随着我最近学习ShadowMap相关的东西，在这里记录一下，以便日后有需要的时候，再去看一、简单总结阴影实现的方法，目前能够大多数硬件都支持的包括：ShadowVolume和ShadowMap。关于上述两种阴影的简单介绍，可以通过下面这个ppt的介绍：http://download.csdn.net/detail/junjie020/6760047ShadowVolume是基
junjie020·2013-12-22 00:00

OGRE - Terrain Shadow ,整合OGRE的地形和PSSM+LiSPSM阴影算法

OGRE版本1.7.1的Sample里包含了地形的示例，且用到了PSSM+LiSPSM。今天尝试把Character的Sinbad模型摆到地形上，不过模型的材质本身不支持PSSM。
blizmax6·2011-08-31 17:00

整合OGRE的地形和PSSM+LiSPSM阴影算法

OGRE版本1.7.1的Sample里包含了地形的示例，且用到了PSSM+LiSPSM。今天尝试把Character的Sinbad模型摆到地形上，不过模型的材质本身不支持PSSM。
butwang·2011-03-08 13:00

更新一下道路的最新效果，处理了边缘, 加入了Shader光照

zhucde/archive/2009/03/06/1655247.html前段时间（汗，好几个月前了）没事，把道路的算法重新搞了一下，基本相当于抛弃了原来的做法，现在的速度更快，效果更好些了，同时把PSSM
zhucde·2011-01-09 13:00

整合OGRE的地形和PSSM+LiSPSM阴影算法

转自http://blog.csdn.net/cometeor/archive/2010/06/09/5657168.aspx OGRE版本1.7.1的Sample里包含了地形的示例，且用到了PSSM+
swq0553·2010-12-29 23:00

整合OGRE的地形和PSSM+LiSPSM阴影算法

OGRE版本1.7.1的Sample里包含了地形的示例，且用到了PSSM+LiSPSM。今天尝试把Character的Sinbad模型摆到地形上，不过模型的材质本身不支持PSSM。
cometeor·2010-06-09 01:00

新加入了PSSM全场景阴影

新加入了PSSM全场景阴影这几天把场景的渲染进行了重构,把拣选出来的模型按类型进行了分组，然后安装组进行渲染，最大程度的减少了pass的数量，另外加入了全场景的PSSM(Parallel-SplitShadowMapsforLarge-scaleVirtualEnvironments
3d Game Walkman·2009-06-17 23:00
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