R语言-回归分析

(转帖）R语言-Visualization of Functional Enrichment Result

原文地址：http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/enrichplot/inst/doc/enrichplot.htmlTheenrichplotpackageimplementsseveralmethodsforenrichmentresultvisualizationtohelpinterpretation.Itsupport
苏慕晨枫·2023-11-30 10:59

R语言：利用rhdf5包分别创建单组学，多组学.h5文件

最近在跑的方法需要.h5作为输入文件，就学习了一下怎么创建.h5文件，原有数据结构如下：生成单组学.h5文件的代码如下：library(rhdf5)library(dplyr)library(patchwork)rna.data<-Read10X(data.dir='Processed_dataset/RNA',gene.column=1)atac.data<-Read10X(data.dir='
hyena_7·2023-11-30 08:04

如何用R语言优雅地玩转PubMed-RISmed包的使用

PubMed是最大的生命科学文献数据库之一，在开展课题使用关键词搜索时，会检索出大量文献。如何对这些文献进行筛选，出了巧妙使用关键词组合外，还可以使用R将相关文献信息一键提取，实现文献的快速浏览。RISmed是一个用于从PubMed数据库获取和分析医学文献数据的R包。它可以帮助你进行文献检索、下载文献摘要、获取作者信息等操作。其具体应用如下。#安装加载包#install.packages("RIS
一个人旅行*-*·2023-11-30 08:31

scitb包1.5版本发布—增加了统计值的结果和自动判断数据是否正态分布的功能

目前，本人写的scitb包1.5版本已经正式在R语言官方CRAN上线，scitb包是一个为生成专业化统计表格而生的R包。目前只能绘制基线表一。
天桥下的卖艺者·2023-11-30 08:23

R语言提取文字（字符串）中的内容--正则式（2）

科学研究中有时候咱们收集到的数据很乱，不能马上进行分析，如SEER数据，用过都知道，咱们需要对数据进行清洗，从数据中提取咱们需要的东西，才能进行分析，这时候有个有用的东西叫正则式，对于我们在字符串中提取数据非常实用，上一章《R语言提取文字
天桥下的卖艺者·2023-11-30 08:23

R语言dlnm包在时间序列空气污染数据的分布滞后线性和非线性模型的应用(2)

本期应粉丝要求复现一篇6分左右文章的图片，文章名称是：Airpollutionandcoronaryheartdisease–relatedhospitalvisitsinBeijing,China:time-seriesanalysisusingageneralizedadditivemode（空气污染和冠心病相关医院访问,中国北京:时间序列分析应用广义加性模型）作者研究了多种空气污染物与冠心病
天桥下的卖艺者·2023-11-30 08:23

R语言基于Matching包进行倾向评分匹配（PSM）

倾向评分匹配（PropensityScoreMatching，简称PSM）是一种统计学方法，用于处理观察研究（ObservationalStudy）的数据，在SCI文章中应用非常广泛。在观察研究中，由于种种原因，数据偏差（bias）和混杂变量（confoundingvariable）较多，倾向评分匹配的方法正是为了减少这些偏差和混杂变量的影响，以便对实验组和对照组进行更合理的比较。为什么需要做倾向
天桥下的卖艺者·2023-11-30 08:22

R语言rhdf5读写hdf5文件(.h5)展示文件组织结构和数据索引

h5只是一种简单的数据组织格式【层级数据存储格式(HierarchicalDataFormat：HDF)】，该格式被设计用以存储和组织大量数据。在一些单细胞文献中，作者通常会将分析的数据上传到GEO数据库保存为.h5格式文件，而不是我们常见的工程文件(rds文件，表格数据等)，所以为了解析利用这些数据需要对hdf5格式的组织结构有一定的了解。（注：在Seurat包中有现成的函数Seurat::Re
Nh_code·2023-11-30 08:19

Linux 下用R语言打开hdf5(.h5)文件异常的解决方案

6月10日从GEO数据库下载了作者上传的表达矩阵h5格式文件，需用从中提取出表达矩阵然后重构Seurat分析对象；该exp_matrix.hdf5文件在我的Window系统上，可以通过rhdf5::H5Fopen和hdf5r::H5File$new两种方法打开读取文件内容。但是由于文件太大，有6个G，在我24G内存的Windows系统上没办法完全加载出矩阵。于是就把文件上传到服务器集群进行处理，以
Nh_code·2023-11-30 08:19

R语言gWQS包在加权分位数和回归模型的应用

传统模型在评价多因素联合暴露时存在数据维度高、多重共线性等问题.WQS回归模型的基本原理是通过分位数间距及加权的方法，将多种研究因素的效应综合成为一个指数，再进行回归分析。
天桥下的卖艺者·2023-11-30 08:16

多重共线性案例

虽然在实际分析中，自变量高度相关是很常见的，但是在回归分析中存在多重共线性可能会导致一些问题，比如相关分析是负相关回归分析时影响关系是正影响等，所以针对多重共线性问题需要去解决。
spssau·2023-11-30 07:53

R语言学习DAY04：回归分析

首先从最常用的回归分析说起。有关线性回归分析模型的基本假定需要注意：1）关于随机干扰项的高斯-马尔科夫定理；2）关于自变量的：不存在共线性；3）关于模型的：模型设定正确。
sonder_943f·2023-11-30 07:54

数据挖掘回归分析第五章学习通习题

文章目录一.单选题1.某超市研究销售纪录数据后发现,买啤酒的人很大概率也会购买尿布,这种属于数据挖掘的哪类问题()2.置信度(confidence)是衡量哪种兴趣度度量的指标()3.下列指标中,能够度量一个规则的强度,同时衡量两个集合之间的独立性的是()。4.下列几种数据挖掘功能中被广泛的用于购物篮分析的是()。5.设X={1,2,3}是频繁项集,则可由X产生多少个关联规则()。二.多选题6.下表
silly_foxWY·2023-11-30 06:05

R语言ggplot2绘制Y轴截断柱形图

有时候做柱形图如果其中某一两个数值非常大，作图的时候其他柱子就非常低，看起来就不是很美观，其中一种办法是对Y轴进行截断，如果单纯使用ggplot2的代码实现起来还是相对比较麻烦的，Y叔（ggtree/clusterProfiler等R包的作者）开发的ggbreak可以很方便的实现Y轴截断参考链接SetAxisBreakforggplot2(r-project.org)
小明的数据分析笔记本·2023-11-30 03:37

R语言绘制小RNA丰度条形图

R语言绘制小RNA丰度条形图小RNA中的丰度分布十分不均，少数种类小RNA的丰度占全部的比例较高，研究重点也都放在丰度较高的小RNA上，小RNA长度分布图可以有效筛选丰度较高的小RNA，我们以文献CharacterizationofmouseserumexosomalsmallRNAcontent
纪伟讲测序·2023-11-30 00:09

IF：4+ 鉴定与股骨头坏死软骨氧化应激相关的Hub基因和通路

点击关注，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你75篇原创内容-->公众号现在肿瘤的文章已经很多很多了
90066456ace6·2023-11-30 00:53

学习小组Day4-Bossa

day4mind.png初识R语言软件的安装R软件的安装从官网下载对应版本，下载地址为：R语言官网。
七比比·2023-11-30 00:57

2020-05-13 常用的数据分析与挖掘工具

常用的数据分析与挖掘工具R语言是由奥克兰大学统计系的Robert和Ross共同开发的，并在1993年首次亮相。其具备灵活的数据操作、高效的向量化运算、优秀的数据可视化等优点，受到用户的广泛欢迎。
程凉皮儿·2023-11-29 19:39

R绘制堆积柱形图

前面给大家讲了☞【R语言】百分比表格删除两行重新计算百分比，有小伙伴对文中的两个堆积柱形图比较感兴趣。那么今天我们就来聊聊这两张图是如何绘制出来了。
生信交流平台·2023-11-29 19:15

《R语言实战》自学笔记56-方差分析术语

第9章方差分析9.1术语速成为便于理解方差分析的相关名词，我构建一个案例：假如我们研究氮肥用量和玉米品种对玉米产量影响。设置一个田间试验，试验包括氮肥用量两个N1（200kg/ha）和N2（300kg/ha），玉米品种两个先玉335（XY335）和郑单958（ZD958），3次重复，测定指标为玉米产量。1、田间试验相关概念试验处理(experimentaltreatments)：事先设计好的实施在
zjh9280·2023-11-29 19:12

R语言rvest包网络爬虫

R语言网络爬虫初学者指南（使用rvest包）钱亦欣发表于今年06-0414:505228阅读作者SAURAVKAUSHIK译者钱亦欣引言网上的数据和信息无穷无尽，如今人人都用百度谷歌来作为获取知识，了解新鲜事物的首要信息源
weixin_33883178·2023-11-29 15:26

一文详解人工智能：线性回归、逻辑回归和支持向量机（SVM)

一、线性回归（LinearRegression）线性回归是一种用于建立变量之间线性关系的回归分析方法。它通过拟合一个线性模型来预测连续变量的值。
RRRRRoyal·2023-11-29 12:47

R语言实现MapReduce的协同过滤算法

原文地址：http://www.tuicool.com/articles/63EjqiAuthor：张丹(Conan)Date:2013-04-07Weibo:@Conan_ZEmail:[email protected]:http://www.fens.me/blogAPPs:@晒粉丝http://www.fens.me@每日中国天气http://apps.weibo.com/chin
张小琦·2023-11-29 12:28

R sort、rank、order、arrange排序函数

本文转载自：https://www.cnblogs.com/hider/p/10019536.htmlR语言中排序有几个基本函数：sort()、rank()、order()、arrange()一、总结sort
淡水鱼Ada·2023-11-29 11:31

Fourier分析入门——第9章——Fourier系数的假设检测

目录第9章Fourier系数的假设检验9.1引言9.2回归分析(Regressionanalysis)9.3带限信号(Band-limitedsignals)9.4可信区间(Confidenceintervals
ComputerInBook·2023-11-29 11:49

“SRP模型+”多技术融合在生态环境脆弱性评价模型构建、时空格局演变分析与RSEI指数的生态质量评价及拓展应用

生态环境脆弱性驱动力研究生态环境脆弱性研究热点二、文献可视化软件介绍及常用功能介绍VOSViewer文献可视化及研究热点分析；Citespace文献可视化及研究热点分析；ArcGIS软件介绍及安装技巧R语言环境部署
Teacher.chenchong·2023-11-29 08:18

SRP模型丨生态环境脆弱性评价模型构建、时空格局演变分析与RSEI指数的生态质量评价；地理探测器运行等；集成云端、桌面端等环境，结合遥感云计算、GIS空间分析、R语言统计分析的优势

集成云端、桌面端等环境，结合遥感云计算、GIS空间分析，R语言统计分析的优势，以分析生态环境脆弱性的时空演变为主线。
小艳加油·2023-11-29 08:47

shell语言练习for循环和if判断的小脚本

目录需求：ping一下当前网段下的所有地址，能ping通的加入一个文件，不能ping通则加入另一个文件这个for语言写法是仿C写法，可能是之前语言的印象比较深吧，也可以使用foriin{1..254}for
丨析木丨·2023-11-29 07:32

r语言 相关性作图_R语言：多个基因的相关性分析与展示

R语言：多个基因的相关性分析与展示。关于批量相关性分析，我们发过两个帖子。单基因批量相关性分析的妙用，又是神器!基于单基因批量相关性分析的GSEA。
weixin_39747721·2023-11-29 03:03

r语言 相关性作图_用R语言进行相关性分析：画出散点图、拟合线及标注相关系数和P值...

excel表格的，对于读取excel，此处有一个小技巧读取excel方法1.把excel文件另存为CSV文件1png2.png3.png4.png2.按照读取csv文件方法读取dat此名为excel1文件被R语言读取二
JunyuanLI·2023-11-29 03:03

r语言 相关性作图_R语言绘图：相关性分析及绘图展示

rm(list=ls())#先把我们的R清空一下datafile="C:\\Users\\gaom\\Desktop\\R语言绘图\\相关性分析\\",header=T,=1,sep="\t")#读取数据
董振业·2023-11-29 03:02

ROC及曲线面积汇总学习

目录ROC基础生成模拟数据率的计算R语言计算测试ROCR：pROCROC绘制单个ROC两个ROCLogistic回归的ROC曲线timeROCROC基础ROC曲线的横坐标是假阳性率，纵坐标是真阳性率，需要的结果是这个率表示疾病阳性的率
hx2024·2023-11-29 03:32

r语言 相关性作图_R语言做相关性分析

衡量随机变量相关性的方法主要有三种：pearson相关系数，spearman相关系数，kendall相关系数：1.pearson相关系数，亦即皮尔逊相关系数pearson相关系数用来衡量两个随机变量之间的相关性R语言中求两个随机变量
黑潮制作所·2023-11-29 03:32

r语言 相关性作图_R绘图：相关性分析与作图

公众号“生信小课堂”TCGA数据分析课程：生物信息学教学相关性分析是我们生信分析中必不可少的技能，单基因的批量相关性分析，可以用于做单基因的GO，KEGG富集分析和GSEA分析，也有多基因之间的相关性分析，或者多个基因集之间的相关性分析。今天我们利用TCGA肝癌数据，挑选一些基因做相关性分析，并用不同的R包展示。load(file="mRNAdata.Rda")#加载数据library(tidyv
知乎剧综·2023-11-29 03:32

R语言rayrender包，microfacet微面材料

R语言rayrender包，microfacet微面材料#TueJul1303:14:532021-#字符编码：UTF-8#R版本：R4.1x64forwindow11#cgh163email@163.
youmigo·2023-11-28 23:58

对高数的调侃！

从这几座城里流出了几条溪，比较著名的有：柯溪（Cauchy）、数学分溪（数学分析）、泛函分溪（泛函分析）、回归分溪（回归分析）、时间序列分溪（时间序列分析）等。其
听风在唱看花在舞·2023-11-28 18:53

机器学习的复习笔记2-回归

回归分析可以帮助我们理解当其他变量保持不变时，因变量的值如何随着自变量的变化而变化。
大滑稽儿·2023-11-28 15:46

R语言-matrix函数创建矩阵特殊情况

R语言-matrix函数创建矩阵特殊情况创建矩阵的函数为matrix(data=x,nrow=y,ncol=z,byrow=FALSE,dimnames=NULL)data参数为矩阵元素；nrow参数：
dogplays·2023-11-28 14:32

DNA 11. 识别肿瘤蛋白质三维结构上突变热点(HotSpot3D)

点击关注，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你125篇原创内容-->公众号桓峰基因公众号推出基于基因组变异数据生信分析教程并配有视频在线教程
90066456ace6·2023-11-28 14:46

R语言量化投资相关

R语言在金融领域提供了很多的金融计算框架和工具，当你具备金融理论知识和市场经验，你可以利用这些第三方提供的技术框架来构建自己的金融模型。
Liam_ml·2023-11-28 07:34

R语言统计系列第13篇-K-M生存曲线与logrank检验

今天是各类统计方法R语言实现的第13期，我们主要介绍R语言统计系列第13篇-K-M生存曲线与logrank检验。
拾光_2020·2023-11-28 04:04

R语言结果输出方法

R语言结果输出方法在R语言中，有多种方法可以将结果输出到控制台或保存到文件中。下面将介绍几种常用的输出方法，并提供相应的源代码示例。
DevCyberX·2023-11-28 01:37

代做data课程设计作业、代写R程序设计作业、代做R语言作业、代做linear model作业代写R语言编程|帮做C/C++编程

ProblemAConsiderthemodellingofhousesellingprice.ThedatacanbedownloadedintoRusing:read.table(url(“http://pages.uwf.edu/acohen/teaching/glm/house.txt”))Thedatacontainsthefollowingvariables:price(in$1000
zoumangu·2023-11-28 01:19

R语言编程-Tidyverse 书籍-第一章（2）

此部分的内容，全部是对张敬信博士书籍的学习总结。出发点：因为tidyverse简洁编码，使R代码更加易读。我就想系统再次学习下R，这样让自己写的R代码更加简洁。关于“for循环运行速度慢”的说法，实际上已经过时了，现在的R、Matlab等软件经过多年的内部优化已经不慢了，之所以表现出来慢，是因为你没有注意两个关键点：提前为保存循环结果分配存储空间；为循环体中涉及的数据选择合适的数据结构。apply
Hello育种·2023-11-27 18:06

【R的网络提取】CSDN博客列表和url的提取

最近在读《基于R语言的自动数据收集》，在连续看了几天之后，手痒开始进行实践，这本书总体来说不错，推荐入坑。
Ryan_Yang_·2023-11-27 14:53

R语言实现OTU表的抽平分析

R语言实现OTU表的抽平分析好久没有更新文章了，抱歉，今天我们先来讲一下抽平。相信大家平常在16sRNA测序后，一般都会对测序数据划分后生成的OTU表进行抽平，保证保证样本测序序列的均一性。
fafu生信小蘑菇·2023-11-27 13:03

时间序列深度学习：seq2seq 模型预测太阳黑子

作者：徐瑞龙，量化分析师，R语言中文社区专栏作者博客专栏：https://www.cnblogs.com/xuruilong100本文翻译自《TimeSeriesDeepLearning,Part2:PredictingSunspotFrequencyWithKerasLstminR
R语言中文社区·2023-11-27 12:06

机器学习-白板推导系列(六)(1)-支持向量机SVM（Support Vector Machine）

先来看看维基百科上对SVM的定义:支持向量机（英语：supportvectormachine，常简称为SVM，又名支持向量网络）是在分类与回归分析中分析数据的监督式学习模型与相关的学习算法。
Paul-Huang·2023-11-27 09:43

corrcoef函数的用法

corrcoef命令在回归分析中是计算相关系数用的下面给出一组自变量x1……x6（6*6的矩阵）及自变量y（6*1）的矩阵c=corrcoef([x,y]);c的结果是自变量x+y两两之间的相关系数（7
qq_51223089·2023-11-27 09:35

迭代器模式

我们使用for语言遍历数组，也是一种迭代。结构体对象实现Iteratortrait，创建自定义的迭代器，只需要实现一个next方法的定义。
i-neojos·2023-11-27 07:09
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