RNA甲基化第11页

#日常#-2022-09-18

用pct做个miRNA线性，再提个血清的外泌体RNA吧。平凡科研狗的日常，明天认真干活吧。嗐，今天没有扫地拖地。

Lilliandoing·2023-10-07 11:52

2021-04-04若新住院第二天

医生说这么高的情况下是需要住院了，裴群和若新做了核酸的咽拭子采集以及抽血的核酸RNA的检测，也因为疫情的缘故，只能有一个人陪着，所以我就不用做了。

Seteven__Ma·2023-10-06 15:17

m6A相关lncRNAs做预后分析，效果怎么样？

目前已知的RNA修饰有100多种，其中RNA甲基化修饰占60%以上，而m6A(N6-甲基腺嘌呤)作为高等生物RNA上最为普遍的修饰，近几年的热度只增不减。

概普生信·2023-10-06 11:08

Graphpad绘制基因散点图

如下图所示，可以直观地呈现不同试验处理组之间，或者正常人群与疾病人群个体之间的某些基因表达水平的不同，所来源的表达谱数据可以是RNA-seq、芯片或者是qPCR定量。

纪伟讲测序·2023-10-06 04:10

三十六策第 10 策举一反三

三十六策第10策举一反三三十六策第10策举一反三把分子的不同形态当作一个独立的角度来处理把分子，包括基因DNA、基因的转录产物mRNA、以及基因的表达产物蛋白，还有在DNA、RNA和蛋白三个层面上所有的修饰变化

Kururu1799·2023-10-06 04:22

遇到了一次colorspace的测序数据

我通常处理的都是RNA-seq数据，也全是来自illumina测序平台（自认为擅长RNA测序数据的个性化分析），但是最近学习ChIP-seq的时候，碰巧下载了一组SOLiDcolorspaceformat

果蝇饲养员的生信笔记·2023-10-06 02:57

motif到底是什么

有特征的短序列，一般认为它是拥有生物学功能的保守序列，并不局限于基因组DNA序列还是RNA序列，甚至蛋白质序列也可以提取出相应的motif当某一个大类的序列中，大量重复出现相同的序列结构的时候，就可能存在探索它意义的价值可能包含特异性的结合位点

一只小脑斧·2023-10-05 16:27

2022-11-27 成长是具体的

缘起最近在做蛋白质组的检测和RNA-seq的检测，在送样时候，有一些小的想法，写一个帖子记录一下。华大公司负责湘雅医院业务的赵渊经历以及景杰公司负责湘雅医院的梅颖经理给我留下非常好的印象。

小牛学生信·2023-10-05 13:44

【连载11】吸引力法则的基石：新生物学的观点

如果你学过生物，你或许对下面这段来自百度百科的话很熟悉：基因（遗传因子）是产生一条多肽链或功能RNA所需的全部核苷酸序列。基因支持着生命的基本构造和性能。

她禅·2023-10-05 10:22

CRISPR 靶点抑制剂 - MedChemExpress

CRISPR/CasCRISPR/Cas系统——由一小段RNA和一种高效的DNA切割酶(Cas核酸酶)组

_MedChemExpress·2023-10-04 20:08

【现学现卖】绿色荧光蛋白3-真菌病毒抑制寄主RNA沉默的一个案例

AmycoreovirussuppressesRNAsilencinginthewhiterootrotfungus,Rosellinianecatrix(Yaegashietal.,2013)真菌病毒抑制白纹羽病菌的RNA

乔伊nikkie·2023-10-04 20:28

linux-P14-sam和bam格式文件的shell小练习

20190617095608215image-20190617095552042image-20190617095644389image-20190617095815332image-20190617095840379#创建名为rna

小梦游仙境·2023-10-04 20:27

2021-08-08 基于mRNA display技术的蛋白质-蛋白质互作鉴定

传统针对蛋白质-蛋白质的互作鉴定多依赖于蛋白质质谱的鉴定，而PROPER-seq将蛋白质-蛋白质互作的的鉴定转换为RNA-RNA的嵌合鉴定，通过高通量测序可以实现大规模的蛋白质-蛋白质互作鉴定。

NAome·2023-10-04 17:53

seurat to h5ad scanpy anndata对象转换20231004seurattoscanpyseuratscanpy

#在R中把数据导出成scanpy可以读取的格式geneinfocellinfocounts###geneinfo=All.merge@assays$RNA@meta.features#write.csv

Young.Dr·2023-10-04 17:44

RNA 14. SCI 文章中差异表达基因之蛋白互作网络 (PPI)

蛋白互作网络分析同样也是SCI文章中出现频率最高的分析方法，下面就给大家梳理一下流程！前言蛋白质互作网络（PPI,Protein-ProteinInteractionNetworks）是由蛋白通过彼此之间的相互作用构成，来参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的各个环节。系统分析大量蛋白在生物系统中的相互作用关系，对了解生物系统中蛋白质的工作原理，了解疾病等特殊生理

90066456ace6·2023-10-04 16:13

miRNA数据库简介及miRNA靶基因批量预测

前面给零星的给大家介绍过一些miRNA相关的数据库，包括1.miRBase数据库介绍及miRNA数据下载2.miRBase物种名缩写3.miRNA靶向预测软件targetscan4.RNA相互作用神器—

生信交流平台·2023-10-04 01:36

学习与遗传

作者边写边看线虫的神经系统通过神经元与生殖细胞进行信息交流生殖细胞中包含传递给后代的信息由控制基因表达的小RNA分子的控制会将来自神经元的信息传递给后代并影响各种生理过程如后代的觅食行为这些学习的信息可持续遗传到第四代

相看敬亭·2023-10-03 18:38

linux安装标准c库,在Linux上从源码安装和使用C库

在Linux上从源码安装和使用C库Sat,Jan16,2016为了准备超算竞赛，我被分配在实验室的cluster上跑通RNA序列构建工具Trinity(SC15SCC题目)。

quan zhizun·2023-10-02 23:54

19.4.19上海交大单细胞论坛学习

利用单细胞功能基因组学分析技术(单细胞RNA-Seq转录组分析、单细胞DNA甲

刘小泽·2023-10-02 19:08

外泌体多组学13-EVs转录组综述：cargo内含物以及占比情况讨论

多项研究一致表明，ev可以在不同的细胞类型之间转移蛋白质、脂质和RNA，从而介导细胞间的通信和信号转导。重要的是，ev中的小非编码rna被认为是在受体细胞中发生的分子事件的主要贡献者。

_十三·2023-10-02 17:20

单细胞转录组数据分析课件||2. Quality control of scRNA-seq data

rna3'与rna全长

周运来就是我·2023-10-02 09:23

一个RNA-seq实战-超级简单-2小时搞定

这是原帖http://www.bio-info-trainee.com/2218.htmlhttp://www.bio-info-trainee.com/2218.html准备工作：安装WSL，并将源换成国内源；在D盘建立文件夹bs用来放生信软件，文件夹data用来放下载的数据，data下建立文件夹fastq用来放测序数据，gtf用来放注释文件，hg19用来放index文件，map用来放比对排序等

北极光_0424·2023-10-02 05:10

公开数据库纯生信：铁死亡联合单细胞RNA-seq和bulk RNA-seq强势回归

之前铁死亡已经在科研界掀起过一波风浪，铁死亡常规分析的文章基本都已发表，但是铁死亡热度依然没有减退，小编也一直在寻找铁死亡新思路出，这不，FrontImmunol（Q2,IF=7.561）铁死亡bulkRNA+scRNA分析的新思路就见刊了，bulkRNA+scRNA的分析也是近来的趋势，单独分析bulkRNA毕竟太过片面。公开数据库纯生信铁死亡bulkRNA+scRNA方案铁死亡激活评分模型有助

概普生信·2023-10-01 03:30

10X单细胞（10X空间转录组）多组学（RNA + ATAC）推断Velovyto（MultiVelo）

hello，大家好，今天我们来分享多组学数据推断RNAVelocyto，大家做velocyto的时候估计都是用RNA数据来分析的，其实，对应的ATAC数据也含有丰富的动力学信息，多组学推断更加准确一点，

单细胞空间交响乐·2023-09-30 11:44

使用DEseq2计算FPKM后计算TPM

使用DEseq2对RNA-seq数据进行分析，并计算FPKM和TPM。该过程使用GenomicFeatures包获取外显子长度，并计算非重叠外显子长度之和作为基因长度。

纵纵纵小鸮·2023-09-30 00:32

单细胞测序CITE-seq cell hashing

Cellhashing是一种在单细胞rna测序平台上实现样本多线程和超负载的方法，由纽约基因组中心的技术创新实验室与Satija实验室合作开发。

KK_f2d5·2023-09-29 22:08

2022-01-14

NatBiotech|DNA甲基化时钟精准追踪干细胞谱系原创旧岛望月亮图灵基因2022-01-1409:24收录于话题#前沿分子生物学技术撰文：旧岛望月亮IF=54.901推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1.突破了传统谱系追踪对大量个体信息的依赖

图灵基因·2023-09-29 07:48

RNA 21. SCI 文章中单基因富集分析

点击关注，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你88篇原创内容公众号今天就来剖析一下单基因到底怎么做？这个事情也算困扰好多老师的一个难题，总有有老师来问我，我就有这么一个基因，正在研究，但是我觉得实验的时间长，效率低，能否通过生信的方式找到该基因的一些特性，之后补充一些实验的验证，发一篇SCI文

桓峰基因·2023-09-28 23:10

单细胞ATAC和RNA测序的结合分析

这篇文章就是采用ATAC-seq和RNA-seq的单细胞检测方法，对恩杂鲁胺(一种抗癌药物)的早期治疗反应和耐药性模型进行研究。方法RNA测序及预处理LNCaP和VCaP细胞系是

概普生信·2023-09-28 12:36

转录组分析Day1笔记--xiaofan1991

实验设计主要注意以下三个方面的内容:RNA提取方案测序深度或文库大小重复的次数 RNA提取方案主要是去除rRNA，保留我们感兴趣的mRNA。

xiaofan1991·2023-09-28 08:55

日更第十天

整天风风火火，今天换垫料，提蛋白，提RNA测蛋白浓度，细胞传代。明天任务，基因鉴定，转化，测尿素氮，配western的胶，测RNA浓度。这周六日跑出来mate1

Lucky_笑·2023-09-28 06:22

国自然研究热点-RNA甲基化研究指南

m6ARNA甲基化是RNA最关键的内部修饰之一，是真核生物丰富和调节遗传信息的一种保守的转录后机制。

诺禾致源·2023-09-28 04:39

scmap:单细胞RNA-seq数据跨数据集的投影

随着越来越多的scRNA-seq数据集可用，对它们进行比较是关键。主要的应用程序是比较不同实验室收集的具有相似生物学来源的数据集，以确保注释和分析是一致的。此外，随着大量的参考数据集，如人类细胞图谱(HCA)的出现，一个重要的应用将是将来自新样本(如来自疾病组织)的细胞投射到参考数据集上，以表征组成的差异，或检测新的细胞类型。scmap是一种将细胞从scRNA-seq实验投射到不同实验中识别的细胞

周运来就是我·2023-09-27 21:59

Molecular Cancer|CDK9抑制诱导表观遗传重编程，揭示了规避淋巴瘤耐药性的策略

细胞周期蛋白依赖性激酶（CDK）蛋白家族在细胞周期进程（如CDK1/2/4/6）和RNA转录（如CDK7/8/9/11）的调控中起着不可或缺的作用。

爱基百客·2023-09-27 18:53

MC：RNA修饰万字综述

概普生信·2023-09-27 14:23

听书《与病对话：全科医生手记》

而病毒只是一团蛋白质裹着，几个RNA或者DNA，个头比细菌小很多。对抗病毒没有特

f13abc77b45e·2023-09-27 00:44

Python正则表达式之re.match()

我们在面对生物数据，比如序列信息（比如碱基序列、氨基酸序列等）的时候，会时常要问，这其中是否包含着且含有多少某种已知的模式，一段DNA中是否包含转录起始特征TATAbox、一段RNA中是否包含某种lncRNA

5cb608806559·2023-09-26 21:14

mixcr3.0 软件使用

支持部分和全长分析，并使用所有可用的RNA或DNA信息，包括V基因片段上游和J基因片段下游的序列。

11的雾·2023-09-26 14:56

PCR检测试剂——博迈伦

1.引物（primers）：引物是PCR检测试剂中的核心组成部分，它们是一对具有互补碱基序列的短链DNA或RNA片段。引物在PCR反应中起到识别特定DNA区域的作用，为DNA复制提供起始点。

博迈伦生物·2023-09-26 13:15

RNAseq教程(4.2)

IntroductiontoRNAsequencingInstallationReferenceGenomesAnnotationsIndexingRNA-seqDataPre-AlignmentQC2.Module2-RNA-seqAlignmentandVisualizationAdapterTrimAlignmentIGVAlignmentVisualizationAli

周小钊·2023-09-26 02:53

CCLE数据库——肿瘤神器（第二节）

上一篇我们介绍了CCLE数据库，里面涵盖了上千种细胞系基因表达谱以及甲基化等信息，今天我们介绍他的“data”。

翾格格·2023-09-25 23:07

JSTA：将空间转录组原始数据转换成单细胞水平空间表达谱的专用工具

基于RNA杂交的空间转录组方法提供了极高的RNA检测准确率。然而其需要使用图像分割算法将图像分割成细胞，将RNA检测转换为空间单细胞数据。

尐尐呅·2023-09-25 21:26

分享40个Python源代码总有一个是你想要的

分享40个Python源代码总有一个是你想要的源码下载链接：https://pan.baidu.com/s/1PNR3_RqVWLPzSBUVAo2rnA?

zdh13370188237·2023-09-25 15:52

代码分析 | 单细胞转录组质控详解

前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞

生信宝典·2023-09-25 08:00

SCENIC单细胞转录因子分析原理

2017年发表在NatureMethods杂志上的SCENIC算法，利用单细胞RNA-seq数据，同时进行基因调控网络重建和细胞状态鉴定，应用于肿瘤和小鼠大脑单细胞图谱数据，提出并证

Seurat_Satija·2023-09-25 08:51

非因解读| Reverse Phase Protein Array（RPPA）蛋白组学技术在外泌体分析中的应用

蛋白组学技术在外泌体分析中的应用外泌体（Exosome）是一种能被大多数细胞分泌的微小膜泡，也是细胞外囊泡（EV）的一种主要类型，直径大约40-160nm，具有脂质双层膜结构，能很好的保护其包被的物质，内含大量的核酸，包括DNA、RNA

FynnBio·2023-09-25 06:06

Nature Communications | 张阳课题组：端到端深度学习实现高精度RNA结构预测

RNA分子是基因转录的主要执行者，也是细胞运作的隐形功臣。它们在基因表达调控、支架构建以及催化活性等多个生命过程中都扮演着关键角色。

weixin_4528312·2023-09-25 02:13

柿子基因组测序与其性别决定系统的进化分析

生信石头·2023-09-24 21:08

RNA-seq的差异基因除了热图/火山图，你还可以如何展示？

差异基因展示方式除了热图、火山图，还有传说中的“瀑布图”（不确定是不是叫瀑布图，我感觉更像S型图），近两天我在浏览的时候发现了一篇好文，来自作者ZZZZZZ_XX的一篇：测序结果概览：基因表达量rank瀑布图，高密度表达相关性散点图，注释特定基因及errorbar的表达相关性散点图绘制，觉得里面有一张图很有意思，于是就想试试。所以就随便找了一个差异基因列表操练起来：NOTE:这里的代码和原作者并不

生信start_site·2023-09-24 09:18

疫情.怡情(之五百三十七)

而第三剂疫苗初步确定是使用RNA信使蛋白，即辉瑞和莫德纳疫苗。随着全球开始或计划为公民接种第三剂新冠疫苗的国家增多，世界卫生组织却发出不同声音：强烈反对富裕

飞扬的雪ing·2023-09-23 20:41

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