RNA甲基化第9页

RNA-seq 详细教程：分析准备（3）

学习目标了解RNA-seq和差异表达基因的分析流程了解如何设计实验了解如何使用R语言进行数据分析1.简介在过去的十年中，RNA-seq已成为转录组差异表达基因和mRNA可变剪切分析不可或缺的技术。

冷冻工厂·2023-10-28 11:56

corrplot展示m6a甲基化基因表达相关性

生信交流平台·2023-10-28 10:57

何坤松：做核酸检测为什么不用抽血不用唾液，而是要捅喉咙？

之前生物课上说，核酸就是病毒体内的一段密码，可能是DNA也可能是RNA，而对于新冠病毒来说，它的密码是RNA。

何坤松·2023-10-27 15:07

【文献解读】cell-发育中的人类心脏的时空、器官范围的基因表达和细胞图谱

通过单细胞RNA测序鉴定的人胚胎心脏细胞类型，证实并丰富了胚胎心脏基因表达的空间注释。然后使用

六博说·2023-10-26 13:45

18-IF6+:纯生信分析甲基化和基因表达整合鉴定三阴性乳腺癌的预后标志物和药物靶标

一.研究背景三阴性乳腺癌(TNBC)临床预后差，而且临床上缺少有效的特异性生物标志物。此外，三阴性乳腺癌具有雌激素受体(ER)、黄体酮受体(PR)和表皮生长因子受体2(HER2)缺失的特点，这三种受体是基于激素的有效治疗的靶点。TNBC常发生于青年患者，它的侵袭性强，易复发、转移，预后差，具有基因易感性，如BRCA1的生殖系突变，被认为识TNBC的促进因素。临床上TNBC治疗进展缓慢，这正是由于缺

AAA肿瘤信息学王协·2023-10-26 04:24

Molecular Oncology|黑色素瘤免疫微环境+DNA甲基化

不知不觉小编的假期已经被延长到了四月，什么迎春花、丁香花、海棠花都陆陆续续的开了，却迟迟等不到复学的通知，小编真的是没想到自己竟然会有期待开学的那么一天(在家学习真的是太不方便、太考验定力啦)！有没有小伙伴一篇文章看了一周就只读了个摘要的，或者是课题卡在那进展不下去的，哈哈，那就赶快随小编来看一下这篇3月份发表在MolecularOncology(IF：5+)杂志上的文章吧，说不定会有收获吆！An

概普生信·2023-10-26 02:25

RNAvelocity系列教程5：scVelo 的基本知识

设置后，后续教程将可以直接分析RNA速率、潜在时间、驱动基因识别等。

Seurat_Satija·2023-10-25 17:18

核酸

核酸是一种遗传物质，其中核糖核酸RNA，脱氧核酸DNA病毒按遗传物质清分类，二者都包含有多种的不同病毒。常见的

空谷幽兰youIan·2023-10-25 16:20

RNA-seq 保姆教程：差异表达分析（一）

介绍RNA-seq目前是测量细胞反应的最突出的方法之一。RNA-seq不仅能够分析样本之间基因表达的差异，还可以发现新的亚型并分析SNP变异。

冷冻工厂·2023-10-25 15:43

转录组学习之转录本组装与定量（stringtie）[学习笔记通俗易懂版]

本文知乎地址：https://zhuanlan.zhihu.com/p/645770755stringtie工具进行转录本组装与定量软件介绍StringTie是一种快速高效的RNA-Se

CYH-BI·2023-10-25 12:37

上海见 | 易基因科技与您相约2023年中国微生物学会学术年会

图片来源：中国微生物学会公众号易基因科技受邀参加会议，将携原核三代甲基化、原核转录组、宏病毒组、细菌ChIP-s

易基因科技·2023-10-25 10:03

易基因：WGBS等揭示植物基因体动态DNA甲基化与基因表达可塑性相关｜Genome Biol

在一些真核生物中，DNA甲基化发生在基因编码区，称为基因体甲基化(genebodymethylation，GbM)。

易基因科技·2023-10-25 10:33

电泳迁移率变动（EMSA）实验原理

基于DNA-蛋白质或RNA-蛋白质复合体在聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）中有不同迁移率的原理，当转录因子与特异的DNA或RNA结合后，其在PAGE中的迁移率将小于未结合核蛋白转录因子的DNA

今日之森·2023-10-25 05:19

单细胞 RNA 测序揭示与肾透明细胞癌复发相关的巨噬细胞亚群

2021年5月27日，美国哥伦比亚大学欧文医学中心和赫伯特欧文综合癌症中心研究人员在Cell上发表关于与肾透明细胞癌复发相关巨噬细胞亚群研究的文章，该研究采用单细胞RNA测序技术对11位未治疗的肾透明细胞癌

晶典教你玩转科研·2023-10-25 03:56

生信分析＋实验验证探究m6A RNA甲基化调节因子与癌症转移的关系（IF10+）

Analysisandidentificationofm6ARNAmethylationregulatorsinmetastaticosteosarcoma转移性骨肉瘤中m6ARNA甲基化调节因子的分析和鉴定发表期刊

生信学霸·2023-10-24 15:27

公开数据库纯生信：炎症相关基因预后分析

去年给大家介绍了一个数据库ncRI，收集了大量炎症中的非编码RNA。数据库的简介和使用这里就不赘述了。今天为什么提到这个呢？因为到目前为止，好像还没有人基于这个数据库的数据进行挖掘和发文。

概普生信·2023-10-24 05:48

RT-PCR，QRT-PCR，real-timePCR之间的区别

在RT-PCR中，一条RNA链被逆转录成为互补DNA（cDNA），再以此为模板通过PCR进行DNA扩增。QRT-PCR在RT-PCR体系中同时加入内参标基因的引物，使目的基因和内参

斗战胜佛oh·2023-10-24 05:04

Biotech - 环状 mRNA 的 LNP 递送系统与成环框架

欢迎关注我的CSDN：https://spike.blog.csdn.net/本文地址：https://spike.blog.csdn.net/article/details/133992971环状RNA

SpikeKing·2023-10-23 19:25

190402 吖啶橙（Acridine Orange）染色原理、步骤

microbeonline.com/acridine-orange-staining-principle-procedure-results-applications/1.简介膜透性的吖啶橙插入/结合到核酸（DNA/RNA

森尼啊·2023-10-23 16:16

2021-10-11

它可以通过直接从完整组织活检的RNA图谱输入细胞异质性，避免了物理细胞分离引起的畸变；不需要抗体或表型标记的预选，适用于新鲜、冷

图灵基因·2023-10-23 15:08

DNA甲基化

DNA的甲基化是在DNA的序列不变的条件下，在其中某些碱基上加上甲基的这样一个过程。DNA甲基化的结果，一般是使甲基化位点的下游的基因表达量变少。

七白七白七七白·2023-10-23 13:54

使用rna-seq定量软件salmon运行index步骤遇到的一个问题（计算集群slurm）

salmon帮助文档https://salmon.readthedocs.io/en/latest/building.html#installationgithub主页https://github.com/COMBINE-lab/salmon我最开始是直接使用conda安装的v1.4首先第一步是对参考转录组进行索引，命令salmonindex-tpome.fa-itranscripts_index

凉亭下·2023-10-23 08:34

时间序列的单细胞转录组数据分析

有没有一种技术可以真正的在RNA转录的时候为转录的RNA打上时间的标签呢？今天，就为大家介绍一种基于RNA

周运来就是我·2023-10-23 08:12

文献翻译--转录因子对可变剪接调控网络的多层控制

我们描述了一个高通量系统，用于系统地将反式作用因子与内源性RNA调节事件联系起来。利用这个系统，我们确定了数百个与不同调控层相关的因子，这些调控层积极或消极地控制

ECHO1216·2023-10-22 22:37

【RNA folding】RNA折叠算法与生物物理约束

文章目录RNA折叠RNAfoldingrepresentation1DPforsimplefolds1.1NussinovAlgorithmobjective1.2energyconstraints1.3Thekeyideaofthealgorithm2DPforstackingandcomplexfoldsStochasticcontextfreegrammars

丸丸丸子w·2023-10-22 19:06

RNA-seq 详细教程： `DESeq2` 差异表达分析（7）

学习目标了解如何设计公式了解如何使用DESeq2执行差异表达分析1.DE分析差异表达分析工作流程的最后一步是将原始计数拟合到NB模型并对差异表达基因进行统计检验。在这一步中，我们本质上是想确定不同样本组的平均表达水平是否存在显著差异。PaulPavlidis,UBCDESeq2论文发表于2014年，但该软件包不断更新并通过Bioconductor在R中使用。它建立在分散估计和DSS和edgeR中的

冷冻工厂·2023-10-22 08:54

人的寿命真的有上限吗？

今天这篇文献主要是介绍人类的寿命有上限嘛论文：InconvenientTruthsAboutHumanLongevity文章来源：非编码RNA研究园地（公众号ID:ZKQF-RNA)摘要人类长寿的增长是人类最辉煌的成就之一

一只资源喵·2023-10-22 05:03

【RNA structures】RNA转录的重构和前沿测序技术

文章目录RNA转录重建1先简单介绍一下测序相关技术2MaptoGenomeMethods2.1Step1Mappingreadstothegenome2.2Step2Dealwithsplicedreads2.3Step3Resolveindividualtranscriptsandtheirexpressionlevels3Align-de-novoapproaches3.1Step1

丸丸丸子w·2023-10-21 22:02

【RNA biology】RNA的多功能性与早期生命进化

文章目录RNARNAplayscorefunctionsinCentralDogmaofBiologyrRNAsnRNARNAworldReplication催化作用感知环境变化并作出响应来自ManolisKellis教授（MIT计算生物学主任）的课油管链接：6.047/6.878Lecture7-RNAfolding,RNAworld,RNAstructures(Fall2020)本节课分为三个

丸丸丸子w·2023-10-21 22:59

RNA_seq生物分析学习--RNA-seq介绍

目录第一课课程介绍第二课RNAseq技术第三课RNAseq发展历史第四课关于基因的概念第一课课程介绍RNAseq捕获了细胞某一状态下所有的转录信息DNA是静态信息、RNA是动态信息，是某一时刻DNA表达谱的快照课程大纲

Drone_xjw·2023-10-21 20:42

最优化：建模、算法与理论（最优性理论2

{\quad}Ax=bx∈Rnmin21∣∣x−y∣∣22,s.t.Ax=b其中A∈Rm×n,b∈Rm,y∈RnA{\in}R^{m\timesn},b{\in}R^m,y{\in}

平平平安喔·2023-10-21 11:50

5.单细胞 RNA-seq：质控后相关流程

单细胞RNA-seq聚类工作流程现在我们有了高质量的细胞，我们可以继续后续流程。最终，我们希望对细胞进行聚类并识别潜在的不同细胞类型，但是还有几个步骤需要完成。

denghb001·2023-10-21 10:09

细菌基因功能-大肠杆菌O157:H7

flis鞭毛虫生物合成蛋白flid鞭毛丝封盖蛋白motA运动蛋白AcheA趋化蛋白CheAcsgBcurlifimA1型鞭毛ppdD前纤毛虫型N端裂解/甲基化结构域含蛋白rpoS是定量感应系统中的一个调节因子在参与鞭毛合成的基因中

Ci女士爱吃芒果·2023-10-20 10:57

流式细胞术检测细胞凋亡还有哪些方法？

SYTO/PI双染色法SYTO系列染料是一种细胞膜通透性的核酸染料，可以自由进入活细胞与细胞内的DNA或者RNA结合，未结合时发射荧光信号的能力很弱，与核酸结合后发射荧光信号的能力大幅度升高。

医学科研小坑·2023-10-20 03:21

RNA-seq :TopHat2 + Cufflinks分析流程

1、测序数据质量控制：fastqc软件1）使用方法：/life/rjian/software/fastQC/FastQC/fastqc-o/life/rjian/data/liyan/filename_fastqc\filename.fq>>filename.log2）参数说明：-o:输出文件所在目录，并且是已经存在的目录,如：filename_fastqc--noextract:不解压缩输出文件

onlyme_862a·2023-10-19 20:03

DNA琼脂糖凝胶电泳原理

琼脂糖凝胶电泳是常用的用于分离、鉴定DNA、RNA的方法，这种电泳方法以琼脂凝胶作为支持物，利用DNA分子在泳动时的电荷效应和分子筛效应，达到分离混合物的目的。

ss的专属赫兹·2023-10-19 14:48

2020-02-09 tRNAscan-SE使用说明（转运RNA预测）

参考：tRNAscan-SE使用说明https://blog.csdn.net/herokoking/article/details/77853662注意，这个软件是直接通过conda安装的condainstalltrnascan-se-cbioconda安装好之后直接可以使用对于trnascan-se的使用也非常简单tRNAscan-SE-B-o108tRNA.out-f108tRNA.ss-m

暮色下的烟波澜·2023-10-19 03:59

一种癌肽调节m6A读取蛋白IGF2BP1对m6A的识别和肿瘤发生

NatureCommunications的文章——Anoncopeptideregulatesm6Arecognitionbythem6AreaderIGF2BP1andtumorigenesis.N6-甲基腺苷（m6A）是真核RNA

博士苑·2023-10-19 03:01

RNA 17. SCI 文章中的筛选 Hub 基因 (Hub genes)

关注公众号，桓峰基因这期继续补充一下转录组高级分析内容之一的筛选Hub基因，这个模块在SCI文章中也是经常出现，并且很多文章也是直接作为文章的两点来分析的，现在就介绍一下这部分的内容该怎么分析？前言我们在分析WGCNA之后获得了几个基因模块，但是发现基因仍然很多，需要进一步筛选基因与表型相关的基因，那么今天就介绍一下Hub基因，那么什么是HubGenes呢？在这样的网络中，高度连接的基因被称为枢纽

90066456ace6·2023-10-18 13:16

Bismark Bisulfite Mapper学习笔记（二）甲基化信息提取以及文件解读

(IV)Bismark甲基化提取Bismark附带一个补充的bismark_methylation_extractor脚本，它对Bismark结果文件进行操作，并对每个C进行提取甲基化call。

生信start_site·2023-10-18 11:54

衰老～《健康的真相》.6

一种对基因起作用的甲基化作用的化学反应会影响健康状态，2005年公布的西班牙国家肿瘤中心马里奥·佛拉加博士及其同事的研究成果首次从直观的物质层面上成功证实了这点。

715c6e6682d0·2023-10-18 09:31

R包升级报错成常态,搜索告诉你。。。

在做RNA-seq差异分析的时候，想要加载DESeq2，如图：image.png需要载入包忽略，是被mask掉，但后面的错误是要管。

dandanwu90·2023-10-18 08:58

论文解析-moETM

论文解析-moETM参考亮点动机发展现状现存问题功能方法Encoder改进Decoder改进评价指标生物保守性批次效应移除实验设置结果多组学数据整合cell-topicmixture可解释性组学翻译性能评估RNA

平平无奇科研小天才·2023-10-18 01:52

陈巍学基因视频学习笔记--视频11：单细胞mRNA测序

前期笔记陈巍学基因视频学习笔记--视频1：Illumina测序化学原理陈巍学基因视频学习笔记--视频7：RNA-seq方法和应用陈巍学基因视频学习笔记--视频8：外显子测序陈巍学基因视频学习笔记--视频

冻春卷·2023-10-17 18:21

全基因组甲基化分析-基本流程图

http://www.biomarker.com.cn/technology-services/methylation

桁_COLA·2023-10-17 17:08

易基因｜ONT：三代原核甲基化在痤疮杆菌噬菌体表观遗传印迹中的工程选择性研究

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。痤疮表皮杆菌（Cutibacteriumacnes，C.acnes）是一种革兰氏阳性细菌，是人类皮肤微生物组成员。尽管是最丰富的皮肤共生体，但某些成员与常见的炎症性疾病（如痤疮）有关。各种C.acnes分支的完整基因组序列可以鉴定推定的甲基转移酶，其中一些可能属于保护入侵DNA宿主的限制性修饰（restriction-modificat

易基因科技·2023-10-17 10:11

易基因-原核转录组“rRNA捕获探针及其应用“方法获发明专利授权

核糖体RNA(rRNA)是细胞内含量最高的一类RNA，占胞内所有RNA总量的80％以上。其与蛋白质结合形成核糖体，在mRNA的序列引导下转运特定的氨基酸合成蛋白质肽链。

易基因科技·2023-10-17 10:10

易基因：细菌微生物基因表达调控表观研究方案｜原核三代甲基化+转录组

1、原核甲基化原核生物中的DNA甲基化原核生物甲基化为什么基于三代测序？

易基因科技·2023-10-17 10:38

R下载合并ENCORI RBP（RNA binding protein）靶基因数据

前面给大家简单介绍了☞starbase（ENCORI）数据库介绍（一）☞RNA相互作用神器——ENCORI也给大家介绍了如何从ENCORI批量下载miRNA的靶基因，并且合并成表格。

生信交流平台·2023-10-17 07:10

bioinfo100-第23题-转录组的比对与基因组的比对有何不同？

那么说了半天的mapping问题，一直都是在以DNA进行举例，RNA的比对我们都还没有谈。那么今天我们就来简单谈谈RNA序列的mapping，尤其是真核生物的RNA序

RachaelRiggs·2023-10-16 23:49

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