RNA甲基化第7页

RNA-seq可视化之差异分析得到的FC值，我们能做什么？

首先整理数据datadata2colnames(data2)[2]data2data2[data2$value0&data2$value0.58,][,1]<-"C"image.pngggplot2绘制柱状图ggplot(data2,aes(x=value,fill=V1))+geom_histogram(position="stack",binwidth=0.01)+theme_bw()+xla

热衷组培的二货潜·2023-11-30 02:28

R语言绘制小RNA丰度条形图

R语言绘制小RNA丰度条形图小RNA中的丰度分布十分不均，少数种类小RNA的丰度占全部的比例较高，研究重点也都放在丰度较高的小RNA上，小RNA长度分布图可以有效筛选丰度较高的小RNA，我们以文献CharacterizationofmouseserumexosomalsmallRNAcontent

纪伟讲测序·2023-11-30 00:09

6分SCI（医学类）-按这个思路很好发！

我们最近推出了一门重现6分医学文章分析内容的课程《TCGA-甲基化生存分析》，下面通过一篇6分SCI文章跟大家介绍一下该课程内容。

组学大讲堂·2023-11-30 00:50

单细胞测序文献解读-拟南芥根系单细胞测序揭示根系细胞发育轨迹

单细胞转录组测序作为区别于传统Bulk-RNA测序的新兴技术，更好的解决了传统研究中存在的细胞异质性问题，为细胞类型鉴定及新细胞类型发现、细胞发育轨迹和功能分析等提供了良好的解决方案，已广泛应用于人类和动物研究

felix108·2023-11-29 23:18

microRNA提取步骤

一、BIOG特点1、操作简便快速，可在30分钟内获得理想的RNA，适用于一次处理较多样本的批量提取；2、提取RNA纯度高，无抑制剂，A260/A280为1.8-2.0；3、采用自主研发的改性硅基磁珠，同样的样本量提取的

清风拂面vv·2023-11-29 19:42

2020转录组RNA-SEQ上游分析

文章目录安装配置conda使用清华源下载sh脚本并安装设置镜像源conda环境创建激活和退出环境conda安装软件质量评估@fastQCfastq格式FsatQC软件multiqc综合所有qc结果解读单一碱基占比单碱基测序质量在150bp上的分布情况测序质量的分布图GC含量测定接头adapter统计过滤reads@trim_galore过滤标准trim_galore比对@hisat2参考基因组，g

super_qun·2023-11-29 18:20

RNA甲基化专题 | 癌症研究篇

m6ARNA甲基化是最常见、最丰富的真核生物mRNA转录后修饰。研究表明，m6A在不同组织，细胞系中是一个复杂的调控网路，m6ARNA甲基化参与RNA的代谢过程，并与肿瘤的发生和发展密切相关。

诺禾致源·2023-11-29 13:10

Swift 类型属性

static对于类，计算型的类型属性，前面加关键字class可被子类重写overrideoverride忽略重载忽略父类中相同的属性class生命体{staticvar遗传方式:String{return"RNA

maskerII·2023-11-29 09:46

链特异性建库

本文转载自：https://www.jianshu.com/p/8b177773ae38RNA-seq基本流程image把RNA破碎成小片段，然后将RNA转变成一条cDNA，这一步需要用到反转录酶reversetranscriptase

村长吃火锅·2023-11-28 21:34

计算不同组别间差异甲基化位点和区域的R包—DSS

主要应用于BS-seq（亚硫酸氢盐测序）中计算不同组别间差异甲基化位点（DML）和差异甲基化区域（DMR）即CallDMLorDMR。

黄晶_id·2023-11-28 16:39

RNA-seq分析流程

1、质量控制：fastqc-o./-t1/public/home/zyhu/hfd/${i}_R1_001.fastq.gz/public/home/zyhu/hfd/${i}_R2_001.fastq.gz合并质控结果multiqc./Trimmomatic修剪去掉前端低质量碱基java-jar\$EBROOTTRIMMOMATIC/trimmomatic-0.32.jarPE-phred33$

chaos_z·2023-11-28 04:17

RNA-Seq raw2fpkm pipeline (snakemake)

前几天，帮师妹分析转录组数据，由于她只需要FPKM，并且我刚好在学snakemake，就试着用snakemake写了一个简单的从rawdata到FPKM的流程。snakemake简介：snakemake是一款基于python3的软件snakemake的主要功能是快速搭建分析流程官方网址snakemake优势：支持并行运算支持断点运算支持流程控制支持内存控制支持CPU核心控制支持运行时间控制支持。。

李诚0921·2023-11-27 23:29

Measurement of mRNA abundance using RNA-seq data: RPKM measure is inconsistent among samples

WagnerGP,KinK,LynchVJ.MeasurementofmRNAabundanceusingRNA-seqdata:RPKMmeasureisinconsistentamongsamples[J].TheoryBiosci,2012,131(4):281-285.百度百科：RPKM，ReadsPerKilobaseperMillionmappedreads，代表每百万reads中来自

sunlight_yy·2023-11-27 02:38

单细胞seurat入门—— 从原始数据到表达矩阵

根据所使用的建库方法，单细胞的RNA序列（也称为读取（reads）或标签（tags））将从转录本的3'端（或5'端）（10XGenomics，CEL-seq2，Drop-seq，inDrops）或全长转录本

生信小博士·2023-11-27 02:06

通过转染双链siRNA 在哺乳动物细胞中进行RNA 干扰

长链dsRNA不能用于多数哺乳动物细胞中，这是由于它能诱导干扰素反应而引发基因表达和细胞凋亡的变化。本方案介绍了一种向哺乳动物细胞中转入短的双链siRNA的方法，双链siRNA因其长度过短而不能引起与dsRNA相关的序列非特异性反应。本方案适用于24孔板中生长的细胞。如果使用了其他规格的多孔板、培养瓶或者培养皿，则需要根据培养孔的表面积换算细胞密度和试剂用量（表1)。试剂转染试剂Dulbecco’

实验小助手·2023-11-26 20:22

纯生物信息学SCI文章好发吗？不好意思，很难了

3-4年前，一套完整的RNA-seq，而且是很简单的那种套路可以发到3-4分文章，好的

医学程序研究·2023-11-26 10:34

MAC M1 安装ViennaRNA Python模块

MACM1安装ViennaRNAPython模块ViennaRNA安装包下载安装配置调用RNA包ViennaRNA安装包下载快速通道：https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/index.html

赵仙儿·2023-11-26 07:39

Chapter1-miRNA

miRNAturnoverfig1植物miRNA受HEN1催化的3'端2'-O-甲基化作用而免受降解。拟南芥中HEN1的缺失导致大多数miRNA的积累减少以及miRNA大小异质性。

阿花吖·2023-11-26 00:41

外泌体多组学21-通过大小排斥色谱分离的细胞外囊泡适用于血浆中的RNomics分析

由于血浆的生物组成复杂，血浆RNA组学分析(RNomics)很容易实现，因此有必要根据性能从现有方法中选择最优策略进行预期的应用在这项研究中，我们进行了四种不同的ev分离策略并进行了比较(即超离心(UC

_十三·2023-11-25 20:58

Smart-seq total 2021

然而，在分析细胞RNA时，大多数研究仍然只关注与蛋白质编码转录物相对应的3%。单个细胞中剩

韧_7e6f·2023-11-25 15:36

科研“出圈”必备——空间组学技术

空间转录组学/RNA成像技术

尐尐呅·2023-11-25 09:50

基因工程实验Ⅱ大肠杆菌质粒DNA的抽提及检测『Protocol』

一、实验原理：质粒的抽提与纯化实质上是将质粒DNA与细菌的基因组染色体DNA、RNA、蛋白质、细胞膜等细胞器及其他大分子物质分离的过程，因此质粒的抽提大致可分为：细菌的培养、收集与裂解；质粒DNA的分离与纯化

生菜小科狗·2023-11-25 00:37

53.《Bioinformatics Data Skills》之实战：统计落在外显子区域dbSNP数目

寻找区域间的overlap算得上是基因组最常见的操作，貌似简单的寻找overlap追究细节之后也会变得非常复杂，比如为了解决RNA-seq表达定量的问题就衍生出一系列专业的工具或者R包（例如RSEM，TopHat

DataScience·2023-11-24 08:34

空间转录组技术在肿瘤免疫治疗中的应用潜力

原位杂交原位杂交(ISH)是一种使细胞或组织中特定DNA或RNA分子

尐尐呅·2023-11-24 07:08

Kallisto原理及应用

Kallisto简介首先，这款软件是2016年发表在NBT上的一款RNA-seq的计数软件，文章标题为《Near-optimalprobabilisticRNA-seqquantification》（http

小潤澤·2023-11-23 09:44

学习：StatQuest-RNA-seq

RNA-seq的建库过程image.png上图是RNA建库的步骤RNA测序过程image.pngimage.pngimage.png采取边合成边测序的原则,不同碱基,带有不同荧光,测序仪测出不同荧光image.pngRNA-seq

小潤澤·2023-11-23 06:32

单细胞36计之18擒贼擒王---单细胞与空间转录组整合

与scRNA-seq参考整合为了促进Slide-seq数据集的细胞类型注释，我们利用了由Saunders*，Macosko*等人制作的现有小鼠单细胞RNA-seq海马数据集。2018。

Seurat_Satija·2023-11-23 05:41

谈一谈今天使用ViewBS 和 deeptools的坑（二）

就ViewBS甲基化数据分析差别见BS-seq分析时候ViewBS可视化时候一定要加基因的方向就deeptools对ChIP-seq数据的可视化分析差别strand列放错了的图放对了的图这一放错就把H3K27me3

热衷组培的二货潜·2023-11-22 17:03

论文阅读“ZINB-based Graph Embedding Autoencoder for Single-cell RNA-seq Interpretations”

,WangY,etal.ZINB-basedGraphEmbeddingAutoencoderforSingle-cellRNA-seqInterpretations.AAAI2022.摘要导读单细胞RNA

掉了西红柿皮_Kee·2023-11-22 03:22

1130转录组分析（三）--王通老师讲解

[endif]为什么要进行RNA测序机体DNA是一个相对静态的过程，RNA是一个动态变化的过程，其在生理病理或者外在条件下，会发生相应变化，影响调控疾病发生。

不如好好学生信吧·2023-11-22 01:36

生物学重复与技术重复

生物学重复与技术重复在利用基因芯片或者RNA-seq做基因表达分析的时候，经常听说生物学重复和技术重复，这篇文章我们就来简单介绍二者的含义。

wangchuang2017·2023-11-21 22:02

核酸的检测与性质

核酸分脱氧核糖核酸和核糖核酸，包括DNA和RNA，核酸的最小组成成分是核苷酸，包含脱氧核苷酸和不脱氧核糖核酸，基因是DNA的一部分，不同的人DNA不同，核苷酸的含氮碱基包括腺嘌呤，鸟嘌呤等等。

爱你的常青藤·2023-11-21 15:41

2021-02-17 RNA-seq 流程

1前期准备1.1安装conda下载wget-chttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh安装bashMiniconda2-latest-Linux-x86_64.shsource~/.bashrc#激活conda添加镜像源condaconfig--addchann

diyidaoguang·2023-11-21 04:40

R语言绘制配对样品箱线图

随后，通过qPCR或RNA-seq等方法定量基因表达后，以箱线图呈现特定基因在肿瘤组织和正常组织中的整体表达水平，并在箱线图中以

纪伟讲测序·2023-11-20 20:40

普通PCR、原位PCR、反向PCR和反转录PCR的基本原理和操作步骤（四）

在RT-PCR中，一条RNA链被逆

天明豆豆·2023-11-20 06:08

单细胞分析最佳实践

单细胞RNA-seq数据分析最佳实践（上）单细胞RNA-seq数据分析最佳实践（中）单细胞RNA-s

FionaMoon·2023-11-20 03:02

出版级PCA美图，轻松拿捏（主成分分析利器，建议收藏备用）

工具位置UseGalaxy.cn>RNA-seq>PCAplotwithFactoMineR数据准备文件1：矩阵文件第1列：特征，如基因。第2-最后一列：样本的值，如表达量。

简说基因-专业生信合作伙伴·2023-11-19 20:51

Exosomal long noncoding RNA LNMAT2 promotes lymphatic metastasis in bladder 1 cancer

我们鉴定了外泌体长非编码RNA（lncRNA）

一个没有感情的文献阅读机·2023-11-19 13:17

用Seurat做RNA Velocity

介绍：https://www.jianshu.com/p/63071b368be5安装：注意：velocyto需要python版本>=3.6.0gitclonehttps://github.com/velocyto-team/velocyto.py.gitcdvelocyto.pypipinstall-e.#notethetrailingdot其他安装方式https://velocyto.org/

生信编程日常·2023-11-19 06:01

测序原理碎碎念

加接头的示意图如上图所示大致步骤如下：用酶或者激光或者超声波将GenomicDNA或者由RNA反转组得到的双链cDNA打断成小片段；打断是随机打断，有可能末端不平整，还需要用酶补平；补平之后，需要在3’

BINBINCC·2023-11-19 04:12

一篇综述读懂m6A甲基化+分型+免疫浸润+机器学习。快来get

结果解读：m6A甲基化调节

生信风暴·2023-11-16 03:42

ggThemeAssist｜鼠标调整主题，并返回代码

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2023-11-14 22:57

【学习笔记】生物信息学基础知识+序列比对初步了解（一）

文章目录DNA和RNA的组成基因蛋白质中心法则DNA的复制DNA到mRNA转录蛋白质的剪接蛋白质的折叠突变与多态性组学转录组蛋白质组代谢组组学数据简介表观遗传复杂生物网络影像组主要研究内容介绍多序列比对全局序列比对动态规划算法

Dumbledore‘s wand·2023-11-14 00:40

生物信息学笔记03 -- 基因组序列分析方法

JamSlade·2023-11-11 06:11

5+m6A+预后模型+WGCNA，简单又高效，学习下这篇思路吧

结果解读：在训练集中，基于3个与m6A相关的长非编码RNA建立了一个预后标志在基于276个m6A相关lncRNA的表达水平对EC

生信风暴·2023-11-10 19:12

RNA-seq(1) :用conda安装RNA-seq所需要的工具-学习笔记

之前我用cufflink系列进行了一次RNA-seq分析，这一次是在学习了一种新的分析方法。在整个过程中，也参照了一些生信宝典公众号（这真的对于生信小白来说很nice，强烈推荐）的许多知识。

leo12354·2023-11-10 00:09

基因工程-7-基因表达谱研究技术

基因表达谱研究技术胚胎原位杂交技术胚胎抗体染色技术基因芯片技术蛋白质组学技术.7.1.1胚胎原位杂交技术原位杂交（insituhybridization,ISH），是利用碱基互补配对的原理，用带有标记的目的DNA或RNA

_玻璃晴朗_·2023-11-09 10:23

植物DNA甲基化专题 | nature：油棕Karma转座子表观遗传重要发现

关于植物DNA甲基化研究，此前已推出见刊于NAR的文章：拟南芥AtHDA6与着丝粒周围DNA甲基化关系研究。https://mp.weixin.qq.com/s?

易基因科技·2023-11-09 10:17

Android 多语言对照表 \ 国际化语言

Android多语言对照表语言地区文件夹名称南非荷兰语南非values-af-rNA南非荷兰语纳米比亚values-af-rZA阿肯语加纳values-ak-rGH阿姆哈拉语埃塞俄比亚values-am-rET

Mars-xq·2023-11-08 01:16

Cell Reports | 表观组学和单细胞测序揭示在急性应激条件下FoxM1协调β细胞亚群的细胞分裂、蛋白质合成和线粒体活性

发表单位：瑞士分子健康科学研究所期刊：CellReports（IF:8.8）发表日期：2023年8月29日研究技术：ATAC-seq、ChIP-seq、RNA-seq、scRNA-seq（爱基百客均可以提供

爱基百客·2023-11-07 22:54

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