RNA甲基化

微生物测序该怎么选，16S or 宏基因组?

基本简介一、16SrRNA16SrRNA为核糖体的RNA的一个亚基，16SrDNA就是编码该亚基的基因。细菌rRNA（核糖体RNA）按沉降系数分为3种，分别为5S、16S和23SrRNA。
唯问生物·2023-09-23 07:53

8+单基因泛癌+甲基化+实验

今天给同学们分享一篇单基因+泛癌+甲基化+实验的生信文章“Integratedpan-canceranalysisandexperimentalverificationoftherolesoftropomyosin4ingastriccancer
生信风暴·2023-09-23 07:48

一个逆天的small RNA-seq数据挖掘神器

大家好，我是白介素2同学，继续分享数据挖掘神器。随着高通量测序技术的不断发展完善，大批量的基因组数据积累在数据库中，这个大家都很清楚。近些年，越来越多的证据表明samllnon-codingRNA（sncRNAs)也发挥了很重要的调节作用。同样的，分析这些数据对物生物信息背景的研究人员而言存在诸多困难，这个时候我们就需要一款神器助攻了。先看看大概长啥样，简洁干净清爽的界面，名字就叫SPAR，不是那
医科研·2023-09-22 17:27

拟南芥长链非编码RNA(lncRNA)鉴定的一个简单小例子

链特异性文库数据对应的论文IdentificationandcharacterizationofnovellncRNAsinArabidopsisthaliana看了下投稿时间image.png3天，也太吓人了吧！！！期刊是BiochemicalandBiophysicalResearchCommunicationsBBRC印象里好像看过介绍这个期刊的文章，特点就是审稿快，4区，3年平均影响因子2
小明的数据分析笔记本·2023-09-22 05:25

宏病毒组学 | 人体肠道病毒组学

这些病毒以DNA病毒为主，伴有少数RNA病毒。噬菌体、真核病毒和植物源病毒与共生细菌和肠道屏障相互作用，促进肠道健康所必需的重要功能(图1)。
E_GENE·2023-09-22 01:44

CASP15比赛的新出的相关任务内容

在CASP15中，引入了四种新的预测类别：RNA结构、配体-蛋白复合物、低聚结构及其界面的准确性，以及备选构象的集合。本文列出了这些类别的技术规范，并描述了它们在CASP数据管理系统中
DrugPython·2023-09-21 23:49

RFect siRNA转染试剂

RFect可用来转染siRNA、antisenseRNA、microRNA等200bp以内的小分子RNA和DNA。
别踩我的菜·2023-09-21 22:26

2022-03-28

NatBiotech|RNA碱基编辑的临床前概念验证原创图灵基因图灵基因2022-03-2807:03收录于话题#前沿分子生物学技术WaveLifeSciences的研究人员已经发布了积极的临床前概念验证数据
图灵基因·2023-09-21 15:11

RT-PCR、QPCR、Real-time PCR、Real-time RT-PCR 你真的区分的开吗？

在RT-PCR中，一条RNA链被逆转录成为互补DNA，再以此为模板通过PCR进行DNA扩增。那什么是qPCR、Real-time-PCR？其实Rea-time-PCR和
济南赛傲·2023-09-21 05:18

认知心理学

病毒是由一个核酸分子（DNA或RNA）与蛋白质构成的非细胞形态，是一种介于生命体及非生命体之间的有机物种。
黑色玫瑰d·2023-09-21 02:46

【陈巍学基因-3】small RNA-seq

MicroRNA参与许多的生命调节过程，是近十年来的一个研究重点。这次介绍：1.smallRNA建库测序方法2.smallRNA的生物信息学分析表达量差异分析聚类分析靶基因的GeneOntology分析(GO分析)靶基因的KEGGPathway分析3.血清、血浆microRNA测序意义样本准备视频时长11分钟，建议在Wifi条件下观看：视频地址：https://v.qq.com/x/page/l0
oddxix·2023-09-20 14:08

RNAseq教程（3.1）

IntroductiontoRNAsequencingInstallationReferenceGenomesAnnotationsIndexingRNA-seqDataPre-AlignmentQC2.Module2-RNA-seqAlignmentandVisualizationAdapterTrimAlignmentIGVAlignmentVisualizationA
周小钊·2023-09-20 14:08

FITC-PEG-FA，Folic acid-PEG-Fluorescein，叶酸PEG荧光素

它参与DNA的合成、修复和甲基化，并在许多生物反应中充当辅助因子。叶酸是细胞表面叶酸受体的配体。荧
荧光之家·2023-09-20 12:54

2021-06-17

结合GSEA，解释permutationtest：首先，有两种phenotype（treat和control）的RNA-seq的结果，即每个基因在这两种phenotype中的表达量。
孟婆给咱来碗汤_cc67·2023-09-20 05:26

代码分析 | 单细胞转录组clustering详解

聚类可视化NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典·2023-09-20 04:14

单细胞转录组在心血管系统发育、疾病与医学中的研究

需要一步一步去咀嚼，不要在头脑中模棱两可Single-cellRNAsequencingincardiovasculardevelopment,diseaseandmedicine导读：在过去的10年里，单细胞RNA
不如好好学生信吧·2023-09-20 03:27

（2）10X单细胞聚类

image.pnglibrary(Seurat)library(ggplot2)library(dplyr)options(stringsAsFactors=F)##第1步：读入表达矩阵data=250&nFeature_RNA
呆呱呱·2023-09-19 10:34

2020疫情之下的人生思考（1）

2019年的农历春节令人难忘，可以说人生当中唯一的春节发生了，人类被一个单链体RNA，还不算是细胞的东东搞得全国轰动，让我得以认真地思考2020这个世界末日之下作为人类存在的意义是什么？
张程_ec27·2023-09-19 03:45

外泌体该如何提取

BIOG产品特点◎操作简便快速，可在半小时内获得理想的RNA；◎提取RNA纯度高，无抑制剂，A260/A280为1.8-2.0；◎产量更高，较国内同类产品高出20%；◎可用于小量（200μL）血清、血浆
清风拂面vv·2023-09-19 00:56

一篇综述搞懂m6A、非编码RNA、肿瘤干性调控关系

Theinterplaybetweenm6AmodificationandnoncodingRNAincancerstemnessmodulation:mechanisms,signalingpathways,andclinicalimplicationsm6A修饰和非编码RNA
概普生信·2023-09-18 15:53

易基因：MeRIP-seq等揭示mRNA m6A甲基化调控拟南芥的抗寒性分子机制｜植物抗逆

最近研究表明，m6A、m5C等RNA修饰可以影响RNA调控和鉴定mRNA修饰稳定性，从而揭示了另一层在调控基因表达中发挥重要作用的转录后调控。m6A在植物生长
易基因科技·2023-09-18 14:36

易基因：MLL1/DNA低甲基化介导子宫肌层干细胞发育重编程的表观遗传机制｜组学研究

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。子宫肌瘤（uterinefibroids，UF）是生殖系统最常见的良性肿瘤，也是子宫切除手术最常见的指征。尽管患病率很高，但子宫肌瘤的确切发病机制在很大程度上仍未知。有证据表明，发育期间暴露于激素可能与子宫肌层易感UF发育有关，当发育暴露于内分泌干扰化学物质（endocrine-disruptingchemical，EDC）如己烯雌酚（
易基因科技·2023-09-18 14:36

易基因： WGBS等揭示DNA甲基化调控林地草莓植株高度和果实大小的分子机制｜植物发育

DNA甲基化影响基因组稳定性、转座子沉默和基因表达；它主要发生在对称CG和CHG以及不对称CHH(H=A,C或T)中的胞嘧啶上。
易基因科技·2023-09-18 14:36

易基因直播预告｜细菌微生物基因表达调控表观研究易基因科技

DNA甲基化是在半个多世纪前在细菌中发现的。DNA碱基可以作为一个表观遗传调节因子——也就是说，它可以赋予相同的基因序列不同的和可逆的调控状态。
易基因科技·2023-09-18 14:03

TBtools的开发只是为了赶课题(一)

启动基金的支持和广东省教育厅的创新团队项目的支持，课题组成员，HR编辑以及匿名审稿人在文章整理过程中提出的宝贵建议高大上又接地气的HorticultueResearch微信公众号，已经推了一文，即《华南农大青年千人夏瑞课题组概述了园艺作物小分子RNA
生信石头·2023-09-18 10:39

表观遗传学-siRNA与miRNA介导的调控

一、TraditionalRNAsimage.png二、非编码RNA（调控作用）1、InterferenceRNA(RNAi)2、ShortinterferingRNA(siRNA)3、MicroRNA
Zhigang_Han·2023-09-18 08:20

单细胞测序的纯生信套路

单细胞RNA测序揭示细菌性肺炎继发脓毒症发病机制中的免疫细胞功能障碍背景知识：在脓毒症期间，宿主对感染病原体的免疫反应失调会导致器官功能障碍。
概普生信·2023-09-18 06:26

m6A都有哪些相关验证实验？来看一下吧

都有哪些相关的验证实验吧~一、m6A区域验证首先，如果需要对m6A修饰位点进行严格的验证，可以用下面这个方法：1、m6A-IP-qPCRm6A-IP-qPCR，也叫MeRIP-qPCR，即m6A抗体富集到带甲基化修饰的
嘉因小助手·2023-09-17 09:25

单细胞分析实录(11): inferCNV的基本用法

InferCNV可以用于肿瘤单细胞RNA-Seq数据中鉴定大规模染色体拷贝数变异，例如整个染色体或大片段染色体的扩增或缺失。
TOP生物信息·2023-09-17 08:29

单细胞教程04-09

发了几次总是被锁定，哎，再发一次吧04单细胞测序质量控制https://mp.weixin.qq.com/s/Q8TtPfELASf0E5u2WsXg0g05单细胞RNA-seq：归一化和PCA理论https
土豆学生信·2023-09-17 03:18

16S rRNA&rDNA测序分析

16SrRNA&rDNA测序分析第一节-OTU概述-qiime安装1.116s测序16SrRNA为核糖体的RNA的一个亚基，16SrDNA就是编码该亚基的基因。16SrRNA基因
宁生信·2023-09-16 22:23

16S rdna 菌种鉴定

一、为什么选择16Srdna进行菌种鉴定：细菌的rRNA是细胞内含量最多的RNA，约占RNA总量的80%以上，由高度保守区和可变区组成。
avareart·2023-09-16 22:53

微生物测序应该用16S 还是宏基因组？

基本简介一、16SrRNA16SrRNA为核糖体的RNA的一个亚基，16SrDNA就是编码该亚基的基因。细菌rRNA（核糖体RNA）按沉降系数分为3种，分别为5S、16S和23SrRNA。
科研小行星·2023-09-16 22:53

CTAB法提取DNA的原理、步骤及注意事项

提RNA的原理又是什么？之间的联系和区别又在哪里？说实话，让我一板一眼的说DNA提
今日之森·2023-09-16 17:55

RNA-seq流程学习笔记（8）-使用SAMtools将SAM文件转换为BAM文件、排序、建立索引

参考文章：RNA-seq(5):序列比对RNA-seq练习第二部分转录组入门（5）：序列比对1.进行格式转换的原因BAMandSAMformatsaredesignedtocontainthesameinformation.TheSAMformatismorehumanreadable
垚垚爸爱学习·2023-09-16 11:14

RNA-seq实验设计：批次效应对RNA-seq结果的影响

RNA测序作为一种很灵敏的RNA表达量定量技术，很多因素会对实验精度产生影响。批次效应一种常见的误差来源。我们先用一个案例来解释批次效应可能对结果产生的影响。
Z_bioinfo·2023-09-15 08:05

预测多基因扰动的转录结果

作者提出了图增强的基因激活和抑制模拟器（GEARS，graph-enhancedgeneactivationandrepressionsimulator），这是一种将深度学习与基因-基因关系知识图相结合的方法，利用单细胞RNA
tzc_fly·2023-09-14 16:57

基于 Cell ID 的单细胞基因指纹特征提取和细胞身份识别的新方法

image-20210615135757667我们知道单细胞RNA测
黄树嘉·2023-09-13 10:46

【文献解读】结合基于微阵列的空间转录组和单细胞RNA-seq揭示胰腺导管腺癌的组织结构

单细胞RNA测序(scRNA-seq)能够系统地识别组织中的细胞群，但表征它们的空间组织仍然具有挑战性。
六博说·2023-09-13 08:00

RNAseq教程（1.6）

IntroductiontoRNAsequencingInstallationReferenceGenomesAnnotationsIndexingRNA-seqDataPre-AlignmentQC2.Module2-RNA-seqAlignmentandVisualizationAdapterTrimAlignmentIGVAlignmentVisualizationA
周小钊·2023-09-12 10:12

2022-11-17

NatBiotech|可编程真核蛋白合成,利用ADAR的RNA传感器原创图灵基因图灵基因2022-11-1710:11发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术511个麻省理工学院-哈佛大学Broad研究所和麻省理工学院
图灵基因·2023-09-11 20:46

paper.2

paper.2同journal同期同国人发表的一起拿过来学习啦，这个题目还短一些哎，意在研究这个RNA调控对子怎么做，好，这个直接把ceRNA机制拿出来啦Genome-WideAnalysisofPrognosticlncRNAs
Mabel娜·2023-09-11 16:42

已知矩阵，制作RNA_motif的logo

这是一个很简单的诉求，可以用的方法有很多，今天谈一下MotifStack.介绍链接：MotifStack先弄清楚，motif的矩阵格式。DNAmotif矩阵数据大家应该看明白了，motif的矩阵格式为：横轴为对应碱基位置，纵轴为ACGT的概率。故所有其他格式的矩阵，都要换为这个格式。我用的代码如下:##将原文件行列互换另存为ipt.txtrm(list=ls())if(!requireNamesp
Ray钱·2023-09-11 13:59

RNA甲基化修饰m6A检测热门技术—MeRIP-seq

m6A甲基化是转录后调控中重要的表观遗传修饰方式，它普遍存在于病毒和真核生物中。
felix108·2023-09-11 06:20

[生信]单细胞测序数据分析的各类软件汇总

Github上有人收录了各类单细胞RNA测序的数据分析软件，包括RNA-seq和ATAC-seq等。https://github.com/seandavi/awesome-single-cell
MC学公卫·2023-09-11 02:54

IF: 13+基于scRNA-seq研究生物合成的微环境支架在小鼠皮肤伤口愈合中的应用

铁代谢和免疫相关基因标记预测三阴性乳腺癌的临床结局和分子特征IF：14+“冒烟型”骨髓瘤的分子组成突显了导致多发性骨髓瘤的进化途径IF：5+7种癌症免疫治疗证明DNA损伤反应通路突变可作为免疫检查点封锁疗效的潜在生物标志物IF：11+研究CpG岛甲基化表型病因和致癌转化的泛癌综合分析
桓峰基因·2023-09-10 20:43

RNA 36. SCI 文基于转录组数据识别CNV并可视化 (CaSpER)

转录分析教程整理如下：RNA1.基因表达那些事--基于GEORNA2.SCI文章中基于GEO的差异表达基因之limmaRNA3.SCI文章中基于TCGA差异表达基因之DESeq2RNA4.SCI文章中基于
桓峰基因·2023-09-10 19:41

m6a甲基化相关基因根据临床信息分组绘制boxplot并显示p值

前面给大家介绍过☞m6a甲基化相关基因boxplot并显示p值在上面这篇文章里面我们直接根据样本类型来分成了两类，即tumor和normal。
生信交流平台·2023-09-10 16:05

基因类型

通常用基因芯片、RNA-seq
YX_Andrew·2023-09-10 02:28

身份证省市区SQL代码

；②第3、4位数字表示：所在城市的代码;③第5、6位数字表示：所在区县的代码;SQL源码：链接：https://pan.baidu.com/s/1NOMomMsnRDm7yjobmM7kEg提取码：3rna
fyhju1·2023-09-09 20:27
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