ATAC

7.ArchR的整合（1）

Fig2b中的部分7.1去读入MPAL的样本>##################1.读取Fragments信息文件###################>#input文件路径，ArchR只需传入样本的atac_fragments.tsv.gz
武艺晴小朋友你好·2024-09-07 17:21

Signac::EnhanceCoveragePlot 参考实现流程

Signac中的CoveragePlot是一种用于展示基因组覆盖度的图形工具，常用于ATAC-seq（AssayforTransposase-AccessibleChromatinusingsequencing
倪桦·2024-09-04 12:23

Week26 — 人类原发性肿瘤的染色质可及性图谱-03

Week24—人类原发性肿瘤的染色质可及性图谱-01:主要回顾了ATAC-seq方法的原理和优点，并与其他研究染色质可及性方法的比较，然后介绍了这篇文章的主要结果和亮点以及提供的数据资源。
六六_ryx·2024-02-14 05:32

借助NMF的力量对单细胞RNA和单细胞ATAC进行联合分析

hello，大家好，礼拜天了，明天又要上班了，但是很想写一点东西，留下点足迹，但是又不想太动脑子，所以分享一篇代码文，分享给大家，单细胞转录组和ATAC的联合分析。
单细胞空间交响乐·2024-02-03 20:19

deeptools工具系列——比较不同bw_bam的信号差异

而这个的实际用途，可以是：分别有实验组和对照组ATAC-seq的bam/bw文件，此时我们可以直接通过
Z_bioinfo·2024-02-03 15:00

单细胞scATAC-seq测序基础知识笔记

单细胞scATAC-seq测序基础知识笔记单细胞ATAC测序前言scATAC-seq数据怎么得出的？
是土豆大叔啊！·2024-02-03 05:36

ATAC-seq发篇测序文章就结束了吗？看如何利用ATAC-seq数据为后续关键基因的转录调控研究提供重要依据

转座酶可及染色质测序分析（ATAC-seq）是常见的研究染色质可及性的方法，ATAC-seq联合RNA-seq是一种新的研究思路，为阐述基因组和特定生物过程中的基因差异表达提供见解。
爱基百客·2024-02-02 15:16

全反式维甲酸（ATAR）诱导白血细胞的染色质构象改变而影响分化进程

AlterationsofspecificchromatinconformationaffectATRA-inducedleukemiacelldifferentiation期刊：CellDeath&Disease影响因子：6.044主要技术：Hi-C、ATAC-seq
d5c9c866171f·2024-01-24 11:45

一个不成熟的小脚本，ATAC数据一键预处理从fastq到treated bam

【atac-single.sh】对AT
基因组学研究生·2024-01-15 01:32

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十三章)

本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
xuzhougeng·2024-01-04 14:17

ATAC-seq分析：Peak Calling（8）

1.寻找开发区域ATACseq的一个共同目标是识别转录因子结合和/或转录机制活跃的无核小体区域。该核小体游离信号对应于小于一个核小体的片段（如Greenleaf论文中定义<100bp）。然而，为了识别开放的染色质，我们可以简单地使用在测序中正确配对的所有读数（<2000bp）。2.无核小体区域有许多方法可用于从ATACseq数据中调用无核小体区域，其中许多方法借鉴自ChIPseq分析。一种非常流行
冷冻工厂·2023-12-28 17:07

Nature Commun|ATAC-seq探究复发性小儿B系急性淋巴细胞白血病的染色质可及性图谱

使用测序(ATAC-seq)检测转座酶可及染色质的方法的出现和优化使得在原发性癌症的全基因组范
爱基百客·2023-12-25 15:34

从CNS封面文章中找数据 | Science：人类原发性肿瘤染色质可及性图谱

今天给大家分享的ATAC-seq数据资源来自2018年的Science封面文章，美国斯坦福大学研究人员绘制了23种癌症全基因组染色质可及性图谱，为癌症研究提供基础数据资源。
尐尐呅·2023-12-25 07:46

单细胞从理论到实践-这一本书就够了

前面给大家介绍过一些单细胞相关的理论和实践知识BD单细胞测序平台Rhapsody(视频)10X单细胞RNA-seq技术(视频)10X单细胞混样技术(视频)单细胞ATAC-seq技术介绍免疫组库10XGenomicsVDJ
生信交流平台·2023-12-23 03:13

《生物信息学生R入门教程》读书笔记 Chapter 1

非常适合于刚入手NGS的初学者使用，这里我仅做我个人的读书笔记使用本书分为八个章节：1.R/Bioconductor简介2.基因芯片的数据分析3.RNA-seq数据分析4.Chip-seq数据分析5.ATAC-seq
小潤澤·2023-12-19 19:08

软件9 —— MACS2

一、基本介绍※峰识别（peakcalling）工具包括：MACS2和HOMER（适用于ChIP-seq和ATAC-seq）、HMMRATAC（针对于ATAC-seq）、exomePeak（针对m6A-seq
果蝇饲养员的生信笔记·2023-12-15 17:38

BED文件与bedtools简介

：1、chrom孔2、start开始3、end结束4、name名称5、score存一个数6、strand+or-2、bed格式的使用1、储存基因区2、储存基因组的某些位点信息3、储存CHIP-seq、ATAC-seq
筱贺学生信·2023-12-03 18:28

R语言：利用rhdf5包分别创建单组学，多组学.h5文件

rhdf5)library(dplyr)library(patchwork)rna.data<-Read10X(data.dir='Processed_dataset/RNA',gene.column=1)atac.data
hyena_7·2023-11-30 08:04

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第五章)

本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
xuzhougeng·2023-11-28 03:00

ATAC-seq经典之作

Transpositionofnativechromatinforfastandsensitiveepigenomicprofilingofopenchromatin,DNA-bindingproteinsandnucleosomeposition表观测序领域大牛WilliamJGreenleaf和HowardYChang的经典之作，引用上千次的ATAC
Shaoqian_Ma·2023-11-21 22:28

Cell Reports | 表观组学和单细胞测序揭示在急性应激条件下FoxM1协调β细胞亚群的细胞分裂、蛋白质合成和线粒体活性

发表单位：瑞士分子健康科学研究所期刊：CellReports（IF:8.8）发表日期：2023年8月29日研究技术：ATAC-seq、ChIP-seq、RNA-seq、scRNA-seq（爱基百客均可以提供
爱基百客·2023-11-07 22:54

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十四章)

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xuzhougeng·2023-11-06 12:05

Plant Cell | DAP-seq和ATAC-seq助力构建玉米胚乳发育调控网络

禾本科植物，如水稻（Oryzasativa）和玉米（Zeamays）的胚乳，不仅是种子发芽和幼苗早期生长的能量来源，也是人类食物、畜禽饲料及工业用途的重要原料。胚乳的发展经历两个主要阶段：一是细胞发展阶段，此时细胞会经历大量的分裂与分化；二是籽粒灌浆阶段，细胞在此期间积累淀粉和蛋白质等储存物质。三个关键转录因子，即NAKEDENDOSPERM1(NKD1)、NKD2和OPAQUE2(O2)，在玉米
爱基百客·2023-10-30 11:22

ATAC-seq分析干货-2

作者|Arno审稿|童蒙编辑|amethyst上一期我们介绍了ATAC-seq相关的背景知识。
生信阿拉丁·2023-10-19 22:45

【工具速递】使用 Chromap 快速对齐和预处理染色质图谱-Fast alignment and preprocessing of chromatin profiles with Chromap

Chromap在比对精度上与BWA-MEM和Bowtie2相当，比传统工作流程在批量ChIP-seq/Hi-C配置文件上快10倍以上，在单细胞ATAC
六博说·2023-10-14 14:54

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第六章)

本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
xuzhougeng·2023-10-11 00:22

ATAC-seq专题---生信分析流程

ATAC-seq信息分析流程主要分为以下几个部分：数据质控、序列比对、峰检测、motif分析、峰注释、富集分析，下面将对各部分内容进行展开讲解。
诺禾致源·2023-10-09 21:06

Motif 分析

1.2.installmm10nohupperl/home/xpan/.conda/envs/atac/share/homer-4.9.1-6/.
大吉岭猹·2023-10-09 03:20

ATACseq--染色质开放性测序

ATAC-seq：利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术染色体/质结构：细胞核DNA与组蛋白相结合，DNA缠绕在组蛋白上形成串珠式结构，因此染色质结构高度折叠（压缩）。
HOLLYxiao·2023-10-09 02:26

ATAC-Seq与ChIP-Seq的异同

ATAC-Seq与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq与ChIP-Seq的不同的是ATAC-Seq是全基因组范围内检测染色质的开放程度，可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息，一般用于不知道特定的转录因子
RachaelRiggs·2023-10-07 22:15

10X单细胞（10X空间转录组）多组学（RNA + ATAC）推断Velovyto（MultiVelo）

hello，大家好，今天我们来分享多组学数据推断RNAVelocyto，大家做velocyto的时候估计都是用RNA数据来分析的，其实，对应的ATAC数据也含有丰富的动力学信息，多组学推断更加准确一点，
单细胞空间交响乐·2023-09-30 11:44

单细胞ATAC和RNA测序的结合分析

这篇文章就是采用ATAC-seq和RNA-seq的单细胞检测方法，对恩杂鲁胺(一种抗癌药物)的早期治疗反应和耐药性模型进行研究。方法RNA测序及预处理LNCaP和VCaP细胞系是
概普生信·2023-09-28 12:36

Molecular Cancer|CDK9抑制诱导表观遗传重编程，揭示了规避淋巴瘤耐药性的策略

在淋巴瘤细胞中，如何通过ATAC-seq和ChIP-seq揭示CDK9抑制诱导表观遗传重编程？看看今天带来的这个文章。发表单位：美国希望之城国家医疗中心期刊：MolecularCance
爱基百客·2023-09-27 18:53

Week7—TFmapper: 用ChIP-seq/ATAC-seq/DNase-seq数据预测感兴趣基因的调控因子

原文：TFmapper:AToolforSearchingPutativeFactorsRegulatingGeneExpressionUsingChIP-seqDataDOI：10.7150/ijbs.28850发表日期：2018.09.07作者：JianmingZeng（大神哦）TFmapper：http://www.tfmapper.org/功能：用于搜索感兴趣的基因的调控因子感兴趣基因组区
六六_ryx·2023-09-21 20:18

ATAC-seq数据可视化——超简单教程

上一期记录了ATAC数据从Fastq数据到bam文件的处理脚本。
基因组学研究生·2023-09-14 10:55

秘籍 | 计算基因组的有效大小（effective genome size）

写在前面最近在ATAC-Seq中callpeaks的时候发现需要用到基因组的有效大小（effectivegenomesize）方法一自己编写脚本#coding=utf-8importsysaList=[
生信卷王·2023-09-14 08:25

GenomicRanges 根据重合比例合并基因区间数据

最近在做ATAC-Seq分析，得到实验组和对照组peaksets（本文称为peaks1和peaks2）后想合并得到consensuspeaksets.用bedtoolsintersect做可以设置重合比例参数
BeeBee生信·2023-09-13 02:43

[生信]单细胞测序数据分析的各类软件汇总

Github上有人收录了各类单细胞RNA测序的数据分析软件，包括RNA-seq和ATAC-seq等。https://github.com/seandavi/awesome-single-cell
MC学公卫·2023-09-11 02:54

ATAC-seq总结

背景知识什么是ATAC-Seq?
otw_5f1c·2023-08-24 16:54

Chip-seq学习记录

关于概念问题，很重要第1篇：ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同https://mp.weixin.qq.com/s/gLcNZkzzQI4AvZs-0DgG5Q流程image-20191014150758466ATAC
小梦游仙境·2023-08-10 11:11

10X单细胞核转录组 + 10X单细胞ATAC的联合分析（WNN）

hello，大家好，最近呢，10X单细胞核转录组+10X单细胞ATAC的多组学测序技术日渐成熟，因为这样技术同时可以获得一个细胞表达的转录组信息和ATAC的信息，所以很多学者和公司开始关注和推广这项技术
单细胞空间交响乐·2023-08-07 11:44

ArchR分析scATAC-seq数据(1)-基础入门

1.1ATAC-seq术语介绍"fragment"是ATAC-seq实验中的一个重要概念，它指的是通过Tn5转座酶对DNA分子进行酶切，然后经由双端测序得到的序列。
夕颜00·2023-08-04 13:50

左手靶向基因，右手组学结合 — 多维发展的10x Genomics单细胞转录组

最近，10xGenomics公司又陆续推出了靶向基因表达和单细胞ATAC+基因表达等新产品。这些解决方案将助力基于单细胞转录组测序的研究延伸到更高的深度和更广的层面。靶向基因表达：
贝瑞科服·2023-07-30 07:57

文献阅读记录--单细胞分辨率下的玉米顺式调控图谱

Acis-regulatoryatlasinmaizeatsingle-cellresolution关键词：chromatin；single-cell；epigenomics；maize；generegulation；ATAC-seq
chengchengSY·2023-07-28 00:18

Trim Galore ——自动检测adapter的质控软件

批量跑完了20个数据的ATAC-seq流程，结果发现样本的比对率参差不齐，有的能达到80-90%，有的
六六_ryx·2023-07-23 17:15

【环境软件】安装和配置生信测序分析环境

第二部分主要讲用conda安装软件，以ChIP-seq分析（以及cut&run数据分析）所需软件为例，做RNA-seq，ATAC-seq等也是适用的。末尾推荐几篇很实用的好文。”
木语呆呆·2023-07-21 08:50

易基因 | 表观技术：染色质结构构象与DNA互作：ChIP-seq、ATAC-seq

今天一起来聊聊关于染色质结构构象与DNA互作的常用检测技术：ChIP-seq和ATAC-seq。
E_GENE·2023-07-15 23:10

关于 MACS call ATAC-seq 数据 Peak 时候的激烈讨论（MACS3 正在开发中）

Twitter热论：ATACpeakcallingwithMACS2问题MACS3github专门开放了一个征对ATAC-seqcallpeak的讨论模块：https://github.com/macs3
热衷组培的二货潜·2023-07-15 15:55

10X单细胞 & 10XATAC 联合分析表征细胞调控网络（MIRA）

这一篇我们需要来分析单细胞联合ATAC表征细胞调控网络，关于单细胞和ATAC联合分析的文章，我列举在这里，供大家参考。
单细胞空间交响乐·2023-07-13 16:18

综述：染色质调控区域分析：ChIP-seq和ATAC-seq发展的见解

表观基因组测序技术，如染色质免疫共沉淀测序(CHIP-seq)和转座酶开放染色质高通量测序(ATAC-seq)，使我们能够通过检测特定的染色质状态及其相应的转录因子，在时间和空间维度上剖析细胞和组织的基因组调控格局
笺牒九州的怪咖·2023-06-13 03:30
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