RNA-SEQ 第4页

RNA-seq 转录组定量

Data：fromGEOTools:RSEM和STAR建立索引：下载gencode参考数据集，v24的gtf文件以及fasta文件/home/wuxiaobin/RSEM/bin/rsem-prepare-reference—gtf~/gene_annotation/gencode.vM24.annotation.gtf--star~/gene_annotation/GRCm38.primary_

好风凭借力·2023-08-27 22:26

Seurat24式太极拳之8右揽雀尾---在Seurat中使用sctransform

八、右揽雀尾后坐扣脚收脚抱球转体上步弓步掤臂摆臂后捋转体搭手弓步前挤转腕分手后坐引手弓步前按单细胞RNA-seq数据中的生物异质性通常与包括测序深度在内的技术因素混淆。

Seurat_·2023-08-27 21:49

NCBI数据上传（二）：转录组测序（RNA-Seq）数据

继“16S扩增子原始数据上传”教程发布之后，为满足大家对转录组数据上传的需求，小编马不停蹄地把转录组原始数据上传流程进行了整理，有需求地赶紧收藏吧!1.注册及登录账号1）注册账号：进入NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）网页，选择对应的账号进行注册，按照提示填写。2）登录账号：输入账号及密码（注册时使用哪种账号注册，登录时选择对应的登录通道登录），点击Login，

bioyigene·2023-08-26 12:57

融合遗传算法与XGBoost的玉米百粒重相关基因挖掘

相较于基因芯片等方法，基于转录组测序（RNA-sequencing,RNA-Seq)的方法不依赖基因的先验知识，能够覆盖更大的转录组范围，具有更高的分辨率并且测序成本更低[2]。

罗伯特之技术屋·2023-08-24 09:46

TCGA数据分析系列（二）：LinkedOmics

数据库的主页面数据库的数据来源第一步：选择肿瘤第一步我们选择肝癌第二步：选择数据类型第二步我们选择RNA-seq第二

生信小课堂·2023-08-23 09:19

文献阅读【RNA-seq数据归一化】

最近一直在做lncRNA的分析，其中的lncRNA的差异表达分析中，需要对readscount进行归一化，之前没有考虑很多，就用的通常的流程：hisat2→stringtie→prepDE.py/featureCount→DESeq2其中的DESeq2的归一化部分，也是我们通常称的标准化，是我们关注的重点，DESeq2主要原理：通过计算一个归一化因子，并进行变换，进而提高中等表达基因的地位。归一化

生信森林·2023-08-22 19:05

使用limma、Glimma和edgeR对RNA-seq数据分析笔记

在获得RNA-seq基因表达矩阵后，通常需要对数据进行预处理、探索性数据分析、差异表达检验以及通路分析，以得到可以帮助进一步实验和验证研究的结果。

玄都维维子·2023-08-22 15:12

RNA-seq的样本为什么是负二项分布？

参考下面这篇，深入浅出，条理很清晰RNA-seq中的那些统计学问题（一）为什么是负二项分布？https://www.jianshu.com/p/ad24bb90b972

RachaelRiggs·2023-08-22 07:34

2022-07-11

现在，研究人员已经使用单细胞RNA-seq来表征未分化多形性肉瘤小鼠模型的免疫组成。他们发现软组织肉瘤会产生一种

图灵基因·2023-08-18 12:43

遗传所屠强研究组开发Decode-seq方法显著提高差异表达基因分析的准确性

转录组分析的正确姿势（第三版）前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2023-08-18 03:30

rna-seq批量pipeline

###拿到cleandata之后先trimmomatic此列选用特异的adapter序列##foriin*1.clean.fq.gz;doi=${i%1.clean.fq.gz*};trimmomaticPE-threads30${i}1.clean.fq.gz${i}2.clean.fq.gz${i}1.paired.fastq${i}1.unpaired.fastq${i}2.paired.f

njmujjc·2023-08-17 12:10

CNS图表复现11—RNA-seq数据可不只是表达量矩阵结果

本文是参考学习CNS图表复现11—RNA-seq数据可不只是表达量矩阵结果的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。

Seurat_·2023-08-16 23:26

Single Cell RNA-seq Analysis 学习记录（二）：数据整理

处理原始scRNA-seq数据2.1FastQC当你获取到单细胞下机数据的时候，第一步需要做的就是检查数据质量。本次教程使用的数据为(Kolodziejczyketal.2015)发表的文章内使用SMART-seq技术做的单细胞测序结果。示例数据下载地址[1]ERR522959_1.fastq和ERR522959_2.fastq数据质量查看这里我们推荐使用fastQC。fastQC是由Babrah

面面的徐爷·2023-08-14 19:44

2022-07-31

从一开始的R语言实战，到Linux基础，再到实战下载的fastq数据一路以来就是不断地犯错+debug+Google那么RNA-Seq的学习告一段落，马上开始GEO数据库挖掘的学习，因为我发现有关ID转化

佳奥·2023-08-14 18:49

测序原理笔记 RNA-seq 和WES--day 5

1，RNA-seq测试原理测序步骤，先去除保守的rRNA，→polyA尾的特性，用磁珠吸附→Mg镁离子溶液打断mRNA→随机引物变成双链合成第一条cDNA（由RNA变成单链DNA）→再合成第二条DNA（

悦时光_·2023-08-11 14:36

TCGA pan-cancer 分析

泛癌分析的基础数据可以从如下网站轻松下载：https://gdc.cancer.gov/about-data/publications/pancanatlas其中突变数据为.maf格式，可以采用R语言的maftools包进行分析；RNA-seq

judyhappy·2023-08-07 07:30

链特异性建库测序原理

RNA-seq基本流程下图是一个大概的RNA-seq基本流程[图片上传失败...

Ju_sir·2023-08-05 13:35

NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（八）：拟时序细胞轨迹推断

slingshot包可以对单细胞RNA-seq数据进行细胞分化谱系构建和伪时间推断，它利用细胞聚类簇和空间降维信息，以无监督或半监督的方式学习细胞聚类群之间的关系，揭示细胞聚类簇之间的全局结构，并将该结构转换为由一维变量表示的平滑谱系

Davey1220·2023-08-05 04:20

【分享】使用limma、Glimma和edgeR，RNA-seq数据分析易如反掌

RNA-seq分析通常从基因水平的序列计数开始，涉及到数据预处理，探索性数据分析，差异表达检验以及通路分析，得到的结果可用于指导进一步实验和验证研究。

王诗翔·2023-08-02 19:42

生信软件 | bowtie2（测序序列与参考序列比对）

通常是比较基因组学(包括识别变体（variationcalling），ChIP-seq，RNA-seq，BS-seq)管道的第一步。

白墨石·2023-08-02 01:13

GATK-变异流程2

一、使用GATK前须知事项：对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据，而且全部是基于illumina数据格式，目前还没有提供其他格式文件（如IonTorrent）或者实验设计（RNA-Seq

家和建材广场·2023-07-31 19:47

RNA-seq align

hisat2alignbeginingtoanalysisrawdata,youshouldbecleanthefastqdata.Hereweusethehisat2softwaretodothisproject.#usr/bin/perlusestrict;openIN,"sqf.sh";my%fg;my@gg;while(){print$_;}#usr/bin/perlusestrict;o

Nothing_More·2023-07-31 17:46

FG12组装注释全过程

测序：RNA-seq：100Xnanopore：80Xresequence：30X质控：使用fastp对RNAseq和Resequence测序数据进行质控ResequenceQ20，Q30皆为100%RNAseqQ20

马连洼小法师·2023-07-31 16:10

高通量数据中批次效应的鉴定和处理 - 系列总结和更新

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述

生信宝典·2023-07-31 14:44

Single-cell RNA-seq denoising using a deep count autoencoder

0.简介这篇文章是2019年发表在NatureCommunications上的使用自编码器对单细胞RNA-Seq数据进行降噪的工作，通讯作者是FabianJ.Theis,来自于德国。

Zhai1994·2023-07-28 12:08

生信课程笔记3-序列搜索算法

其应用包括：研究全基因组（genome-wide）、RNA转录本（RNA-seq）、DNA甲基化（Methyl-seq）、蛋白质-DNA相互作用（ChIP-se

果蝇饲养员的生信笔记·2023-07-27 02:56

时序RNA-Seq差异表达分析软件比较

提到RNA-Seq差异表达分析，人们首先想到的是两个实验条件下的差异表达，比如说癌组织与癌旁等。

生信family·2023-07-27 00:02

2022.11.21【bug笔记】|bam文件报错：Cannot add sequence that already exists in SAMSequenceDictionary

经过samtools处理后得到的bam文件经常用于后续分析，比如RNA-seq分析时，可以统计序列的插入片段也可以做后续定量，WGS流程里比对后生产的bam文件也可以去冗余获取snp位点。

穆易青·2023-07-26 19:42

靶向RNA-seq全面解决方案和加速分析，只看这篇就够了！

背景RNA-seq，即通过高通量测序技术进行的转录组测序分析技术。最初作为研究mRNA，smallRNA，non-codingRNA等表达水平、表达差异基因的应用，在过去的十几年内迅速发展。

chSNP·2023-07-26 16:33

文章

RPKM与FPKM的区别：RPKM值适用于单末端RNA-seq实验数据，FPKM适用于双末端RNA-seq测序数据。

鬼孑孓·2023-07-26 09:49

理解SAM文件格式以及过滤sam文件

RNA-seq或者ChIP-seq等等测序的上游分析流程里的比对步骤相信大家都知道，我之前也只是按照各种教程去走流程，并没有仔细的研究过每一步的内容。

生信start_site·2023-07-25 18:12

复现原文（一）：Single-cell RNA sequencing of human kidney（step by step）

imagehttps://www.nature.com/articles/s41597-019-0351-8imageNGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这

生信宝典·2023-07-25 15:57

RNA-seq学习：No.12 EnhancedVolcano绘制美观火山图

EnhancedVolcano包可根据差异分析结果，基于ggplot2绘图结构，方便地绘制美观的火山图，下面根据自己的理解小结下基本用法。官方全面的教程：https://github.com/kevinblighe/EnhancedVolcano示例差异基因数据library(airway)library(magrittr)data('airway')airway$dex%<>%relevel('

小贝学生信·2023-07-23 03:33

【环境软件】安装和配置生信测序分析环境

第二部分主要讲用conda安装软件，以ChIP-seq分析（以及cut&run数据分析）所需软件为例，做RNA-seq，ATAC-seq等也是适用的。末尾推荐几篇很实用的好文。”

木语呆呆·2023-07-21 08:50

【零基础练习一个RNA-seq分析】CH1：用Linux安装RNA-seq需要的软件

这一部分主要是关于安装包管理软件miniconda已经miniconda的使用，在徐洲更哥哥的b站教程里有非常非常详细的讲解，跟着做几乎不会踩坑，我这里从安装miniconda开始写，权当做个笔记方便参考了，当然对于从这个教程开始接触生信的同学来说，前面的部分也非常重要。b站链接：https://www.bilibili.com/video/BV1JJ411p7fX顺便也贴一个教程https://

josia_luo·2023-07-17 10:19

10x Genomics RNA-seq 原理详解

近期的一系列际遇都再次论证了我真的是一个靠运气闯荡江湖的人，鬼使神差的混入了一个超棒的实验室，并且受到了同伴和室友在工作和生活上的无私的照顾。日子像梦一样美好，我只想时间走的再慢一点，让我能把这里的四季再多看一眼，再看清楚一些。记得之前果子老师说过，靠输出倒逼输入，我想尝试着把我的学习过程记录下来，理清思路，同时也许还能认识更多的再学习路上的小伙伴。（我真的考大学都没有这么努力过，倒着时差学习，哈

致知_5974·2023-07-17 00:04

circRNA对基因调控起到怎么样的作用？基因敲除细胞株来揭秘！

CircRNA最早是在上世纪70年代在病毒中被发现，但是由于早期RNA文库制备广泛使用polyA富集的方式（circRNA没有游离的5’和3’末端），以及RNA-seq读数要求以线性方式与基因组对齐的计算算法

源井生物b·2023-07-15 17:59

2022-04-29

CancerCell|胃肠癌中新抗原反应性T细胞的转录组学特征原创榴莲不酥图灵基因2022-04-2907:03收录于合集#前沿分子生物学机制撰文：榴莲不酥IF=31.743推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：使用单细胞RNA-seq

图灵基因·2023-07-15 12:21

8.单细胞 RNA-seq 聚类分析：整合

学习目标：使用变异最大的基因进行不同条件的细胞整合，从而识别出最相似的细胞单细胞RNA-seq聚类分析：整合image目标：在不同的条件下，比对同一类型的细胞。

denghb001·2023-07-15 10:52

RSeQC使用

官网：http://rseqc.sourceforge.net/ref1：RSeQC使用笔记–生信笔记ref2：RSeQC对RNA-seq数据质控|生信菜鸟团1.geneBody_coverage.pygeneBody_coverage.py-rhg19

苏牧传媒·2023-07-13 21:43

复现原文（二）：Single-cell RNA sequencing of human

imageimageNGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：

生信宝典·2023-06-24 11:04

软件安装不上，可能是网速慢！Conda/R/pip/brew等国内镜像大全拿走不谢~~

NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞

生信宝典·2023-06-21 12:39

单细胞RNA-seq预处理工具比较分析（bioRxiv）

2020年2月2日，苏黎世大学MarkRobinson团队在预印本bioRxiv上发表题为pipeComp,ageneralframeworkfortheevaluationofcomputationalpipelines,revealsperformantsingle-cellRNA-seqpreprocessingtools的研究内容，并建立了一个评估框架pipeComp，评估包括过滤、dou

生信宝典·2023-06-20 21:36

玩转ChatGPT：R代码Debug一例

二、踩坑过程（1）先看原始的咒语咒语：我已经使用synapser包计算得到了每个基因的干性权重标准值（第一列是基因名，第二列是权重值），现在需要计算TCGA中HCC的RNA-seq测序数据（第一行是样本名

Jet4505·2023-06-20 09:08

edger多组差异性分析_简单使用DESeq2/EdgeR做差异分析 – 生信笔记

DESeq2和EdgeR都可用于做基因差异表达分析，主要也是用于RNA-Seq数据，同样也可以处理类似的ChIP-Seq,shRNA以及质谱数据。

weixin_39640090·2023-06-18 08:54

[R][DiffBind]用Diffbind做RNA-seq差异分析问题记录（持续更新）

官方sample1.Loadingsamplesheet...BT4741BT474ERResistantFull-Media1bedErrorinif(file.info(peaks)$size>0){:missingvaluewhereTRUE/FALSEneeded文件缺失，检查工作目录下peaks/reads文件夹是否存在（我也不知道为什么它会自己删掉）实操1.ResponsiveMock

Scabbards_·2023-06-16 07:28

单细胞108篇文献解读之6---Decouplinggenetics, lineages, and microenvironment in IDH-mutant gliomas by singl...

6、天雄星豹子头林冲单细胞RNA-Seq结合大数据分析揭示肿瘤亚型的差异image肿瘤的存在威胁人类的生命健康，研究肿瘤的起源和发生发展的过程有助于为肿瘤的防治提供重要的依据。

Seurat_Satija·2023-06-15 13:25

R语言- ComplexHeatmap 绘制复杂热图示例

它经常用在分子生物学文章里（尤其是microarray,RNA-seq相关论文）直观地呈现多样本多个基因的全局表达量变化，和呈现多样本或多基因表达量的聚类关系。

倪桦·2023-06-14 14:17

RNA-seq小考核前学习笔记（题目答案不一回事勿参考）

题目链接：http://www.bio-info-trainee.com/3920.html#此仅作为学习笔记，记录自己运行使用的代码和过程，并不与题目完全相符#我是菜鸡，还在理解学习记录的代码#正在复习学过的代码，这着学过的代码，能回忆起来就不错了，看着之前的代码想怎么回答问题中#勿复制勿参考，免得被带偏，谢谢Q1:参考基因组及注释文件下载地址列出人，小鼠，拟南芥的基因组序列，转录组cDNA序列

xyn_271100·2023-06-11 09:58

【scRW】[3]Single-cell RNA-seq data - raw data to count matrix

根据所用文库的制备方法，RNA序列（(alsoreferredtoasreadsortags）将从转录本（10XGenomics,CEL-seq2,Drop-seq,inDrops）或全长转录本（Smart-seq）的3'端（或5'端）中衍生。Imagecredit:PapalexiEandSatijaR.Single-cellRNAsequencingtoexploreimmunecellhet

RachaelRiggs·2023-06-11 08:45

推荐频道

RNA-SEQ