RNA-SEQ

RNA-seq 详细教程：分析准备（3）

学习目标了解RNA-seq和差异表达基因的分析流程了解如何设计实验了解如何使用R语言进行数据分析1.简介在过去的十年中，RNA-seq已成为转录组差异表达基因和mRNA可变剪切分析不可或缺的技术。
冷冻工厂·2023-10-28 11:56

RNA-seq 保姆教程：差异表达分析（一）

介绍RNA-seq目前是测量细胞反应的最突出的方法之一。RNA-seq不仅能够分析样本之间基因表达的差异，还可以发现新的亚型并分析SNP变异。
冷冻工厂·2023-10-25 15:43

使用rna-seq定量软件salmon运行index步骤遇到的一个问题（计算集群slurm）

salmon帮助文档https://salmon.readthedocs.io/en/latest/building.html#installationgithub主页https://github.com/COMBINE-lab/salmon我最开始是直接使用conda安装的v1.4首先第一步是对参考转录组进行索引，命令salmonindex-tpome.fa-itranscripts_index
凉亭下·2023-10-23 08:34

RNA-seq 详细教程： `DESeq2` 差异表达分析（7）

学习目标了解如何设计公式了解如何使用DESeq2执行差异表达分析1.DE分析差异表达分析工作流程的最后一步是将原始计数拟合到NB模型并对差异表达基因进行统计检验。在这一步中，我们本质上是想确定不同样本组的平均表达水平是否存在显著差异。PaulPavlidis,UBCDESeq2论文发表于2014年，但该软件包不断更新并通过Bioconductor在R中使用。它建立在分散估计和DSS和edgeR中的
冷冻工厂·2023-10-22 08:54

RNA_seq生物分析学习--RNA-seq介绍

目录第一课课程介绍第二课RNAseq技术第三课RNAseq发展历史第四课关于基因的概念第一课课程介绍RNAseq捕获了细胞某一状态下所有的转录信息DNA是静态信息、RNA是动态信息，是某一时刻DNA表达谱的快照课程大纲RNAseq的应用第二课RNAseq技术转录组概念中心法则（高通量测序验证了中心法则是正确的）mRNA是编码RNA、其余RNA称为非编码RNA。（非编码RNA由基因组上非基因区转录出
Drone_xjw·2023-10-21 20:42

5.单细胞 RNA-seq：质控后相关流程

单细胞RNA-seq聚类工作流程现在我们有了高质量的细胞，我们可以继续后续流程。最终，我们希望对细胞进行聚类并识别潜在的不同细胞类型，但是还有几个步骤需要完成。
denghb001·2023-10-21 10:09

RNA-seq :TopHat2 + Cufflinks分析流程

1、测序数据质量控制：fastqc软件1）使用方法：/life/rjian/software/fastQC/FastQC/fastqc-o/life/rjian/data/liyan/filename_fastqc\filename.fq>>filename.log2）参数说明：-o:输出文件所在目录，并且是已经存在的目录,如：filename_fastqc--noextract:不解压缩输出文件
onlyme_862a·2023-10-19 20:03

R包升级报错成常态,搜索告诉你。。。

在做RNA-seq差异分析的时候，想要加载DESeq2，如图：image.png需要载入包忽略，是被mask掉，但后面的错误是要管。
dandanwu90·2023-10-18 08:58

陈巍学基因视频学习笔记--视频11：单细胞mRNA测序

前期笔记陈巍学基因视频学习笔记--视频1：Illumina测序化学原理陈巍学基因视频学习笔记--视频7：RNA-seq方法和应用陈巍学基因视频学习笔记--视频8：外显子测序陈巍学基因视频学习笔记--视频
冻春卷·2023-10-17 18:21

DiVenn一款用于比较基因列表的交互式Venn图绘制工具

Divenn一种基于网络的基于Web的工具Divenn可以将来自多个RNA-seq实验中的基因列表进行比较，并显示每个基因(集)的调控水平和整合到Keggpathway和GOterm的数据信息。
凯凯何_Boy·2023-10-16 05:21

转录组数据分析在生物医学领域的应用

转录组测序（RNA-Seq）作为一种新的高效、快捷的转录组研究手段正在改变着人们对转录组的认识。
荞麦agan·2023-10-15 09:37

生信学习笔记：生物信息学测序分析基本流程入门笔记

文章目录前言短序列比对软件sam文件insertsize基因差异表达计算变异检测物种组成与丰富度计算kmer估计基因组大小序列拼接Pregraph常用序列拼接软件基因组污染分析RNA-seq与meta序列拼接基因功能注释非编码
twocanis·2023-10-13 20:54

RNA-seq生信分析流程

RNA-seq生信分析流程RNA-seq是近些年发展起来的针对转录组的测序技术，其能够获得mRNA、smallRNA以及各种非编码RNA的序列。
wangchuang2017·2023-10-13 20:54

文献学习笔记丨转录组表达数据的生信挖掘研究

引言基因表达特征：时空特异性转录层面研究基因表达的技术：PCR、基因芯片、转录组测序（RNA-seq）、Nanostring等高通量技术：检测样品中的大量基因表达情况，目前的热门研究领域。
生信分析笔记·2023-10-13 20:48

二代测序文库构建-概述与挑战（1）

这些因素包括，DNA/RNA材料的定量和物理性质以及潜在应用（比如，基因组测序、靶向测序、RNA-seq、ChIP-seq、RIP-seq和甲基化），在制备高质量测序文库的内容中将提到。另
Juan_NF·2023-10-13 03:49

生信知识补充

serialanalysisofgeneexpression)、LongSAGE和MPSS(massivelyparallelsignaturesequencing)；（3）基于第二代测序技术的转录组测序，又称为RNA-Seq
Bio_Learner·2023-10-12 05:10

The pipeline of RNA-seq（菜鸟教学）

一、准备工作1.1设置好专门的用于RNA分析的环境在SRA中下载目标序列，使用wget指令使用conda激活rna分析环境1.2工作目录管理##示例如下：├──database#数据库存放目录，包括参考基因组，注释文件，公共数据库等├──project#项目分析目录└──Human-16-Asthma-Trans#具体项目├──data#数据存放目录│├──cleandata#过滤后的数据│├──
理想吃饭没·2023-10-11 04:00

转录组测序原理

RNA-seq应用通过RNA-seq，也就是转录组测序，可以帮助我们了解各种比较条件下所有基因的表达差异包括：正常组织与肿
Peng_001·2023-10-11 04:32

【scRW】[4]Single-cell RNA-seq: Quality control set-up

Understandhowtobringindatafromsingle-cellRNA-seqexperimentsQualitycontrolset-up1.Exploringtheexampledataset在本次研讨会上，我们将使用单细胞RNA-seq
RachaelRiggs·2023-10-07 12:48

Graphpad绘制基因散点图

如下图所示，可以直观地呈现不同试验处理组之间，或者正常人群与疾病人群个体之间的某些基因表达水平的不同，所来源的表达谱数据可以是RNA-seq、芯片或者是qPCR定量。
纪伟讲测序·2023-10-06 04:10

遇到了一次colorspace的测序数据

我通常处理的都是RNA-seq数据，也全是来自illumina测序平台（自认为擅长RNA测序数据的个性化分析），但是最近学习ChIP-seq的时候，碰巧下载了一组SOLiDcolorspaceformat
果蝇饲养员的生信笔记·2023-10-06 02:57

2022-11-27 成长是具体的

缘起最近在做蛋白质组的检测和RNA-seq的检测，在送样时候，有一些小的想法，写一个帖子记录一下。华大公司负责湘雅医院业务的赵渊经历以及景杰公司负责湘雅医院的梅颖经理给我留下非常好的印象。
小牛学生信·2023-10-05 13:44

19.4.19上海交大单细胞论坛学习

利用单细胞功能基因组学分析技术(单细胞RNA-Seq转录组分析、单细胞DNA甲
刘小泽·2023-10-02 19:08

一个RNA-seq实战-超级简单-2小时搞定

这是原帖http://www.bio-info-trainee.com/2218.htmlhttp://www.bio-info-trainee.com/2218.html准备工作：安装WSL，并将源换成国内源；在D盘建立文件夹bs用来放生信软件，文件夹data用来放下载的数据，data下建立文件夹fastq用来放测序数据，gtf用来放注释文件，hg19用来放index文件，map用来放比对排序等
北极光_0424·2023-10-02 05:10

公开数据库纯生信：铁死亡联合单细胞RNA-seq和bulk RNA-seq强势回归

之前铁死亡已经在科研界掀起过一波风浪，铁死亡常规分析的文章基本都已发表，但是铁死亡热度依然没有减退，小编也一直在寻找铁死亡新思路出，这不，FrontImmunol（Q2,IF=7.561）铁死亡bulkRNA+scRNA分析的新思路就见刊了，bulkRNA+scRNA的分析也是近来的趋势，单独分析bulkRNA毕竟太过片面。公开数据库纯生信铁死亡bulkRNA+scRNA方案铁死亡激活评分模型有助
概普生信·2023-10-01 03:30

使用DEseq2计算FPKM后计算TPM

使用DEseq2对RNA-seq数据进行分析，并计算FPKM和TPM。该过程使用GenomicFeatures包获取外显子长度，并计算非重叠外显子长度之和作为基因长度。
纵纵纵小鸮·2023-09-30 00:32

单细胞ATAC和RNA测序的结合分析

这篇文章就是采用ATAC-seq和RNA-seq的单细胞检测方法，对恩杂鲁胺(一种抗癌药物)的早期治疗反应和耐药性模型进行研究。方法RNA测序及预处理LNCaP和VCaP细胞系是
概普生信·2023-09-28 12:36

scmap:单细胞RNA-seq数据跨数据集的投影

随着越来越多的scRNA-seq数据集可用，对它们进行比较是关键。主要的应用程序是比较不同实验室收集的具有相似生物学来源的数据集，以确保注释和分析是一致的。此外，随着大量的参考数据集，如人类细胞图谱(HCA)的出现，一个重要的应用将是将来自新样本(如来自疾病组织)的细胞投射到参考数据集上，以表征组成的差异，或检测新的细胞类型。scmap是一种将细胞从scRNA-seq实验投射到不同实验中识别的细胞
周运来就是我·2023-09-27 21:59

代码分析 | 单细胞转录组质控详解

前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典·2023-09-25 08:00

SCENIC单细胞转录因子分析原理

2017年发表在NatureMethods杂志上的SCENIC算法，利用单细胞RNA-seq数据，同时进行基因调控网络重建和细胞状态鉴定，应用于肿瘤和小鼠大脑单细胞图谱数据，提出并证
Seurat_Satija·2023-09-25 08:51

RNA-seq的差异基因除了热图/火山图，你还可以如何展示？

差异基因展示方式除了热图、火山图，还有传说中的“瀑布图”（不确定是不是叫瀑布图，我感觉更像S型图），近两天我在浏览的时候发现了一篇好文，来自作者ZZZZZZ_XX的一篇：测序结果概览：基因表达量rank瀑布图，高密度表达相关性散点图，注释特定基因及errorbar的表达相关性散点图绘制，觉得里面有一张图很有意思，于是就想试试。所以就随便找了一个差异基因列表操练起来：NOTE:这里的代码和原作者并不
生信start_site·2023-09-24 09:18

一个逆天的small RNA-seq数据挖掘神器

大家好，我是白介素2同学，继续分享数据挖掘神器。随着高通量测序技术的不断发展完善，大批量的基因组数据积累在数据库中，这个大家都很清楚。近些年，越来越多的证据表明samllnon-codingRNA（sncRNAs)也发挥了很重要的调节作用。同样的，分析这些数据对物生物信息背景的研究人员而言存在诸多困难，这个时候我们就需要一款神器助攻了。先看看大概长啥样，简洁干净清爽的界面，名字就叫SPAR，不是那
医科研·2023-09-22 17:27

【陈巍学基因-3】small RNA-seq

MicroRNA参与许多的生命调节过程，是近十年来的一个研究重点。这次介绍：1.smallRNA建库测序方法2.smallRNA的生物信息学分析表达量差异分析聚类分析靶基因的GeneOntology分析(GO分析)靶基因的KEGGPathway分析3.血清、血浆microRNA测序意义样本准备视频时长11分钟，建议在Wifi条件下观看：视频地址：https://v.qq.com/x/page/l0
oddxix·2023-09-20 14:08

2021-06-17

结合GSEA，解释permutationtest：首先，有两种phenotype（treat和control）的RNA-seq的结果，即每个基因在这两种phenotype中的表达量。
孟婆给咱来碗汤_cc67·2023-09-20 05:26

代码分析 | 单细胞转录组clustering详解

聚类可视化NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典·2023-09-20 04:14

单细胞分析实录(11): inferCNV的基本用法

InferCNV可以用于肿瘤单细胞RNA-Seq数据中鉴定大规模染色体拷贝数变异，例如整个染色体或大片段染色体的扩增或缺失。
TOP生物信息·2023-09-17 08:29

单细胞教程04-09

发了几次总是被锁定，哎，再发一次吧04单细胞测序质量控制https://mp.weixin.qq.com/s/Q8TtPfELASf0E5u2WsXg0g05单细胞RNA-seq：归一化和PCA理论https
土豆学生信·2023-09-17 03:18

RNA-seq流程学习笔记（8）-使用SAMtools将SAM文件转换为BAM文件、排序、建立索引

参考文章：RNA-seq(5):序列比对RNA-seq练习第二部分转录组入门（5）：序列比对1.进行格式转换的原因BAMandSAMformatsaredesignedtocontainthesameinformation.TheSAMformatismorehumanreadable
垚垚爸爱学习·2023-09-16 11:14

RNA-seq实验设计：批次效应对RNA-seq结果的影响

RNA测序作为一种很灵敏的RNA表达量定量技术，很多因素会对实验精度产生影响。批次效应一种常见的误差来源。我们先用一个案例来解释批次效应可能对结果产生的影响。这是一例研究某种处理对大鼠细胞系RNA表达影响的案例。红、蓝、绿分别代表三种处理条件，每种处理三个生物学重复（红：对照；蓝：处理1；绿：处理2）。理论上，9个样本预期的PCA聚类结果应该如下图，每种处理方式聚为一类。image.png但实际的
Z_bioinfo·2023-09-15 08:05

【文献解读】结合基于微阵列的空间转录组和单细胞RNA-seq揭示胰腺导管腺癌的组织结构

单细胞RNA测序(scRNA-seq)能够系统地识别组织中的细胞群，但表征它们的空间组织仍然具有挑战性。我们结合了一种基于微阵列的空间转录组方法，该方法使用一组斑点来揭示基因表达的空间模式，每个斑点捕获多个相邻细胞的转录组，与从同一样本生成的scRNA-Seq。为了精确地标注不同组织区域的细胞组成，我们介绍了一种多模态相交分析方法。将多模态交叉分析应用于原发性胰腺肿瘤，我们发现导管细胞、巨噬细胞、
六博说·2023-09-13 08:00

[生信]单细胞测序数据分析的各类软件汇总

Github上有人收录了各类单细胞RNA测序的数据分析软件，包括RNA-seq和ATAC-seq等。https://github.com/seandavi/awesome-single-cell
MC学公卫·2023-09-11 02:54

基因类型

通常用基因芯片、RNA-seq
YX_Andrew·2023-09-10 02:28

小王的RNA-seq傻瓜学习教程

1、NCBI-原始SRA数据的下载只会下到电脑上通过WinSCPC传到服务器，其他方法还没试过！后续要学一下滴原始数据下载GEO其实提供了不同格式的数据呢2、SRA数据转fastq格式首先明确是单端测序还是双端测序！！fastq-dump.sra文件然后压缩一下（因为节省空间）gripSRR.fastq3、质控及去接头trim_galore自动检测adapter的质控软件，具体参数--length
pudding815·2023-09-09 02:57

单细胞RNA-seq+调控网络，深度剖析TNBCSingle-cell RNA-seq dissects the intratumoral heterogeneity of triple-neg...

Single-cellRNA-seqdissectstheintratumoralheterogeneityoftriple-negativebreastcancerbasedongeneregulatorynetworks基于基因调控网络的单细胞RNA-seq
生信学霸·2023-09-07 14:08

TCGA数据分析（4）

TCGA数据分析(1):如何从TCGA下载数据TCGA数据分析(2)：如何从TCGA检索数据TCGA数据分析(3)：RNA-seq表达数据预处理这次讲解如何从metadata.json中获得分组信息，如果你有
dming1024·2023-09-06 08:16

阿里云国外服务器处理转录组数据RNA-seq

#美国弗吉尼亚8核64G，高主频型4.5rmb/h新建用户adduserwuxiaobinpasswdwuxiaobin赋予root权限：usermod-grootwuxiaobin修改/etc/sudoers文件重启准备工作#安装RSEMwget-chttps://github.com/deweylab/RSEM/archive/v1.3.1.tar.gztar-xzvf..#安装相应配件sud
好风凭借力·2023-09-06 07:31

Nature commun |晚期胰腺导管腺癌中自发进化的祖细胞niches逃避Yap癌基因成瘾

那么，在晚期胰腺导管腺癌(PDAC)中结合RNA-seq和Cut&Tag技术对肿瘤自发复发研究有什么样的影响呢？看看今天我们带来的文章。
爱基百客·2023-09-04 06:04

零基础练习一个RNA-seq分析】CH0：准备一个云服务器

写在最前面大概也是受到了【时代灰尘】的重压，原来的实验计划全盘打乱，本来计划利用疫情期间要写完的综述看起来也要虎头蛇尾了。在经历了一个惨淡的保研申请季后，决定重新把精力放到自己的课题上来，一方面听从老板的建议，充实一下自己保研答辩的PPT，另一方面也是冲淡一下夏令营带来的挫败感。作为一个计算机小白，从搭建一个云服务器开始，学习Linux，跟着@Y大宽姐姐和@徐洲更hoptop哥哥的慢慢摸索。到今天
josia_luo·2023-09-04 04:59

RNA-seq 详细教程：样本质控（6）

学习目标了解计数数据变换方法的重要性了解PCA(principalcomponentanalysis)了解如何使用PCA和层次聚类评估样本质量1.质控DESeq2工作流程的下一步是QC，其中包括样本和基因程度上，以对计数数据执行QC检查，以帮助我们确保样本或重复看起来良好。QC2.样本QCRNA-seq分析中一个有用的初始步骤通常是评估样本之间的整体相似性：哪些样本彼此相似，哪些不同？这是否符合实
冷冻工厂·2023-09-01 11:23

DART: a fast and accurate RNA-seq mapper with a partitioning strategy DART：使用分区策略的快速准确的RNA-seq映射器

DART:afastandaccurateRNA-seqmapperwithapartitioningstrategyDART：使用分区策略的快速准确的RNA-seq映射器AbstractMotivation
wangchuang2017·2023-08-29 02:16
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