RNA-SEQ 第6页

本周最新文献速递2021-03-07

Population-scalesingle-cellRNA-seqprofilingacrossdopaminergicneurondifferentiation不想看英文题目：多巴胺能神经元分化的单细胞RNA-seq

橙子牛奶糖·2023-04-04 20:53

2019-01-05

通过RNA-seq检测PBAF缺陷型B16F10细胞的转录组。知识积累：转录组研究可以从整体水平研究基因功能以及基因结构，揭示生物学过程及疾病发生过程中的分子机制。

Mingyan_C·2023-04-04 19:42

RNA-seq入门实战（七）：GSEA——基因集富集分析

本节概览：1.GSEA简单介绍2.创建GSEA分析所需的geneList，包含log2FoldChange和ENTREZID信息3.利用clusterProfiler进行GSEA富集GO与KEGG通路4.GSEA富集结果可视化：GSEA结果图、gsearankplot、ridgeplot1.GSEA简单介绍以下对GSEA涉及的一些重要概念进行了简单介绍，详细介绍见：一文掌握GSEA，超详细教程-云

嘿嘿嘿嘿哈·2023-04-04 14:38

陈巍学基因视频学习笔记--视频8：外显子测序

前期笔记陈巍学基因视频学习笔记--视频1：Illumina测序化学原理陈巍学基因视频学习笔记--视频7：RNA-seq方法和应用第一部分：外显子测序技术1.外显子测序工作原理针对人外显子序列设计的生物素标记的捕获探针库

冻春卷·2023-04-04 13:56

知耕快报 | CRISPR基因编辑工具CasX;重新设计的 cas9蛋白；无需DNA供体高效靶向插入大DNA片段技术

WrapUp科｜技｜突｜破ScienceBreakthroughPNAS：苦参素实现帕金森病治疗效果|功能性成分Science：不对称蛋白质的快速、定向化设计|AI辅助设计PBJ:包含~45,000个植物公共RNA-seq

知耕TechCube·2023-04-04 03:19

hisat2、stringtie、ballgown分析RNA-seq数据：安装及使用流程

参考文献:Transcript-levelexpressionanalysisofRNA-seqexperimentswithHISAT,StringTieandBallgown流程示意图图１安装软件HISAT2：将reads比对到基因组上wgetftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_6

东风008·2023-04-04 01:49

结合CHIP-seq和ATAC-seq结果进行分析

，作者的分析结果并不是独立的把ATAC-seq和Chip-seq、RNA-seq的结果独立开来，他们把这三种实验的结果进行了整合的分析。从而得到了很多有用的信息。

生信start_site·2023-04-03 02:49

NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（六）：细胞类型注释

所有方法均基于与其他数据集的相似性比较，可以是sorting分选的单细胞或批量RNA-seq数据集，或针对每种细胞类型使用已知的标记基因。

Davey1220·2023-04-02 20:43

RNA-seq：DEseq2归一化

主要能解决以下2个问题：①测序深度/文库大小导致的差异②文库补偿导致的差异DESeq2均一化步骤：step1：以原有reads数目取log2/10/e为底的对数sample#1sample#2sample#3gene10104gene22612gene33355200log(sample#1)log(sample#2)log(sample#3)gene1-Inf2.31.4gene20.71.82

Irish_Lee·2023-04-02 20:09

TIMER (Tumor Immune Estimation Resource)数据库分析肿瘤组织中免疫细胞的浸润情况

TIMER(TumorImmuneEstimationResource)数据库也是用高通量测序(RNA-Seq表达谱)数据分析肿瘤组织中免疫细胞的浸润情况，主要提供Bcells,CD4+Tcells,CD8

Seurat_Satija·2023-04-02 19:14

6.单细胞 RNA-seq：归一化和 PCA 分析

计数归一化和主成分分析在获得我们的高质量单细胞后，单细胞RNA-seq(scRNA-seq)分析工作流程的下一步是执行聚类。聚类的目标是将不同的细胞类型分成独特的细胞簇。

denghb001·2023-04-02 18:09

【RNA-seq自学02】RNAseq的原理及流程

RNAseq是一种高通量测序技术。它可以帮助我们理解在各种比较条件下，所有基因的表达情况的差异。可以检测的差异有：正常组织和肿瘤组织的之间的差异；也可以检测药物治疗前后基因表达的差异；还可以检测发育过程中，不同的发育阶段，不同的组织之间的基因表达差异。同时，还可以检测RNA的结构上的差异。例如：mRNA的剪接方式的差异，也就是我们一般说的可变剪接，还可以检测融合基因，同时还可以检测基因单点突变导致

Brickvstar·2023-04-02 15:46

简单的转录组差异基因表达分析 -- edgeR

由于，edgeR和DESeq2都是使用基于负二项分布的广义线性回归模型（GLM）来对RNA-seq数据进行拟合和差异分析，所以我们都用同一个数据来分析。

尘世中一个迷途小书僮·2023-04-02 15:39

RNA-seq的十年（下）

常规RNA-seq进阶源于整块组织和/或大量细胞的RNA-seq数据已经彻底改变了我们对生物学的理解，但是这种常规的RNA-seq无法轻易地分辨出特定的细胞类型，也无法保存空间信息，而这两个信息都是理解生物系统复杂性的关键因素

天道昭然·2023-04-02 07:32

Single cell RNA-seq data analysis with R视频学习笔记（三）

第三讲：NormalizationofscRNA-seqdata视频地址：https://www.youtube.com/watch?v=gbIks6bA8nI&list=PLjiXAZO27elC_xnk7gVNM85I2IQl5BEJN&index=3&frags=wnInnormalization,weremovenon-biologicalvariation,youcanalsoremov

生信start_site·2023-04-01 22:00

从0开始的RNA-seq教程

本次RNA-seq分析目标明确，得到基因的表达矩阵即可，不涉及其他分析。

五香可达鸭·2023-04-01 06:40

一文看全！史上以来的59家测序仪公司

前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞

生信宝典·2023-03-31 09:31

关于编程学习的一些思考

▼生物信息学习的正确姿势（第三版）NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2023-03-31 02:11

我的RNA-Seq（1）hisat和bowtie比对结果解读

转录组数据比对，选用了hisat2，比对之后发现结果不太懂，于是整理了这篇笔记与大家分享，欢迎交流。此处是一个转录组数据hisat2比对结果，bowtie结果也是这个格式。17968900reads;ofthese:#reads数目17968900(100.00%)werepaired;ofthese:#能配对的reads，由于用的是trimmomatic后的pairedcleandata，故10

NICE_AGIS·2023-03-30 19:49

[RNA-Seq] 学习

最近在学RNA-Seq，从收集资料开始，将好用的链接先拷过来，方便阅读：背景：生信技能树：RNA-Seq这十年嗯、这篇文章写的很全，从一篇综述翻译过来的，介绍了短读长和长读长(PacBio/OxfordNanopore

happyxhz·2023-03-30 12:14

RNA-seq数据分析二：DESeq2 筛选差异基因

首先DESeq2在R-studio上的安装非常让人自闭，具体可参考徐洲更老师的R语言安装介绍https://www.bilibili.com/video/BV19p4y1i7Zb?from=search&seid=2717757288900359126，我认为最关键的问题是要用BioManager来安装，就像conda装软件也要写一个condainstall-cbiocondaXXX。#安装DES

云养江停·2023-03-29 13:29

低表达量的基因为什么往往差异不显著

引用：(smartapps.cn)低丰度也意味着可靠性低，所以就算是差异大，也不会有太高的置信度(1）低表达量的基因为什么往往差异不显著；在计算两个组样本间基因的表达量是否有差异的时候，对于RNA-seq

小黑黑黑黑·2023-03-29 09:15

clusterprofiler包进行GO与KEGG富集分析

RNA-seq寻找到差异基因后，对比GO与KEGG库进行差异分析rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)DEG<-read.csv('.

twistti·2023-03-29 04:28

RNA-seq实战分析流程

一、下载测序数据①SRA数据库[存储二代测序的原始数据]②在进行上游分析时，数据格式转换过程概述如下：sra↓FASTQ↓bam↓counts③质控处理的相关软件：•fastqc•cutadapt•TrimGalore二、比对①目的：•将打断测序的reads比回参考基因组•samtools将比对结果排序后得到sort的bam，用于后续分析②工具：•hisat2•bowtie2•bwa一步一步来，上

ShanSly·2023-03-29 04:58

RNA-seq:Kallisto+Sleuth (2)

RNA-seq在完成转录本的鉴定及定量后，我们经常做的分析之一就是差异表达。通常我们使用较多的有以下工具：而Kallisto主要推荐的下游分析软件是Sleuth这个R包。

jlyq617·2023-03-28 15:54

【转录组】文库数据标准化方法RPKM FPKM TPM CPM RPM（理论篇）

文库标准化的目的RNA-seq每个基因的长度和深度均不相同，所以需要对基因的长度和测序深度进行Normalize输入一个ReadCount的数据矩阵（行为基因，列为样本）。

Geekero·2023-03-28 11:14

RNA-seq原理

测序技术发展：1977Sanger测序--1996焦磷酸测序--2003cmPCR--2003ZMW---2012纳米孔测序RNA-seq的一些技术限制，测序误差主要由生物学误差(生物学重复，比如取30

生信大猫·2023-03-27 13:42

小麦RNA-seq利用hisat2构建index过程

根据崔女神文章https://www.jianshu.com/p/071c1757ded1利用hisat2来构建小麦的转录组的索引文件，服务器内存64G，构建的命令如下：gunzipTriticum_aestivum.IWGSC.dna.toplevel.fa.gz#参考基因组来自于ensemblgunzipTriticum_aestivum.IWGSC.44.gtf.gz#注释文件同样来自于en

张志勇_zzy·2023-03-26 21:43

Short Read Aligners

当检查SNP或者结构差异时更适合使用alignment，而当处理RNA-seq时只需要mapping把reads放到正确

pearlp·2023-03-25 20:16

单细胞转录组数据分析流程

由于传统的转录组测序(RNA-Seq)技术的测序水平是在个体或群体水平上对数万个细胞进行转录组测序，因此传统转录组测序技术的测序结果就只能检测到个体间或者群体间的转录组差异，而细胞间的转录差异则无法精确地检测到

iBioinformatics·2023-03-25 17:55

利用TRUST4从bulk RNA-seq中重构免疫组数据

昨天老师发给我一篇生信女神ShirleyLiu的文章，看了里面的内容之后感觉很兴奋～它可以不做免疫组测序，直接从BulkRNA-seq或者scRNA-seq里面重构得到免疫组的信息。中文翻译文章要点AlthoughlesssensitivethanTCR-seqandBCR-seq,TRUSTisabletoidentifytheabundantlyexpressedandpotentiallym

Yayamia·2023-03-24 20:29

代码分析 | 单细胞转录组Normalization详解

标准化加高变基因选择NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：

生信宝典·2023-03-22 17:10

RNA-seq上游流程

1.数据下载在ncbi找到要下载的sra样本，点击AccessionList下载所需要样本名，会生成SRR_Acc_List.txt的文件，将这个文件上传到linux端，再用prefetch下载ncbiprefetchcatSRR_Acc_List.txt|whilereadid;doprefetch$id;donefast-dump下载完成的数据是已.sra结尾的，使用fast-dump转换为f

FANHONGZENG·2023-03-22 05:10

生成htseq-count的input文件

参考文章：RNA-seq(6):reads计数，合并矩阵并进行注释-；RNA-seq分析htseq-count的使用-望着小月亮-博客园htseq-count-rname-fbam/mnt/f/rna_seq

MissL_78e0·2023-03-22 05:45

RNA-seq 实操

操作才发现问题真的很多，纸上得来终觉浅，绝知此事要躬行1.软件准备#下载minicondawget-chttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-4.5.11-Linux-x86_64.shbashMiniconda2-4.5.11-Linux-x86_64.sh#安装#配置镜像condaconfig--ad

悦时光_·2023-03-22 02:40

BSA专题2—缩小定位区间和后续验证怎么做？

felix108·2023-03-20 15:28

RNA-Seq：从fastq到表达矩阵

一、测序数据的准备新建工作目录，RNASeq-analysismkdirRNASeq-analysiscdRNASeq-analysis/新建data文件夹；mkdirdata1.1公司返回的测序下机数据例如：两个样本，三个生物学重复；Rawdata:Sample1-1_R1.fq.gz;Sample1-1_R2.fq.gz;Sample1-2_R1.fq.gz;Sample1-2_R2.fq.g

胡小兵plus·2023-03-19 13:21

WGCNA（7）：重新绘制GS—MM散点图

Fig.00.前期准备>setwd("D:/RNA-seq/WGCNA/mad0.3")>

Wei_Sun·2023-03-19 11:09

一个R包搞定22种单细胞基因差异分析

因此，批量RNA-seq的分辨率不足以表征对生物扰动的多方面响应。单细胞RNA-seq(scRNA-seq)能够在单个细胞的分辨率下量

Carrington·2023-03-19 05:34

2019-10-03-学习RNA-seq这十年记录

学习生信技能树的RNA-seq这十年（3万字长文综述）首先是目前10年来测序技术的的发展平台的更迭变化来自生信技能树我摘抄了重点的内容关于不同读长方式测序结果的优缺点比较如下短读长、长读长cDNA与直接

程凉皮儿·2023-03-19 04:56

11.5-9 RNA-seq 数据差异基因的得到和可视化学习（一）

之前未完成的rna-seq数据下载和mcscan不能继续进行了。最近要在网上直接下载rna-seq的txt数据，所以主要学习一下如何挑选出差异基因，之后进行可视化。

KK_f2d5·2023-03-18 13:55

scTE -10X Genomic RNA-seq 定量Transposable Element

关键词：TransposableElement；ERV内源性反转录病毒；单细胞测序分析；Seurat；scTE。scTE介绍背景：采用scTE对10X单细胞测序数据进行TE定量，再倒入Seurat进行下游分析。Jiekai实验室，2021年3月发表在自然通讯杂志。转座因子(TransposableElement，TE)占典型真核生物基因组的大部分，并以不清楚的方式导致细胞异质性。单细胞测序技术是探

Ternq8·2023-03-18 10:33

转录组分析 | 使用STAR进行比对

前几期，小编已经教大家完成了RNA-seq数据的质控，下面就要正式开始转录组分析啦！

生信小王子·2023-03-17 19:45

cufflinks使用（2018-05-28）

gff-T-o**.gtfgffreadmerged.gtf-o->merged.gff3cufflinks详细用法参考：陈连福的生信博客问题挺好：junction：剪接接头博主师兄您好，我刚开始学习RNA-seq

简单点lili·2023-03-16 13:38

GATK-找变异1

一、使用GATK前须知事项：对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据，而且全部是基于illumina数据格式，目前还没有提供其他格式文件（如IonTorrent）或者实验设计（RNA-Seq

家和建材广场·2023-03-16 10:16

RNA-seq 详细教程：搞定count归一化（5）

学习目标了解如何在归一化过程中列出不同的uninterestingfactors(无关因素)了解常用的归一化方法，已经如何使用了解如何创建DESeqDataSet对象及其结构了解如何使用DESeq2进行归一化1.归一化差异表达分析工作流程的第一步是计数归一化，这是对样本之间的基因表达进行准确比较所必需的。Normalization每个基因的映射读数计数是RNA表达以及许多其他因素的结果。归一化是调

冷冻工厂·2023-03-15 15:38

三维基因组（Hi-C）的原理以及应用

Hi-C技术不仅可以研究染色体片段之间的相互作用，建立基因组折叠模型，还可以应用于基因组组装、单体型图谱构建、辅助宏基因组组装等，并可以与RNA-Seq、ChIP-S

生信编程日常·2023-03-15 12:45

零基础学生信入门笔记(R语言、Linux、Python、RNA-seq、单细胞测序、质谱流式、TCGA、GEO、单细胞经典文献解读)

医学生零基础学生信是先学Python还是先学R语言？如何学习R语言linux入门学习笔记100篇不止100篇，但上手上游分析远远不够，可以作为入门参考。linux学习100篇1：xshell、Xftp下载安装-(jianshu.com)linux学习100篇2：绑定Xftp和XShell上传和下载文件-(jianshu.com)linux学习100篇3：Errorinopen.connection

Seurat_Satija·2023-03-15 08:25

富集分析GO，KEGG，DO等

市面上公司做RNA-Seq的一般流程是：tophat2--->Cufflinks--->Cuffdiff--->Rtophat2是把reads回帖到基因组上；Cufflinks在计算基因表达量；Cuffdiff

Seurat_·2023-03-15 07:56

【RNA-seq自学07】数据分析之表达定量RSEM Kallisto

RSEMRSEM是对基因进行表达定量的一个软件，是基于STAR序列对比的基础之上进行的。而kallisto不需要进行比对可以直接定量。安装condainstallrsem安装RSEM时，solvingenviorment一直不动，更新conda【condaupgrade--all】并且【condaconfig--setchannel_priorityflexible】设置channel1.prep

Brickvstar·2023-03-14 08:58

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