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RNA-Seq
哈佛R语言课程--6.匹配和重排序
在这个例子中，生物测定是指
RNA-Seq
产生的基因表达量数据。
小洁忘了怎么分身
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2020-02-21 06:18
单细胞转录组-3
年由汤富酬等人首次公开测量每个基因在细胞群中表达水平的分布允许研究在转录组中特定于细胞的变化的非常重要的生物学问题，例如细胞类型识别，细胞反应的异质性，基因表达的随机性，细胞内基因调控网络的推断bulk和单细胞
RNA-seq
nnlrl
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2020-02-21 02:40
Analysis of single cell
RNA-seq
data 学习笔记(五)
今天来介绍单细胞转录组，或者转录组里面，对我们计数所得的count值的标准化方式CPM它是直接对count进行标准化，其单位是counts/每百万条，即每个counts值除以总的reads数（主要单位是每百万条）Rcodes：calc_cpm0)])}norm_factor0],0.75)}uq<-unlist(apply(expr_mat[-spikes,],2,UQ))norm_factor<
小潤澤
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2020-02-20 20:08
Analysis of single cell
RNA-seq
data 学习笔记(四)
那么接下来我们就要看一下如何分析单细胞数据此次我们的示例数据是(Tungetal.,2017)的数据质控首先先读取数据#加载包library(SingleCellExperiment)library(scater)options(stringsAsFactors=FALSE)#读取数据molecules0)>0umi1.3e6)table(filter_by_total_counts)#filte
小潤澤
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2020-02-20 19:24
转录组入门(1)：计算机资源的准备
前言本文为生信技能树
RNA-seq
基础入门系列作业。首先是计算机资源准备和软件安装。
宇天_ngs
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2020-02-20 06:15
10月20日
RNA-seq
实战（一）服务器没网 用户没root权限
简单地记录一下我的一次
RNA-seq
实战，由于我们实验室的服务器没有联网，我之前一直在自己的PC上，安装虚拟机或者用OS系统跑数据，出现许多问题，而且速度很慢，后来询问了洲更大神，直接按照biostarhandbook
小郑的学习笔记
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2020-02-19 22:29
RNA sequencing: the teenage years名词解释
2019年7月24日，NatureReviewsGenetics上发表了一篇了
RNA-seq
的综述，文献信息如下所示：Stark,R.,etal.(2019)."
backup备份
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2020-02-19 19:50
List of
RNA-Seq
bioinformatics tools #源自维基百科
QualitycontrolandfilteringdataQualityassessmentisessentialtotheoverallcomprehensionofRNA-Seq,aswelltoguaranteethatdataareintherightformatandsuitableforthenextanalyses.Often,isnecessarytofilterdata,rem
Ada_Corner
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2020-02-18 13:08
RNA_seq（1）植物转录组差异基因分析简单练习
工具完成索引建立和生物学定量subread工具完成序列比对和定量DESeq2差异基因分析总结一、概述练习数据：数据来源于拟南芥，共16个样本，处理分为4组（0day,1day,2day,3day）练习目的：熟悉两套
RNA-seq
CS_yujia
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2020-02-18 10:45
RNA-seq
分析流程
概览Tophat回贴基因组Cufflinks拼接转录本Cuffmerge整合转录本Cuffdiff计算转录本表达量使用R绘制热图绘制维恩图Tophat回贴基因组首先，我们需要将reads回贴至基因组，Tophat首先利用Bowtie将reads回贴至基因组，然后就可以发现基因组上有reads堆叠区域，其可能是一个外显子。然后根据经典剪切点有AG、GT这样的剪切点标记，找到可能的剪切组合，最后将那些
yangmqglobe
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2020-02-18 01:27
biostar handbook(八)|高通量数据分析初步：序列比对
高通量短读比对工具在过去的十几年里，随着高通量测序(HTS)成本降低，出现了各种测序概念,DNA-Seq,ChIP-Seq,
RNA-Seq
,BS-Seq覆盖了研究领域的方方面面。
徐洲更hoptop
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2020-02-17 12:40
RNA-seq
无比对直接定量(Kallisto - sleuth流程)
RNA-seq
数据下载数据来自文献：AnRNA-Seqtranscriptomeandsplicingdatabaseofneurons,glia,andvascularcellsofthecerebralcortex
宇天_ngs
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2020-02-17 07:28
转录组入门学习（四）
今天进行序列比对课程的学习序列比对1.无参转录组1.1使用拼接工具组装转录本trinity1.2trinity提供了一整套
RNA-seq
分析思路和流程
RNA-seq
初学者绝佳入门软件
RNA-seq
进阶者绝佳参考资料
posLight
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2020-02-17 03:23
RPKM,FPKM,RPM,TPM的区别
浅谈RPKM,FPKM,RPM,TPM的区别在
RNA-Seq
的分析中，我们常用RPKM、FPKM和TPM作为转录组数据定量的表示方法。
天明豆豆
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2020-02-16 22:07
RNA-seq
流程[基因组和注释文件下载]
有三大全文网站提供参考基因组下载，它们分别是：1.NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc）2.UCSC(http://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.html)3.Ensemble（http://asia.ensembl.org/index.html?redirect=no）4.GENCODE（https://www.genc
Alex_cactus
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2020-02-16 02:15
Week22-以实验为主的文章是怎么去验证一个lncRNA的功能和机制
Longnon-codingRNA-dependentmechanismtoregulatehemebiosynthesisanderythrocytedevelopmentdoi:10.1038/s41467-018-06883-x.2018年10月发表在NatCommun.导读这是一篇以实验为主的文章，通过
RNA-seq
六六_ryx
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2020-02-15 23:16
STEP3:了解参考基因组及注释文件
下载原始测序数据：在GEO数据库搜索GSE87182,这里没有直接给出ftp地址，需要先从BioProject找到SRA号，可以得到
RNA-Seq
的SRA的accession_list，共64组数据（SRA
六六_ryx
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2020-02-15 09:55
RNA-seq
项目设计：生物学重复和单个样本测序量对结果的影响
id=60在
RNA-seq
项目设计过程中，老师经常会问两个问题：1）低丰度的基因是否能够被
wangprince2017
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2020-02-13 18:51
sam和bam格式文件的shell小练习
经过一段时间的学习，不断的逛生信菜鸟团和生信技能树对
RNA-SEQ
有个基本的了解，于是静下心来做下作业。
鱼啸九天
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2020-02-13 14:10
Single cell
RNA-seq
10Xplatformhttps://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/downloads/latesthttps://scanpy.readthedocs.io/en/latest/examples.htmlhttp://cf.10xgenomics.com/supp/cell-exp/megacell_tu
zhoujj2013
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2020-02-12 05:02
Analysis of single cell
RNA-seq
data 学习笔记(一)
前言今天与大家分享学习的是《AnalysisofsinglecellRNA-seqdata》这本书，这本书着重介绍了单细胞
RNA-seq
的下游分析，注重介绍R包的使用，和单细胞
RNA-seq
的分析的一般流程本书一共分为
小潤澤
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2020-02-11 22:06
RNA-Seq
差异表达分析-扩展综述及新工具
转录组的高通量测序（
RNA-Seq
）是研究当前问题的一个主要策略。因此，利用
RNA-Seq
数据进行差异分析的方法和软件在近些年得到了长远的发展。
LeoinUSA
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2020-02-11 22:26
2019-09-02R包第二天：差异分析包（二）DEseq2
本文转载自:presentlife的、括囊无誉的建议直接跳转：康君爱上了蕊酱的摘要测序产生的数据内容为，每个样本中，每个基因分配到多少个测序片段，各种类型的测序（
RNA-seq
，CHIP-Seq，HiC
一只烟酒僧
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2020-02-11 10:37
如何使用GEOquery和limma完成芯片数据的差异表达分析
如何分析芯片数据我最早接触的高通量数据就是
RNA-seq
，后来接触的也基本是高通量测序结果而不是芯片数据，因此我从来没有分析过一次芯片数据，而最近有一个学员在看生信技能树在腾讯课堂发布的课程GEO数据库表达芯片处理之
徐洲更hoptop
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2020-02-11 00:49
2019-11-19
待整理：现在，
RNA-seq
已经被应用到不同的研究方向（如图1.2），比如：基因和剪接异构体表达水平的估计，差异表达分析，剪接事件分析，寻找新剪接异构体，检测非编码RNA和融合基因（genefusion
湖红点鲑
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2020-02-10 14:24
RNA测序中多少生物学重复合适
RNA测序中多少生物学重复合适来源:生物谷时间:2018/8/2015:08:00浏览人数:331RNA-seq（RNA测序技术）和微阵列芯片技术是基因表达研究用到的两种手段，两种技术手段各有优势，例如
RNA-seq
wangprince2017
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2020-02-09 18:55
RNA-seq
小考核
按照我们带领10万人入门生物信息学的经验来看，
RNA-seq
基础数据分析无疑是最适合初学者的，我们划分好了8个部分：[link]https://mp.weixin.qq.com/s/UudD1ZhKaFPvwugUBL7z3A
mayoneday
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2020-02-09 08:03
RNA-seq
:TopHat2 + Cufflinks分析流程(2018-05-28)
原文转自：
RNA-seq
:TopHat2+Cufflinks分析流程(2015-06-0917:21:42)1、测序数据质量控制：fastqc软件1）使用方法：/life/rjian/software/
简单点lili
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2020-02-09 00:38
RNA-seq
表达数据之样本PCA分析
Principalcomponentanalysis(PCA)分析主成分分析(PCA)帮助我们归纳总结和可视化数据集中的信息，这些数据包含由多个相互关联的变量描述的个体/观察主成分分析。可以将每个变量视为不同的维度。但如果您的数据集中有3个以上的变量，那么很难在多维超空间可视化。主成分分析是用来从一个多变量数据表中提取重要信息，并将这些信息表示为一组称为主成分的新变量。这些新的变量相当于原始数据的
Kenmly墨雲
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2020-02-08 21:19
WGS,WES,
RNA-Seq
与ChIP-seq之间的异同
转自：https://www.plob.org/article/10918.html1基础概念平均测序深度：指定区域内得到的所有碱基数目与该区域的长度的比值，如果是全基因组，就是整个测序的碱基数目除以基因组的大小。比如人类的基因组大小是3G(30亿个碱基)，我的全基因组测序共8.9亿条150bp的reads，那么全基因组范围的平均测序深度就是8.9亿150/30亿~45X，这个概念很重要！*覆盖度
oddxix
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2020-02-07 18:31
比对拼接出新的转录本(以拟南芥为例)
在
RNA-seq
分析中，有一个步骤是将比对好的片段(alignments)重新组装(assembly)成全长转录本(full-lengthtranscripts)。
不玩手机的蛇佬腔
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2020-02-06 23:00
为什么说FPKM和RPKM都错了？
曾经（2015年），我接触了一个
RNA-seq
的项目，做完之后，我重新思考了FPKM和RPKM的计算，觉得它们很可能是不对的（当时是第一次接触
RNA-seq
数据，还不知道TPM的存在），后来查阅了一些文
黄树嘉
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2020-02-06 13:03
RNA-seq
：方兴未艾
文献信息本文是2019年7月份发表在《NatureReviewsGenetics》上的有关
RNA-seq
的综述文章。文献信息如下所示：Stark,R.,etal.(2019)."
backup备份
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2020-02-06 12:04
第2周：
RNA-seq
数据分析最佳实践
TarazonaS,etal.AsurveyofbestpracticesforRNA-seqdataanalysis[J].Genomebiology,2016,17(1):13.1.摘要 RNA测序（
RNA-seq
presentlife
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2020-02-05 23:24
陈巍学基因视频学习笔记--视频7：
RNA-seq
方法和应用
前期笔记陈巍学基因视频学习笔记--视频1：Illumina测序化学原理
RNA-seq
的应用检测所有mRNA的表达量的差异；检测RNA结构差异：可变剪接、融合基因、基因但点突变导致的SNP第一部分：
RNA-seq
冻春卷
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2020-02-04 15:22
转录组拼接踩过的那些坑-原理
拼接基本原理拼接可以分为基因组和转录组拼接，基因组拼接对数据量和测序深度要求更好，而转录组用平时的
RNA-seq
数据就可以。目前手里更多的是
RNA-seq
数据，所以做的也是和转录组拼接相关的内容。
思考问题的熊
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2020-02-02 15:51
R实战 | 用R也可以完成的
RNA-Seq
分析-5
本文将介绍
RNA-seq
基因富集分析的实战代码。
尘世中一个迷途小书僮
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2020-02-02 12:36
R实战 | 用R也可以完成的
RNA-Seq
分析-1
最近看到一个在R上进行的
RNA-seq
分析流程，恰好自己也有过
RNA-seq
分析的经验，所以就想结合以前的经验分享这个流程出来。
尘世中一个迷途小书僮
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2020-02-02 12:24
2020-01-31
RNA-seq
链特异性文库 lncRNA 理解
本次主要来理解一下什么是链特异性文库，为什么要构建这种文库。首先要明确几个概念，对理解后面的讲解很有帮助：基本概念正链（forwardstrand）:我们可以理解为拿到基因组，从左向右读过去，这条链就是正链。反链（reversestrand):反链就是与正链互补的链，因为DNA是双螺旋结果，有正链，就会有反链。正义链（sensestrand）：正义链也叫编码链，正义链的序列与mRNA的序列一样，即
小郑的学习笔记
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2020-01-31 18:37
2020-01-28 全转录组测序研究思路
全转录组测序研究思路1.确定研究对象对照组&处理组；健康组&疾病组；癌组织&癌旁组织……2.应用
RNA-seq
获得4种RNA数据3.筛选差异表达的mRNA，lncRNA，miRNA，circRNA4.构建
my_derek
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2020-01-30 03:30
2020-01-23 RSEM转录组
RNA-seq
测序分析实操
测序数据的质控和过滤见上一篇论文https://www.jianshu.com/p/0a8461b1ea7a本文涉及到的软件RSEM软件包RSEM(RNA-SeqbyExpectation-Maximization)http://deweylab.github.io/RSEM/安装：condainstall-cbiocondarsemTrinity软件包安装：condainstall-cbioco
xiaoguolaile
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2020-01-23 14:10
【生信技能树】R语言练习题 - 高级
首先友情宣传生信技能树全国巡讲:R基础，Linux基础和
RNA-seq
实战演练:预告：12月28-30长沙站广州珠江新城GEO数据挖掘滚动开班题目来源：http://www.bio-info-trainee.com
猫叽先森
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2020-01-08 14:08
StatQuest学习笔记26——
RNA-seq
中的技术重复问题
这篇笔记是视频教程的第62节，主要内容是讲
RNA-Seq
中的技术重复问题。是否需要技术重复前面有一篇笔记我们提到了技术重复与生物重复。但在
RNA-Seq
中，我们是否需要做技术重复呢？
backup备份
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2020-01-08 09:40
2018-09-24 wes流程文件解读2
一、使用GATK前须知事项：对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据，而且全部是基于illumina数据格式，目前还没有提供其他格式文件（如IonTorrent）或者实验设计（
RNA-Seq
凤凰_0949
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2020-01-08 01:45
高通量测序质控及可视化工具包RSeQC
本期介绍一个测序质控的工具包:RSeQC包,它提供了一系列有用的小工具能够评估高通量测序尤其是
RNA-seq
数据.比如一些基本模块;检查序列质量,核酸组分偏性,PCR偏性,GC含量偏性,还有
RNA-seq
生信杂谈
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2020-01-06 09:39
群体遗传学与重测序分析
分子层面对生物的研究，在个体水平上主要是看单个基因的变化以及全转录本的变化（
RNA-seq
）；在对个体的研究的基础上，开始了群体水平的研究。
研究僧小蓝哥
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2020-01-05 18:32
snakemake分析双端测序的
RNA-seq
数据
上一次讲述了如何利用snakemake进行
RNA-seq
分析流程的构建：RNAseq分析流程：从测序Rawdata到Count输出，但是只针对单端测序数据。这次我又改进了一点，对双端测序结果也适用。
fqiang1024
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2020-01-04 23:50
和大神学习
RNA-seq
上周末参加了JIMMY大神的
RNA-seq
的学习，见到了大神，感觉自己的方法论有个了提升：工具的使用让自己的效率提高，也意识到了自我R语言的不足，和方法的不得当~下面就扔下自己的有参转录组的学习笔记吧~
生信要进步
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2020-01-04 10:11
解析单细胞
RNA-Seq
Nature文章
这是我听孟浩巍知乎Live：生信进阶第1课-重复Nature文章和B站视频：高通量测序技术交流录像里的笔记哦~单细胞
RNA-Seq
研究肺癌目录：文章的主要结论解读传统
RNA-Seq
建库方法几种主要的单细胞
黄晶_id
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2020-01-04 08:20
dtangle:基于反卷积的表达谱分解确定细胞组分
dtangle是一个对
RNA-seq
或微整列数据进行反卷积分解确定样本细胞组分的R包，我们通过一个实例来表明如何使用：安装dtangle:inst
生信杂谈
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2020-01-02 17:34
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