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RNA-Seq
RNA-seq
数据上游分析
一、质控--FastQChttps://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/FastQC旨在提供一种简单的方法，对来自高通量测序的原始序列数据进行一些质量控制检查。它提供了一组模块化的分析，您可以使用这些分析快速了解您的数据是否存在任何问题，在进行进一步分析之前，您应该了解这些问题。FastQC的主要功能是：从BAM、SAM或Fast
生信摆渡
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2020-09-16 19:33
RNA-seq
上游实战&排坑记录
RNA-seq
上游实战&排坑记录一．流程总览（每个流程几乎包括参数详解，代码，结果，报错，注意）01.安装conda02.安装软件03.数据下载04.sratofastq05.fastqc质控06.Trim
南柒北陆
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2020-09-16 17:30
生物学
PacBio的异构体测序（Iso-Seq）
为了研究基因表达，研究人员利用新一代测序方法研究了生物体各个基因的片段，这种方法通常称为RNA测序（
RNA-seq
）。
dingsheng56656
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2020-09-16 14:44
PPI | protein-protein interaction | 蛋白互作分析 | gene interaction | 基因互作
前言做
RNA-seq
基因表达数据分析挖掘，我们感兴趣的其实是“基因互作”，哪些基因影响了我们这个基因G，我们的基因G又会去影响哪些基因，从而得到基因调控的机制。
weixin_30723433
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2020-09-15 12:00
数据库
json
基于eXpress对转录组和基因组进行量化
靶序列可以是任意基因组区域，例如
RNA-seq
中的转录本。
biocq
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2020-09-15 02:09
生物信息
2019/0715_生物信息学R语言教程——book
目录前言第一章R/Bioconductor入门第二章:基因芯片分析第三章
RNA-seq
数据分析第四章ChIP-seq数据分析第五章ATAC-seq数据分析第六章scRNA-seq数据分析第七章下游分析第八章上游分析第九章代码背后
uqyuan0515
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2020-09-13 03:33
paper
「单细胞转录组系列」如何可靠地确定公共数据集的性别
不仅仅是在使用公共的单细胞转录组数据，其实早在公共芯片数据或者
RNA-seq
数据挖掘中，就有人在考虑一个问题，这个数据的元信息作者会不会搞错了呢？
徐洲更hoptop
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2020-09-13 03:28
R绘制火山图 EnhancedVolcano+ggplot
其通常用于展示差异结果，比如
RNA-seq
差异基因展示。
APExBIO
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2020-09-12 17:12
使用R语言的正确姿势，R包干货奉献
生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于
RNA-seq
你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典
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2020-09-11 23:00
可视化
数据库
python
数据分析
java
RNA-seq
基础知识
单端测序和双端测序单端测序只有一种测序引物，使得PCR只能沿着这个引物的方向进行，所有的reads都只能按照一个方向进行读取。但是测序的质量会随着测序的进行而下降，所以reads越往后面越不准确。一个解决办法就是双端测序，对一个长为500bp的序列，单端测序下游质量会很差，但是从两个方向上分别测250bp-300bp然后再拼接起来，就可以大大提高测序的准确率了。双端测序的测序的接头序列要复杂一些，
Sepine
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2020-09-08 09:43
inDrop scRNA-seq: Droplet-based single-cell
RNA-seq
DNAbarcoding:是一种利用基因组内的DNA片段来鉴定生物物种的技术。下文讲的是inDropscRNA-seq，它其中的barcode可以对单细胞进行标记，进而可分析scRNAseq。原理如下：inDropscRNA-seq1.用消化酶分离细胞，制成细胞悬浮液2.microparticle，试剂中含有微颗粒，和细胞在一个液滴(droplet)中时，能够在细胞中建立RNAseq文库。每个微颗
Brickvstar
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2020-08-27 01:34
CASH软件分析差异性可变剪接
声明：仅用于记录和交流，非用于指导
RNA-seq
数据拿到手已经是hisat2比对好的bam格式文件：test-treat.bam与test-control.bam接下来记录操作过程：1、我的bam文件没有经过排序
代江山
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2020-08-24 22:06
03--DeconRNASeq:A R package of deconvolution for
RNA-seq
expression
DeconRNASeq:AStatisticalFrameworkforDeconvolutionofHeterogeneousTissueSamplesBasedonmRNA-SeqdataOverviewofDeconRNASeqDeconRNASeqpackageusesnonnegativedecompositionalgorithmthroughquadraticprogrammingf
六六_ryx
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2020-08-24 19:12
edgeR中三种标准化方法TMM\UQ\RLE的比较
关于
RNA-seq
中的readscount标准化处理的方法汇总，请先看看这篇：当我们在说RNA-seqreadscount标准化时，其实在说什么？
rapunzel0103
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2020-08-24 00:46
Day 4_1 NCBI下载
RNA-seq
数据
《Day4_1NCBI下载
RNA-seq
数据》----第0步：为了加快下载速度需要配置aspera网址安装成功标志：第一步：找到并下载下载SRR_Achttps://www.jianshu.com/p/
梦想180
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2020-08-23 08:45
当我们在说
RNA-seq
reads count标准化时，其实在说什么？
FromRNA-seqreadstodifferentialexpression,Oshlacketal.GenomeBiology2010基因表达标准化Normalisation我们在比较不同样品不同基因的差异表达情况时，期望表达水平分布符合统计方法的基本假设，但由于测序深度和基因长度的不同，直接使用原始count分析会导致假阳性和假阴性过高，因此对原始数据进行标准化/均一化是十分必要的。根据样
rapunzel0103
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2020-08-22 15:22
如何手动做GO分析（包含p值，p.adj的计算）
引言不论你是主攻基因的上下游关系，还是想鉴定在外界刺激下生物体的响应基因，亦或是仅仅想凑一个文章毕业，只要是涉及到活细胞，大都会涉及到
RNA-seq
。
qq_26309777
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2020-08-21 09:48
edgeR的使用
***注：本文为作者个人理解，如有不同见解欢迎指正o（＾∀＾）o***edgeR包是进行
RNA-seq
数据分析非常常用的一个R包。
hzau_yang
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2020-08-21 00:09
生物信息
软件
转录组
生物信息
NGS
软件
edgeR、limma、DESeq2三种差异表达包比较（
RNA-seq
数据）
文章目录1.加载R包和输入数据2.表达数据整理3.edgeR包做差异表达4.limma包做差异表达5.DESeq2包做差异表达6.比较三种包差异表达基因筛选结果总结：1.加载R包和输入数据rm(list=ls())library("DESeq2")library("limma")library("edgeR")expr=read.csv("mRNA_exprSet.csv",sep=',',hea
obwte
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2020-08-20 21:40
转录组学
对FPKM/RPKM以及TPM的理解
首先来看FPKM/RPKM的起源：在
RNA-Seq
中，最简单的定量基因表达量（geneexpression）的方法就是将
RNA-Seq
数据比对到相应的参考序列上时，会有比对到各个基因的read数量，称为
sixu_9days
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2020-08-19 20:08
RNA-Seq
RNA-seq
(9):功能富集分析
这部分开始进行基本的富集分析，两类A：差异基因富集分析（不需要表达值，只需要genename）B:基因集(geneset)富集分析（不管有无差异，需要全部genes表达值）############################################################A：差异基因富集分析（不需要表达值，只需要genename）########################
Y大宽
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2020-08-19 18:15
fastQC对
RNA-seq
质控
FastQC-AhighthroughputsequenceQCanalysistoolfastqc安装1.下载fastqc安装包（http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html#fastqc）wget[http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/f
_eason_
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2020-08-19 10:18
简单使用DESeq2/EdgeR做差异分析
DESeq2/EdgeR做差异分析Posted:五月07,2017Under:TranscriptomicsByKainoCommentsDESeq2和EdgeR都可用于做基因差异表达分析，主要也是用于
RNA-Seq
weixin_30726161
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2020-08-19 04:14
RNA-seq
(10):KEGG通路可视化:gage和pathview
这部分直接从上部分
RNA-seq
(9):富集分析(功能注释)的数据而来，当然如果你上部分数据存盘了，这部分直接导入并进行转换就可以。
Y大宽
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2020-08-19 00:11
RNA-seq
(4):下载参考基因组及基因注释
1.在UCSC下载hg19参考基因组；2.从gencode数据库下载基因注释文件，并且用IGV去查看感兴趣的基因的结构，比如TP53,KRAS,EGFR等等。3.截图几个基因的IGV可视化结构4.下载ENSEMBL，NCBI的gtf，也导入IGV看看，截图基因结构5.了解IGV常识来源于生信技能树：http://www.biotrainee.com/forum.php?mod=viewthread
Y大宽
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2020-08-18 23:26
HISAT,sTRINGTIE,ballgown三款
RNA-seq
信息分析软件
Bowtie里的FM-index简介原文链接：http://m.blog.csdn.net/blog/stormlovetao/7048481最近看新发表的几篇
RNA-seq
比对，组装的软件，发现HISAT
夜丘
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2020-08-18 11:49
论文笔记
TPM、read counts、RPKM/FPKM你选对了吗？
已有3940次阅读2017-12-1515:04|个人分类:
RNA-seq
|系统分类:科普集锦|关键词:
RNA-seq
|
RNA-seq
本文转载自嘉因微信公众号，已获得授权。
weixin_30512785
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2020-08-15 16:24
2020.08.14【
RNA-Seq
流程】丨将HTseq生成的基因COUNT值转换为FPKM值
count转换FPKM介绍公式介绍R语言脚本公式介绍下方公式是FPKM的综述文章写的，参数并不好理解，但是对数量级表示很明白https://haroldpimentel.wordpress.com/2014/05/08/what-the-fpkm-a-review-rna-seq-expression-units/要求出FPKM值，需要获得三个参数。cDNAFragments：可以理解为单个基因比
穆易青
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2020-08-14 12:03
生物信息
数据处理读书笔记
R语言
r语言
数据分析
RNA-seq
流程学习笔记（14）-在windows10平台上利用R包合并表达矩阵、设置实验分组信息、列名及数据的导入导出
参考文章：
RNA-seq
(6):reads计数，合并矩阵并进行注释进入R学习和相关操作后，各种折腾已经快2周了，看了几个网站的教程，借了几本教科书，发现都是零零碎碎的知识。
垚垚爸爱学习
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2020-08-13 23:18
R学习笔记
RNA-seq学习笔记
高通量数据中批次效应的鉴定和处理（六）- 直接校正表达矩阵
生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于
RNA-seq
你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述
生信宝典
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2020-08-11 17:07
人工智能
数据挖掘
数据可视化
数据分析
大数据
「R」ggplot2拼图包patchwork推荐与使用
生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于
RNA-seq
你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述
生信宝典
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2020-08-11 17:07
css
html
数据可视化
编程语言
js
Single cell
RNA-seq
data analysis with R视频学习笔记（九：空间转录组）
视频地址：https://www.youtube.com/watch?v=OFW_cQ4vtaY&list=PLjiXAZO27elC_xnk7gVNM85I2IQl5BEJN&index=11空间转录组主要是针对在组织中的mRNA转录谱的研究。现在被广泛应用的观察单细胞定位的仪器有显微镜。现在进行单细胞测序的方法有很多，比如droplets。然后你把你的细胞进行标记，之后测序。但是组织并不是均一
生信start_site
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2020-08-09 04:01
Single cell
RNA-seq
data analysis with R视频学习笔记（八）
第八讲：单细胞轨迹推断分析视频地址：https://www.youtube.com/watch?v=XmHDexCtjyw&list=PLjiXAZO27elC_xnk7gVNM85I2IQl5BEJN&index=10练习地址：https://github.com/NBISweden/excelerate-scRNAseq/blob/master/session-trajectories/ses
生信start_site
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2020-08-09 04:59
Single cell
RNA-seq
data analysis with R视频学习笔记（七）
这一讲是介绍单细胞聚类的相关知识点。里面不仅是介绍方法，还有一些相关的原理，每一种cluster是怎么工作的（不是数学公式，而是用图形说明原理），有的地方主讲人讲的太偏于数学原理，我就直接跳过去了。所以如果想了解细节的童鞋可以看看。视频地址：https://www.youtube.com/watch?v=Qa6k7RIwltg&list=PLjiXAZO27elC_xnk7gVNM85I2IQl5
生信start_site
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2020-08-09 04:55
Single cell
RNA-seq
data analysis with R视频学习笔记（六）
第六讲：降维Dimensionalityreduction(PCA,tSNEandUMAP)视频地址：https://www.youtube.com/watch?v=qcLJ_JO6bn8&list=PLjiXAZO27elC_xnk7gVNM85I2IQl5BEJN&index=6这一讲里，主讲人将介绍三种降维的方法（PCA,tSNEandUMAP），但是关于原理部分（一堆数学公式）他就不细说了
生信start_site
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2020-08-09 04:53
Single cell
RNA-seq
data analysis with R视频学习笔记（四、五）
第四讲：Removalofconfoundingfactors由于这一讲并不是每个人都用的上（我就用不上。。。），是关于单细胞测序实验设计中的混杂因素的去除。所以我就听了听，权当学习了。有需要的同学可以仔细听一下。主讲人举了个例子，比如在oralcancer里，饮酒是oralcancer的主要因素，而smoking这一因素会对结果也产生影响，所以需要去除（看起来临床的同学可能会用到）。主讲人介绍了
生信start_site
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2020-08-09 04:45
Single cell
RNA-seq
data analysis with R视频学习笔记（二）
接上面的学习笔记，这一讲是关于单细胞测序的质量控制，视频比较长，这篇写的也比较长，而且我基本用英文做的笔记，是把大部分的视频内容记录了下来（有的地方很啰嗦，我就直接写了中文，简化了一下）。因为这一部分是非常重要的。视频地址：https://www.youtube.com/watch?v=rOm6UIPhHnc&list=PLjiXAZO27elC_xnk7gVNM85I2IQl5BEJN&inde
生信start_site
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2020-08-09 04:40
Single cell
RNA-seq
data analysis with R视频学习笔记（一）
看了微信公众号“单细胞天地”推荐的芬兰CSC-IT科学中心主讲的生物信息课程，正赶上NY这里“workformhome”，可以有更多的时间来学习，所以就借此机会听一听。YouTube上的单细胞测序学习课程：https://www.youtube.com/watch?v=BfxDfL1GBzk&list=PLjiXAZO27elC_xnk7gVNM85I2IQl5BEJN&index=2&t=0s第
生信start_site
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2020-08-09 04:37
单细胞
RNA-seq
入门文献学习
单细胞的
RNA-seq
我从来没有接触过，所以要从头开始学习。但是用王院长的话就是：“不是和普通的
RNA-seq
差不多嘛！”。。。
生信start_site
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2020-08-09 04:23
TCGA的差异基因分析
在分析TCGA数据库里的
RNA-seq
数据之前，先了解一下TCGA样本的id名称里的小秘密：参考文章：TCGA的样本id里藏着分组信息根据文章里的内容，我查看了前一篇文章里我下载的count文件（利用R
生信start_site
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2020-08-09 04:14
文件批量重命名的技术，你值得拥有
经验整理NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于
RNA-seq
你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
刘永鑫Adam
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2020-08-08 01:24
二代测序数据统计分析中为什么是负二项分布？
本文转载自“universebiologygirl”，已获授权1.转录组数据统计推断的难题在
RNA-seq
中进行两组间的差异分析是最正常不过的了我们在其它实验中同样会遇到类似的分析，通常，我们可以用方差分析判定两组
刘永鑫Adam
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2020-08-08 01:21
转录组背景知识
文章目录
RNA-seq
相关概念
RNA-Seq
转录组(transcriptome)RNA种类可变剪切体(Alternativesplicingisoform)junctionreadsReadcountRPKMFPKM
sunchengquan
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2020-08-08 00:18
bioinformation
【翻译】使用EGSEA进行简单有效的基因组测试
目录1.摘要2.介绍3.小鼠乳腺的基因表达谱3.1用EGSEA分析
RNA-seq
数据3.1.1RNA-seq数据的读取，预处理和标准化3.1.2基因集测试3.1.2.1探索，选择和索引基因集集合3.1.2.2
bearcat_1025
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2020-08-03 07:19
BioConductor
GATK流程
、使用GATK前须知事项：（1）对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据，而且全部是基于illumina数据格式，目前还没有提供其他格式文件（如IonTorrent）或者实验设计（
RNA-Seq
zhu_si_tao
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2020-08-02 15:13
群体遗传学
GATK变异检测
RNA-seq
分析简洁版
前面
RNA-seq
分析：从软件安装到富集分析部分已经把转录组全部流程走完了一遍，这次利用
RNA-seq
(2)-2:下载数据中下载的肝癌数据进行分析，不在赘述细节，所以有看细节的还是请去这里。
Y大宽
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2020-08-01 01:43
转载ATAC-Seq、ChIP-Seq、
RNA-Seq
整合分析
转自：生信技能树这是目前发现不错的ATAC系列，原作者在也有更新https://www.jianshu.com/u/d5b900bea027ATAC系列连载：ATAC-Seq入门加高阶传送门（点击进入交流群）第1篇：ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同第2篇：原始数据的质控、比对和过滤第3篇：用MACS2软件callpeaks第4篇：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估
土豆学生信
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2020-07-31 18:16
SRA Toolkit
一、简介：SRAToolkit是将ncbi上.sra文件（文献中的各种数据，如：Chip、
Rna-seq
等一般都以sra格式储存在ncbi数据库中https://www.ncbi.nlm.nih.gov
DL_ec5d
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2020-07-30 19:37
转录组数据饱和度评估方法
转自:http://www.biodiscover.com/group/topic/655.html基因表达分析里面，
RNA-seq
是现在转录组研究常用的技术了，但是通过二代测序获得数据后，在正式分析前我们通常需要做两件事情
SHMILYRINGPULL
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2020-07-30 19:37
bioinformatics
基因表达分析
基因芯片（Microarray）、表达序列标签（ExpressedSequenceTag，EST）、基因表达系列分析（SerialAnalysisofGeneExpression,SAGE）和转录组测序（
RNA-seq
医学小咖成长之路
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2020-07-28 23:01
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