E-COM-NET
首页
在线工具
Layui镜像站
SUI文档
联系我们
推荐频道
Java
PHP
C++
C
C#
Python
Ruby
go语言
Scala
Servlet
Vue
MySQL
NoSQL
Redis
CSS
Oracle
SQL Server
DB2
HBase
Http
HTML5
Spring
Ajax
Jquery
JavaScript
Json
XML
NodeJs
mybatis
Hibernate
算法
设计模式
shell
数据结构
大数据
JS
消息中间件
正则表达式
Tomcat
SQL
Nginx
Shiro
Maven
Linux
RNA-Seq
Seurat的scATAC-seq分析流程
scATAC-seq,主要体现在：基于scRNA-seq的聚类结果对scATAC-seq的细胞进行聚类scRNA-seq和scATAC-seq共嵌入(co-embed)分析整合步骤包括如下步骤:从ATAC-seq中估计
RNA-seq
徐洲更hoptop
·
2020-06-27 02:06
生物信息学
测多少数据量？几个G？多少reads？如何换算？
关键词：lncRNA表达量低，所以要看lncRNA的表达量变化，就要比普通
RNA-seq
多测一些。要兼顾SNP和低表达量的lncRNA，要测得更深一些~到底需要测多少数据量呢？
wangchuang2017
·
2020-06-26 22:38
RNA-seq
中的基因表达量计算和表达差异分析
差异分析的步骤：1）比对；2）readcount计算；3）readcount的归一化；4）差异表达分析；背景知识：1）比对：普通比对：BWA，SOAP开大GAP比对：Tophat（Bowtie2）；2）Readcount(多重比对的问题）：丢弃平均分配利用Uniqueregion估计并重新分配表达量计算的本质目标基因表达量相对参照系表达量的数值。参照的本质：（1）假设样本间参照的信号值应该是相同的
宁生信
·
2020-06-26 12:20
RNAseq
没有生物学背景的数据分析很危险
前些天我在介绍GEO数据挖掘技术应用到
RNA-seq
数据分析的推文：GEO数据挖掘技术可以应用到表达芯片也可以是转录组测序布置了一个作业：下载到GSE106292数据集的Excel表格如何读入R里面，做出作者文章的那样的图
生信技能树
·
2020-06-26 01:58
RNA-seq
练习 第二部分（基因组序列下载，注释文件下载，索引下载，比对，比对质控,HTseq-count计数，输出count矩阵文件）
参考基因组下载有三大全文网站提供参考基因组下载，它们分别是：1.NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc）2.UCSC(http://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.html)3.Ensemble（http://asia.ensembl.org/index.html?redirect=no）目前最常用的人和小鼠的参考基因组版本如
生信start_site
·
2020-06-25 15:40
复现Cell附图 |类器官的单细胞分析
类器官的单细胞分析NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于
RNA-seq
你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典
·
2020-06-24 21:25
听哈佛大神讲怎么做单细胞转录组GSEA分析
前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于
RNA-seq
你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典
·
2020-06-24 21:53
新冠患者样本单细胞测序文献汇总
科研工作者的信仰就是将真相大白于天下NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于
RNA-seq
你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典
·
2020-06-24 21:52
一个R包玩转单细胞免疫组库分析，还能与Seurat无缝对接
单细胞免疫组库数据分析NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于
RNA-seq
你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述
生信宝典
·
2020-06-24 21:52
Nature Metabolism I 衰老的单细胞组学研究进展及展望
单细胞组学和衰老研究的二三事NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于
RNA-seq
你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述
生信宝典
·
2020-06-24 21:21
Science | 单细胞分析人类胸腺发育的细胞图谱
关于人类胸腺细胞的发育及T细胞的发育成熟NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于
RNA-seq
你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典
·
2020-06-24 21:21
一文看懂PCA主成分分析
前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于
RNA-seq
你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典
·
2020-06-24 21:20
代码分析 | 单细胞转录组clustering详解
聚类可视化NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于
RNA-seq
你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典
·
2020-06-24 21:20
生物信息
单细胞
代码分析 | 单细胞转录组质控详解
前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于
RNA-seq
你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典
·
2020-06-24 21:20
单细胞
生物信息
代码分析 | 单细胞转录组Normalization详解
标准化加高变基因选择NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于
RNA-seq
你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：
生信宝典
·
2020-06-24 21:20
生物信息
遗传所屠强研究组开发Decode-seq方法显著提高差异表达基因分析的准确性
转录组分析的正确姿势（第三版）前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于
RNA-seq
你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典
·
2020-06-24 21:50
生物信息
Nature重磅综述 |关于
RNA-seq
，你想知道的都在这
摘要RNA测序（
RNA-seq
）在过往十年里逐渐成为全转录组水平分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具。随着二代测序技术(NGS)的发展，
RNA-seq
的应用也越来越广。
生信宝典
·
2020-06-24 21:49
R
生物信息
RNA-seq-质控>生成bam文件
好像不太对下载参考基因组解压，最后一个tar-zxvfhg38.chromFa.tar.gz是正解前面把文件名改了，出了错先收集老大的一个
RNA-seq
实战-超级简单-2小时搞定！
小梦游仙境
·
2020-06-24 16:39
10X单细胞样本制备通识PPT ||Cell Prep Workshop for Single Cell
RNA-seq
Experiments
本文介绍了10X单细胞样本制备的一般方法，样本制备是一个探索的过程，特别是对一些没有测试过的物种（器官）来讲。为了建立起我们对样本制备的基本框架，下面先载一段：用无菌剪刀或手术刀将组织切成2-4毫米的碎块。在冰上将碎组织加入适当的缓冲液或平衡盐溶液中，清洗2-3次。这里一般会采用预冷的生理盐水/PBS/培养基等等，此外为了减少细胞损伤，还可以根据情况添加FBS或者BSA。加入适量的酶，并在最佳温度
周运来就是我
·
2020-06-24 13:01
RNA-seq
(3):学习笔记 序列对比
主要参考网站：chip详细分析流程序列比对：Hisat21.需要建立一个index文件有两种方法。为啥要这个index？需要把测序数据和这个参考基因组做对比，但是又不能直接和基因组做对比，不然哪儿跟哪儿可能区分不开，只能拿个简化版的注释文件做对比。第一种，直接去HISAT2这个网站下载就好了。生信小白就是这么干的。这次采用的是mm10j基因组，所以下载了这个，但是，wget方式太慢，又没有迅雷会员
leo12354
·
2020-06-24 03:38
文献阅读High-throughput sequencing of the transcriptome and chromatin accessibility in the same cell
High-throughputsequencingofthetranscriptomeandchromatinaccessibilityinthesamecell这篇文章是在单细胞测序的基础上通过联合ATAC-seq发明了一种新的技术，从而达到在单细胞水平进行
RNA-seq
forever luckness
·
2020-06-24 03:19
文献阅读分析
组学相关文献
RNA-Seq
数据分析
转自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101jl08.html从原始的数据开始，进行reads回帖，到拼接转录本，计算表达量，分析差异表达，最后可视化分析结果。TopHat是一个把reads回帖到基因组上的工具。首先用Bowtie把reads回帖到基因组上，然后通过拼接，我们就可以在基因组上看到一些reads堆叠起来的区域，称为consensus,这
huangliangbo0805
·
2020-06-23 15:08
RNA-seq分析
RNA-seq
snakemake 自动化流程
教程很多，随便列两个，强烈推荐学起来，没有python基础也可以搞定参考1参考2Snakemake搭建生信分析流程-简介snakemake使用笔记[转]snakemake--我最喜欢的流程管理工具主要需要一个snakefile和包含参数信息的config.yaml文件，所以需要编辑这两个文件，运行的时候只要把它们丢到数据所在的目录，使用以下代码运行就行了。#!/bin/bash#SBATCH--j
落寞的橙子
·
2020-06-23 06:58
单细胞转录组测序技术(scRNA-seq)及细胞分离技术分类汇总
其中转录组测序（
RNA-seq
）被广泛应用于测定和描绘各类物种的基因或转录本的表达情况。
dikuangzhong6068
·
2020-06-23 04:33
科普一下qPCR
一般情况下，我们做完
RNA-Seq
后最简单的验证就是做个qPCR对获得的差异基因进行验证。因此这是一条将生信分析文件提升到科学实验文章的捷径。
正踪大米饭儿
·
2020-06-22 15:55
学习基因通路富集分析软件GSEA
当基因组中的所有或大多数基因（例如，
RNA-seq
数据）可获得rank时推荐使用GSEA进行通路富集分析，然而，当仅有一小部分基因具有rank可用时，如，在确定显着突变的癌症基因的实验中，GSEA并不合适
Mingyan_C
·
2020-06-22 11:49
StatQuest学习笔记23——
RNA-seq
简介
前言——主要内容这篇笔记是StatQuest系列笔记的第58节，主要内容是讲
RNA-seq
的原理。StatQuest系列教程的58到62节是协录组测序的内容。
backup备份
·
2020-06-22 10:02
第10篇：ATAC-Seq、ChIP-Seq、
RNA-Seq
整合分析
从
RNA-Seq
层面，我们可以探究哪些基因具有显著差异，上调或下调；从ChIP-Seq层面，我们可以研究某个特定转录因子的调控作用；从ATAC-Seq我们可以了解到染色质可及性的动态变化，由于染色质的可及性与调控元件或转录因子的结合密切相关
六六_ryx
·
2020-06-22 05:17
TCGA下载
RNA-seq
数据的区别
现UCSCxena已经将TCGA数据汇总整理得很好了，连表达矩阵都已转换完成。但如果有心就会发现，UCSC上的RNAseq数据有3个下载链接，以下将以cohort:TCGABreastCancer(BRCA)为例做一整理说明：https://xenabrowser.net/datapages/?cohort=TCGA%20Breast%20Cancer%20(BRCA)&removeHub=htt
白介素2
·
2020-06-22 00:52
2018-6-15转录组学习1 文献阅读与数据下载
AKAP95regulatessplicingthroughscaffoldingRNAsandRNAprocessingfactors.NatCommun2016Nov8;7:13347.PMID:27824034从文献中可以得到
RNA-seq
L_yivs
·
2020-06-22 00:06
单细胞转录组测序技术(single cell
RNA-seq
)及细胞分离技术分类汇总
其中转录组测序（
RNA-seq
）被广泛应用于测定和描绘各类物种的基因或转录本的表达情况。
AIPuFu
·
2020-06-21 16:54
单细胞测序
生物信息学
生物学
送书 | 哈佛大学单细胞课程：笔记汇总前篇
经典赏析NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于
RNA-seq
你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典
·
2020-06-21 04:20
复现原文（二）：Single-cell RNA sequencing of human
NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于
RNA-seq
你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典
·
2020-06-21 04:49
复现原文（一）：Single-cell RNA sequencing of human kidney（step by step）
https://www.nature.com/articles/s41597-019-0351-8NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于
RNA-seq
你想知道的全在这）、ChIP-seq
生信宝典
·
2020-06-21 04:49
代码分析 | 单细胞转录组数据整合详解
两种整合方法详解NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于
RNA-seq
你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典
·
2020-06-21 04:49
生物信息
单细胞
哇！单细胞测序-配体受体互作分析原来可以这么简单又高大上！
NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于
RNA-seq
你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典
·
2020-06-21 04:49
单细胞分析Seurat使用相关的10个问题答疑精选！
NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于
RNA-seq
你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典
·
2020-06-21 04:48
单细胞
RNA-seq
分析
一、单细胞singlecellRNA-seq简介1、BulkRNA-seq(大量
RNA-seq
)MeasurestheaverageexpressionlevelforeachgeneacrossalargepopulationofinputcellsUsefulforquantifyingexpressionsignaturesfromensembles
ddupyy
·
2020-06-21 03:29
生信
重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 （原理、代码和评述）
Abstract单细胞
RNA-seq
使研究者能够以前所未有的分辨率研究基因表达图谱。这一潜力吸引着更多科研工作者
生信宝典
·
2020-06-20 21:51
高通量测序数据分析：
RNA-seq
本文围绕
RNA-seq
学习路线进行生信入门，主要内容有：☆
RNA-seq
方法原理☆
RNA-seq
的生物信息分析1.数据获取测序数据下载与处理（SRAToolkit）测序数据质控与过滤（fastp）2.序列比对
精分大神
·
2020-06-20 15:56
生信菜鸡来了
生物学
数据分析
RNA-seq
摸索：1.配置环境
2020.3.26在新的虚拟机里安
RNA-seq
所需的软件参考这篇我觉得学
RNA-seq
必看的文献！！
没有猫但是有猫饼
·
2020-06-06 14:12
bioinfo100 —— 第35题
RNA-Seq
数据的定量之RPKM和FPKM
根据之前的规划，我们将用接下来的几期问题来探索一下
RNA-Seq
定量的问题，也就是要探索一下我们常说的RPKM，FPKM，
RachaelRiggs
·
2020-05-26 15:54
RNA-Seq
分析|RPKM, FPKM, TPM, 计算对比
在高通量测序当中，很重要的一块就是检测基因的表达量，它是差异分析和转录组数据分析的基础。与q-PCR相似，基因表达量的衡量也是采取相对定量的方法。落在一个基因区域内的readcounts数目取决于基因长度和测序深度。1.基因长度的影响在同一个样本中，基因越长，随机打断得到的片段就越多，该基因被测到的概率就越大，比对到该基因的reads就越多。2.测序深度的影响不同样本里，样本的测序深度越高，同一基
cHarden13
·
2020-05-23 16:58
GDCRNATools简介
article/34/14/2515/4917355首先，这个R包的功能还是比较强大的，GDC是GenomicDataCommons的简写，这个包的主要功能是可以分析ceRNA的调节网络其次这个包可以分析
RNA-seq
小潤澤
·
2020-05-21 12:56
2020-05-08 复现GSE137675
RNA-Seq
结果(2)：下游分析
将上游分析最后得到的counts.txt读入到R中rm(list=ls())#魔幻操作，一键清空~options(stringsAsFactors=F)#关闭字符串转因子选项#读入featureCounts的表达矩阵datalogFC_cutoff,ifelse(DEG$log2FoldChange>logFC_cutoff,'UP','DOWN'),'STABLE'))table(DEG$cha
猫叽先森
·
2020-05-08 01:35
2020-05-08 复现GSE137675
RNA-Seq
结果(1)：上游分析
创建项目cd/data/projectmkdir-pGSE137675&&cdGSE137675workdir=/data/project/GSE137675下载原始FastQ数据cd${workdir}mkdir-pfqcdfq1.1使用循环创建下载地址文件foriin{78..89}doecho"fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR101/0${i}/SRR10
猫叽先森
·
2020-05-08 01:35
转录组分析1——原始数据以及过滤
RNA-Seq
的数据，目前普遍是使用counts数据进行差异分析，但是counts数据进行差异分析就要对counts数据进行标准化。
猪莎爱学习
·
2020-05-03 14:27
SNARE-seq：
RNA-seq
和ATAC-seq合体
直接通过转录组的结果并不能得到TF上游开放染色质的信息，也就是说，要构建一个完整的调控网络，
RNA-seq
和ATAC-seq往往是需要结合分析的。虽然已经有很多算法可以实现多组学数据整
Shaoqian_Ma
·
2020-05-01 12:20
R包biomaRt: 转换ID、注释基因、GO通路
从我写的
RNA-seq
摸索：4.edgeR/limma/DESeq2差异基因分析→ggplot2作火山图→biomaRt转换ID并注释中提取出来这部分，方便以后修改补充参考这篇1我们利用useMart(
没有猫但是有猫饼
·
2020-04-21 10:14
Hisat2的使用说明
一、比对原理原文：HISAT:afastsplicedalignerwithlowmemoryrequirements.摘要1、Hisat是一种高效的
RNA-seq
实验比对工具2、它使用了基于BWT和Ferragina-manzini
一只烟酒僧
·
2020-04-19 11:14
上一页
11
12
13
14
15
16
17
18
下一页
按字母分类：
A
B
C
D
E
F
G
H
I
J
K
L
M
N
O
P
Q
R
S
T
U
V
W
X
Y
Z
其他