RNA-seq 第5页

每日文献：2018-01-25

而目前RNA-seq数据又是特别的多，所以

xuzhougeng·2023-06-09 19:35

RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics RNA-Seq:转录学的革命性工具

RNA-Seq:arevolutionarytoolfortranscriptomicsRNA-Seq:转录学的革命性工具转录组研究：从芯片到RNA-Seq摘要：新一代测序技术在爆炸式发展的同时，也衍生出许多其他技术创新

wangchuang2017·2023-06-09 15:13

实用干货 | 单细胞转录组测序分析—10x参考基因组组装

与常规的RNA-Seq一样，10x单细胞RNA-Seq也需要测序数据比对到参考基因组进行基因的定量。那么参考基因组的质量就对单细胞的分析结果有着重大的影响。

百奥益康·2023-06-09 04:10

【生信】R语言在RNA-seq中的应用

R语言在RNA-seq中的应用文章目录R语言在RNA-seq中的应用生成工作流环境读取和处理数据由targets文件提供实验定义对实验数据进行质量过滤和修剪生成FASTQ质量报告比对建立HISAT2索引并比对读长量化读段计数样本间的相关性分析差异表达分析运行

Dream of Grass·2023-06-08 22:23

分子生物学中的DNA“链”

分子生物学中的DNA“链”在进行生信分析的过程中，经常会被基础的分子生物学概念所困扰，如在学习RNA-seq的链特异性建库（rf(fr-firststrand)；fr(fr-secondstrand))

想做合格的python小工蚁·2023-06-08 22:42

瞬息万变不过RNA——转录组测序常见问题集锦

【Q&A】瞬息万变不过RNA——转录组测序常见问题集锦来源：发表日期：2018-08-03浏览量：90什么是转录组测序转录组测序（即RNA-seq）是RNA研究很重要的手段，研究对象为特定样本在某一功能状态下所能转录出来的

wangchuang2017·2023-06-07 14:49

高分文献速递｜单细胞及空间转录组测序文献汇总导读（202108下期）

空间转录组是从空间层面上解析RNA-seq数据的技术，

SBC生物芯片·2023-06-07 02:28

TEtranscripts--计算转座子(TEs)在RNA-seq中的定量和差异表达

写在前面，最近为了解决这个问题，看了很多软件，要么是单细胞技术，要么是物种限制，总之花了挺多时间。本来打算使用SQuIRE，但是卡在了BUILD_refGene.txt(基因注释和TE文件的格式上)，只得作罢，改用这个TEtranscripts.下载wgethttps://github.com/mhammell-laboratory/TEtranscripts/archive/refs/tags/

寒山梦绮·2023-05-05 22:20

NGS分析手把手教学：零基础RNA-seq转录组分析实践，两套方案(2023年最新）

这次是RNA-seq转录组分析。本文主要是指导操作流程，不会浪费篇幅在解释RNA-seq原理上。本章会使用人类基因组，比较组间的差异基因。其他物种的数据同样适用。

Jason数据分析生信教室·2023-04-24 10:38

10X单细胞（10X空间转录组）多样本基因表达动态分析之Lamian

看看简介基于单细胞RNA-seq(scRNA-seq)数据的伪时间分析已被广泛用于研究沿连续生物过程的动态基因调控程

Evil_Genius·2023-04-20 18:32

RNA-seq中的常见问题汇总

我的回答是：RNA-Seq不能代替WES完

一只烟酒僧·2023-04-20 13:17

今天来聊聊单细胞测序：单细胞RNA-seq质量控制

单细胞RNA-seq(scRNA-seq)是一种有前途的技术，以表征和解剖细胞间的变化。然而，技术噪音和生物内在可变性的混合使得分离技术制品和真正的生物变异细胞特别具有挑战性。

伍鸿荣·2023-04-20 10:48

2021-06-29 转录数据的差异分析(DESeq2包)

本研究使用RNA-seq分析了四种不同的经地塞米松(一种合成糖皮质激素分子)处理的ASM细胞系的基因表达变化。他们发现了一些差异表达基因，并将地塞米松处理的ASM细胞与对照细胞进行了比较，但主

学习生信的小兔子·2023-04-20 04:05

12月week4文献阅读：Single-cell RNA-seq highlights intra-tumoral heterogeneity and malignant progression...

Single-cellRNA-seqhighlightsintra-tumoralheterogeneityandmalignantprogressioninpancreaticductaladenocarcinomaABSTRACTPancreaticductaladenocarcinoma(PDCA)isthemostcommontypeofpancreaticcancerfeaturedwi

米妮爱分享·2023-04-20 03:45

RNA 7. SCI 文章中的基因表达——主成分分析 (PCA)

在RNA-seq中，主成分分析（PCA）是最常见的多元数据分析类型之一，这期主要介绍一下利用已有的表达差异数据如何分析，别着急，见下文。

桓峰基因·2023-04-19 07:36

转录组分析所需软件

SAMtools，Stringtie/Htseq，Deseq首先先下个conda，便于下载某些软件：1.先将这个链接中的命令跟着走一遍（安装的时候如果失败/出错，重新试一次就可以了，它经常出错）：用conda安装RNA-seq

清珺·2023-04-19 00:54

数据分析：RNA-seq数据的批次校正方法

RNA-seq数据的批次校正方法bulk-RNAseq过程可能存在不同建库批次以及不同测序深度带来的如测序深度等batcheffects，那么该如何整合这些数据。

华仔少年·2023-04-18 13:46

文献阅读|单细胞+空间转录组-胰腺导管癌

Integratingmicroarray-basedspatialtranscriptomicsandsingle-cellRNA-seqrevealstissuearchitectureinpancreaticductaladenocarcinomas标题：结合基于微阵列的空间转录组和单细胞RNA-seq

_十三·2023-04-18 05:34

比对软件STAR的使用

在之前的学习和练习里，比对这一步我使用过bowtie2（DNA比对）和hisat2（RNA-seq比对），现在学习另一个很火的软件：STAR。

生信start_site·2023-04-18 00:47

陈巍学基因视频学习笔记--视频9：small RNA-seq

前期笔记陈巍学基因视频学习笔记--视频1：Illumina测序化学原理陈巍学基因视频学习笔记--视频7：RNA-seq方法和应用陈巍学基因视频学习笔记--视频8：外显子测序第一部分：smallRNA-seq

冻春卷·2023-04-17 20:43

七-RNA-seq

RNA-seq(RNAsequence)RNA的高通量测序——帮助了解各种比较条件下，所有基因的表达情况的差异eg:正常组织和肿瘤组织之间的差异检测药物治疗前后，基因表达的差异检测发育过程中，不同的发育阶段

浪逐风华·2023-04-15 18:18

陈巍学基因视频学习笔记--视频1：Illumina测序化学原理

RNA-Seq的原理我在一年前看过超过9个视频简介，但是还是没学得咋样，这两天在家又看了一遍陈巍学基因，大致明白了illumia的测序原理，可见学习有时候需要循序渐进，即使一开始花了很大的苦功，也不见得就可以理解

冻春卷·2023-04-15 14:33

第二次RNA-seq实战总结（1）软件的准备

在经历了第一次做·RNA-seq的摸爬滚打之后，我大概对RNA-seq的流程和要使用的软件有了一些了解，并知道了它们的用法，于是便做了第二次的RNA-seq，然后想做一个总结笔记1.原始数据下载软件AsperaAspera

邱俊辉·2023-04-15 10:08

Genomic Data Science- JHU Course 2 Genomic Data Science with Galaxy 笔记

IntroductionGalaxy是一个公开的基因组学分析平台，包含了一系列流程化分析工具，针对质控、组装、注释以及包括Chip-seq、RNA-seq、变异鉴定等常见的组学流程pipeline。

精神秃头生信小伙儿·2023-04-15 06:56

主成分分析-PCA图的优化（R语言）

在RNA-seq中，主成分分析（PCA）是最常见的多元数据分析类型之一。基因表达定量后获得了各样本中所有基

纪伟讲测序·2023-04-14 16:59

RNA-seq转录组数据分析丨一套完整的案例流程

今天分享的学习笔记是一套转录组分析简单流程，适用于初学者入门阅读，从原始测序数据开始，经过质控、序列比对、定量表达、差异表达、功能富集等一系列分析步骤，最终获得基因表达信息。本文所有数据都经过特殊修改，仅供学习参考使用。转录组是在特定时空条件下细胞中基因转录表达产物，广义的转录组包括信使RNA，核糖体RNA，转运RNA及非编码RNA，狭义上是指所有mRNA的集合，转录组分析能够获得不同基因的表达情

生信分析笔记·2023-04-13 16:10

1.单细胞 RNA-seq：单细胞RNA测序介绍

为什么要学习单细胞RNA-seq？在人体组织中，细胞类型、状态和相互作用是非常多种多样的。

denghb001·2023-04-13 11:16

RNA-seq入门实战（四）：差异分析前的准备——数据检查

本节概览：数据预处理,进行样本间具有可比性boxplot查看样本的基因整体表达情况查看不同分组的聚类情况：样本hclust图、距离热图、PCA图、差异基因热图、相关性热图承接上节RNA-seq入门实战（

嘿嘿嘿嘿哈·2023-04-12 22:02

使用Celaref包进行单细胞类型注释分析（一）：Celaref Overview and Installation

Celaref包简介单细胞RNA-seq测序（scRNA-seq）技术可以解析组织或样品内的细胞异质性，并查看特定细胞类型的特征和变化情况。

Davey1220·2023-04-12 16:45

RECORD MY GRADUATION THESIS: 生态环境中的小可爱_枝角类_201905于狮子山-2

第二章微型裸腹溞孤雌溞和有性雌溞RNA-seq与iTRAQ蛋白分析2.1前言微型裸腹溞（Moinamicrura）隶属节肢动物门（Arthropoda）、甲壳纲（Crustacea）、鳃足亚纲（Branchiopoda

怡然i_好久不见·2023-04-12 14:00

陈巍学基因视频学习笔记--视频10：单细胞DNA测序

前期笔记陈巍学基因视频学习笔记--视频1：Illumina测序化学原理陈巍学基因视频学习笔记--视频7：RNA-seq方法和应用陈巍学基因视频学习笔记--视频8：外显子测序陈巍学基因视频学习笔记--视频

冻春卷·2023-04-12 14:52

RNA-seq入门实战（一）：上游数据下载、格式转化和质控清洗

RNA-seq入门实战整体分析流程本节概览：1.在文章中找到GEOaccessionnumber,从NCBI获取数据SRR号2.在linux中使用prefetch命令根据SRR号下载SRA文件3.使用fasterq-dump

嘿嘿嘿嘿哈·2023-04-12 12:16

单细胞转录组测序知识一隅

单细胞RNA-Seq提供成千上万个单个细胞的转录谱，这种水平的通

生信阿拉丁·2023-04-12 07:16

单细胞文章（一些老方法的创新使用）Single-Cell RNA-Seq Reveals AML Hierarchies Relevant to Disease Progression and ...

今天分享一篇发表于cell的文章，其中很多方法十分的经典，希望大家可以借鉴。summaryAcutemyeloidleukemia(AML)（急性粒细胞白血病）是一种异质性的疾病，位于复杂的微环境中，使得了解不同细胞类型如何促进疾病进展的工作复杂化。结合单细胞转录组和基因分型技术------16个病人和5个正常患者，然后，我们应用机器学习分类器来区分恶性细胞类型的频谱，这些恶性细胞类型的丰度在患者

Evil_Genius·2023-04-12 04:47

RNA-seq从入门到自闭（数据下载）

使用TBtools，大家可以轻松从NCBI和ENA获得文件的下载地址。接下来就是下载SRA文件。sra文件的下载方式有很多种，你可以用迅雷离线拖，百度离线下载，也可以用选择网页下载。在这里我简单介绍上述方法外的三种下载方式。1.wget下载wget是linux下常用的下载方式，首先你需要安装linux。如果你是win10系统，把系统升级到最新版也能安装一个linux系统。具体安装方法可以参考下面的

邵扬_Barnett·2023-04-11 18:24

RNA-seq入门实战（三）：从featureCounts与Salmon输出文件获取counts矩阵

本节概览：从featureCounts输出文件中获取counts与TPM矩阵:读取counts.txt构建counts矩阵；样品的重命名和分组；counts与TPM转换；基因ID转换；初步过滤低表达基因与保存counts数据从salmon输出文件中获取counts与TPM矩阵:用tximport包读取quant.sf构建counts与TPM矩阵；样品的重命名和分组；初步过滤低表达基因与保存coun

嘿嘿嘿嘿哈·2023-04-11 16:56

RNA-seq入门实战（十）：PPI蛋白互作网络构建（下）——Cytoscape软件的使用

蛋白互作节点信息导入、其他注释信息的导入3.PPI网络图绘制：➀选取部分节点展示➁AnalyseNetwork➂node节点与edge连线的调整➃layout排布调整➄图像导出4.Apps的使用:待更新...顺接上节RNA-seq

嘿嘿嘿嘿哈·2023-04-11 09:10

RNAseq教程(1.1)

前言本教程来自与我保存在github上的RNAseq教程这是一个RNA-seq分析的教学教程和工作演示流程，包括介绍云计算(不介绍了，直接从第二章开始)、下一代序列文件格式、参考基因组、基因注释、表达分析

周小钊·2023-04-11 04:01

RNA-seq学习：No.6富集分析--GESA

如前所说，过表达富集分析有不少缺点。因此以GSEA为代表的FCS方法也是人们所倾向的选择。接下来将简单了解下方法原理，并利用差异分析数据实操一遍~1、基础知识GSEA,genesetenrichmentanalysis属于第二代富集分析方法--FCS(FunctionalClassScoring)功能集打分的范畴。（1）原始分析数据为差异分析所得到的所有有效结果（不需要过滤），取其中的的基因名（需

小贝学生信·2023-04-11 00:46

单细胞36计之17抛砖引玉---使用Seurat对空间转录组数据集进行分析，可视化和集成

概述本教程演示了如何使用Seurat（>=3.2）分析空间分辨的RNA-seq数据。

Seurat_Satija·2023-04-10 07:52

生物医学研究和临床应用中单细胞RNA-seq数据分析指南

作者，EvilGenius时光飞逝，且行且珍惜。单细胞RNA测序(scRNA-seq)在生物医学研究中的应用，提高了对疾病发病机制的认识，并为新的诊断和治疗策略提供了有价值的见解。随着包括临床样本在内的高通量scRNA-seq数据的扩大，对这些大量数据的分析已经成为进入这一领域的研究人员的一个必须面对的前景。在这里，回顾了典型scRNA-seq数据分析的工作流程，包括原始数据处理和质量控制，适用于

Evil_Genius·2023-04-09 23:55

服务器 | 安装最新版R和Rstudio（3.5.3）

近来，再分析师兄的RNA-seq数据，两种处理5个时间点，差异基因很少，表型数据很多，想着再做个WGCNA分析。1.R安装目前，最新版本为R3.5.3，以此为例！

溪溪溪溪溪川·2023-04-09 12:22

GEO数据库视频学习笔记（芯片数据下载和数据读取）

之前写的的CHIP-seq和RNA-seq很多练习的数据都是从GEO数据库下载的。但是从来没有细致的了解过GEO这个数据库。

生信start_site·2023-04-09 07:06

rna-seq定量分析流程

started12/05/2020rna-seq公司测出来的真是玄学数据，或许是重复测得太少了，反正测出来重复率都不是很好，这次重新分析，去掉两个不太好的重复之后再进行定量分析，记录一下流程。从read比对结果中获取定量数据现在我手头已经有公司质控过后的rawdata，并且也已经通过hisat2和samtools拿到了bam文件，想进一步进行定量分析，首先需要对基因（转录本）的表达进行定量，我觉得

无人写诗的日落·2023-04-08 09:26

【珍藏版】热点综述 | 人类脑疾病的多组学数据资源和综合分析总结

回顾了近年来单细胞技术在大脑研究中的发展（如单核RNA-seq、单细胞ATAC-seq和空间转录组学），同时进一步研究

尐尐呅·2023-04-07 22:28

7.单细胞 RNA-seq：单细胞归一化和识别高变基因

归一化和回归不必要的变异现在我们有了高质量的细胞，我们首先需要探索我们的数据并识别任何不需要的变异来源。然后我们需要对数据进行归一化，执行方差稳定并回归对我们的数据有影响的任何协变量的影响。image目标：准确标准化和缩放基因表达值，以解决测序深度和过度分散计数值的差异。找出最有可能指示不同细胞类型的变异基因。挑战：检查并消除不必要的变异，避免下游人为原因导致的细胞聚集建议：在执行聚类之前，要很好

denghb001·2023-04-06 01:17

RECORD MY GRADUATION THESIS: 生态环境中的小可爱_枝角类_201905于狮子山-3

第三章隆线溞不同生殖个体间RNA-seq与miRNA-seq分析3.1前言隆线溞（Daphniacarinata）隶属节肢动物门（Arthropoda）、甲壳纲（Crustacea）、鳃足亚纲（Branchiopoda

怡然i_好久不见·2023-04-05 23:02

Seurat4.0系列教程11：使用sctransform

单细胞RNA-seq数据中的生物异质性经常受技术因素（包括测序深度）影响。每个细胞中检测到的分子数量在细胞之间可能显著变化，即使在相同的细胞类型内也是如此。

Seurat_Satija·2023-04-05 03:00

Seurat4.0系列教程22：空间转录组的分析、可视化与整合

虽然分析流程类似于单细胞RNA-seq分析的Seurat工作流程，但我们引入了更新的交互和可视化工具，特别强调了空

Seurat_Satija·2023-04-05 03:21

基因组序列比对算法介绍（一）

（reference）进行匹配，允许错配（mismatch），插入缺失（indel），目的是在参考基因组找到序列最相似的位置，通常是基因组分析(包括variationcalling，ChIP-seq，RNA-seq

基因组分析·2023-04-04 22:13

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