RNA-seq

RNA-seq 保姆教程：差异表达分析（二）

介绍RNA-seq目前是测量细胞反应的最突出的方法之一。RNA-seq不仅能够分析样本之间基因表达的差异，还可以发现新的亚型并分析SNP变异。
冷冻工厂·2022-11-20 21:19

RNA-seq 保姆教程：差异表达分析（一）

介绍RNA-seq目前是测量细胞反应的最突出的方法之一。RNA-seq不仅能够分析样本之间基因表达的差异，还可以发现新的亚型并分析SNP变异。
冷冻工厂·2022-11-20 21:48

Nature重磅综述;关于机器学习应用单细胞组学+RNA-seq,你想知道的都在这

单细胞多组学技术”和“空间转录组技术”先后在2019年和2020年被NatureMethods评为年度技术方法。时间和空间维度多维研究技术结合，将以全新研究思路出发，既能够获得单个细胞间异质性，又能获得细胞在组织空间上的结构位置信息，发现更多未知且精细化结果。总而言之，单细胞测序+空间转录组测序：优势互补，同时获得细胞类型群体，以及基因表达和细胞的空间位置信息。空间转录组能够定位和区分功能基因在特
生信宝典·2022-11-20 21:42

哈佛大学单细胞课程|笔记汇总 （六）

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-11-20 21:11

【一文读懂生物学重复与技术重复】

在RNA-Seq等测序设计中，生物学重复和技术重复，是非常需要注意的问题。那么问题就来了，生物学重复和技术重复，到底是什么？它们是如何影响我们的实验设计的。
陈有朴·2022-11-20 03:12

易基因｜DNA甲基化和单细胞RNA-seq联合揭示空气污染对复发性流产的表观遗传影响

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2022年08月23日，《ClinEpigenetics》杂志发表了题为“Integratedsingle-cellRNA-seqandDNAmethylationrevealtheeffectsofairpollutioninpatientswithrecurrentspontaneousabortion”的研究文章，该研究通过常规R
易基因科技·2022-11-19 11:25

多样本转录组数据分析流程

基于此，已经开发了3'RNA-seq技术，即只通过对mRNA的3'端进行测序并标记上barcode，可以有效降低测序数据量以及建库过程，从而使得大规模转录组测序得以实现。此文章旨在对该技
BrpTCP·2022-11-15 20:11

TCGA下载基因表达矩阵、可视化分析

方法1：选择RNA-Seq找TSV格式open的文件加入购物车进入到购物车点download--cart打开下载后的tsv格式文件方法2：(9条消息)基于TCGA数据库的差异基因分析实现_学习的派大星的博客
偷了月亮的猫猫·2022-11-02 11:23

RNA-seq | 转录组标准分析流程和常用工具软件介绍

笔记内容摘要：RNA-seq转录组基础知识与标准分析流程，简单记录学习过程。转录组分析是对样本转录产物RNA的深入挖掘研究。
·2022-10-08 18:42

文献阅读【RNA-seq数据归一化】

最近一直在做lncRNA的分析，其中的lncRNA的差异表达分析中，需要对readscount进行归一化，之前没有考虑很多，就用的通常的流程：hisat2→stringtie→prepDE.py/featureCount→DESeq2其中的DESeq2的归一化部分，也是我们通常称的标准化，是我们关注的重点，DESeq2主要原理：通过计算一个归一化因子，并进行变换，进而提高中等表达基因的地位。归一化
·2022-10-07 22:31

芯片数据和RNA-seq的差异分析流程

由于太久没有分析过bulk数据了，前几天突然被要求分析一个文章的数据时有点乱了手脚，所以在这里想总结一下关于芯片数据与seq数据的差异分析流程。假如你是小白，也刚刚了解NGS的冰山一角（我指的是转录组），就不要随随便便拿到数据去跑你那所谓的流程代码，因为很有可能是错的，还得意洋洋（我会鄙视你的）所以这篇blog想要阐明的问题就是：芯片数据和seq数据不同的差异分析流程首先声明，你得去了解什么是基因
汪汪队队长_莱德·2022-10-03 14:27

单细胞文章专列——细胞图谱

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-10-01 19:21

在线绘制RNA-seq，microarray基因表达谱聚类热图heatmap

聚类热图是生物医学论文中最常见的一类图。一般情况下我们认为cluster（聚类）、heatmap（热图）两个词表达的是同一个意思，往往相互替代。然而这两个词还是有区别的，cluster是数据处理，heatmap是数据展示。其过程是：用我们拿到的表达矩阵根据不同的聚类方法和不同的距离算法算出另外一个矩阵，然后对这个矩阵进行上色，以heatmap的形式展示出来，类似excel中的色阶功能。图1.聚类热
余丁，微生信·2022-09-24 07:31

单细胞多模态GAN揭示三阴性乳腺癌的空间模式

目录摘要引言结果scMMGAN整体架构空间、scRNA-seq和蛋白质组学数据之间的映射RNA-seq和ATAC-seq之间的映射三阴性乳腺癌数据的整合局限摘要生物实验数据越来越多地沿着多个不同的模态生成
tzc_fly·2022-09-21 13:07

TCGA下载RNA-seq数据、合并成表达矩阵

记录一下步骤～1、先进入GDC官网GDChttps://portal.gdc.cancer.gov/2、进入官网后是这样的：点击Repository3、点进去之后是下面的第一张图片这样的。（但得先确定自己的Cart里面是空的，这里我之前添加了542个文件，所以cart那里有个542，所以我需要进行清除）清除Cart里的文件：点击cart，点进去之后是下面这样的：然后点击红色的RemoveFromC
猪猪的小笼包·2022-09-13 18:06

TCGA相关分析之数据筛选 | python从TCGA-GBM的RNA-seq表达数据count中筛选出各genes对应的案例cases的表达量count矩阵

上一篇：TCGA下载GBM患者的RNA-seq数据上一篇结束，下载到初始数据（图一图二是下载之后的文件夹以及每一个文件夹中的count数据文件）需要从每一个count数据文件中筛选出gene_name、
哈！小白要成长！·2022-09-13 17:28

手动下载新版的TCGA数据也是可以用TCGAbiolinks包整理的

很多人因为网络原因不能使用TCGAbiolinks这个神包下载TCGA的RNA-seq数据，只能通过浏览器访问GDCTCGA的官网进行下载，而下载后得到的是一个个文件夹，对于如何整理成一个表达矩阵也是很麻烦的
阿越就是我·2022-09-13 17:48

RNA-seq 分析流程（一）linux部分

基于miniconda3进行linux部分分析,由于很多软件是基于Python3.7写成的，建议使用Py3.7版本的miniconda3miniconda3安装及注意事项见：https://www.jianshu.com/p/914edc1de634https://www.jianshu.com/p/42b7598fbc34https://www.jianshu.com/p/e620115f731
煮梦斋_bioinfo·2022-09-04 22:17

RNA-seq入门实战（十一）：WGCNA加权基因共表达网络分析——关联基因模块与表型

本节概览1.WGCNA基本概念：定义、关键术语、基本流程、一些注意事项2.WGCNA运行：⓪输入数据准备①判断数据质量，绘制样品的系统聚类树②挑选最佳阈值power③构建加权共表达网络（一步法和分步法），识别基因模块④关联基因模块与表型：模块与表型相关性热图、模块与表型相关性boxplot图、基因与模块、表型相关性散点图⑤WGCNA的标配热图，模块相关性展示⑥对感兴趣模块的基因进行批量GO分析⑦感
嘿嘿嘿嘿哈·2022-08-29 00:01

2022-07-02 RNA-seq处理流程

对于RNA-seq实验与分析流程是三天前开始学习的，简单记录一下。RNA-seq实验可以捕获全部RNA（不区分类型），也可以根据成熟转录本尾部特异性polyA尾巴特异性选择mRNA。
Zheng_xy·2022-08-25 13:01

inferCNV安装与了解

inferCNV:inferCNV用与探索肿瘤单细胞RNA-seq数据，分析其中的体细胞大规模染色体拷贝数变化(copynumberalterations,CNA),例如整条染色体或大片段染色体的增加或丢失
方小白呀·2022-07-27 15:55

RNA-seq入门实战（六）：GO、KEGG富集分析与enrichplot超全可视化攻略

富集4.用enrichplot进行富集结果可视化：pathviewgoplotbarplotdotplotcnetplotemapplottreeplotheatplotupsetplot承接上期文章：RNA-seq
嘿嘿嘿嘿哈·2022-07-26 23:31

【RNA-Seq 实战】一、数据处理流程

这里是佳奥，终于来到了转录组分析部分，让我们开始吧！1数据资源下载，参考基因组及参考转录组gtfgenome.fa1.1确定项目物种NCBIUCSCEnsembol：三个数据库的ftp服务器Google搜索：hg38ftpucsc参考基因组网站：image.png我选择基因组最小之一的肠杆菌Cionaintestinalisgenomeimage.png其中ci3.fa.gz就是我们的目标文件。N
佳奥·2022-07-25 17:24

RNA-seq入门（二）质控及fastqc报告解读

一、质控前面我们从GEO下好了SRA数据并转换为fastq文件，现在需要对fastq文件进行质控，这里用的软件为fastqc。首先建好文件夹用来存放数据mkdir01raw02clean03alin04countfastqc1.pngR1=/mnt/d/bioinfo/project/rna/01raw/SRR15859344_1.fastq.gzR2=/mnt/d/bioinfo/project
生信开荒牛·2022-07-23 09:27

跟随美国博导12年，我学到最深刻的不是科研，而是这个。。。

▼生物信息学习的正确姿势（第三版）NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-07-22 10:06

单细胞之轨迹分析-5：slingshot

单细胞之轨迹分析-1：RNAvelocity单细胞之轨迹分析-2：monocle2原理解读+实操单细胞之轨迹分析-3：monocle3单细胞之轨迹分析-4：scVeloslingshot包可以对单细胞RNA-seq
Hayley笔记·2022-07-12 22:31

CIBERSORT初探

简介CIBERSORT这款软件利用反卷积的方法，利用单细胞RNA-seq的数据，提取特征后，反推Bulk-seq各类细胞成分所占比例。
小潤澤·2022-07-05 16:36

单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity

1.loom文件准备由于RNAvelocity分析的前提是要我们从单细胞RNA-seq的数据中区分出未成熟的mRNA(unspliced)和成熟的mRNA(spliced)，所以需要从fastq文件开始
Hayley笔记·2022-07-01 10:01

RNA-Seq(9)：使用GSEA做GO/KEGG富集分析

最广为人知的富集分析做法是把上调、下调基因分别或者合并，拿来做GO和KEGG富集分析。经常有一些数据集，拿差异基因做得不到结果，那是因为确实富集不到任何通路，是正常的。不妨试试GSEA，不是拿差异基因，而是拿全部基因作为输入。GSEA与GO，KEGG分析区别：GO，KEGG分析更加依赖差异基因，实则是对一部分基因的分析(忽略差异不显著的基因)，而GSEA是从全体基因的表达矩阵中找出具有协同差异(c
Z_bioinfo·2022-06-30 19:11

TCGA数据下载和整理的三种方法

TCGA数据下载方法：gdc-client，Xena和gdcRNAtoolsTCGA癌症类型需要下载的数据组学信息（样本）：（存储单个病人表达数据，需整理为表达矩阵）+（存储样本文件的详细信息，可以为RNA-seq
Hayley笔记·2022-06-30 09:18

python数据可视化绘制火山图示例

这一列5.统计个数6.绘火山图7.保存图片导入模块importnumpyasnpimportpandasaspd1.读取测试数据data=pd.read_csv(r'E:\ZYH\R.project\rna-seq
·2022-06-25 19:21

Nat.Rev.Genet丨十二位分子遗传学家万字长文，烛照遗传学和基因组学的未来

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-06-22 12:46

基础——illumina测序原理与细节（以RNA-seq为例）

但随之而来的就有一些问题，比如以RNA-seq为例，如果你是一个经典的从表达矩阵开始的数据分析选手，那其实建库细节对你来说好像也
Bio_Infor·2022-06-22 01:13

RNA-seq入门实战（八）：GSVA——基因集变异分析

本节概览：1.GSVA简单介绍2.基因集的下载读取:手动与msigdbr包下载3.GSVA的运行4.limma差异分析5.GSVA结果可视化：热图、火山图、发散条形图/柱形偏差图1.GSVA简单介绍官方文档：GSVA:genesetvariationanalysis(bioconductor.org)不错的一篇文章：GSVA的使用-raisok定义基因集变异分析(GSVA)是一种特殊类型的基因集富
嘿嘿嘿嘿哈·2022-06-21 21:58

rna聚类分析_实验记录11：scanpy对scRNA-seq数据的聚类分析

R在读取和处理数据的过程中会将所有的变量和占用都储存在RAM当中，这样一来，对于海量的单细胞RNA-seq数据(尤其是超过250k的细胞量)，即使在服务器当中运行，Seurat、metacell、monocle
l鲁波波·2022-06-12 19:04

Challenges in unsupervised clustering of single-cell RNA-seq data

Abstract我们从计算的角度讨论为什么聚类是一个具有挑战性的问题数据的哪些方面使它具有挑战性与已识别种类的生物学解释和注释相关的困难Introduction微流体技术的进步使分离大量细胞成为可能，随着RNA分离和扩增方法的改进，现在可以利用下一代测序技术分析单个细胞的转录组。技术的发展速度惊人。scRNA-seq数据的计算分析涉及几个步骤qualitycontrolmappingquantif
缓慢的爬虫·2022-06-12 19:00

RNA-seq入门实战（二）：上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts 与 Salmon

Salmon:salmonindex用cdna.fa建立索引，salmonquant对cleanfastq文件直接进行基因定量获取ensembl_id或transcript_id转化的对应文件承接上节RNA-seq
嘿嘿嘿嘿哈·2022-06-08 02:22

RNA-seq入门实战（九）：PPI蛋白互作网络构建（上）——STRING数据库的使用

本节概览：1.STRING数据库基本介绍2.STRINGR语言版——STRINGdb的使用：①STRINGdb数据库导入②获取STRING_id③PPI绘制④clustering分簇⑤富集分析⑥获取蛋白互作信息3.STRING网页版的简单使用：文件上传、各选项设置、数据导出在得到我们感兴趣的基因集后，除了对其进行GO等富集分析查看与什么重要的生物学通路相关，还可以进行PPI蛋白互作网络（PPI,P
嘿嘿嘿嘿哈·2022-06-05 00:47

RNA-seq入门实战（零）：RNA-seq流程前的准备——Linux与R的环境创建

RNA-seq入门实战整体分析流程前言：进行RNA-seq入门实战首先需要有一定的linux与R基础，推荐跟着B站生信技能树-jimmy老师学习打牢基础：【生信技能树】生信人应该这样学linux(更新至第
嘿嘿嘿嘿哈·2022-06-04 15:38

一篇文章详解：RNA-seq 数据分析加速

RNAseq，即通过高通量测序技术进行转录组测序分析技术，作为研究RNA的表达水平以及表达差异基因的应用，在过去的十几年内迅速发展。而今，RNAseq在转录本变异检测，基因融合检测，可变剪切检测等场景均有大规模的应用。转录本变异检测，是指通过比较样本RNA序列和参考基因组对应序列，来寻找单碱基多态性和小片段的插入缺失，其结果大多用于治病位点的判断或性状相关的研究。融合基因是指两个或多个基因首尾相连
Eric@Lee·2022-06-02 07:36

干货 | 如何利用RNA-seq数据分析病毒整合情况？

今天和大家分享一个关于利用RNA-seq数据分析病毒整合情况的应用。一个关于新冠病毒整合的具体应用实例如下，本文中的代码也都参考自这篇文章，大家可以结合自己具体的研究课题做一些尝试。
拾柒Zzz·2022-05-28 16:06

ensembl_id转换与gene symbol基因名去重复的两种方法

在RNA-seq或芯片数据下游分析中经常遇到需要将基因表达矩阵行名的ensembl_id(gene_id)转换为genesymbol(gene_name)的情况，而在转换时经常会出现多个ensembl_id
嘿嘿嘿嘿哈·2022-05-27 23:43

estimate 包所有函数超详细解读及计算免疫浸润评分

estimate包可以通过RNA-seq的数据来计算标本的免疫及机制评分，进而评估肿瘤的纯度，其原理通过特征的肿瘤的RNA-seq的signture来评估以上内容，其输入文件需要的为RNA-seq的矩阵
灵活胖子的进步之路·2022-05-21 06:05

通过整理TCGA数据，探索TNBC癌组织和正常组织的差异基因

试验设计:通过TCGA获取乳腺癌的RNA-seq表达数据，筛选出三阴性乳腺癌的样本，通过比较癌症和正常组织的表达差异。
八月初五_e316·2022-05-10 13:51

无生物学重复RNA-seq原始数据预处理

1：fastq检测测序质量，命令行如下使用tmux将命令挂后台运行，不用担心因为网络问题掉线导致运行终止tmuxnew-sfastqcfastqc-q-t3-o/home/wanghongli/teacherW/BMK_DATA_20220325154115_1/Data/1/*.fq.gz-q：表示quiet，安静运行，最后生成报告-t：表示线程，可以提高计算速度-o：表示输出结果目录运行结束会
Apache_lin·2022-05-03 10:33

有重复样本RNA-seq count数据分析

写在前面：分析之前需要两个文件文件1：countMatrix.txt数据，其中存储着实验组与对照组的基因表达的count值（行是基因，列是样本名）同时注意如果数据里面有缺失值需要进行补缺失值https://www.jianshu.com/p/ed14687738f6。示例数据如下：image.png文件2：samplelInfo.txt数据，其中存储着对样本的介绍。如下：image.png【注意】
Apache_lin·2022-05-01 16:35

放弃Venn-Upset-花瓣图，拥抱二分网络

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-04-17 07:48

放弃Venn-Upset-花瓣图，在线拥抱二分网络

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-04-17 07:48

一篇所有研究生都该读的好文：阳光温热 科研静好

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-04-09 07:41

RNA-seq工作流程：基因水平的探索性分析和差异表达

RNA-seq工作流程：基因水平的探索性分析和差异表达迈克尔·爱1，西蒙·安德斯3，弗拉迪斯拉夫·金4和沃尔夫冈·胡贝尔41美国北卡罗莱纳州教堂山UNC-ChapelHill生物统计学系2美国北卡罗莱纳州教堂山
wangchuang2017·2022-04-07 07:38
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