UCSC 第2页

常见物种参考基因组及注释下载地址汇总

目前常用的参考基因组主要有三个来源：Ensembl:ftp://ftp.ensembl.org/pub/UCSC:http://hgdownload.cse.ucsc.edu/downloads.htmlNCBI

chengchengSY·2023-03-31 17:18

生物信息大数据&数据库（NCBI、EBI、UCSC、TCGA）

想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课，有一章专门讲的数据库与软件：1-生物信息学：导论与方法北大\10生物信息数据库及软件资源一个优秀的生信开发者能够解决如下问题：如何鉴定一个重要的且没有被解决的生物学问题？如何将该问题转化为一个可计算的问题？如何提出一个解决此问题的算法？如何实现该算法？如何评估算法？生信工具使用者需要解决如下问题：每个方法解决的是哪个生物学问题？该方法有哪些基本的假设

weixin_34032621·2023-03-28 20:08

TCGA数据下载与整理-TCGAbiolinks包

2、UCSC—xena:UCSCXena,强推，压缩版，为tsv文件。

young5100·2023-03-28 19:01

UCSC Xena数据下载后的后续分析代码——转载自麦麦大人

#已有UCSCXena数据，进行后续分析rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)##可以直接读没有解压的数据，mRNA-SEQ数据mRNA_HiSeqV2=read.table(“HiSeqV2”,header=T,sep=‘t‘)dim(mRNA_HiSeqV2)mRNA_HiSeqV2[1:4,1:4]#查看NA的数据na.omit(mRNA_HiSeq

whykm·2023-03-28 19:57

VEP

vep-iexamples/homo_sapiens_GRCh37.vcf--formatvcf-otest.out--cache--offline--hgvs--fasta/database/hg19/ucsc.hg19

小七玩数据·2023-03-27 14:49

根据基因名称批量提取基因序列

实验中经常需要从基因组中提取、序列用于设计引物，或者进行基因功能研究等，之前看到别人使用的一个脚本，自己拿来用一下，感觉确实很方便在网站http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin

奔跑的Forrest·2023-03-18 18:13

Biostar handbook学习笔记四

美国国立生物技术信息中心(NCBI)欧洲生物信息学中心(EBI)DDBJ常用基因功能数据库:基因本体数据库（GeneOntology）京东基因与基因组百科全书（KEGG）Interpro蛋白功能数据库常用基因组数据库:UCSC

简书蚕账号·2023-03-18 17:06

生物信息学常用数据库

一.信息类数据库1.综合型数据库NCBI:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/UCSC:http://genome.ucsc.edu/(基因组浏览器)Ensembl:http://

晓佥·2023-03-13 05:54

南方人比雪好玩--us版

今天和美国文学课上一个可爱的小姐姐一起走（之前在学校蜜汁遇到了好多次），然后因为她家在la，之后又在ucsc上学，后来转学来了ucb，totallyacaliforniagirl了。

Sherloki_0b7e·2023-03-11 15:54

获取人类染色体长度及着丝粒(Centromere )和端粒(Telomere)位置

可能有很多人也会需要这些信息，其实这些信息很容易就能从UCSC(https://genome.ucsc.edu/index.html)数据库得到，本文就告诉大家如何

生信学社·2023-03-10 06:26

UCSC xena数据下载教程

UCSCxena网站点击进去界面选择DATASETS选择一个数据中心以及数据集选中个TCGA-CHOL数据集的具体情况临床信息phenotype是指临床信息下面看下count数据界面数据预览该数据已经经过log了由于我们下载的数据，已经是经过log了。加上，我们需要的count数据，我们只能将下载的数据反log处理得到count数据做差异分析，我们只要count就足够了。下面看一下，生存信息生存信

养猪场小老板·2023-03-09 21:32

On Being a Successful Graduate Student

JohnN.ThompsonDepartmentofEcologyandEvolutionaryBiologyUniversityofCalifornia,SantaCruzSantaCruz,CA95064jnthomp@ucsc.edu1Version8.4

arnil530164·2023-02-06 16:49

单基因TCGA的Cox森林图怎么画才好看

首先调取Xena网页的TCGA数据做Cox生存分析，数据可以通过hiplot官网自主研发的ucsc-xena-shiny直接在线获取访问https://hiplot.com.cn/advance/ucsc-xena-shiny

欧阳松·2023-02-03 15:15

使用mysql命令从UCSC数据库获取refseq gene id to gene name

mysql--user=genome-N--host=genome-mysql.cse.ucsc.edu-A-Dhg38-e"selectname,name2fromrefGene">Refseq2Gene.txt

Bio_zouxudong·2023-02-03 00:35

node classification：基于torch_geometric（PyG）框架搭建简单GCN网络对Cora数据集进行训练测试

参考文章：GNN的第一个简单案例：Cora分类PyG文档之二：快速入门1、Cora数据集（1）GNN常用的数据集：https://linqs.soe.ucsc.edu/data（2）Cora数据集是GNN

会飞的咩咩·2023-02-02 07:59

如何提取一个基因组中所有intron

网上有大牛说是用biomart或者ucsc可以，但是不想再花更多时间去摸了。之前写了一个python

Bio_zouxudong·2023-02-02 02:41

GCN、GAT实现Cora数据集节点分类（pytorch-geometric框架）

Cora数据集介绍下载地址：https://linqs-data.soe.ucsc.edu/public/lbc/cora.tgzCora数据集由深度学习论文组成，论文表示为节点，论文之间的引用关系表示为节点之间的边

啊喔呃鸭·2023-01-09 17:05

不合适的人类参考基因组使mapping质量为0

之前抄着gatk的BestPractices做了个somatic的流程，用的是gatk这个页面发布的ucsc.hg19.fasta（md5suma244d8a32473650b25c6e8e1654387d6

无话_·2023-01-02 16:56

不同基因组版本切换

CrossMappipinstallCrossMapCrossMapCrossMap0.6.0documentation下载liftOver文件Indexof/goldenPath/hg19/liftOver(ucsc.edu

超级无敌大蜗牛·2022-12-27 17:37

gtfToGenePred使用问题记录

ucsc的gtfToGenePred软件认为在GTF注释的转录本号相同，就是一个转录本，而这些转录本的位置必须相同，而在GTF中不同基因有多个转录本，这些转录本是不同的但是却没有反应在记录的转录本号上，

SD道法自然·2022-12-15 23:40

2022-11-14 bigwig文件转换为bed文件

在数据分析的时候经常碰到各种文件格式的相互转换，UCSC提供了一些工具。

xiaoguolaile·2022-11-14 17:41

利用UCSC Xena做TCGA数据库的生存曲线分析

利用UCSCXena做TCGA数据库的生存曲线分析UCSC的分析入口打开UCSCXena网站：UCSCXena。

super_qun·2022-11-02 11:25

CSE-111C++讨论

Spring2022•Program1•Overloadingandoperators1of7$Id:asg1-dc-bigint.mm,v1.2672022-04-0312:04:19-07--$/afs/cats.ucsc.edu

·2022-10-12 17:52

生信地基系列--基因组坐标转换工具

(一)-(jianshu.com)NCBI官方基因组坐标转换工具(二)-(jianshu.com)（1）RemapCoordinateremappingservice:NCBI(nih.gov)(2)UCSC

可能性之兽·2022-08-11 10:53

CNN结构的设计技巧＜一＞：Can CNNs Be More Robust Than Transformers？

ArXiv:https://arxiv.org/abs/2206.03452SourceCode:https://github.com/UCSC-VLAA/RobustCNN文章目录摘要介绍关键启发效果

烧技湾·2022-06-14 10:07

linux 分布式存储软件,Ceph分布式存储系统

Ceph其命名和UCSC(Ceph的诞生地)的吉祥物有关，这个吉祥物是“Sammy”，一个香蕉色的蛞蝓，就是头足类中无壳的软体动物。这些有多触角的头足类动物，是对一个分布式文件系统高度并行的形象比喻。

出圈唇享·2022-05-13 07:18

CSE-111 讲解C++基本语法

Program1•Overloadingandoperators1of5$Id:asg1-dc-bigint.mm,v1.712021-03-2600:01:01-07--$PWD:/afs/cats.ucsc.edu

·2022-04-27 14:24

基因组注释文件（一）| bed文件格式说明

注释文件在以下三个提供参考基因组的网站中都有提供，比如Ensemble、NCBI、UCSC。但是现在最权威的人类和小鼠基因组的注释还属Gencode数据库。

生物信息与编程·2022-02-16 03:55

基因组注释文件格式 --（一）BED文件格式

转载：https://biozx.top/bed.html参考UCSC数据文件格式基因组数据注释常用的文件-Bed文件和GFF文件1、简介注释文件就是基因组的说明书。

我是爱哭虫小鱼·2022-02-13 12:20

下载参考基因组及基因注释

1.在UCSC下载hg19参考基因组；2.从gencode数据库下载基因注释文件，并且用IGV去查看感兴趣的基因的结构，比如TP53,KRAS,EGFR等等。

莫讠·2022-02-10 00:54

第四章，1：DNA操作Biostrings和BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19

参考：Biostrings常量与序列容器http://blog.csdn.net/u014801157/article/details/24372449Biostrings和BSgenome的使用体会_更新http://blog.sina.com.cn/s/blog_61f013b80100vqyf.html基本操作：互补、反向、反向互补、翻译、转录和逆转录DNAString生成DNA对象，dna

Richard_Zhou·2022-02-06 07:15

根据引物定位PCR产物序列及基因组位置

但是这有些麻烦了，下面介绍一下我是如何通过生信的手段只根据双端引物来一步一步确定该引物可扩增得到的目标序列以及在目标序列人类基因组上的具体坐标的：这里我介绍了两种方法：1.基于UCSC的In

玩转ATGC·2021-11-13 00:54

2021-10-06利用faSomeRecords根据基因ID提取基因序列

一、安装从该网址下载其安装脚本：http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/我一般都是保存在bin目录下，cd到该目录运行命令行：$chmod

麦冬花儿·2021-10-07 09:42

人类参考基因组知识点(更新ing~)

一、人类基因组有多大参照UCSC提供的hg38版本，也是目前常用的人类参考基因组http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/hg38.chrom.sizeschrsizesize21chr1248956422249M2chr2242193529242M3chr3198295559198M4chr4190214555190M5chr5

小贝学生信·2021-09-10 14:47

USCS Xena

数据下载专题|UCSCUCSCXena是由加州大学圣克鲁兹分校(UniversityOfCingiforniaSishaCruz，UCSC)维护的数据库，前身是癌症基因组浏览器CancerBrowser

NoviceWitch·2021-06-16 10:53

参考基因组和注释文件

参考基因组和注释文件Postedon2018-06-3021:27微凉charles阅读(1240)评论(0)编辑收藏作业要求：在UCSC下载hg19参考基因组，我博客有详细说明，从gencode数据库下载基因注释文件

wangchuang2017·2021-05-08 14:40

转录组入门（4）：了解参考基因组及基因注释

作业要求在UCSC下载hg19参考基因组，群主博客有详细说明，从gencode数据库下载基因注释文件，并且用IGV去查看你感兴趣的基因的结构，例如TP53，EGFR等等。

lxmic·2021-05-03 17:43

UCSC基因组浏览器系列

Kent是基因组浏览器的设计者，有兴趣可以浏览：https://users.soe.ucsc.edu/~kent/基因组浏览器主页：https://genome.ucsc.edu/image.png本系列旨在结合实际研究介绍

zhoujj2013·2021-05-01 23:23

(转帖）-circos-RCircos

library(RCircos)如果你安装好了，就直接加载它们即可library(RCircos)最基本的circos图最基本的图，就是直接利用物种的染色体信息，展示出来即可#导入内建人类染色体数据data(UCSC.HG38

苏慕晨枫·2021-04-24 13:18

如何从UCSC上下载注释文件以及gene_id相互对照文件

下载注释文件（以hg19为例）下载注释文件下载gene_id相互对照文件勾选对应的选项按需选择需要的geneidUCSC上的注释文件还是非常全面的，clade选择大的分支，genome选择物种，assembly选择基因组对应的版本，group选择要查看的数据类型，track选择具体的来源（？可能是这样），table就是再细致一点的分类，outputformat值得是输出的文件类型，outputfi

蓬举举·2021-04-20 11:14

mysql中EXISTS和IN的使用方法比较

a.projectIdfromucsc_project_batchawhereEXISTS(selectb.idfromucsc_projectbwherea.projectId=b.id)上面这条SQL的意思就是：以ucsc_project_batch

·2021-03-12 19:27

全外显子组数据分析笔记（一）：选取参考基因组

#比如这个wgethttp://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/hg38.fa.gzEnsembl界面简洁美观点进去之后选择DownloadDNAsequence

TOP生物信息·2021-03-11 00:56

RoCE/MMU

p/103231705https://www.sdnlab.com/23763.htmlhttp://www.ruijie.com.cn/fa/xw-hlw/61714/https://people.ucsc.edu

ehocchen·2021-01-07 20:42

使用pyGenomeTracks绘制表观展示图

pyGenomeTracks是什么首先在介绍pyGenomeTracks之前，先说几个常用的表观组学数据展示工具，IGV，UCSC和WashU。

只看不写_nathan·2020-12-28 16:59

2020-06-17基因组坐标转换

UCSC的LiftOver:支持BED,本地版本

bcl_hx·2020-11-19 14:40

RNAseq004 转录组入门(4)：参考基因组下载

GRCH37、ensembl75这3种基因组版本应该是大家见得比较多的了，国际通用的人类参考基因组，其实他们储存的是同样的fasta序列，只是分别对应着三种国际生物信息学数据库资源收集存储单位，即NCBI，UCSC

caoqiansheng·2020-09-13 22:15

Reference Human Genome DNA

GRCh38vShg38UCSC的hg38相比于NCBI的GRCh38缺少EBV序列、decoy序列和HLA序列。

浩瀚之宇·2020-08-26 12:52

xampp

XAMPP进行方便集成开发此类中间件可以促进开放源码的多层软件的开发文档选项未显示需要JavaScript的文档选项打印将此作为电子邮件发送级别：初级Nils-ErikFrantzell(nfrantze@ucsc.edu

wwwwly·2020-08-23 03:29

UCSC工具箱

www：ftp://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/主要是一些格式转换：

苏牧传媒·2020-08-21 00:45

如何查找CpG Islands, CpG shores等 --转载

306699-1033567.html在homospecies物种，随着研究的深入，注释信息不断丰富针对CpGIslands，目前也有了较为清楚的界定，它的查找过程：1）https://genome.ucsc.edu

weixin_34130389·2020-08-20 02:43

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