UCSC

bam2bw,上传ucsc可视化

首先用tophat，hisat等比对软件生成BAM文件然后用deeptoos转化deeptoolsInstallationcondainstall-cbiocondadeeptoolsbamCoverage转化为bw文件samtoolsindex-@24accepted_hits.bambamCoverage-baccepted_hits.bam-oSRR2064456.bw-p24
547可是贼帅的547·2020-08-19 04:21

RNA-seq(4):下载参考基因组及基因注释

1.在UCSC下载hg19参考基因组；2.从gencode数据库下载基因注释文件，并且用IGV去查看感兴趣的基因的结构，比如TP53,KRAS,EGFR等等。
Y大宽·2020-08-18 23:26

ChIP-seq(2):ChIP-seq peaks可视化（Rstudio） 学习笔记

之前安装过，先检测一下）source("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("ChIPseeker")biocLite("TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10
leo12354·2020-08-18 11:32

chia pet2 output格式（chr10的部分）

ggenomeindex-bbedtoolsgenome-ffq1-rfq2-AlinkerA-BlinkerB-oOUTdir-nprefixname参数说明：-gbwa的基因组索引文件-b为bedtools提供的染色体大小文件（UCSC
qq_39306047·2020-08-18 08:26

bam2bw

ref：bam2bw,上传ucsc可视化-deeptoolsInstallationcondainstall-cbiocondadeeptoolsbamCoverage转化为bw文件bamCoverage-baccepted_hits.bam-oSRR2064456
苏牧传媒·2020-07-31 13:35

UCSC Genome Browser Docker Image

UCSCGenomeBrowserDockerImageAminimalUCSCGenomeBrowsermirror.http://genome.ucsc.edu/LicenseThisisaDockerizedversionoftheUCSCGenomeBrowsersourcecode.ThelicenseisthesameastheUCSCGenomeBrowseritself.Theso
打个大西瓜77·2020-07-30 09:43

生物信息学数据库资源 {#database}

故本章首先介绍常用的参考基因组和注释文件，然后介绍生物信息常用的数据库资源如：NCBI，Ensembl，UCSC，ENCODE，GE
ypfzhao·2020-07-30 04:44

可以下载genome数据的几个网站

Ensembl-animalftp://ftp.ensembl.org/pub/NCBI:ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomesUCSC:http://hgdownload.soe.ucsc.edu
xflee0608·2020-07-29 19:02

Graph Attention Networks（GAT）代码部分详细解析

数据集介绍cora数据集-下载地址https://linqs-data.soe.ucsc.edu/public/lbc/cora.tgzcora数据集-内容介绍样本特征，标签，邻接矩阵该数据集共2708
borg_·2020-07-10 15:56

转录组入门（4）：了解参考基因组及基因注释

转录组入门(4)：了解参考基因组及基因注释在UCSC下载hg19参考基因组，我博客有详细说明，从gencode数据库下载基因注释文件，并且用IGV去查看你感兴趣的基因的结构，比如TP53,KRAS,EGFR
weixin_34221112·2020-07-10 08:08

如何下载人类的参考基因组和注释文件

参考基因组概况参考基因组下载的网站主要有3个NCBI,Ensembl,UCSC，一般参考基因组的.gz压缩文件文件大小为900M以上不超过950M，解压后大于等于3G.基因组的主要版本对应关系参考基因组下载过程
刘兴义·2020-07-10 01:52

【Day 335】创始人的重要性正在加强

文/Nichole管理/职场硅谷创新大师史蒂夫·布兰克（SteveBlank）在加利福尼亚大学圣克鲁兹分校（UCSC）的校友日上，发表了关于创新的演讲。他认为，当今创始人运营公司的时间正在变长。
翁萍·2020-07-09 22:37

人类参考基因组

人类参考基因组一、人类参考基因组的来源1、人类基因组计划1）2001年草图，绘制人类基因组图谱2、数据库的名称1）UCSC：hg19，hg382）NCBI：GRCH19，GRCH38二、如何下载参考基因组在
m0_46651844·2020-07-09 20:32

0079-【生信软件】-人类基因组hg19、hg38构建bwa索引

在临床数据分析时，使用的人类参考基因组为UCSC上面的hg19，hg39版本，且常常将除1-22，X,Y,M，以外的染色体去除，避免数据的干扰。
leadingsci·2020-07-09 19:11

最佳下载器FDM

https://www.freedownloadmanager.org/zh/win1064位安装包：https://pan.baidu.com/s/1n97MEwoCS3TCJ-A9d-iziw使用：从UCSC
苏牧传媒·2020-07-08 17:52

转录组练习（4）

https://www.jianshu.com/p/f101c9238fc5https://www.jianshu.com/p/1b9426d0f9f4下载参考基因组登陆网站http://genome.ucsc.edu
苏慕晨枫·2020-07-08 10:06

【深入UCSC Genome Brower】他山之石

转自：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAwMzY4MTYxNw==&mid=2655752921&idx=1&sn=159f79dde58d2145c59307e23a06b97a&scene=0#wechat_redirect这是一个神奇的网站：UCSCGenomeBrower有朋友在后台留言让介绍下UCSCGenomeBrowser，其实小张很早就想介绍了
探索者v·2020-07-08 07:02

retinex算法的三种源码

9455641源码，retinex算法的三种，其源码是国外一个研究生的毕设项目头文件：[cpp]viewplaincopy/**Copyright(c)2006,DouglasGray(dgray@soe.ucsc.edu
图像处理_深度学习·2020-07-08 06:09

SNAP建立索引的时候出现问题

/down/xubo/GRCH38/GCA_000001405.15_GRCh38/seqs_for_alignment_pipelines.ucsc_ids/GCA_000001405.15_GRCh38
KeepLearningBigData·2020-07-07 04:57

R语言绘图--高级图形之Circos

Rcircos支持Circos2D数据轨道绘图，例如散点图、线、柱状图、连接器等实现：library(RCircos)library(Cairo)outF<-'/Output/Circos.pdf'data(UCSC.HG19
晏九·2020-07-06 04:37

从fasta序列里面模拟测序的reads走SNP-calling流程

很简单的一个shell脚本，从UCSC里面单独下载X,Y染色体的fasta序列，写脚本从Y染色体序列里面模拟双端测序的fastqa文件，然后用bwa软件比对到X染色体，作为参考基因组。
生信技能树·2020-07-02 07:41

图数据集之cora数据集介绍- 用pyton处理 - 可用于GCN任务

.将论文的编号转化为[0,2707]3.提取词向量，成为特征矩阵4.提取标签，进行独热编码5.导入论文引用数据6.创建邻接矩阵参考cora数据集-下载地址https://linqs-data.soe.ucsc.edu
大奸猫·2020-06-30 07:16

RNA-seq流程学习笔记（1）-Ubuntu系统安装SRA数据下载软件Aspera connect和SRT-Toolkit

有关生物信息学数据库，参考：“生物信息学数据库资源”的文章，里面介绍了几个重要的数据库：NCBI、EBI、UCSC等，知道了需要分析的数据。SRA数据主要使用两种工具下载Asperaco
垚垚爸爱学习·2020-06-30 00:11

wig、bigWig和bedgraph文件详解

bam或者bed格式的文件主要是为了追踪我们的reads到底比对到了参加基因组的什么区域，而UCSC规定的这几个文件格式(wig、bigWig和bedgraph)用处不一样，仅仅是为了追踪参考基因组的各个区域的覆
超级无敌大蜗牛·2020-06-30 00:53

Ceph理论概述

Ceph其命名和UCSC（Ceph的诞生地）的吉祥物有关，这个吉祥物是“Sammy”，一个香蕉色的蛞蝓，就是头足类中无壳的软体动物。这些有多触角的头足类动物，是对一个分布式文件系统高度并行的形象比喻。
毛利侦探事务所·2020-06-29 14:37

安装 XAMPP 进行方便集成开发

原文转自：http://www.ibm.com/developerworks/cn/linux/l-xampp/Nils-ErikFrantzell(nfrantze@ucsc.edu)计算机科学系，UCSantaCruz2004
weixin_33836874·2020-06-28 06:20

annovar 注释除人类以外的SNP

gtfsample.vcf2.用gff3ToGenePred与gtfToGenePred工具将gtf或gff3文件转化为reference_refGene.txt（软件来自http://hgdownload.soe.ucsc.edu
weixin_30300225·2020-06-27 15:21

初识ceph（分布式文件系统）

其命名和UCSC（Ceph的诞生地）的吉祥物有关，这个吉祥物是“Sammy”，一个香蕉色的蛞蝓（就是蜗牛），就是头足类中无壳的软体动物。这些有多触角的头足类动物，是对一个分布式文件系
smart9527_zc·2020-06-26 13:17

生物信息的文件格式解析（转自 基因学苑）

所以，了解生物数据的文件格式很重要，这里UCSC给出了一个页面，里面包含了常见各种生物数据格式解析。https://gen
生信start_site·2020-06-26 06:41

centos 7.4-aarch64如何编译Ceph

（论文网址：https://www.ssrc.ucsc.edu/Papers/weil-osdi06.pdf）简而言之，Ceph作为一个分布式存储系统设计的目标定位为：①可轻松扩展到数PB
尚未取名·2020-06-26 00:19

RNA-seq练习 第二部分（基因组序列下载，注释文件下载，索引下载，比对，比对质控,HTseq-count计数，输出count矩阵文件）

参考基因组下载有三大全文网站提供参考基因组下载，它们分别是：1.NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc）2.UCSC(http://hgdownload.soe.ucsc.edu
生信start_site·2020-06-25 15:40

Ceph分布式存储系统

Ceph其命名和UCSC（Ceph的诞生地）的吉祥物有关，这个吉祥物是“Sammy”，一个香蕉色的蛞蝓，就是头足类中无壳的软体动物。这些有多触角的头足类动物，是对一个分布式文件系统高度并行的形象比喻。
niekai01·2020-06-24 17:41

ChIP-Seq数据挖掘系列-4: liftOver - 基因组坐标在不同基因组注释版本间转换

UCSCGenomeBrowserliftover是UCSC提供的一个用于不同基因组注释版本间基因组坐标转换的工具。
_eason_·2020-06-24 00:28

Ceph

其命名和UCSC(Ceph的诞生地)的吉祥物有关，这个吉祥物是"Sammy"，一个香蕉色的蛞蝓，就是头足类中无壳的软体动物。这些有多触角的头足类动物，是对一个分布式文件系统高度并行的形象比喻。
henrygg·2020-06-23 14:22

Ceph浅析（中）：结构、工作原理及流程

http://www.csdn.net/article/2014-04-08/2819192-ceph-swift-on-openstack-m摘要：其命名和UCSC（Ceph诞生地）的吉祥物有关，这个吉祥物是
gong0791·2020-06-23 10:38

Ceph分布式存储

Ceph其命名和UCSC（Ceph的诞生地）的吉祥物有关，这个吉祥物是“Sammy”，一个香蕉色的蛞蝓，就是头足类中无壳的软体动物。这些有多触角的头足类动物，是对一个分布式文件系统高度并行的形象比喻。
Richardlygo·2020-06-22 04:46

TCGA下载RNA-seq数据的区别

但如果有心就会发现，UCSC上的RNAseq数据有3个下载链接，以下将以cohort:TCGABreastCancer(BRCA)为例做一整理说明：https://xenabrowser.net/datapages
白介素2·2020-06-22 00:52

2018-6-25转录组学习3 参考基因组和基因注释

1.参考基因组下载目前常用的国际通用的人类参考基因组在NCBI，UCSC和ENSEMBL的版本和对应情况如下：NCBIUCSCENSEMBLGRCH36hg18ENSEMBLrelease_52GRCH37hg19ENSEMBLrelease
L_yivs·2020-06-22 00:06

[分布式文件系统]Ceph原理介绍

Ceph最初是一项关于存储系统的PhD研究项目，由SageWeil在UniversityofCalifornia,SantaCruz(UCSC)实施。
IT_YUAN·2020-06-21 22:29

下载line1序列

sudoaptinstallmysql-client-core-5.7sudoaptinstallmariadb-client-core-10.1下载：mysql--user=genome--host=genome-mysql.cse.ucsc.edu-A-Dmm10
苏牧传媒·2020-06-21 20:28

GNN常用数据集之Cora数据集

GNN常用数据集：https://linqs.soe.ucsc.edu/data1.Cora数据集介绍Cora数据集下载地址：https://linqs-data.soe.ucsc.edu/public
The_Thinker_QChen·2020-06-21 05:04

有参转录组学习三：参考基因组及基因注释

Author：ligcDate：19/5/15下载参考基因组我们的实验对象是小鼠(Musmusculus),所以进入UCSC官网下载小鼠的基因组文件.UCSCmm10下载基因组注释文件进入gencode
颤抖吧__小虫子·2020-04-13 18:50

tftargets使用说明

ENCODE的数据来自(http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenpath/hg19/encodeDCC/wgEncodeRegTfbsClustered/)ITFP的数据来自
大吉岭猹·2020-04-11 04:01

聊UCSC xena的数据下载问题

作者：白介素2UCSCxena数据存储中心总览UCSCxena的数据存储仓库主要包括的数据有以下这些：TCGAhubPan-CancerAtlasHubICGChubUCSCToilRNAseqRecomputeTreehouseHubGDCHubhttps://atacseq.xenahubs.netGDCHub与TCGAhub我们经常会使用UCSCxena下载TCGA数据,值得注意的是，其中包
白介素2·2020-04-08 16:09

Coursera代码笔记：Getting and cleaning data（2）

RMySQL")ConnectingandlistingdatabasesucscDb<-dbConnect(MySQL(),user="genome",host="genome-mysql.cse.ucsc.edu
满仓_·2020-04-07 06:15

KIKA新美互通

目前在英语类的输入法中，KikaKeyboard在第三方输入法中占据了60%的市场份额；2.KikaKeyboard同时与北京大学、密歇根大学、伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校(UIUC)、加州大学圣地亚哥分校(UCSC
TonyLan·2020-04-02 06:29

Samtools, bedtools, UCSC tools安装

Samtools的安装参考此链接https://www.jianshu.com/p/6b7a442d293f有大佬真好呀！下载我是按照图片中的路径下载后上传的http://samtools.sourceforge.net/大佬让下载的软件们这个链接有好多东西，木有关系，坚定地选择Samtools就好啦，samtools1.10samtool1.10下载页面安装步骤解释一哈，就是简单的三部曲：./c
嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀·2020-04-01 08:21

生信文件格式学习网站

转载自@生信start_site的推送《生物信息的文件格式解析》https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1这个网站含有众多生物信息的文件格式的介绍
小潤澤·2020-03-31 14:49

2019-08-28 基因注释

以前做基因注释总用R包：TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene，但是今天做发现１个问题，就是有的基因特别长，与ncbi中检索出来的不一样，查找原因，在生物技能树上也看到了相关的问题
smile_lucky爱上阳光·2020-03-31 05:49

从fasta序列里面模拟测序的reads走SNP-calling流程

很简单的一个shell脚本，从UCSC里面单独下载X,Y染色体的fasta序列，写脚本从Y染色体序列里面模拟双端测序的fastqa文件，然后用bwa软件比对到X染色体，作为参考基因组。
生信技能树·2020-03-26 00:53
上一页 1 2 3 4 5 下一页
按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他