UCSC

karyoploteR画enhancer附近的信号分布

library("GenomicFeatures")library(Biobase)library(dbplyr)library(AnnotationDbi)library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38
也少女·2020-03-23 17:51

RNA-seq选择参考基因组

例子：小鼠RNAseq首先，获取小鼠基因组序列，一般基因组数据库有：UCSC的genomedataNCBI的GenomesEnsembl但是，需要注意的是，不管哪一个数据库，关于小鼠基因组序列，除了很熟悉的组装的染色体序列
_eason_·2020-03-05 06:30

生物信息学-2-data format

一些基本格式http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.htmlFASTQhttp://blog.sina.com.cn/s/blog_46d703950101c42f.htmlhttp
Waste_Land·2020-03-01 21:03

UCSC ENSEMBL NCBI基因组各个版本对应关系 下载地址

一、对应关系NCBI的版本包括GRCh36,37,38，UCSC包括hg18,19,38,ENSEMBL有各种release，他们之间的对应关系如下：GRCh36(hg18):ENSEMBLrelease
liangsan·2020-02-29 17:58

使用UCSC基因组浏览器可视化测序深度分布数据

通过UCSC基因组浏览器，我们不仅可以查看别人已经公布的数据，还可以上传自己的数据进行查看，支持以下bed,vcf,bigwig等多种常见的文件格式，完整的格式列表请参考以下链接https://genome.ucsc.edu
生信修炼手册·2020-02-27 02:26

查找一个基因的启动子序列

可以去NCBI,Ensembl或UCSC。其他人类的启动子相关数据库BiobaseTransPromPROMDBCSHT
Y大宽·2020-02-26 20:53

各基因组数据库

基因组对应关系：hgmm1.UCSC：table-browser：https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables############################
苏牧传媒·2020-02-24 18:06

#基因组干货#之保守性分析及作图

但如何研究我们自己的序列的保守性并量化保守性的值呢，一般的方法是通过物种多序列比对，不过我们并不需要自己进行比对，老外已经帮我们做好了，在UCSC里已经展示了使用PhastCons和Phylop(PHAST
生信杂谈·2020-02-24 05:27

转入组入门四（mac 版）：了解参考基因及基因注释

作业要求在UCSC下载hg19参考基因组，从gencode数据库下载基因注释文件，并且用IGV去查看你感兴趣的基因的结构，比如TP53,KRAS,EGFR等等。作业，截图几个基因的IGV可视化结构！
thinkando·2020-02-23 15:12

转录组入门（4）：了解参考基因组及基因注释

作业要求转录组入门(4)：了解参考基因组及基因注释在UCSC下载hg19参考基因组，我博客有详细说明，从gencode数据库下载基因注释文件，并且用IGV去查看你感兴趣的基因的结构，比如TP53,KRAS
_eason_·2020-02-21 21:14

基因组的坐标系统：0-based and 1-based

20170330在查看UCSC上的文件格式的资料时，我看到UCSC对不同的坐标系也有介绍，可参考！这是一个很惨痛的教训，因为我之前想当然地认为。
沧浪之水v·2020-02-20 14:30

如何寻找并设计ChIP-qPCR引物

如何寻找并设计ChIP-qPCR引物引物设计的流程：用到的工具：NCBI,UCSC网站（直接百度就可以找到官网了）首先，确定目标区域的DNA（我是以做ChIP为例，寻找的是DNA引物模板）原理：IP拉下来的是
liu_ll·2020-02-19 15:25

使用UCSC Genome Browser下载人类所有mRNA序列

网址：http://genome.ucsc.edu/点击导航栏的GenomeData在新的页面中，点击human，可快速定位至页面中人类基因组数据所在位置。
不可积函数·2020-02-16 16:00

RNA-seq流程[基因组和注释文件下载]

有三大全文网站提供参考基因组下载，它们分别是：1.NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc）2.UCSC(http://hgdownload.soe.ucsc.edu/
Alex_cactus·2020-02-16 02:15

一招搞定启动子序列查找

能查到启动子序列的网站很多，pubmed，ensemble，UCSC等等，可是这些网站气场太强大，小白hold不住，看得还是很迷糊，肿么破？
华联科生物·2020-02-13 08:28

TCGA-204-使用firehose网页工具

TCGA-204-使用firehose网页工具ucsc中的xena整理的数据非常全，但这个浏览器只能做感兴趣的一个一个基因，当我们没有感兴趣的基因怎么办呢？
小梦游仙境·2020-02-11 08:45

【r<-包|数据集|公开数据库】UCSCXenaTools包用法介绍——搜索与下载TCGA、GDC、ICGC等公开数据库数据集

特别是TCGA（hg19版本）的一部分数据UCSC做了非常好的标准化处理，下载即可用。
王诗翔·2020-02-07 03:36

数据库汇总

故本章首先介绍常用的参考基因组和注释文件，然后介绍生物信息常用的数据库资源如：NCBI，Ensembl，UCSC，ENCODE，GENCODE，TCGA，1000GENOME。
oddxix·2020-02-05 10:50

（小笔记/网站推荐）如何看引物跨是否跨内含子？

网站推荐：https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr?
liu_ll·2020-01-07 06:16

再送你个对象~TxDb

bioc/vignettes/GenomicFeatures/inst/doc/GenomicFeatures.pdf【更新于19-10-29】0前言需要一个包：GenomicFeatures，方便从UCSC
刘小泽·2020-01-04 23:59

hg38按照200k分区间统计测序深度及GC含量

http://hgdownload.cse.ucsc.edu/g
生信技能树·2019-12-31 02:32

转录组学习四（参考基因组及gtf注释探究）

数据质控）转录组学习四（参考基因组及gtf注释探究）转录组学习五（reads的比对与samtools排序）转录组学习六（reads计数与标准化）转录组学习七（差异基因分析）转录组学习八（功能富集分析）任务在UCSC
Dawn_WangTP·2019-12-28 22:05

【测序实验】如何从UCSC、RefSeq、Ensembl中下载参考基因组序列

以人类参考hg38为例，介绍基因组及注释文件格式一、hg38在三大基因组数据库中的主页1.UCSC进入UCSC官网下载页面》拉到Dec.2013(GRCh38/hg38)页面》选择Fulldataset
leadingsci·2019-12-22 07:50

UCSC xena 浏览器才是最简单的TCGA数据下载途径

网站；https://xenabrowser.net/datapages/全部根据癌症种类整理好了，直接点击链接即可下载。同时也提供相应的可视化工具：https://xenabrowser.net/heatmap/癌症种类列表如下：GDCTCGAAcuteMyeloidLeukemia(LAML)GDCTCGAAdrenocorticalCancer(ACC)GDCTCGABileDuctCanc
生信技能树·2019-12-21 22:35

TCGA下载系列教程终章

离线打包版本）TCGA的28篇教程-使用R语言的RTCGAToolbox包获取TCGA数据（BroadInstituteFireBrowseportal）TCGA的28篇教程-批量下载TCGA所有数据（UCSC
生信技能树·2019-12-12 12:59

APLS：表观数据简化可视化工具（必备）

功能简介：计算基因组区域的富集计算样品相关性Plotenrichmentsacrossgroups绘制UCSC基因组浏览器图
二货潜·2019-12-06 13:55

Note_Pedagogy of Game Design

AboutPresenter:MichaelJohn(UCSC),teachgamedesignLearningCraft:ApprenticeshipYujiNaka(中裕司,Hedgehog)->MarkCerny
王兵·2019-11-30 19:06

【注释-2】Annovar-2——Gene-based annotation

可灵活使用RefSeq基因，UCSC基因，ENSEMBL基因，GENCODE基因，AceView基因或许多其他基因定义系统。数据库下载在进行注释之前，首先需要下载物种对应的数据库，以
oddxix·2019-11-30 14:36

转录组入门（4）：了解参考基因组及基因注释

转录组入门(4)：了解参考基因组及基因注释在UCSC下载hg19参考基因组，我博客有详细说明，从gencode数据库下载基因注释文件，并且用IGV去查看你感兴趣的基因的结构，比如TP53,KRAS,EGFR
徐洲更hoptop·2019-11-06 09:45

UCSC Xena和TCGAbiolinks的HNSC临床数据不一致

我们先加载数据，数据分别来自TCGAbiolinks（直接下载自TCGA-GDC）和UCSCXena，单看临床数据。library(TCGAbiolinks)library(dplyr)library(DT)library(stringr)library(SummarizedExperiment)rm(list=ls())load('E:/TCGA/TCGAbiolinks/rdata/step1
Stone_Stan4d·2019-10-31 03:08

一次ceph完整构建之旅[CephFS]

由来其命名和UCSC（Ceph的诞生地）的吉祥物有关，这个吉祥物是“Sammy”，一个香蕉色的蛞蝓，就是头足类中无壳的软体动物。这些有多触角的头足类动物，是对一个分布式文件系统高度并行的形象比喻。
jwenshan·2019-10-12 09:53

「r<-包」从UCSC Xena 拉取数据做生存分析

这是最近赶的一个deadline作品，之前答应了rOpenSci投一个technote小博文。因为不能重复包Vignette的内容，所以本文我使用了生存分析这个科研大众需求的角度讲解如何使用UCSCXenaTools拉取UCSCXena的数据，并做生存分析。我就不拷贝到了，阅读点击《UCSCXenaTools:RetrieveGeneExpressionandClinicalInformation
王诗翔·2019-08-26 18:55

运行比对软件时如何建立index

建立index步骤：从UCSC下载参考序列；使用gzip进行解压缩；使用cat将文件进行连接；使用bowtie2-build建立index；使用index从UCSC下载参考序列首先进入UCSCGenome
黄晶_id·2019-07-03 20:59

Bioconductor没想象的那么简单-part8-注释信息必知必会

hugene20sttranscriptcluster.db物种注释OrgDb：如org.Hs.eg.db位置信息TxDb：它的组成是TxDb.Species.Source.Build.Table如TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19
刘小泽·2019-05-22 22:03

根据基因location获取基因ID

"https://bioconductor.org/biocLite.R")#biocLite("Homo.sapiens")#BiocManager::install("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19
落寞的橙子·2019-05-21 11:00

使用JBrowser配置参考基因组和基因注释信息

准备参考基因组hg19及其基因的注释文件可以在UCSC网站的官网上下载hg19参考基因组的序列和基因注释文件image.png使用JBrowser自带的脚本导入参考基因组序列cd/var/www/html
Davey_63dc·2019-05-07 16:43

hg19基因组碱基计数

下载地址：http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz解压后，再将染色体merge到一个hg1
dming1024·2019-04-25 16:35

BED文件以及如何正确的从UCSC下载BED文件

后来请教健明老师，困扰我两天的难题他一眼就看出来是我bed文件出现了问题，就是说我从UCSC下载的bed文件是不对的。我就拿这个我以为的bed文件去查看TSS附近信号强度，最后结果当然是各种报错。
黄晶_id·2019-04-07 18:42

liftOver进行不同版本染色体位置转换

年的GRCh38/hg38（最新）2009年的GRCh37/hg19（常用）2006年的GRCh36/hg18（最新）2004年的GRCh35/hg17（常用）为了将不同版本的染色体上的位置一一对应，UCSC
小米羊爱学术·2019-04-01 17:12

使用liftover创建注释Chain文件（基因组坐标转换）

一般在ucsc的官网下会有一些不同版本的基因组的chainfile，有时我们需要利用自己的序列产生自己的chainfile，这里对liftover的使用方法进行记录。
抠脚_b41d·2019-03-28 16:43

我的ChIP-Seq(5): peaks注释

注释一般有以下几种方法，但是一般经验有：1.比对时下载UCSC格式的参考基因组，后续操作障碍少2.数据准备要严格按照软件的说明，若遇到格式正确就是读不进的情况，试试dos2unixfile1.ChIPseek
NICE_AGIS·2019-03-20 17:59

本地安装UCSC基因组浏览器

UCSC基因组浏览器在大规模高通量数据的可视化和比较分析研究中发挥着重要的作用。拥有了本地浏览器，就可以对自己的测序数据进行更深入的分析和共享使用。
生信宝典·2019-02-25 19:56

转录本的bed文件下载

从UCSC下载的ref.bed：mammal-mouse-GRCm38/mm10-genesandgenepredictions-gencodeXX-basic-genome-BED-gzip-gteoutput
苏牧传媒·2018-11-15 22:54

RseQC的bedfiles下载

files/human为例：等价：三个红圈：Homo_sapiens.GRCh38.79.bed>hg19_Ensembl_gene.bed>hg19_GencodeCompV19.bed也可从UCSC
苏牧传媒·2018-11-15 17:09

mysql中EXISTS与IN用法比较

a.projectIdfromucsc_project_batchawhereEXISTS(selectb.idfromucsc_projectbwherea.projectId=b.id)上面这条SQL的意思就是：以ucsc_project_batch
槐月十九·2018-08-28 15:42

Shell实用——统计字符种类及个数

1.前期准备数据下载$wget-cftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/sacCer3/bigZips/mrna.fa.gz$wget-cftp://hgdownload.cse.ucsc.edu
是杰宝呀·2018-08-18 00:20

Mac 使用apt-get

安装Fink:curl-Ohttp://psbmini.ucsc.edu/~wgscott/downloads/fink_for_10.8_64bit_base_install_aptsources_sw.tgzsudomvfink_for
静谧的橘子·2018-03-22 16:46

UCSC基本使用技巧-找数据

找到感兴趣的基因组打开UCSC，把鼠标置于导航条的“Genomes”;选择基因组从左边的进化树中找到感兴趣的并点击，或者从genome下拉菜单中选中便捷链接hg19,hg38,mm9,mm10基因组，直接进入所选物种主页面
zhoujj2013·2018-01-01 20:25

生物信息学常见的数据下载，包括基因组，gtf，bed，注释

cd~/referencemkdir-pgenome/hg19 &&cdgenome/hg19 nohupwgethttp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19
高锦-生信·2017-10-25 14:27

首次对合并中子星的观测标志着天文学的新时代

由UCSC天文学家RyanFoley领导的团队拍摄了第一个引力波光源的光学图像。这张关于“超新星”的照片——2017a(箭头所指的SSS17a)显示了两颗中子星灾难性合并所发出的光。
wumingzhi111·2017-10-18 11:14
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