UMAP

Bertopic主题模型原理详解

主题模型原理详解–潘登同学的NLP笔记文章目录Bertopic主题模型原理详解--潘登同学的NLP笔记Bertopic主题建模Nearest-Neighbor-Descent(构建K近邻图)算法详解理论推导算法步骤UMAP
PD我是你的真爱粉·2023-10-23 12:53

Leetcode Hot-100

classSolution{public:vectortwoSum(vector&nums,inttarget){unordered_mapumap;inti=0;for(intnum:nums){if(umap.find
Ray Song·2023-10-20 08:46

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第六章)

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第三章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第四章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第五章)第6章:单细胞嵌入在ArchR中，类似于UMAP
xuzhougeng·2023-10-11 00:22

跟着 Cell 学作图 | 5.UMAP降维分析

cell5.jpg跟着Cell学作图|5.UMAP降维分析“实践是检验真理的唯一标准。”“复现是学习R语言的最好办法。”
木舟笔记·2023-10-09 22:33

单细胞分析实录(8): 展示marker基因的4种图形（一）

今天的内容讲讲单细胞文章中经常出现的展示细胞marker的图：tsne/umap图、热图、堆叠小提琴图、气泡图，每个图我都会用两种方法绘制。
TOP生物信息·2023-10-09 11:13

单细胞分析实录(9): 展示marker基因的4种图形（二）

在上一篇中，我已经讲解了展示marker基因的前两种图形，分别是tsne/umap图、热图，感兴趣的读者可以回顾一下。这一节我们继续学习堆叠小提琴图和气泡图。
TOP生物信息·2023-10-04 02:08

向表中插入数据oracle,用脚本实现向Oracle表中插入数据

Oracle-OraClient10g_home22.NetConfigurationAssistant配置步骤:假设数据库所在服务器IP地址为:192.168.0.1数据库实例名为:ora92用户名:umap
陈增鹏·2023-10-03 14:12

Single cell genomic day 2019||Dissecting complex systems with multidimensional data

HowtoUseUMAPPCA-tSNE-UMAP从SNE到t-SNE再到UMAP的降维算法进化史（一）12种降维方法终极指南（含Python代码）
周运来就是我·2023-09-20 15:30

Oracle Net Configuration Assistant 配置步骤

假设数据库所在服务器IP地址为:192.168.0.1数据库实例名为:ora92用户名:umap密码:umap第一步:打开配置程序位于:程序-->Oracle-OraHome92-->ConfigurationandMigrationTools
小小哭包·2023-09-11 11:20

跟着Cell学单细胞转录组分析(八):单细胞转录组差异基因分析及多组结果可视化

学单细胞转录组分析(二):单细胞转录组测序文件的读入及Seurat对象构建跟着Cell学单细胞转录组分析(三):单细胞转录组数据质控（QC）及合并去除批次效应跟着Cell学单细胞转录组分析(四):单细胞转录组测序UMAP
KS科研分享与服务·2023-09-03 16:46

BERTopic

BERTopicdoc2vec(sentenceBERT)doc_embreducedimension(UMAP)clusteringtogeneratetopics(HDBSCAN)findkeywordsforeverytopic
汉江岳·2023-08-24 05:55

跟着Cell学单细胞转录组分析(五):单细胞转录组marker基因鉴定及细胞群注释

书接上回（跟着Cell学单细胞转录组分析(四):单细胞转录组测序UMAP降维聚类）。
KS科研分享与服务·2023-08-22 10:08

代码随想录算法训练营第7天|第454题.四数相加II,383. 赎金信,15. 三数之和，第18题. 四数之和

vector&nums2,vector&nums3,vector&nums4){unordered_mapumap;intcount=0;for(inta:nums1){for(intb:nums2){umap
CodeLearning_Record·2023-08-20 13:46

使用 umap 图形化展示原文在嵌入后的位置情况

使用umap_plot图形化展示原文在嵌入后的位置情况1.效果展示2.工具函数3.示例代码14.示例代码21.效果展示2.工具函数importumapimportaltairasaltfromnumba.core.errorsimportNumbaDeprecationWarning
engchina·2023-08-20 01:20

跟着Cell学单细胞转录组分析(六):细胞比例计算及可视化

学单细胞转录组分析(二):单细胞转录组测序文件的读入及Seurat对象构建跟着Cell学单细胞转录组分析(三):单细胞转录组数据质控（QC）及合并去除批次效应跟着Cell学单细胞转录组分析(四):单细胞转录组测序UMAP
KS科研分享与服务·2023-08-11 11:45

如何看单细胞（或空间）亚群间关系2022-07-03

方法1umap降维图：亚群间距离越近，越相似方法2查看cluster间差异分析结果中marker基因，可从genecard中查看top的几个功能方法3（根据表达量进行相关性分析cor）单细胞亚群相关性分析基于
Bio小盼·2023-08-10 11:51

单细胞测序数据的降维方法和细胞亚型鉴定聚类方法

UMAP：UMAP是一种基于图论的降维方法，通过构建样本之间
来份芒果布丁·2023-08-07 05:42

利用ggplot2绘制SCI样式的UMAP图

Seurat包展示出来的umap/tsne图都是带有横纵坐标，基于Seurat包可能比较难调整图片的样式，只能借助AI或者PS处理图片。
Zee_李海海·2023-08-07 01:18

10X单细胞（10X空间转录组）降维分析之UMAP

降维分析之tSNE（算法基础知识）详细介绍了tSNE的降维原理，但是大家都知道，在我们分析10X单细胞或者10X空间转录组数据的时候，有两种降维方法，一种是tSNE，这个已经分享过，今天我们就来分享另外一个，UMAP
单细胞空间交响乐·2023-07-28 21:12

C++中unordered_map的基本用法

includeusingnamespacestd::tr1;//这样写才能编译通过，同时不影响原来的功能如cin,coutvoidtest01(){//声明格式如下unordered_mapumap;//插入元素的三种方式umap.insert
m0_74758366·2023-07-20 21:52

玩转单细胞(10)：替换单细胞Seurat对象UMAP坐标

玩转单细胞往期精彩系列：玩转单细胞(2):Seurat批量做图修饰玩转单细胞(3):堆叠柱状图添加比例玩转单细胞(4):单细胞相关性玩转单细胞(5):单细胞UMAP图只标记特定细胞群、圈定细胞群及坐标轴修改玩转单细胞
TS的美梦·2023-07-19 16:45

【深度学习】基于BRET的高级主题检测

一、说明使用BERT，UMAP和HDBSCAN捕获文档主题，紧随最先进的BERTopic架构（transformer编码器）。主题检测是一项NLP任务，旨在从文本文档语料库中提取全局“主题”。
无水先生·2023-07-16 17:29

剑指 Offer 50. 第一个只出现一次的字符

示例1:输入：s="abaccdeff"输出：'b'示例2:输入：s=""输出：''限制：0umap;for(charch:s){if(umap.find(ch)!
FuzhouJiang·2023-07-14 17:27

跟着Cell学单细胞转录组分析(六):细胞比例计算及可视化

学单细胞转录组分析(二):单细胞转录组测序文件的读入及Seurat对象构建跟着Cell学单细胞转录组分析(三):单细胞转录组数据质控（QC）及合并去除批次效应跟着Cell学单细胞转录组分析(四):单细胞转录组测序UMAP
TS的美梦·2023-06-15 20:13

Umap与 t-sne可视化CNN特征

考虑到umap比t-sne快，而且全局结构更好。
鹿米lincent·2023-04-13 21:39

单细胞-注释

现在有几个问题需要解决：1、搞清楚不同注释方法（手动、网站、用已发表的文章里面的去注释同一测序样品）；2、如何提取细胞亚群，进行亚群注释单细胞数据经过降维处理后，得到的tesn和umap图就是根据表达情况
oceanandshore·2023-04-10 02:59

C++哈希表中按照val值来排序

include#includeusingnamespacestd;voidfrequencySort(strings){unordered_mapumap;stringres="";for(charch:s)umap
Frankie0910314·2023-04-09 07:05

UE4 导入场景资源(资源市场的下载包)

image.png二：把我们下载的文件拖入到项目目录的Content下Stylized_Village我们把Stylized_Village资源包放在目录下image.png三：我们在Levels文件夹下打开umap
安宇辛·2023-04-07 02:39

Seurat单细胞分析常见代码-01

UMAP_coord0))WhichCells(object=data_obj,expression=CD4>0,slot="counts")#也可用FetchData()提取基因表达量#fortotalco-positivecells
whitebird·2023-04-06 07:02

C++进阶——STL源码之unordered_map、unordered_multimap

unordered_multimapunordered_mapunordered_map的类定义如下：template,class_Pred=std::equal_to,class_Alloc=std::allocator>>classunordered_map{typedef__umap_hashtable_Hashtable
&动感超人·2023-04-03 11:38

ArchR官网教程学习笔记6:单细胞嵌入（Single-cell Embeddings）

基于ArchR推测DoubletArchR官网教程学习笔记3:创建ArchRProjectArchR官网教程学习笔记4:ArchR的降维ArchR官网教程学习笔记5:ArchR的聚类在ArchR中，使用UMAP
生信start_site·2023-04-02 13:06

Seurat4.0系列教程15：映射和注释查询数据集

生成后，此参考集可用于通过细胞类型标签转移和将查询细胞投影到参考集UMAP等任务来分析其他查询数据集。值得注意的是，这不需要校正基础原始查询数据，因此，如果提供高质量的参考集，则可以成为高效的策略。
Seurat_Satija·2023-04-01 07:59

R-Seurat单细胞数据分析流程

Seuratstandardpipeline创建Seurat对象质控Normalization特征选择数据缩放线性降维维数选择细胞聚类非线性降维（UMAP/tSNE）鉴定差异表达特征（clustermarkers
尘世中一个迷途小书僮·2023-03-31 14:15

空间信息在空间转录组中的运用

桑基图在单细胞数据探索中的应用热图在单细胞数据分析中的应用定量免疫浸润在单细胞研究中的应用Network在单细胞转录组数据分析中的应用你到底想要什么样的umap/tsne图？
周运来就是我·2023-03-29 15:24

R 安装 “umap-learn“ python 包

首先需要在R中下载并读取reticulate包，该包提供了一系列R-Python的交互式命令由于之前在电脑中通过三个方式安装了Python：直接安装Python3.10安装Anaconda，携带3.9安装Miniconda，又是另外一个版本的Python版本各不相同，造成了在Rstudio中配置Python环境出现各种各样的问题，Rstudio默认的Python路径就是通过第一种方法安装的Pyth
韩建刚（CAAS-UCD）·2023-03-24 14:34

刷题笔记II

51.加法不使用+、-，计算两数字之和classSolution{public:intgetSum(inta,intb){while(b){intcarry=((unsignedint)a&b)umap
毒死预言家的女巫·2023-03-11 12:30

R实战| PCA、tSNE、UMAP三种降维方法在R中的实现

降维算法有基于线性模型的PCA，也有基于非线性的tSNE和UMAP等方法。
木舟笔记·2023-02-16 20:54

umap算法_UMAP的初步了解及与tSNE的比较

UMAP是McInnes等人的一项新技术。与t-SNE相比，它具有许多优势，最显著的是提高了速度并更好地保存了数据的全局结构。
weixin_39627201·2023-02-16 20:54

umap算法_UMAP的初步了解及与t-SNE的比较

UMAP是McInnes等人的一项新技术。与t-SNE相比，它具有许多优势，最显著的是提高了速度并更好地保存了数据的全局结构。
weixin_39701768·2023-02-16 20:54

ggplot画 ump 和tsne 从seurat中使用addmodule得到的umap 使用ggplot画图

ggplot画ump和tsne从seurat中使用addmodule得到的umap使用ggplot画图输入炎性基因#对给定的基因集合进行打分All.merge=AddModuleScore(All.merge
YoungLeelight·2023-02-07 13:06

单细胞基因可视化之UMAP图修饰

更多精彩请至《KS科研分享与服务公众号》除了之前说过的三种常见单细胞基因可视化方法外，还有一种最常用的就是直接在UMAP或者TSNE降维图上显示表达某基因的细胞，这种方式更加直观，但是只能显示一个基因，
TS的美梦·2023-02-07 13:35

单细胞UMAP降维图的修饰（一些偏僻问题）

本来呢，单细胞UMAP或者TSNE降维图正常展示就好了，最多修改颜色坐标就可以，但是奈何总是有文章挑战别人的眼睛，非要秀一波非常规操作，那我们也只能把他们打下神坛。
TS的美梦·2023-02-07 13:35

Umap高维数据可视化与降维

Umap解决高维数据可视化的问题，以及高效降维。
左手code·2023-02-07 13:35

UMAP文档阅读笔记

本文仅作为UMAP文档的导读，详细可参考UMAP文档原文一、下载安装pipinstall-rrequirements.txtpipinstallumap-learn二、基本使用1、输入数据类型：pandas2
平安康健kang·2023-02-07 13:05

机器学习笔记 - 什么是UMAP？

1、UMAP概述  统一流形逼近和投影(UMAP)是一种降维技术，可用于类似于t-SNE的可视化，但也可用于一般的非线性降维。UMAP是一种基于流形学习技术和拓扑数据分析思想的降维算法。
坐望云起·2023-02-07 13:04

国内第一篇植物单细胞测序

用到的统计方法有：t-SNE和UMAP算法，伪时间（pseudo-time）分析等，具体我还没有看论文。
纤蹄马·2023-01-30 13:47

美赛资料查找网址

LATEXCMR字体UMAP杂志（往届优秀论文和点评）：https://link.zhihu.com/?
enniexiaorui·2023-01-11 23:15

基于Python+JavaScript的面向文本分析的交互式主题建模可视化分析系统

21.1.1主题模型的发展及研究现状21.1.2目前存在的问题31.1.3本课题的研究意义31.2研究内容和主要工作31.3本文的组织结构3二、核心算法32.1文本预处理42.2大型语料库的内存优化62.3UMAP
biyezuopin·2023-01-08 06:00

t-SNE数据降维可视化

MachineLearning笔记t-SNE的基本思想SNE(StochasticNeighborEmbedding)SNE的主要缺点距离不对称存在拥挤现象如何确定σ\sigmaσ总结t-sne代码实现对比t-sne与UMAP
PD我是你的真爱粉·2023-01-05 22:16

kaggle学习笔记-otto-baseline6-使用 RAPIDS TSNE 和项目矩阵分解可视化用户行为

如果我们将嵌入投影到2D平面（使用TSNE、UMAP、PCA等）并绘制它们，我们可以看到类似项目的集群。然后一个集群可能是服装，另一个集群可能是电子产品等。
丰。。·2022-12-29 17:48
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