UMAP

R语言---PCA/tSNE/UMAP降维计算

R语言---PCA/tSNE/UMAP降维计算1.PCA计算(1)princomp函数(2)prcomp函数2.tSNE计算（1）使用Rtsne包（2）使用tsne包3.UMAP计算4.总结目前，需要将不同材料的基因型数据降维
我是大南瓜·2022-09-18 19:00

2022数学建模国赛C题-古代玻璃制品的成分分析与鉴别-分析结果和代码

第二次更新：更新第二问的分析结果和程序已经更新，部分分析过程##可视化降维后的K均值聚类的数据分布gaojia_umap$class%group_by(类型,表面风化,成分)%>%ggplot(aes(
Daitu_Adam·2022-09-18 07:19

scanpy 运行官方教程umap图片形状奇怪

微信图片_20220912234344.png微信图片_20220912234404.png这个貌似是umap版本的问题后来重新更新了Python=3.8，scanpy=1.9.1就没问题附py36scanpy
依然At·2022-09-13 07:48

Seurat重要命令汇总

essential_commands.html⚠️⚠️1.Seurat标准工作流程读入数据->构建Seurat对象->归一化->寻找特征基因->标准化->PCA降维->计算KNN最近邻->分群->非线性降维UMAP
Hayley笔记·2022-07-01 10:47

How to Use UMAP

HowtoUseUMAP1.介绍2.企鹅数据参考1.介绍  UMAP是一种通用的流形学习和降维算法。它旨在与scikit-learn兼容，使用相同的API并能够添加到sklearn管道中。
喝过期的拉菲·2022-06-14 10:07

轨迹分析_Scanpy进行单细胞分析及发育轨迹推断

分享是一种态度最近看文献，发现越来越多的单细胞测序使用scanpy进行轨迹推断，可能因为scanpy可以在整体umap或者Tsne基础上绘制细胞发育路径，图片也更加美观，但是Scanpy是基于python
颜不良文丑·2022-06-12 19:04

scanpy相关操作

#读取文件importscanpyasscadata=sc.read("/path/00.datasets/HLCA/local.h5ad")##查看meta信息adata.obs.head(5)##umap
MR来了·2022-05-11 09:50

基于Seurat UAMP和celltype的RNA Velocity速率分析的全套流程

参考资料：参考生物技能树Velocyto官网Tutorialscvelo实战教程Seurat-to-RNA-Velocity分析步骤：本教程是velocyto基于Seurat对象中UMAP和细胞类型进行
Yu_Lin·2022-05-03 10:25

Seurat Weekly NO.3|| 直接用Seurat画fig2

SeuratWeeklyNO.2||我该如何取子集很多CNS文章的fig1（寓指tsne/umap图谱），打眼一看就是Seurat出的。
周运来就是我·2022-02-06 07:17

Literature Review(1): A short but comprehensive comparison about tSNE, UMAP and PCA

不过，我却在这篇文章中的一个box里面发现了他们对tSNE和UMAP的理
Bio_Infor·2021-08-03 17:41

单细胞笔记5-tSNE和UMAP

降维降维顾名思义就是把数据或特征的维数降低，一般分为线性降维和非线性降维，比较典型的如下：线性降维：PCA(PrincipalComponentsAnalysis)、LDA(LinearDiscriminantAnalysis)、MDS(ClassicalMultidimensionalScaling)，其中PCA我们使用的最多。非线性降维：Isomap(IsometricMapping)、LLE
江湾青年·2021-07-07 10:38

UMAP:比t-SNE更好的降维算法

论文题目：UMAP:UniformManifoldApproximationandProjectionforDimensionReduction作者：LelandMcInnes；JohnHealy；JamesMelville
Leona2028·2021-06-24 14:30

你到底想要什么样的umap/tsne图？

随着生物学背景知识的增加，单细胞图谱的可视化直接用10X的Loup或者seurat的Dimplot函数直接绘制的umap/tsne图往往很难达到要求了，这就要求我们提高绘图技能。
周运来就是我·2021-06-23 04:02

14种单细胞测序去批次效应哪家强

Abenchmarkofbatch-effectcorrectionmethodsforsingle-cellRNAsequencingdata.在文章中作者基于10个人和鼠的dataset，使用t-SNE和UMAP
科研菌·2021-06-22 19:53

数据可视化——四种非线性降维方式

加载所需包library(tidyverse)pacman::p_load(Rtsne,umap,kohonen,lle)【步骤
小新122·2021-06-21 18:16

Arxiv网络科学论文摘要18篇(2020-05-08)

使用人类移动数据量化COVID-19在中国大陆的经济影响;在COVID-19大流行期间抑制群体混合，趋平和延缓流行病学曲线，同时允许经济和社会生活处于可接受的水平;社交距离对社会网络中流行病的影响;使用主题模型，UMAP
ComplexLY·2021-06-20 09:08

Seurat使用教程（v3.0）

安装Seurat包]-->|加载Seurat包|B(读入10X数据)B-->C(QC及前处理)C-->|筛选出符合要求的数据|D(标准化数据)D-->E(PCA分析)E-->F(t-SNE降维分析或者UMAP
xianmao123·2021-06-11 14:20

ROGUE计算cell cluster的纯度

经过传统的降维方式（t-SNE，UMAP）降维聚类后的cellcluster，其每一个cellcluster里面并不会是100%的同一类型的细胞，里面可能含有一些其他类型的细胞也分到同一个cellcluster
小潤澤·2021-03-27 16:56

Diffusion Map在单细胞中的应用

单细胞降维基于单细胞表达矩阵的降维方式有很多，例如UMAP，t-SNE，PCA等，而DiffusionMap是基于非线性的降维模式。
小潤澤·2021-02-09 17:01

Seurat Weekly NO.09 ||UMAP图分不开怎么办？

SeuratWeeklyNO.0||开刊词SeuratWeeklyNO.1||到底分多少个群是合适的？！SeuratWeeklyNO.2||我该如何取子集SeuratWeeklyNO.3||直接用Seurat画fig2SeuratWeeklyNO.4||高效数据管理SeuratWeeklyNO.5pseudocell该如何计算||或谈Seurat的扩展SeuratWeeklyNO.06||数据对象
周运来就是我·2021-02-06 06:17

Seurat Weekly NO.09 ||UMAP图分不开怎么办？

SeuratWeeklyNO.0||开刊词SeuratWeeklyNO.1||到底分多少个群是合适的？！SeuratWeeklyNO.2||我该如何取子集SeuratWeeklyNO.3||直接用Seurat画fig2SeuratWeeklyNO.4||高效数据管理SeuratWeeklyNO.5pseudocell该如何计算||或谈Seurat的扩展SeuratWeeklyNO.06||数据对象
周运来就是我·2021-02-06 06:17

海思3559A/3519A查看 nnie 推理次数/ddr占用

海思3559A/3519A查看nnie推理次数DDRGPU等信息cat/proc/umap/nnie查看ddr占用hiddrscat/dev/logmpp查看设备mpplogcat/proc/hisi/
Tourior·2020-09-16 11:12

AttributeError: module 'umap' has no attribute 'UMAP'

Users\Admin\Desktop\Real-Time-Voice-Cloning-master\toolbox\__init__.py",line228,invocodeself.ui.draw_umap_projections
3D_DLW·2020-09-13 15:32

海思常用一些调试指令

\r\n">/dev/ttyUSB2|cat/dev/ttyUSB22、海思模块日志打印cat/proc/umap/vi|grep"VIPIPESTATUS"-A103、nfs挂载mount-tnfs-onolock192.168.0.202
Ronbin.L·2020-08-19 23:27

一个简单的游戏源代码

游戏规则如下：1、游戏数据使用两个一维数组存储：umap存储逻辑数据udisplayMap存储绘制的数据，-1代表已经翻开，0代表未翻开，大于0代表已经翻开。
网络咖啡·2020-08-10 14:51

C++编程基础

Project包含level（也称作map），并作为.umap文件存储在“内容”文件夹中。不能同时在多个级别上工作，级别将显示在Viewport（游戏预览窗口）中。
右腕·2020-07-28 04:40

【C++】unordered_map用法详解

定义：std::unordered_mapumap;增：umap.insert(Map::value_type("test",1));删：//根据key删除,如果没找到n=0auton=umap.erase
懂懂懂懂懂懂懂·2020-07-15 02:14

Oracle_Net_Configuration_Assistant_配置步骤

假设数据库所在服务器IP地址为:192.168.0.1数据库实例名为:ora92用户名:umap密码:umap第一步:打开配置程序位于:程序-->Oracle-OraHome92-->ConfigurationandMigrationTools
to.to·2020-07-14 23:04

Oracle Net Configuration Assistant配置学习

NetConfigurationAssistant配置步骤:假设数据库所在服务器IP地址为:192.168.0.1数据库实例名为:ora92用户名:umap密码:umap第一步:打开配置程序位于:程序-
fengb4676·2020-07-14 10:53

使用udig配置数据样式（二）——udig加载数据

新建项目成功后，可以看到在项目路径下，产生了Map.umap的文件。4、添加图层在Map（工程中的地图文档）上右键，选择Add…，
江湖小喵·2020-07-09 23:00

UMAP降维算法python包的安装和使用

一、UMAP算法的定义：统一流形近似与投影(UMAP)是一种降维技术，可以用于类似于t-SNE的可视化，也可以用于一般的非线性降维。
wangpan007·2020-07-05 19:44

UMAP数据降维副产品---全连接神经网络做编码器

均匀流形近似和投影（UMAP/uniformmanifoldapproximationandprojection）一种类似于t-SNE的数据降维算法，至于算法思想那是另外一篇文章了，这里只说怎么使用和如何做预测
喵水军的近卫第76师·2020-07-05 06:43

降维算法：主成分分析 VS 自动编码器

一些特征转换技术有主成分分析（PCA）、矩阵分解、自动编码器（Autoencoders）、t-Sne、UMAP等。本文主要介绍了主成分分析以及自动编码器两种方法
deephub·2020-07-01 03:15

探索seurat包

导入数据2.创建对象和基本操作1）检查数据2）创建对象3）查看对象内容4）调用对象内容5）向对象插入内容6）可视化对象内容3.归一化4.挑选高变异基因5.标准化及去除混杂因素影响6.降维1）PCA2）UMAP3
hachi_dl·2020-06-29 15:01

RDKit | 基于分子指纹可视化化学空间

PCA降维方法使用主成分分析（PCA）和UMAP进行尺寸缩减。PCA是最常用的方法，但由于它会根据数据的线性度压缩到较低维度的空间中，因此可能不适用于0-1等指纹数据
qq2648008726·2020-06-27 03:50

cat /proc/umap/vi

/proc/umap#catvi[VIU]Version:[Hi3516A_MPP_V1.0.5.0B030Release],BuildTime:[Oct292015,20:50:54]VI-VPSSisoffline
阿卡基YUAN·2020-06-24 22:59

海思3531的（HDMI和MIC）音频问题

音频部分的proc信息#cat/proc/umap/ao[AO]Version:[Hi3531_MPP_V1.0.8.0Debug],B
oWuWangWo123456789·2020-06-24 18:00

亲身经历 | 记一次美国大学生数学建模竞赛

由于比赛包括三部分：建模、编程和撰写论文，所以我们一方面开始涉猎基本的数学模型，了解每个模型的作用和应用；另一方面，阅读2003-2017年刊登美赛论文的UMAP杂志，看每年的赛题、O奖文章和评委的评论
媛媛姐姐·2020-06-24 12:40

海思Hi3559A支持单帧多slice解码的方法配置（不花屏不卡顿）

Hi3559A中，默认单帧最多支持16个slice，解码时通过：cat/proc/umap/vdec可以查询到MaxVPSMaxSPSMaxPPSMaxSlice以上是与H.264、H.265解码相关的内存分配参数
dong_beijing·2020-06-23 05:54

hi3531播放1080p60f， 延迟越来越大的问题与解决办法

cat/proc/umap/vdecFrmInVdec解码器中缓存的帧数。包含未解码的码流及已经解码但未发送的图像。在看看framerate发现其值经常是6
afdd28617·2020-06-22 12:59

单细胞分析常见问题

Q1：画图时，tsne和umap，我该选择哪个比较好？很多客户问到过这个问题，我们也在现场问过10X的技术人员。
静小沐·2020-05-28 14:36

单细胞转录组数据分析||Seurat3教程: 自定义降维方法MDS

基于此，Seurat提供了不少降维的方法：主要是PCA,TSNE,UMAP三种，其实降维方法何其的多：那么，我们如果想对我们的数据应用其他降维方法，我们需要如何操作呢？
周运来就是我·2020-05-09 00:01

tSNE和UMAP的区别

首先，在高维空间内，描述两个点（两个细胞）的距离不一样，tSNE采取的是“概率算法”，即把两个点的距离转换成概率，若i与j这两个点距离比较近的话，它所对应的概率较大；而UMAP采取的是传统的欧式距
小潤澤·2020-04-08 22:31

单细胞RNA降维之UMAP

UMAP首先，UMAP是一种非线性降维的算法，相对于t-SNE，UMAP算法更加快速该方法的原理是利用流形学和投影技术，达到降维目的首先计算高维空间中的点之间的距离，将它们投影到低维空间，并计算该低维空间中的点之间的距离
小潤澤·2020-03-13 10:42

PP: UMAP: uniform manifold approximation and projection for dimension reduction

FromTutteinstituteformathematicsandcomputingProblem:dimensionreductionTheoreticalfoundations:Atahighlevel,UMAPuseslocalmanifoldapproximationsandpatchestogethertheirlocalfuzzysimplicialsetrepresentatio
keeps_you_warm·2020-01-27 23:00

在linux中用同一个版本的R 同时安装 Seurat2 和 Seurat3的教程

Seurat分析流程基本涵盖了单细胞分析中的所有常见分析方法，包括filtering，tSNE，UMAP降维及画图等。还有一个重量级功能就是矫正不同实验之间的批次效应。
何帅·2019-08-19 21:46

在linux中用同一个版本的R 同时安装 Seurat2 和 Seurat3

Seurat分析流程基本涵盖了单细胞分析中的所有常见分析方法，包括filtering，tSNE，UMAP降维及画图等。还有一个重量级功能就是矫正不同实验之间的批次效应。
何帅·2019-08-19 21:00

Hi3531D 4K VI 参数

运行他们自带的Encoder软件，用cat/proc/umap/vi发现了一些端倪，于是按照他们的VI配置修改了海思的sample程序，结果就正常了。   
gzast163·2019-05-27 00:00

Unreal Cook Book：创建对象的的几种姿势（C++）

https://code.csdn.net/neil3d/unrealcookbook使用的引擎版本为：4.11.2打开项目后，启动“CreateObjectDemo/CreateObjectDemoMap.umap
Neil3D·2016-06-01 08:00

java 加解密（3DES）

阅读更多packagecom.paic.umap.ucm.common.utils;importjava.security.MessageDigest;importjavax.crypto.Cipher
jin8000608172·2016-04-07 16:00
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