bioinformatics 第9页

【生信训练营-5】利用fastqcr做批量QC分析

FastQC下载地址：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc.pngFastQC界面：fastqc_software.png

Rapp·2020-03-06 17:11

利用fastqc检测原始序列的质量

FastQC是一款基于Java的软件，一般都是在linux环境下使用命令行运行，它可以快速多线程地对测序数据进行质量评估（QualityControl），其官网地址为：BabrahamBioinformaticsFastQC

井底蛙蛙呱呱呱·2020-03-05 18:36

3、RNAseq(3)--对RNAseq测序数据的质量控制（fastqc）

#下载fastqc工具包$wgethttps://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.8.zip#解压&unzipfastqc_v0.11.8

莫讠·2020-03-04 15:57

二代测序的数据的分析——质量控制

质量控制测序质量检查-FastQCFastqcFastqcwebsite(http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/))质量控制的测序质量检测是通过

科研虾·2020-03-04 11:36

Week3— 对混合细胞类型的转录组数据去卷积（综述）

原文：Computationaldeconvolutionoftranscriptomicsdatafrommixedcellpopulations，Bioinformatics，2018Jun1;34

六六_ryx·2020-03-03 01:45

生物信息简史

前几天看到Briefingsinbioinformatics发了一篇文章介绍生物信息学发展历史。个人有两个感慨，一是这样的文章也可以发表(不禁想给自己的博客投稿)，二是感慨生物信息学发展之快。

思考问题的熊·2020-03-01 23:50

DADA2分析16s扩增子教程（来自Happy Belly Bioinformatics网站）

之前发现了一个网站分享了很多教程，诸如bash，R，16s扩增子和基因组相关的分析教程，网站叫HappyBellyBioinformatics。今天来学习分享一下。

你猜我菜不菜·2020-02-20 15:15

List of RNA-Seq bioinformatics tools #源自维基百科

QualitycontrolandfilteringdataQualityassessmentisessentialtotheoverallcomprehensionofRNA-Seq,aswelltoguaranteethatdataareintherightformatandsuitableforthenextanalyses.Often,isnecessarytofilterdata,rem

Ada_Corner·2020-02-18 13:08

Illumina adapter and primer sequences

Source:http://bioinformatics.cvr.ac.uk/blog/illumina-adapter-and-primer-sequences/IlluminaAdapterandPrimerSequencesIlluminalibrariesarenormallyconstructedbyligatingadapterstoshortfragments

浩瀚之宇·2020-02-11 07:26

用bowtie2去除fastq文件中的rRNA

一、在NCBI上下载rRNA的fasta序列，用于建立索引1.参考：https://ucdavis-bioinformatics-training.github.io/2017-June-RNA-Seq-Workshop

547可是贼帅的547·2020-02-10 18:19

Bioconductor 分析芯片数据教程

这是我在TheBioinformaticsKnowledgeblog上看到的一篇教程，原文在这里，教程条理清晰，对我理解芯片数据分析流程帮助很大，就把它翻译了过来。

wangpeng905·2020-02-10 09:05

Biostar_handbook||charpter 13. 短序列比对BWA/Bowtie

Charpter_13ShortReadAligners背景定义：ShortreadAlignersarecommonlyusedsoftwaretoolsinbioinformatics,designedtoalignaverylargenumberofshortreads

Dawn_WangTP·2020-02-10 07:40

R实战 | 用R也可以完成的RNA-Seq分析-5

原文地址：https://bioinformatics-core-shared-training.github.io/RNAseq-R/rna-seq-gene-set-testing.nb.html书接上文

尘世中一个迷途小书僮·2020-02-02 12:36

Chen2018开发了一个带界面的GWAS和GS操作软件

ChenCJ,ZhangZ.iPat:IntelligentPredictionandAssociationToolforGenomicResearch.Bioinformatics,2018,(February

董八七·2020-02-02 00:54

每日文献：2018-01-09

转录组数据整合分析和可视化平台原标题：platformforinteractiveanalysisandvisualizationoftranscriptomicsdata原文地址：https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com

徐洲更hoptop·2020-01-08 10:51

临床生物信息学中的GWAS分析

今天要分享的是一本合集ClinicalBioinformatics临床生物信息学实验指南中的第五章BioinformaticsChallengesinGenome-WideAssociationStudies

rapunzel0103·2020-01-08 06:42

Python生物学 Python for Bioinformatics 2nd - 2018.pdf

基于作者的丰富经验，PythonforBioinformatics，SecondEdition帮助生物学家掌握软件开发的基础知识。

python测试开发_AI命理·2020-01-03 03:11

一文解决韦恩图（零代码版本、R语言、python版本）

(1)送给不喜欢编程的同学http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/（1）导入准备做交集的文件。（2）点击submit选项。

柳叶刀与小鼠标·2019-12-29 14:31

Analyzing single-cell RNA-seq data containing UMI counts

DavisJ.McCarthy2,3andJohnC.Marioni1,2,41CancerResearchUKCambridgeInstitute,LiKaShingCentre,RobinsonWay,CambridgeCB20RE,UnitedKingdom2EMBLEuropeanBioinformaticsInstitute

周运来就是我·2019-12-29 10:39

A summery after switching my major

Sixmonthshavepassedsincemychangingofmajorfromroboticstobioinformatics,ittimetomakeasummaryofwhathappenedinthesesixmonths.Thefirstconclusionisthatthedifferencebetweenroboticsandbioinformaticsisbiggerth

鹏抟九万·2019-12-29 00:16

[ 生信者们建议看看 1 ] Ming Tang: 我为生物信息学/数据科学课程选择的书籍/ URL

点击这里一些简介BioinformaticsscientistatHarvardFASinformaticsworkingonsingle-cellRNAseqandsingle-cellATAC.Careaboutreproducibleresearchando

二货潜·2019-12-28 23:04

Bioinformatics Data Skills

第十章使用序列数据生物信息学的核心问题之一是处理大量的（通常定义糟糕或模糊）文件格式。久而久之，一些特定的简单的人类可读的格式成为了事实上的标准。-彼得·科克等,2010年好的程序员知道怎样写程序。杰出的程序员知道怎样重写（并重新使用）。-大教堂和集市埃里克·斯蒂芬·雷蒙德在生物信息学中，核苷酸（和蛋白质）序列普遍以两种纯文本格式存储：FASTA和FASTQ，发音分别为fast-ah（或fast-

yangliunk1987·2019-12-27 15:56

《生物信息学课程导引》阅读笔记

Chapter1BasicsforBioinformatics容易和生物信息学混淆的一些学科名词，如下：ComputationalMolecularBiology(计算分子生物学):更关注计算生物学中的分子层面

Honglei_Ren·2019-12-23 06:20

基于信息学分析的生物资源库构建——m6AVar（*bioinformatics**中国 Seminar-第五周）

基于信息学分析的生物资源库构建——m6AVar（bioinformatics*中国Seminar-第五周）与本推有关图片大年过完，Seminar继续！

生信札记·2019-12-18 03:47

Rhyme微信小程序

微信小程序服务器部署完成WeChatMiniProgrampublished.PleasesearchforRhyme.CodingbyBenbenMiao.Thedataofrhyme,technologyandbioinformaticswillupdate.Homepages

benben_miao·2019-12-17 11:36

Honglei_Ren·2019-12-07 01:15

生信知多少

bioinformaticsisadatasciencethatinvestigateshowinformationisst

琪音·2019-11-03 03:27

生物信息类期刊全集大全

计算生物学，生物信息学，计算生物信息学杂志期刊BMCBioinformaticsBMCGenomicsBMCSystemBiologyBMCsubsBRIEFINGSINBIOINFORMATICSBioinformaticsCOMPUTATIONALBIOLOGYANDCHEMISTRYCellandsubsCurrentBioinformaticsEvolutionaryBioinformat

emanlee·2019-10-25 09:00

WES-全外显子分析需知

《ReviewofCurrentMethods,Applications,andDataManagementfortheBioinformaticsAnalysisofWholeExomeSequencing

Juan_NF·2019-10-21 09:42

Paper Reading_Computer Architecture

paper心得Cache&&MemorySystemLastlevelcache(llc)performanceofdataminingworkloadsonacmp-acasestudyofparallelbioinformaticsworkloads

Pentium.Labs·2019-10-11 19:00

bismark判断甲基化的比对原理

参考官网：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects

毒鸡蛋·2019-09-28 14:23

Python开发WebService系列教程之REST,web.py,eurasia,Django

在Bioinformatics(生物信息学)领域，WebService是很重要的一种数据交换技术，未来必将更加重要。

·2019-09-23 18:42

ConsensusClusterPlus: R中实现鉴定簇集数及其成员的算法

“ConsensusClusterPlus:aclassdiscoverytoolwithconfidenceassessmentsanditemtracking.”Bioinformatics,26(

美式永不加糖·2019-06-28 09:28

一次给你66种测序数据分析方法和流程

闲着乱看的时候发现在bioinformatics上发表了一篇文章SequencEnG:anInteractiveKnowledgeBaseofSequencingTechniques，再一看Abstract

思考问题的熊·2019-06-28 08:53

生物信息发文章哪家强

最近发表在Bioinformatics的一篇文章或许可以给你一点思路。随着生物信息的发展，生物信息学相关的文章近10年呈现大量增加的趋势。世间万物皆可比较，你有没有想过，生物信息发文章哪家强。

思考问题的熊·2019-06-28 08:57

【小工具】比较两个文件中某两列是否有交集，并画venn图

http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.htmlimage.png第二个在线工具，支持文件上传：http://bioinformatics.psb.ugent.be

11的雾·2019-06-26 19:26

单细胞数据分析||Bioinformatics analysis of single-cell RNA-seq data

单细胞数据的一个特点是数据量比较大，这里的数据就是表达谱，一个样本的表达谱就有成千上万的细胞以及每个细胞的UMI，所以这是一张大表。但是大表并不代表大数据，他两个不是一对一的直接关系，这个表其实结构还是蛮简单的：cell-gene表，并没有其他类型的数据。但是要做的好肯定不能仅限于一个矩阵，还要结合其他数据，同事关于单细胞数据的分析软件以及平台也在不断涌现，比如本文就出现sc-RNA-seq+VR

周运来就是我·2019-06-23 09:34

肝细胞癌异常甲基化差异表达基因及通路的生物信息学分析

原文题目：Bioinformaticsanalysisofaberrantlymethylateddifferentiallyexpressedgenesandpathwaysinhepatocellularcarcinoma

Forest_Lee·2019-06-22 19:48

【生信进阶练习1000days】day22-复习day1~day14的知识点

Bioconductorworkshop2018的知识点但是内容太多，整个博客界面放不下，所以xmind我存储在自己的github上的，感兴趣的同学可以自己下载学习https://github.com/Candlelight-XYJ/Bioinformatics

Candlelight_yujia·2019-06-19 10:58

「文献01」ATAC-pipe: ATAC-seq分析的工具包

」题目：ATAC-pipe:generalanalysisofgenome-widechromatinaccessibilityDOI:10.1093/bib/bby056杂志：BriefingsinBioinformatics

六六_ryx·2019-06-08 14:04

Trimmomatic详细使用

软件介绍于2014年首次发表在Bioinformatics期刊上，Trimmomatic是一个快速的多线程命令行工具，可以用来整理和裁剪Illumina(FASTQ)数据以及删除adapter。

向往优秀的渣渣·2019-03-25 09:54

Bioinformatics training records (for biologist)

InitialunderstandingNCBI,EBIorDDBJ,checkagene;LINC-MD1,MYOD1,KAT1,2,3UCSCbrowser,checkagene;LINC-MD1,MYOD1,KAT1,2,3Thelocation,relativelocation,andresource;Modification,NGSdatarepresentation;NCBIoroth

zhoujj2013·2019-03-22 10:41

Ensembl和NCBI基因组下载，基因序列下载查看

查找参考基因组得常用数据库1.Ensembl是由EuropeanBioinformaticsInstitute（EBI）与WellcomeTrustSangerInstitute（WTSI）共同合作

组学大讲堂·2019-02-22 10:20

第一篇：RNA-Seq analysis in MeV

该文刊登的期刊是Bioinformatics，属于生物信息学中的顶级期刊，影响因子5~6分。作者介绍2本文引用次数为不是很多，但是该文章的作者有一篇文章引用次数达到1400次。

Yeyuntian·2019-02-05 22:14

记录《Bioinformatics Data Skills》中关于R的实用操作

##################2019年1月18日14:34:07##########################example("pheatmap")#获取函数的示例help.search("heatmap")#根据关键词搜索相关的函数library(help="pheatmap")#查看包的详细信息ls()#Wecanseeobjectswe’vecreatedintheglobal

EngineerChicken·2019-01-23 17:20

Matlab2018a安装教程

Simulink9.1仿真软件9.1AntennaToolbox3.1天线工具箱3.1AutomatedDrivingSystemToolbox1.2自动驾驶系统工具箱1.2BioinformaticsToolbox4.10

csdnZSX·2019-01-22 19:51

医学图像处理SCI期刊介绍

SCIJournalsforMedicalImageProcessingTitleImpactfactorBrain10.870JournalofNeuroscience7.869CerebralCortex7.463Neuroimage7.063TechnicalNoteHumanBrainMapping7.032Bioinformatics6.911Applicati

三世·2018-09-03 09:25

2018-07-24De novo assembly of bacterial genomes with repetitive DNA regions by dnaasm application...

DenovoassemblyofbacterialgenomeswithrepetitiveDNAregionsbydnaasmapplication应用dnaasm将具有重复DNA区域的细菌基因组重新组装https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com

wangchuang2017·2018-07-24 09:59

利用ggplot2画出各种漂亮图片详细教程

致敬y叔2利用ggplot2画出各种漂亮图片详细教程|PublicLibraryofBioinformatics利用ggplot2画出各种漂亮图片详细教程|PublicLibraryofBioinformatics

土豆学生信·2018-07-09 19:33

无生物学重复RNA-seq分析 CORNAS: coverage-dependent RNA-Seq analysis of gene expression data without biol...

无生物学重复RNA-seq分析CORNAS:coverage-dependentRNA-SeqanalysisofgeneexpressiondatawithoutbiologicalreplicatesBMCBioinformatics

wangprince2017·2018-07-04 21:00

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