fasta

TRF（tandem repeats finder ）安装与使用（一）

2.DOS下进入存放trf的文件夹trf409$cdE：\biosf\trf409$trf409.exePsilo.fasta277801050500-f-d-m运行中：得到结果：OK，今日目
Xylona_MS·2023-09-19 22:45

对 fastq 和 bam 进行 downsample

downsample一、Fastq1、seqtk二、Bam1、samtools2、PicardDownsampleSam3、比较并行采样模板一、Fastq1、seqtkSeqtk是一种快速轻量级的工具，用于处理FASTA
毒鸡蛋·2023-09-19 14:18

linux 查看samtools版本,samtools 1.9

tar.bz2cdsamtools-1.9/makeecho'exportPATH=/home/li.han/Softwares/samtools-1.9:$PATH'>>~/.bashrc用法faidx功能：提取fasta
Dr.Truman·2023-09-16 11:44

生信技能23 - Samtools提取BWA比对的mapped reads

本文目的：筛选出能比对到参考序列的mappedreads，形成新的fastq文件参考序列构建索引bwaindexref.fasta运行成功后会生成5个结果文件：ref.fasta.amb、ref.fasta.ann
辉光君Glow·2023-09-16 11:10

如何从SILVA数据库下载16S序列

网址：https://www.arb-silva.de/search/以E.coli为例，进行查询12共有24913条records，全部进行下载3选择FASTA序列，无gap，startexport4
scdzzdw·2023-09-07 08:41

kaks calculator批量计算多个基因的选择压力kaks值

cds序列和蛋白质可以在ensembl网站找到：http://ftp.ensembl.org/pub/current_fasta/这两个文件的示例如下：cds序列
橙子牛奶糖·2023-09-06 06:04

从fasta文件中批量提取序列

可以从fasta中提取基因序列的4款软件-简书根据序列ID提取fasta序列_根据序列id提取序列_周欣5518的博客-CSDN博客下载faSomeRecords脚本Indexof/admin/exe/
zq_Shen·2023-09-04 22:40

csvtk | 命令行下表格统计分析、数据筛选、替换、整理神器

如同生物信息领域中的FASTA/Q格式一样，CSV/TSV作为计算机、数据科学和生物信息的基本格式，应用非常广泛。
生信师姐·2023-09-03 03:18

统计fasta文件中序列的长度并绘制直方图

"""对fa文件中的序列进行处理#获取序列的id和序列信息#统计每个id对应的序列的长度#对序列长度进行统计#绘制直方图"""importosimportpandasaspdfromcollectionsimportCounterimportmatplotlib.pyplotaspltimportsysdefread_seq(file_path):withopen(file_path,'r')as
UP小吴同学·2023-08-30 02:52

RNA-seq 转录组定量

Data：fromGEOTools:RSEM和STAR建立索引：下载gencode参考数据集，v24的gtf文件以及fasta文件/home/wuxiaobin/RSEM/bin/rsem-prepare-reference—gtf
好风凭借力·2023-08-27 22:26

TBtools自带fasta文件分割功能使用以及与脚本分割的对比

SequenceToolkit>NCBISequenceFetch>BulkNCBISequenceDownload下载界面粘贴accession号，设置好输出文件夹和文件名，选择对应的核酸格式即可，点击Start.下载得到一个fasta
大坏蛋HYB·2023-08-27 13:56

encode eclip 数据分析流程

#准备：测序数据：fastq格式；RBFOX2HepG2测序数据-RBFOX2STAR的基因组索引：UCSC下载fasta格式STAR的重复元件索引：RepBase下载fasta格式barcodes文件
JeremyL·2023-08-27 01:03

2021-01-06GWAS全基因组关联分析流程

转载自：https://blog.csdn.net/yangl7/article/details/109202042一、BWA比对1.构建索引bwaindex-aisexample.fasta#构建索引
麦冬花儿·2023-08-26 22:39

四种获取fasta序列长度的方法

转自：https://www.jianshu.com/p/d27d5ab8d6f0在处理fasta序列的时候，我们经常需要获取每一条fasta序列的长度。
生信师姐·2023-08-25 21:10

blast命令

blastp-queryseq.fast-outseq.blast-dbdbname-outfmt6-evalue1e-5-num_descriptions10-num_threads8核酸序列比对核算数据库（blastn）blastn-queryseq.fasta-outseq.blast-dbdbname-outfmt6
Chenhu7·2023-08-25 07:54

Gapcloser

下载和安装https://sourceforge.net/projects/soapdenovo2/files/GapCloser/使用GapCloser-ascaffolds.fasta-binput_library.txt-ogapcloser_scaffolds.fasta-l149
nitrostarch·2023-08-25 01:31

蛋白序列的查找比对和同源性分析

https://www.genenames.org以fasta的格式拷贝到txt文档中，用同样的流程把同家族的
苏柏亚是金·2023-08-25 00:31

【python】使用pysam读取sam/vcf/fasta文件时的常用属性

文章目录写在前面读取SAM文件读取VCF文件读取FASTA文件应用pysam：获取指定位置的碱基写在前面参考官网pysamAPI：https://pysam.readthedocs.io/en/latest
青灯照颦微·2023-08-24 08:47

使用awk实现：二代测序文件fastq转换为fasta格式

awk'{if(NR%4==1){print">"substr($0,2)}}{if(NR%4==2){print}}'fastq>fasta
赵会成·2023-08-19 17:01

windows本地BLAST（二）：操作及应用

以blastn用法为例:1、建索引：makeblastdb-dbtypenucl-inref.fasta注：-dbtype：序列类型，nucl为核酸序列，prot为蛋白序列。
想要学好生信的小白·2023-08-18 02:51

查找一个基因的序列

查看基因信息nucleotide#查看mRNA序列，mRNA转录变体，长度transcriptvariant1,mRNAtranscriptvariant2,mRNA#指某个基因有两种mRNA转录变体，打开其fasta
小灰灰want_to_fly·2023-08-17 04:47

pymol安装使用；vscode蛋白质可视化插件 protein viewer；rcsb pdb，fasta蛋白wget下载

pdb文件字段说明学习：1、pymol安装使用参考：https://blog.csdn.net/eternalapple/article/details/110263296官网：https://pymol.org/安装：1、可以直接conda安装，一条命令condainstall-cschrodingerpymol-bundle安装成功后输入pymol即可调出窗口2、也可以直接下载安装包安装***
loong_XL·2023-08-16 04:23

对数据进行操作（增、删、改、查）

1.FASTA/Q利用seqkit对FASTA/Q格式的序列文件进行操作，使用说明和安装可以查看：seqkit#对文件进行简单的统计：seqkitstat*.gz#统计序列的gc含量：seqkitfx2tab-j4
正树_9838·2023-08-14 07:51

RNAfold预测RNA的二级结构

该软件是一个经典的预测RNA二级结构的软件，网址如下http://rna.tbi.univie.ac.at//cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgi官网提供了在线服务，只需要上传fasta
生信修炼手册·2023-08-11 17:25

笔记 | FastAPI创建新项目

mkdirmyprojectcdmyproject创建并激活一个新的Python虚拟环境（可选，但强烈推荐）：python3-mvenvvenvsourcevenv/bin/activate安装FastAPI和uvicorn（FastA
LiuTselin·2023-08-10 20:30

比较两个fasta文件是否相同

前言最近碰到一个需求，比较两个fasta文件的所有序列是否一样，但是其名字无所谓是否相同，于是想了一个比较简单的办法，shell下面直接可以完成。
547可是贼帅的547·2023-08-05 12:37

以果蝇蛋白序列注释转录组数据

下载果蝇蛋白序列打开Flybase下载果蝇序列(ftp://ftp.flybase.net/genomes/Drosophila_melanogaster/dmel_r6.28_FB2019_03/fasta
伽罗CG4825·2023-08-04 02:30

用Python读取FASTA格式的序列文件，并只将序列ID写入到一个新的文件中

输入文件(Fasta_text.txt)的格式假定如下：>evm.model.Contig624.10ATGAGTAAACCTAGAAAGAGACCGGATCTACGGCTGCCGTCTAACTCGGGAACTGAGCAACTCGGCTCATCAGCAGCTGGACT
懒猪曼达·2023-07-31 15:23

还在学Django! FastAPI Web 框架教程来了！

现在又有第三个框架横空出世FastA
菜鸟学Python·2023-07-31 12:23

小麦参考基因组下载及相关文件说明

小麦基因组下载地址ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-44/fasta/triticum_aestivum/dna/其他植物基因组下载地址http
张志勇_zzy·2023-07-29 06:55

fasta和fastq格式文件的shell小练习

作业中参考了：https://www.jianshu.com/p/bc1fe435879chttps://www.jianshu.com/p/d10a85f21889http://ddrv.cn/a/185067http://www.huanyujianshe.com/p/41b8c87ab9c5这个是有机结合生物信息学的linux和数据格式的练习题：下载bowtie2软件后拿到示例数据：mkdi
vicLeo·2023-07-25 18:00

教程 | [下篇] 规模化物种同源基因分析 - orthofinder

今天即推出，主要内容即：软件的使用结果的解读运行准备文件#在一个合适的路径，创建个人工作文件；mkdirtest&&cdtest准备所需物种的蛋白文件统一后缀为(.pep/.fasta/.fa/.faa
生信石头·2023-07-24 12:28

Linux命令awk,sed使用

awk命令使用记录例1,修改fasta序列IDawk'BEGIN{Cnt=0}{if($0~/>/){Cnt=Cnt+1;tmp=">TriUnigene"Cnt;$0=tmp;print$0}else
Balloon_vine·2023-07-22 09:43

sed将多行fasta变为一行

需要处理的fasta文件：>sp|P30443|1A01_HUMANHLAclassIhistocompatibilityantigen,A-1alphachainOS=HomosapiensOX=9606GN
气旋_c8b6·2023-07-22 09:12

对某个物种进行分子进化分析，保守序列提取以及CRISPR-gRNA设计

对某个物种进行分子进化分析，保守序列提取以及CRISPR-gRNA设计基因组序列的获取这里我们直接获取完整的基因组组装序列在ncbi的基因组数据中检索物种关键词，获取该物种所有组装好的序列，去FTP下载基因组fasta
小光amateur·2023-07-17 09:26

2019-07-12

fasta序列条数统计统计大于号开始的行数或seqkit工具通过搜索>的数量grep-c'^>'myFasta.fastaseqkit统计提取，速度也是很快的seqkitstatst.fa-T
YX_Andrew·2023-07-17 07:20

Python-79 用python对excel里复制过去的的DNA序列进行格式修改，获得fasta格式的文件 2020-09-29

用python对excel里复制过去的的DNA序列进行格式修改，获得fasta格式的文件：代码与解释如下：importos#事先安装并导入这个包;如果没安装好就win+r后输入cmd,再输入pipinstallos
RashidinAbdu·2023-07-17 05:31

学习小组Day7笔记--Xiaofan1991

二、测序数据格式Fastq和Fasta格式是常用格式，了解常用文件格式的内容分布三、测序知识的思维导图笔记测序知识整理.png
xiaofan1991·2023-07-17 00:16

fastq-dump的安装及使用方法

fastq-dump是大家经常使用的，主要是由于从NCBI中下载的数据格式大部分是SRA格式，此时就需要使用fastq-dump将SRA格式转换成为fasta格式fastq-dump是sratoolkit
生信学习小达人·2023-07-15 04:11

运行软件plotsr时报错：“ImportError: Incomplete genomic information”

/data/Sc_R64.fasta--genomes../data/Sc_YJM1447.fasta-H8-W52023-07-
生信学习小达人·2023-07-15 04:37

采用Trinotate对拼接结果进行注释

一：开始之前需要准备三个东西：第一：安装软件1.Trinity（用于生成拼接后的转录本fasta文件）2.TransDecoder（用于预测转录本的蛋白编码区域）3.SQLite（用于整合数据库数据，我下的是
多啦A梦的时光机_648d·2023-06-28 20:17

2020-12-16 seqkit分割phylosuite下载的sequence文件

序列和子序列**seq**转换序列（序列颠倒，序列互补，提取ID）**subseq**从区域/gtf/bed中获得序列，包括侧面的序列**sliding**滑动序列，支持环式基因组**stats**对FASTA
云若蓝·2023-06-20 14:08

2023-04-10批量获取所有基因的启动子序列

输入基因组文件（fasta）及其对应的注释文件（gff/gff3/gtf），得到这个注释文件中所有基因的启动子序列：参数介绍：fa输入的基因组文件，fasta格式-g基因组文件对应的注释文件（gff/gff3
麦冬花儿·2023-05-11 15:50

bioinfo100-第1题-（1）fasta&fastq

参考：孟浩巍知乎zhn博客入门课程1.入门课程image.png2.测序原理（待填坑）3.分析流程image.png第1题，与FASTQ与FASTA格式有关1.0掌握fasta格式概述一下，fasta格式是一种非常简单的储存序列的格式
RachaelRiggs·2023-04-21 00:53

2021-02-19 转录组分析---斑马鱼线粒体(一)

1.斑马鱼基因组文件文件下载ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-97/fasta/danio_rerio/dna/image.png这次选的是线粒体基因组文件[ftp:/
zebra_mito·2023-04-19 23:30

20230417 -- 处理 多个VHH sanger测序序列

#20230417#序列来源生工测序：sanger序列#目的：整理成fasta，并且将上下游序列拼接组成contigs，然后igblast#有些.seq文件没有配对文件，有些.seq文件是多行输出结果，
All_Will_Be_Fine噻·2023-04-18 13:26

使用Python脚本读取fasta文件

读取FASTA文件使用pip下载biopythonpip.exeinstallbiopythonimportsysfromBioimportSeqIOsys.path#检查模块安装路径SeqIO是BIo
μμ豆奶·2023-04-17 07:57

efetch的用法

用efetch下载文件非常方便，只要给出文件在数据库中的编号即可：efetch-db=nuccore-format=fasta-id=AF086833>AF086833.faefetch-db=nuccore-format
vvv2223·2023-04-17 02:27

IGV 自己加载或者导入参考基因组

1.加载基因组及注释文件加载的基因组文件必须是fasta格式或者IGV.genome格式。
Weizhen_dd13·2023-04-16 00:25

如何将简单的问题整复杂……fasta序列长度筛选

写在前面看到一个问题，如何筛选fasta文件中基因序列长度，当时脑子里想到了最近正在学的东西。如何在linux下一行指令筛选fasta文件中序列长度低于200的序列。
邵扬_Barnett·2023-04-15 17:47
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