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fasta
awk: 从格式化的
fasta
中提取部分id的序列
看两个
fasta
的格式,一个是单行的序列,一个是格式化后的序列#test.fa>id1_1ATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCG
Amy_Cui
·
2023-04-14 22:24
2020-12-08
概念[编辑](javascript:;)FastQ格式是序列格式中常见的一种,FASTQ格式的序列一般都包含有四行,第一行由'@'开始,后面跟着序列的描述信息,这点跟
FASTA
凉风倒影
·
2023-04-13 16:50
Multi-omics Hammer软件之
fasta
序列基因(转录本/染色体)重命名
Multi-omicsHammer软件的Genome_relate工具箱的ptree_rename功能进行对进化树进行重命名,本篇就接着上一篇推文继续介绍Multi-omicsHammer软件的Genome_relate工具箱的
fasta
_rename
WJ的生信小院
·
2023-04-13 03:38
生信流程搭建(二)Ensembl数据库下载常用参考序列与对应的gtf文件、MT文件
在下载参考序列的时候遇到了很多大坑,对于一些不理解的版本信息,极力推荐去官网的ftp下载目录中查看Readme文档一、下载参考序列
fasta
及注释文件gtf、线粒体MT人类基因组版本对应关系NCBIEnsemblUCSCGRCh36release
Geekero
·
2023-04-12 02:00
bam 可视化:samtools tview 详细解释
话不多说直接上命令行:samtoolstview-pchr1:3128088NA12878.bamhg38.
fasta
-p指定染色体的位置,tview从指定的位置开始显示NA12878.bam比对结果bam
心如止水-WTF
·
2023-04-11 21:07
c++
c语言
linux
生信中常用的文件格式认识(一)-----
fasta
和fastQ
一.
fasta
格式
fasta
格式是一种基于文本用于表示核酸序列或多肽序列的格式。其中核酸或氨基酸均以单个字母来表示,且允许在序列前添加序列名及注释。该格式已成为生物信息学领域的一项标准。
生信小工厂
·
2023-04-11 14:13
fasta
和fastq格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-trainee.com/3575.html
fasta
和fastq格式文件的shell小练习原文链接这个是有机结合生物信息学的linux和数据格式的练习题:下载bowtie2软件后拿到示例数据:mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps
天涯清水
·
2023-04-11 11:42
选择压力(dn/ds)计算
将
fasta
格式的序列文件导入MAGA,然后选择Distance——computeroveral
Cady_duan
·
2023-04-09 12:16
2020-06-25 线粒体基因组组装软件 MitoZ
这个软件在组装单个体基因组测序数据中的MG的时候很不错,基本上可以完成所以的分析流程可以用于注释我们自己的MG,但是一定要注意
fasta
的sequenceid不可以太长,会运行失败。
热爱大自然的小和尚
·
2023-04-09 09:31
SnpHub搭建 | 数据处理中可能出现的问题
bcftoolssortxxx.vcf-Oz-oxxx.sorted.vcf.gz2.bcftools在写文件时,因为contig未出现在header中而报错使用bcftoolsreheader的-f参数,将参照基因组
fasta
esctrionsit
·
2023-04-08 14:12
生物信息学常见数据格式
生物信息学上常见的数据格式主要有
fasta
,fastq,gff/gtf。1FASTAFASTA是一种基于文本用于表示核酸序列或蛋白质的氨基酸序列的格式。
小汪Waud
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2023-04-08 00:35
Biopython之序列输入
这使您可以执行以下操作:fromBioimportSeqIOforrecordinSeqIO.parse("example.
fasta
","
fasta
"):print(record.id)orusingahandle
多啦A梦的时光机_648d
·
2023-04-07 17:52
Rust第二课:为什么我的Rust比Python慢!
在我的Rust第一课,我写了一个程序对
fasta
中的ATCG进行计数。
xuzhougeng
·
2023-04-06 22:53
将某一多行的
fasta
文件转换为单行的
fasta
文件
处理数据的时候经常遇到将多行
fasta
转换为单行,或者将很多行
fasta
串联起来合并为一行,下面是一些方法。
今天没回家
·
2023-04-06 07:55
如何根据染色体坐标批量提取对应的DNA序列(bedtools)
比如现在:你需查找一段序列,比如说小鼠的chr10:105280000-105280550,我相信学生物的童鞋应该都知道应该怎么获得DNA序列,但是如果当我有上千条序列需要获得并把它们放在同一个
fasta
生信start_site
·
2023-04-05 10:17
fasta
和fastq文件格式详解
1.
fasta
格式
fasta
格式是一种非常简单的储存序列的格式(主要是把序列储存到数据库中的一种形式),可以储存核酸序列(RNA/DNA)和氨基酸序列(AA),主要包括2个部分。
熊猫人和熊猫猫
·
2023-04-05 01:48
66.《Bioinformatics Data Skills》之比对结果可视化
数据地址:NA12891_CEU_sample.bamhuman_g1k_v37.
fasta
命令行工具使用samtoolstview工具可以对bam文件在命令行进行可视化。
DataScience
·
2023-04-04 17:52
2021-04-24 分析Reads比对基因组后5和3端的序列情况
采用的斑马鱼线粒体基因组为标准序列将去掉接头的序列文件fq.gz变为
fasta
文件格式2.由于
fasta
文件过大,可以切割为多个文件下载blast软件,构建标准数据库4.对多个文件进行本地blast(构建的标准数据库
zebra_mito
·
2023-04-04 09:20
当小白遇到:参考基因组和基因组注释
后续人们逐步完善了基因组序列信息,并写在
Fasta
格式的文本文件“天书”中,这本天书就叫做参
笺牒九州的怪咖
·
2023-04-04 04:45
fasta
的几种index方法
1.bowtie2:bowtie2-buildgenome.fastagenome2.bwa:bwaindexgenome.
fasta
-pgenome3.hisat2第一步:转录本的index:extract_exons.pygencode.vM19
苏牧传媒
·
2023-04-03 00:38
Fasta
与Fastq格式文件
FASTA
文件格式
FASTA
格式是一种用于表示核苷酸序列或多肽序列的文本格式。其中碱基对或氨基酸用单个字母来表示,且允许在序列前添加序列名及注释。该格式已成为生物信息学领域的一项标准。
Nemo_53e9
·
2023-04-02 19:43
perl实战练习-计算fastq文件中每条序列的GC含量
计算
FASTA
文件中每条序列的长度输入文件
fasta
.txt>con1GTTCATAACTTACCATTGACTGTTCATGATTTAAACTGTGTCTTCCTGTTCTTTTAGTTGCTTTGGATACTATAAGGTCAGAACTAGAA
下午三点的闲暇
·
2023-04-02 16:18
如何构建
fasta
文件及其index索引文件
需要准备的文件是序列信息bed格式文件或者GRanges格式文件比如有一个bed文件:$cattest.bedchr110000101000020chr210000211000030chr310000311000040我习惯保存为GR格式:>test=read.table("test.bed")>gr=toGR(test)>grGRangesobjectwith3rangesand0metadat
正经昵称征集中
·
2023-04-02 12:57
fasta
文件更改header
把它转化为data.frame后面问题就迎刃而解gtf文件是为了提取chr,start,end等信息,gtf文件读取需要安装rtracklayer包rm(list=ls())modify_fa%filter(type=="transcript")gtf_df$new_strand%select(seq_name,new_name)fa%left_join(gtf_df,by="seq_name")
落寞的橙子
·
2023-04-02 04:20
2021-03-04 blast+ 比对两个denovo RNAseq序列
他需要两个
fasta
中的交叉序列。因此我觉得用BLAST应该可以达到他的要求。以下为解决步骤方便以后再遇到类似情况:1.安装blast+sudoaptinstallblast2
hopi_bai
·
2023-04-01 14:23
AlphaFold/run_alphafold.py代码阅读理解
list为参数数据类型,为listflags.DEFINE_string():参数类型为String字符串翻译:
FASTA
文件的路径,每个路径包含一个预测目标,该目标将被一个接一个地折叠。
cv一段代码交差
·
2023-04-01 07:25
AlphaFold2
python
常见物种参考基因组及注释下载地址汇总
UCSC:http://hgdownload.cse.ucsc.edu/downloads.htmlNCBI:ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/一般来说,需要下载的文件包括:
fasta
chengchengSY
·
2023-03-31 17:18
perl处理
fasta
文件
在perl处理
fasta
文件是,需要每次读入一个完整的序列头+序列,需要利用到local$/=">"将perl默认的行分隔符切换为">"。
qujingtao
·
2023-03-31 02:17
本地blast
建立比对数据库makeblastdb-inMs.Unigene.fa-dbtypenucl-parse_seqids-outMsrna'##建立比对数据库-in数据来源
fasta
格式,-dbtype数据库类型
茶思饭
·
2023-03-30 13:36
[生信媛]练习题:如何根据
FASTA
的ID拆分数据
[生信媛]练习题:如何根据
FASTA
的ID拆分数据[生信媛]公众号给定一个
FASTA
文件,他以多行形式存放数据,如下所示请根据每个序列的ID中的染色体编号拆分数据,例如上面两个数据,需要新建两个文件,分别是
茶思饭
·
2023-03-30 07:27
WGDI安装和使用
基因组序列信息文件
fasta
基因组蛋白序列信息文件fastawgdi需要三种信息,分别是BLAST,基因的位置信息和染色体长度信息,要求格式如下1gffwgdi自己定义的gff,注意提取最长。
徒唤奈何_c5f0
·
2023-03-29 11:42
从EBI下载ENA数据
2019独角兽企业重金招聘Python工程师标准>>>接了任务,要从http://www.ebi.ac.uk/ena/下载序列数据,本来直接全部导出
fasta
就好了,可惜网络不好,老是下到一半就挂掉。
weixin_33928137
·
2023-03-28 20:37
数据库
python
VEP
variation/vep运行命令行:vep-iexamples/homo_sapiens_GRCh37.vcf--formatvcf-otest.out--cache--offline--hgvs--
fasta
小七玩数据
·
2023-03-27 14:49
2018-06-25(生信第五题)
继续上个题目的下一个小题目:序列长度的分布统计意思就是,将所有序列的长度以及对应长度出现的次数统计一下所以,只需要将序列的长度读出来,然后存入字典即可,如下:然后继续下一问,即:将fastq格式转换成
fasta
天秤座的机器狗
·
2023-03-26 12:47
【Linux blast比对】fastq转
fasta
比对到参考序列
/sample-1_L3_2.
fasta
&比对$virun_blast1.shblastn\-querysample-1_L3_2.
fasta
\-dbartificial.blast
Geekero
·
2023-03-26 08:07
用clustalX和ESPrint对未知三维结构蛋白序列比对
未知三维结构蛋白的多重序列比对分析:1、多重序列比对:将需要比对的文件以
FASTA
格式保存在同一个文档中,建议扩展名保存为fas格式(txt也可以),最好保存在桌面(或者保存在英文目录的文件夹,不然有汉字的文件夹
天明豆豆
·
2023-03-26 05:44
SRA数据(2)------SRA数据处理
SRA(SequenceReadArchive)数据库是用于存储二代测序的原始数据,这种数据格式不能直接进行处理,需要转换成fastq或
fasta
文件格式才能进行质控以及去adapt等处理。
护旗小能手
·
2023-03-25 12:24
用MrBayes构建系统发育树操作步骤整理总结
一、比对序列格式转换将
fasta
格式的序列先在MEGA软件里进行比对,然后导出比对结果为PAUPformat(图1),用
沉_0cb2
·
2023-03-25 04:17
制作
fasta
文件(标准化)
该教材是如何制作固定每行70碱基的
fasta
文件,主要设计如何将特别长的碱基序列均匀切割成每行70个碱基的文件。
落寞的橙子
·
2023-03-24 14:33
Bioedit 使用
(1)首先下载
FASTA
格式序列信息,保存到Myod1.txt文档中(2)File,Open打开Myod1.t
韩建刚(CAAS-UCD)
·
2023-03-24 14:03
实验&分析
其他
蛋白保守结构域和进化树
准备文件:
fasta
格式的蛋白序列文件,去mega多序
kkkkkkang
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2023-03-24 05:20
关于人参考基因组的一些总结
人参考基因组
fasta
文件的组成部分说明chr1chr2...chr22chrXchrYchrM线粒体chr1_KI27...v1_random表示知道在哪条染色体上,但是不知道方向和顺序chrUn_KI27
花色匆匆
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2023-03-22 22:06
利用bedtools提取基因组指定区域序列
1.Example:bedtoolsgetfasta-fiexample_genome.
fasta
-bedexample.bed-foexample.fa-name文件说明example_genome.
fasta
qujingtao
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2023-03-21 17:52
Linux根据基因ID提取
fasta
序列
提取出符合条件的20行序列grep-A20+GeneID+fastagrep-A20'GeneID'Chr_genome_final_gene_without_dot.gff3.pep
煮梦斋_bioinfo
·
2023-03-20 02:54
2018-06-29(生信第7题目)
本次题目来自Rosalind对于多行的
fasta
序列,计算GC含量,并将最大的GC含量打印出来。
天秤座的机器狗
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2023-03-19 14:30
Biostar handbook学习笔记四
目前学习到的关于生物数据及数据库的基本知识有:常用数据格式:
fasta
,fastq,gff,GenBank常用序列数据库:美国国立生物技术信息中心(NCBI)欧洲生物信息学中心(EBI)DDBJ常用基因功能数据库
简书蚕账号
·
2023-03-18 17:06
fasta
/fastq序列长度分布统计
首先得到每条序列的长度,在这里使用seqkit软件。seqkit软件是一个强大的序列处理工具,安装方法参见官方网站.代码如下:#-j是线程数seqkitfx2tab-j30-l-n-i-Hfile.fastq.gz|cut-f4>Length.txt#查看Length.txtheadLength.txt结果如下所示:Length.txt将Length.txt导入到R中绘制序列长度分布图,代码如下:
超人立志做国王
·
2023-03-18 12:24
fasta
文件根据ID提取序列
把要提取的序列ID写入id.txt,一行一个ID1.seqkitseqkitgrep-fid.txtinput.fa>output.fa2.seqtkseqtksubseqinput.faid.txt>output.fa
ayunga
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2023-03-16 01:23
生物技能树--
fasta
和fastq格式文件的shell小练习
这个是有机结合生物信息学的linux和数据格式的练习题:下载bowtie2软件后拿到示例数据:mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.4.3/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zipunzipbowtie2-2.3.4.3-lin
Hannahhao
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2023-03-14 13:18
《学习小组Day7笔记--于多多》
第一行:由‘@’开始,后面跟着序列ID和可选的描述,序列ID是唯一的;第二行:碱基序列;第三行:由‘+’开始,后面是序列的描述信息;第四行:第二行序列的质量评价(qualityvalue)
Fasta
格式
独角兽_0da0
·
2023-03-13 09:56
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