fasta

10X Genomics 建立自己的参考基因组

准备输入文件，以小鼠为例：输入文件为gtf与fasta文件：1.下载小鼠fasta文件与gtf文件#fastawgetftp://ftp.ensem
生信编程日常·2023-12-02 00:38

JBrowse基因组浏览器2-FASTA和GFF文件的导入、删除

JBrowse基因组浏览器2-FASTA和GFF文件的导入、删除初始化导入FASTA文件的导入删除GFF的导入和删除以下是通过学习官方文档，然后总结出的初始化导入1.导入FASTA文件bin/prepare-refseqs.pl
yanyanxiaobaobei·2023-12-01 11:54

生信log18|一个上传基因组到NCBI的图文详细教程

1、NCBI基因组上传需要什么文件原核的基因组（草图/完成图）上传的是已经过拼接和过滤的基因组文件也即格式为fasta的序列
周芷希Hazel·2023-11-30 14:24

Racon三代数据纠错2021-01-19

二、将fasta比对到基因组先建立索引，在比对。x：非常中要的一个选项，软件预测的一些值，针对
candel·2023-11-29 19:42

fasta格式转fastq格式

比对软件比如bowtie并不支持比对fasta格式的文件，所以需要把fasta转为fastq格式，但是fasta和fastq相比缺少质量值，所以只能伪造一个加上去，这里用到seqtk来伪造，从而把fasta
今天没回家·2023-11-28 21:13

在FastAPI中使用机器学习模型进行数据预测

可以使用以下命令在Python环境中安装FastAPI：pipinstallfastapi除了FastA
BitSlinger·2023-11-26 10:17

CDS和ncRNA的分物种数据库

EnsemblFTP网站(ftp://ftp.ensembl.org/pub/current_fasta)收集了大多数物种的DNA,protein,CDS,ncRNA信息1.DNA不用说，就是基因组信息
bioinfo2011·2023-11-26 02:09

根据seqid提取fastq序列

工具：seqtkhead40.fqa.list从fasta/fastq文件中提取子集seqtksubseqhead40.fqa.list提取fq时需要其文件开头用>:sed-i's/@/>@/g'head40
苏牧传媒·2023-11-25 04:41

Genebank文件.gbk转fasta格式文件

这里用到python中Biopython包完成。步骤：1.安装Biopython包，在anacondaprompt中使用pipinstallbiopython或在Spyder中使用!pipinstallbiopython安装；2.gbk文件转核酸序列fromBioimportSeqIOgbk_filename="c00079_GUT_GEN...region001.gbk"#.gbk文件名faa_
队长的生物实验室·2023-11-22 23:52

数据库下载

1、命令行下载wgetftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/reference/human_g1k_v37.fasta.gz-O下载时重命名文件
kangroomoon·2023-11-22 12:36

【学习笔记】山东大学生物信息学-02 序列比较

FASTA格
taotaotao7777777·2023-11-14 01:43

UseGalaxy.cn生信云平台文本文件操作手册

文本文件是生物信息学中应用非常广泛的文本格式，甚至可以说是最重要的文件格式，比如常见的测序下机数据Fastq、参考基因组保存格式Fasta、比对文件SAM，以及突变列表VCF，它们都是文本文件。
简佐义的博客·2023-11-12 22:32

Msa类处理多序列比对数据

同源搜索，多序列比对等都是常用的方式，但是有很多的软件可以实现这些同源搜索和多序列比对，但是不同的软件输出的文件格式却是不完全一致，有熟悉的FASTA格式的，也有A2M,A3M,stockholm等格式
qq_27390023·2023-11-11 21:17

java fit 16s,科学网—16s rRNA分析流程和工具的介绍 - 肖斌的博文

不过QIIME和Mothur都不能直接处理sff文件(454下机产生的数据格式)，不过可各自利用“process_sff.py”和Sffinfo将sff格式转换为FASTA和QUAL文件。
xpf769815576·2023-11-04 12:56

蛋白序列比对生成多序列比对（MSA）文件

   #下载uniref50，uniref90等数据wgethttps://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/uniref/uniref90/uniref90.fasta.gz
qq_27390023·2023-11-04 12:23

kalign 进行多序列比对

###1.conda安装condainstallKalign3###2.序列比对kalign -itest.fasta-otest.alnkaligninput1.fastainput2.fastainput3
qq_27390023·2023-11-04 12:43

通过bed文件获取基因序列（fasta）

bedtools、getfastarefnotebedtools、getfastarefbedtoolsgetfastadocnote安装：condainstallbedtools参考文件：需要提前下载好fasta
hellopbc·2023-11-03 04:16

bam格式转换为Fastq/Fasta格式

bam格式转换为Fastq/Fasta格式SamtoolsFastqGATKSamToFastqBedtoolsbamtofastq举例说明，比如说我们现在有一个转录组比对文件D1_D1.sort.bam
lazymark2·2023-11-03 04:43

关于Fastq格式的一些想法

其序列以及质量信息都是使用一个ASCII字符标示，最初由Sanger开发，目的是将FASTA序列与质量数据放到一起，目前已经成为高
Better_man1·2023-11-02 13:20

Jellyfish-2的安装与使用

计算输入的基因组数据（fasta）、测序数据（fastq）等，长度为k的DNA序列的频数分布。相当于把input当作一个很大的集合，kmer就相当于一个子集，去遍历整个集合。
陈有朴·2023-10-31 23:46

利用PGCGAP根据ids提利用PGCGAP根据id提取序列信息

使用场景假设有一个fasta格式的序列文件SRR9620252.faa，我们想要提取其中的一些序列到一个新的文件中，我们拥有这些序列的id（假设这些id存放在文件ids.txt中）。
了尘兰若·2023-10-28 22:44

算法通关村第三关|白银|双指针妙用【持续更新】

publicintremoveElement(int[]nums,intval){intslow=0;for(intfast=0;fastA[right]%2){inttemp=A[left];A[left
星不易·2023-10-28 17:16

perl 将长序列分割为指定的长度

这里的长序列格式是fasta格式：格式如下>1NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
线断木偶人·2023-10-25 07:08

一文看懂三代组装软件——Flye

二、安装和使用安装非常简单～condainstallflye使用的话，输入文件是FASTA或者FASTQ格式的，可以是gz压缩
生信阿拉丁·2023-10-25 05:30

检测snp和InDel的工具：snippy~可用于检测两条fasta序列之间的变异生成vcf格式文件

这个软件的github主页https://github.com/tseemann/snippy我是在看到有人分享，介绍的链接是https://www.jianshu.com/p/268689bf3373在github主页没有看到软件对应的论文。github主页对软件的介绍image.png通常利用二代测序数据检测单核苷酸多态性(SNP)和插入缺失（InDels）变异的基本流程是1测序数据与参考基因
小明的数据分析笔记本·2023-10-23 00:47

叶绿体基因组 四分体结构鉴定

B站视频序列获取组装过程.pnggetorganelle和Spades等组装软件，得到的fastg或者gfa文件解环得到fasta文件序列调整共线性分析.png由于IR区域的存在，因此叶绿体基因组具有四分体结构
就叫啵啵吧·2023-10-22 17:42

10X Genomics 建立自己的参考基因组

准备输入文件，以小鼠为例：输入文件为gtf与fasta文件：1.下载小鼠fasta文件与gtf文件#fastawgetftp://ftp.ensem
Seurat_·2023-10-22 00:24

极限运动的体验

Thinking,fasta
大兵小将03·2023-10-21 02:06

samtools统计fasta文件序列长度，根据序列名提取序列

参考https://www.cnblogs.com/xudongliang/p/5200655.html使用命令samtoolsfaidxinput.fasta会生成一个input.fasta.fai的文件
小明的数据分析笔记本·2023-10-18 10:28

GATK3

1.要分析的序列名称中，一般不要有空格2.准备Reference文件(需为fasta格式)及比对1）Index处理：生成一个ref.fasta.fai的文件2）生成.dict文件：samtoolsfaidxreference.fasta
晓佥·2023-10-18 07:51

linux视频-P13-fasta和fastq格式文件的shell小练习

fasta和fastq格式文件的shell小练习这个是有机结合生物信息学的linux和数据格式的练习题：下载bowtie2软件后拿到示例数据：mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps
小梦游仙境·2023-10-16 15:09

在fastapi中实现异步

以下是一种基本方法来实现异步处理图片识别任务：fromfastapiimportFastAPIfromconcurrent.futuresimportThreadPoolExecutorimportasyncioapp=FastA
leeseean89·2023-10-15 00:34

深入探究 FastAPI APIRouter 的用法

你可以通过以下命令使用pip安装FastA
LiamHong_·2023-10-14 23:13

学生信的那些事儿之十四 - 生信技能树fasta和fastq格式文件的shell小练习20题

第18题和第20题不会做，求高手指教啊~~该练习使用的数据为bowtie2中的示例数据，获取方法如下：#下载bowtie2软件先wget-chttps://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.5.1/bowtie2-2.3.5.1-linux-x86_64.zipunzipbowtie2-2.3.5.1-linux-x86_6
李白爱吃橙子·2023-10-14 17:08

生信必会格式：Fasta & Fastq 简介及转换

文章目录前言FASTA例子：血红蛋白α的核酸和蛋白质序列FASTQFASTAFASTQ对比FASTQ转为FASTA使用基本的命令：sed、paste、awk使用现有工具：Bioawk、SeqtkFASTA
万木春❀·2023-10-14 16:27

生物信息学——常见的四种文件格式(fasta,fastq,sam,vcf)

生物信息学生物信息学——常见的四种文件格式(fasta,fastq,sam,vcf)文章目录生物信息学概述一、fasta文件格式二、fastq文件格式三、sam(/bam)文件格式四、vcf文件格式概述每一种生物软件都有固定的文件格式要求
福旺旺·2023-10-11 04:30

生信笔记：序列同源性、相似性

原文AnIntroductiontoSequenceSimilarity(“Homology”)SearchingbyWilliamR.Pearson（原文地址），作者是FASTA格式的发明者之一。
YangRiriri·2023-10-09 04:05

LLM - FastAPI 搭建简易问答 Server

总结一.引言SFTworkflow微调工作流程一文中我们介绍了模型微调从数据到最终应用的流程FastAPI实现get、post请求一文中我们介绍了如何使用FastAPI搭建简易接口结合以上两者，我们使用FastA
BIT_666·2023-10-08 09:18

NCBI下载nt/nr/swissprot库

NCBI下载nt/nr/swissprot库1.确定你要下载文件的位置https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/2.进行下载方法一：使用wget，nohupwgethttps
彼岸花128·2023-10-08 08:59

perl语言——length.pl脚本（统计fasta文件序列长度）

Perl脚本——stat.pl（统计fasta文件序列长度）相比Perl语言，现在python用的多。但是perl依旧是生信学习的一门课程，还是有人在写，所以你至少要会读。#!
彼岸花128·2023-10-08 08:26

awk处理FASTA格式文件

从一个文件(input.fasta)提取第10至20个序列存到另一个文件(output.fasta)awk-vRS='>''NR>1{i++}i>=10&&i"$0}'input.fasta|sed'/
Zhai1994·2023-10-06 08:19

如何下载NCBI refseq？

从搜索栏搜索想要的基因组，根据页面导向下载Genbank、FASTA等格式的基因组。但非常卡顿，要看NCBI心情。2.Filezilla下载打开站点管理器，建立新站点
韩小早儿·2023-10-03 08:24

用R提取非表格的特定行

有时候我们需要提取非表格文件中含有某些符号的特定的行，例如，我们需要从下面fasta文件中提取所有包含">"的行，image.png基本思路是逐行读入，定位，按照定位提取每一行a=readLines("
RaoZC·2023-10-03 06:25

四种获取fasta序列长度的方法

在处理fasta序列的时候，我们经常需要获取每一条fasta序列的长度。今天小编就跟大家来分享四种获取fasta序列长度的方法。一、awkawk'/^>/{if(l!
生信交流平台·2023-10-01 23:08

C#，生信软件实践（01）——DNA序列数据库FASTA文件合并工具的源代码

1生物信息学简介生物信息学（BioInformatics）是研究生物信息的采集、处理、存储、传播，分析和解释等各方面的学科，也是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展，生命科学和计算机科学相结合形成的一门新学科。它通过综合利用生物学，计算机科学和信息技术而揭示大量而复杂的生物数据所赋有的生物学奥秘。生物信息学是建立在分子生物学的基础上的，因此，要了解生物信息学，就必须先对分子生物学的发展有一个简单的了
Trufferover·2023-09-29 23:11

2020-06-19

问题：之前一直处理fasta文件，最近用了一个现成的数据集（data来自PDB），发现：一个pdb文件中的序列既有protein序列、又有DNA序列；并且序列中每个残基不是由一个字母表示，而是一个氨基酸残基由三个字母表示
Seafairy·2023-09-28 06:18

2019-07-24

SRP033351image.png进入下面的页面，点击第一条image.png进入下面的页面，点击SRR1039523image.png复制SRX384360image.png点击download下面的FASTA
zwz110·2023-09-23 23:25

python重命名fasta序列

fasta文件的序列名很乱怎么办，自然是python重命名它喽。
灵木er·2023-09-22 19:02

FASTA和FASTQ

下面给出一个FASTA文件的例子，这是我们人类一个名为EGFR基因的部分序列。>ENSMUSG00000
Zee_李海海·2023-09-21 23:19

qiita上传和分析16S rRNA数据

上传数据注册并登陆准备样品序列文件及meta信息和preparation文件样品序列文件：后缀可以为fastq，fastq.gz，fasta，fna，不可以为fq等meta文件：后缀可以为txt和tsv
竹舞清风_忆·2023-09-20 08:28
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