genomic

二代测序之SNV基础知识笔记总结

基础知识笔记总结SNV基础知识SNVsMutationvs.Variant[变异和突变]不同层次的突变DNA：1.编码DNA（codingDNA）c.2.非编码DNA（non-codingDNA）n.3.基因组（genomic

唯有学习才能拯救世人·2023-11-04 09:06

《Similarity network fusion for aggregating data types on a genomic scale》

链接：https://github.com/yik-cyber/SNFtool总结相似融合网络：聚合不同的基因数据类型论文以计算机视觉多视图方式为启发，设计了一种图融合网络用于解决基因数据不能综合处理的困难。本文考虑将患同一种癌症的病人组成一个群体，利用群体里面每个病人个体的不同基因数据分别构建不同的图，并设计了一个图融合方式，将不同的图融合成一个最终的图，最终的图包括了所有的基因信息数据，因此是

飘涯·2023-10-25 17:14

端粒/端粒酶生信切入点，6+端粒酶+泛癌+甲基化+实验。

今天给同学们分享一篇端粒酶+泛癌+甲基化+实验的生信文章“Genomic,epigenomic,andtranscriptomicsignaturesfortelomerasecomplexcomponents

生信风暴·2023-10-09 20:29

Single cell genomic day 2019||Dissecting complex systems with multidimensional data

HowtoUseUMAPPCA-tSNE-UMAP从SNE到t-SNE再到UMAP的降维算法进化史（一）12种降维方法终极指南（含Python代码）

周运来就是我·2023-09-20 15:30

序列组装

art-illumina模拟测序，生成高通量数据（art-illumina模拟测序）nohupart_illumina-ssHS25-sam-iGCA_000977205.2_Sc_YJM1338_v1_genomic.fna-p-l100

javaLi·2023-09-20 08:27

RepeatModeler2.0＋RepeatMasker

RepeatModeler2.0＋RepeatMasker的时候，严格按照命令跑程序，出现结果不如我意代码：BuildDatabase-namepapilio_machaonGCF_001298355.1_Pap_ma_1.0_genomic.fnanohupRepeatModeler-pa4

东风008·2023-09-18 15:32

NO018.20190115.GenomeMedicine.Locus Reference Genomic sequences: an improved basis for describing...

原文链接：LocusReferenceGenomicsequences:animprovedbasisfordescribinghumanDNAvariants原文摘录：HerewepresenttheLocusReferenceGenomic(LRG)sequenceformat,whichhasbeendesignedforthespecificpurposeofgenevariantrepo

arookiea·2023-09-13 22:35

25-多组学分析鉴定腺癌突变与免疫预后的关系

为大家介绍一篇：Genomic,transcriptomic,epigenetic,andimmunepro

AAA肿瘤信息学王协·2023-09-11 11:33

PCR

PCR原材料：PCRRecipe-Ingredients.pngPCR流程：PCRRecipe-steps.png摘自：Genomic-Data-Science-Specialization/1---Introduction-to-Genomic-Technologies

yuzaifei11·2023-08-27 06:16

基于单体型haplotypes的群体选择信号的检测——EHH & iHS

因此，对比同一genomic区域在不同群体中的haplotype的长

Dawn_WangTP·2023-08-14 08:39

运行软件plotsr时报错：“ImportError: Incomplete genomic information”

为了对syri.out（assembly的变异检测结果）进行可视化处理，本人选择了plotsr软件对其基因组重排现象进行可视化：(base)[[email protected]_calling]$plotsr--srsyri.out--genomes../data/Sc_R64.fasta--genomes../data/Sc_YJM1447.fasta-H8-W52023-07-

生信学习小达人·2023-07-15 04:37

筛选最长转录本问题

usr/bin/perl-w2usestrict;3die"perl$0\n"unless@ARGV==2;45#####exampleinputs:GCA_002891405.2_Csec_1.0_genomic.gff.gz

SnorkelingFan凡潜·2023-05-10 22:54

1.5构建支原体index并比对

Mycoplasma+yeatsii查询结果2.下载基因组和注释fna和gff3.转换gff为gtf使用cufflinks里面gffreadgffreadGCF_000875755.1_ASM87575v1_genomic.gff

cakarote·2023-04-21 18:05

Genomic Data Science- JHU Course 2 Genomic Data Science with Galaxy 笔记

IntroductionGalaxy是一个公开的基因组学分析平台，包含了一系列流程化分析工具，针对质控、组装、注释以及包括Chip-seq、RNA-seq、变异鉴定等常见的组学流程pipeline。Galaxy平台地址：https://usegalaxy.org/Galaxy101地址https://galaxyproject.org/tutorials/g101/，给新手一个小项目进行练习来熟悉

精神秃头生信小伙儿·2023-04-15 06:56

Single cell genomic day 2019||Reconstruction of developmental trajectories during zebrafish embry...

URDFarrellJA,WangY,RiesenfeldSJ,ShekharK,RegevA,SchierAF.Single-cellreconstructionofdevelopmentaltrajectoriesduringzebrafishembryogenesis.Science26Apr2018.doi:10.1126/science.aar3131

周运来就是我·2023-04-01 13:38

Single cell genomic day 2019||单细胞年度盛会，透露了这些信号！

暖场2019年的Singlecellgenomicday于3月22日在SatijaLab举办，共八位研究者发表了相关研究的演讲。虽然会议的规格不是很高，但是不妨碍他是一场全球单细胞研究者关心的大会。当地时间上午九时RahulSatija发表了第一篇演讲（PPT如本文所示），算是对这次大会的一个总的概括，他的题目是：Single-cellgenomics:Recentadvancesandfutur

周运来就是我·2023-03-29 20:24

学习笔记-2-samtools的安装和使用

sudoaptinstallsamtoolssamtoolssamtoolsview(安装完成）2.SAM格式转为BAM格式为参考基因组建立索引，生成了prefix.fai文件samtoolsfaidxGCA_000012525.1_ASM1252v1_genomic.fnalessGCA

福悦子·2023-03-29 02:41

单倍体组装工具Hifiasm简介及基本运行命令(一)

随着测序技术的发展及新的组装工具的不断开发应用，基因组denovo测序及组装进入了Genomic2.0时代，我认为Genomic2.0时代的标志有两点：1.三代长读长测序及Hi-C测序技术在基因组denovo

吕强强学生信·2023-03-27 09:49

scTE -10X Genomic RNA-seq 定量Transposable Element

关键词：TransposableElement；ERV内源性反转录病毒；单细胞测序分析；Seurat；scTE。scTE介绍背景：采用scTE对10X单细胞测序数据进行TE定量，再倒入Seurat进行下游分析。Jiekai实验室，2021年3月发表在自然通讯杂志。转座因子(TransposableElement，TE)占典型真核生物基因组的大部分，并以不清楚的方式导致细胞异质性。单细胞测序技术是探

Ternq8·2023-03-18 10:33

Genomic selection ：A paradigm shift in animal breeding

基因组选择：动物育种中范式的转变文章来源：[https://academic.oup.com/af/article/6/1/6/4638797?tdsourcetag=s_pcqq_aiomsg]阅读者：刘绵宇摘要传统的标记辅助选择（MAS）并未使DNA信息在动物育种中的广泛使用。主要原因是畜牧生产中感兴趣的性状比预期的要复杂得多：它们由数千种对表型影响微小的基因决定。这些影响通常太小而没有统计显

虾里巴人·2023-01-31 23:17

GWAS: 曼哈顿图，QQ plot 图，膨胀系数（ manhattan、Genomic Inflation Factor）

画曼哈顿图和QQplot首推R包“qqman”，简约方便。下面具体介绍以下。一、画曼哈顿图install.packages("qqman")library(qqman)1、准备包含SNP,CHR,BP,P的文件gwasResults（如果没有zscore可以不用管），如下所示：2、上代码，如下所示：manhattan(gwasResults)如果觉得不够美观，考虑添加一下参数：manhattan(

weixin_34216036·2022-03-21 05:28

CSE 11 COVID Genomic

CSE11Winter2021PA2-COVIDGenomicSequenceDuedate:Tuesday,Jan19@11:59PMPST(Wednesday,Jan20@11:59PMPSTw/slipday.Ifyousubmityourassignmentlate,theautograderwillautomaticallyuseyourslipdayifyouhaveanyremain

·2022-03-18 18:03

四月week4文献阅读1（下）：Pan-tumor genomic biomarkers for PD-1 checkpoint blockade–based immunotherapy

StratificationofadditionalgenomicfeaturesbyTMBandTcell–inflamedGEPTMB和tcell炎症性GEP对其他基因组特征的分层ThepatientgroupsdefinedbyTMBandGEPstatusshownotabledifferencesinclinicalresponsetopembrolizumab.以TMB和GEP状态定义

米妮爱分享·2022-02-06 14:43

Genomic Data Science- JHU Course 4 Algorithm for DNA Sequencing 笔记

Introduction此课程是Coursera上，JohnHopkinsUniversity的GenomicDataScience的Course4，Course3主要讲的是python的基础，因此直接略过，Course4讲的就是和测序比对算法有关的东西了，并且还给出了python应用，这里偏理论，挺烧脑的。课程链接：https://www.coursera.org/specializations

精神秃头生信小伙儿·2021-07-08 10:13

Genomic Data Science- JHU Course 1 Introduction to Genomic Technologies 笔记

课程页面image.png右上角是我google账户名称地址：https://www.coursera.org/specializations/genomic-data-science这个第一个课，DataScience

精神秃头生信小伙儿·2021-07-06 00:32

LOLA：overlap analysis for enrichment of genomic region set

前言说到富集分析，大家肯定第一时间会想到GO、KEGG、GSEA等常见的基因富集分析。那什么是基因富集分析呢？简单来说就是把我们筛选出来的基因按照先验的知识分一个类，以便看看哪些基因的功能和我们的研究相关，然后再做个检验，根据P值的显著性来判断这个事件的发生是否为偶然事件。对于基因富集，我们都很熟悉就是看看差异是否富集到特定的GO条目或者特定的Pathway通路中，以便找到想要关注的基因。再或

生信店小二·2021-06-11 00:49

数据库 | NCBI nt nt tax, uniprot, 物种基因组获取

NCBIftpgenomedownload1.2reviewedgenome完整列表：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/ASSEMBLY_REPORTS/1.3基因组信息下载名称：GCF_000063585.1_ASM6358v1_genomic.fna

胡童远·2021-04-28 10:24

使用misa查找ssr位点

ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/002/864/125/GCA_002864125.1_ASM286412v1/GCA_002864125.1_ASM286412v1_genomic.fna.gz

EZ·2021-04-19 11:19

四月week4文献阅读1（上）：Pan-tumor genomic biomarkers for PD-1 checkpoint blockade–based immunotherapy

四月week4文献阅读1：Pan-tumorgenomicbiomarkersforPD-1checkpointblockade–basedimmunotherapy基于阻断的PD-1检查点的免疫治疗泛肿瘤基因组生物标志物INTRODUCTION：Immunotherapytargetingtheprogrammedcelldeathprotein–1(PD-1)axiselicitsdurabl

米妮爱分享·2021-04-15 04:00

Genomic Evolution of Breast Cancer Metastasis and Relapse

最近因为做一个基因组的分析，所以就给大家分享写在17到18年发表在cell和cancercell的一些文章。最近，给大家分享一篇探索乳腺癌转移和复发的基因组进化的文章，这篇文章在2017年的cancercell上发表。首先，我们看下这篇文章的通讯作者：peterCampbell的研究方向专注于在我们的一生中，我们细胞中的基因组的改变，以及这些突变如何和我们的年龄，癌症，以及其他的疾病进展有关。他最

花生米yangyang·2021-02-24 22:10

基因组重测序分析干货

bwa得到sam文件```condainstallbwabwaindex/mnt/d/Desktop/S288C_genomic.fnabw

纤蹄马·2021-01-25 11:12

相似度融合网络：用于聚合不同的基因数据类型：Similarity network fusion for aggregating data types on a genomic scale

Ice-iron·2020-12-19 12:13

3月week3文献阅读1:Dynamics of breast-cancer relapse reveal late-recurring ER-positive genomic subgroup

3月week3文献阅读:Dynamicsofbreast-cancerrelapsereveallate-recurringER-positivegenomicsubgroup乳腺癌复发动态显示晚期复发的ER-阳性基因组亚群摘要：Theratesandroutesoflethalsystemicspreadinbreastcancerarepoorlyunderstoodowingtoalacko

凌桐_fc5c·2020-10-09 20:46

Phenotypic impact of genomic structural variation: insights from and for human disease

Correspondingauthor:JanKorbelGROUPLEADERANDSENIORSCIENTISTMolecularMedicinePartnershipUnitSV的类型和形成机制Structuralvariants:classesandformationmechanisms.SV的功能影响Functionalconsequencesofstructuralvariants.a

小米羊爱学术·2020-08-19 18:54

Genbank的gbff格式转gff3格式

使用方法：【以下操作适用于linux和MacOS，windows暂未测试】适用场景：将GCA_genomic.gbff转为xxx.gff格式文件；如果是.gz的文件，比如：GCA_genomic.gbff.gz

ixuery·2020-08-18 05:07

Paper intensive reading (三十一)：Genomic diversity of SARS-CoV-2 in Coronavirus Disease 2019 patients

Title:GenomicdiversityofSARS-CoV-2inCoronavirusDisease2019patientsAuthor:ZijieShen,YanXiao,LuKang,WentaiMa...KeyLaboratoryofGenomicandPrecisionMedicine,BeijingInstituteofGenomics,ChineseAcademyofScien

wxw060709·2020-08-04 08:13

Bioconductor没想象的那么简单-part7--练习一下Genomic Ranges

刘小泽写于19.5.20最近打算从头看一下Bioconductor这本书，目前最新版是2018的，https://bioconductor.github.io/BiocWorkshops/，感兴趣的小伙伴可以一起记录下之前写的：part1：https://www.jianshu.com/p/b030d05a80a4part2：https://www.jianshu.com/p/c4fdab9929

刘小泽·2020-07-28 23:05

[Paper] || Predicting mRNA Abundance Directly from Genomic Sequence Using Deep CNN

一句话总结：基于CNN，用启动子序列预测mRNA丰度研究背景稳态的mRNA丰度由很多调控因子所决定，重点在于选用哪种关键机制来准确预测mRNA丰度。相关研究表明启动子序列单独解释了人类大部分基因表达的变异。本文的方向是希望仅用基因序列的信息预测mRNA丰度,这里结合的是启动子序列和mRNA稳定性相关序列特征的信息（图1）。图1：:Xpresso输入输出概览模型结构Xpresso的结构就是传统的卷积

葵sunshine·2020-07-27 17:22

必备可视化Integrative Genomic Viewer(IGV)

你会用到的网站：IGV官网http://software.broadinstitute.org/software/igv/download～Broadinstitute出品Javaversion8下载：https://www.java.com/en/download/mac_download.jspIGV内置的物种基因组及基因组来源：http://software.broadinstitute.o

刘小泽·2020-07-15 13:21

基于全基因组的基因家族分析（3）：SlNRAMP家族基因CDS和Genomic DNA序列获取

最爱的番茄，每天都在吃今天继续进行下一步，也是序列文件的获取，有了这些数据，我们才可以进行下一步的工作，才能够绘制一些图片。1.CDS序列获取SlNRAMP家族成员鉴定这篇文章已经讲解了如何获得蛋白质序列，那么同样的方法，我们也就可以得到CDS序列，变化的只不过是数据集，将之前的protein.fa改成CDS.fa即可，而且这两个数据我在第一篇文章数据准备中已经下载，不知道的小伙伴可以回看一下。C

lxmic·2020-03-05 03:09

（多组学文献精读）：Integrative analysis of genomic and epigenomic regulation of th...

pre:（最近在准备托福考试，出现的英文比较多，纯手打，为了训练一下，祝我好运呀~）----------------------------------------------------分割线------------------------------------------------文章关键词：肝癌，DNA甲基化，组蛋白修饰，转录组近年来联合多组学分析已经成为表观领域的研究热点，利用单一

liu_ll·2019-12-28 20:10

Weighted single-step genomic BLUP

文章内容：[Weightedsingle-stepgenomicBLUPimprovesaccuracyofgenomicbreedingvaluesforproteincontentinFrenchdairygoats:aquantitativetraitinfuencedbyamajorgene]来源：https://link.springer.com/article/10.1186%2Fs1

虾里巴人·2019-11-10 21:32

Single cell genomic day 2019||Overview of sci-RNA-seq

Comprehensivesingle-celltranscriptionalprofilingofamulticellularorganismsci-RNA-seq什么是「ATAC-seq技术」？现在用于哪些生物学研究？ATAC-seq：染色质开放性测序技术ATAC-seq:AMethodforAssayingChromatinAccessibilityGenome-Wide

周运来就是我·2019-03-24 10:28

NO019.20190116.NAR.Locus Reference Genomic: reference sequences for the reporting of clinically r...

原文链接：LocusReferenceGenomic:referencesequencesforthereportingofclinicallyrelevantsequencevariants原文摘录：Accurateandunambiguousannotationofdisease-causingvariantsisessential.CentraltothisisthereferenceDNA

arookiea·2019-01-16 11:26

生物信息学名词解释（待完善）

易混淆名词gene：基因genome：基因组genomic：基因组的；染色体组的genomics：基因组学gentic：遗传的；基因的；起源的genotype：基因型genotyping：基因分型人类基因组计划

Biofantasy·2018-11-04 23:31

[07.专题]Genomic Data Science Specialization

课程地址0701_IntroductiontoGenomicTechnologies已下载https://www.coursera.org/learn/introduction-genomics0702_GenomicDataSciencewithGalaxy已下载https://www.coursera.org/learn/galaxy-project0703_PythonforGenomicD

43daf5f8181f·2017-12-04 06:28

Population genomic and genome-wide association studies of agroclimatic traits in sorghum

这篇高粱的重测序文章于2013年发表在PANS上。材料：选自世界各地的971份高粱品种（Oftheseaccessions,238arelandrace-derivedsorghumconversionlines,inwhichallelesforshortstatureandearlymaturitywereintrogressedintotropicallandracestofacilitat

大花熊·2017-11-26 12:54

biostarhandboo(三)|本体论和功能分析

在读研的时候，师姐会让我提供基因Genomic序列，这来自于TAIR的定义，此外TAIR还定义了fulllengthcDNA和fulllengthCDS。我经常纠结这些序列和

徐洲更hoptop·2017-11-03 14:57

NCBI（美国国家生物技术信息中心）的资源架构

NCBI，TheNational（美国国家）CenterforBiotechnology（生物技术）Information）旨在通过提供biomedical（生物医学）和genomic（基因组）信息供访问来推进科学和健康事业

御用程序员任皓·2017-08-01 21:08

Gianola2006 半参数

GianolaD,FernandoRL,StellaA(2006)Genomic-AssistedPredictionofGeneticValuewithSemiparametricProcedures.Genetics173

董八七·2017-01-16 09:57

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