ggplot

ggplot2绘制GO富集分析柱状图

1.使用clusterProfiler包进行GO富集分析使用clusterProfiler的enrichGO函数来获取GO分析gene_idn_word||(nchar(x)>40)){if(nchar(x)>40)x<-substr(x,1,40)x<-paste(paste(strsplit(x,"")[[1]][1:min(length(strsplit(x,"")[[1]]),n_word
Seurat_Satija·2024-01-16 18:25

ggplot2添加特殊字符一文就够

之前写过一篇文档来介绍如何给标签添加特殊字符，近来有朋友需要画图正好又遇到更加复杂的需求，索性来一篇文档对此进行归纳总结之前的方法通过bquote函数进行特殊字符格式的添加，如下所示iris%>%as_tibble()%>%ggplot
R语言数据分析指南·2024-01-16 01:56

R语言ggplot2漂亮的热图和配色 简单小例子

偶然间在github上发现的这个链接，示例数据和代码都有，很好的R语言学习素材链接是https://github.com/blmoore/blogR，主要内容有image.png光看这个可能有些枯燥，我们来看结果图image.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.png这些看起来是不是还挺酷炫的，接下来的推文争取把这些图片对应的代码全部重复一遍，
小明的数据分析笔记本·2024-01-16 01:44

R语言ggplot2作图配色相关R包

R语言ggplot2作图的时候配色如果不知道如何选择，可以参考如下链接https://r-charts.com/color-palettes/image.pngimage.pngimage.png这里分别提供了连续型数据和离散型数据的配色
小明的数据分析笔记本·2024-01-15 21:24

R绘图中的分面记录

library(ggplot2)a4=read.csv("C:/Users/jszx/Desktop/plot_data_20210524/noncoding_case.csv",header=T,na.strings
Atourist·2024-01-14 03:40

R 绘制交互式地图 Mapview

1.leaflet1.1加载China地图library(ggplot2)library(dplyr)library(
jamesjin63·2024-01-13 21:05

R柱状图绘制1

read.csv("TableS1-3.csv",sep=",",header=T,row.names=1)View(sheep)objects(sheep)sheep$name=row.names(sheep)ggplot
随风20212021·2024-01-13 15:17

添加统计检验 P value

下文代码使用时，确保R中已安装了"ggplot2"，"ggsignif"，"ggpubr"，"ggbeeswarm"，"ggtext"和"showtext"包。数值Pvalue详细注
qq_21478261·2024-01-13 05:18

ggplot2绘制-堆叠柱形图参数细讲

ggplot2绘制-堆叠柱形图参数细讲昨天我们主要说了如何使用群落微生物的物种属水平丰度表来绘制堆叠柱形图。
fafu生信小蘑菇·2024-01-13 03:22

【画图】pheatmap多图组合

1.解决问题  在进行多图绘制的时候，用cowplot::plot_grid函数进行多图组合，结果在多图组合的时候，别的ggplot画图的对象没有任何问题，但是pheatmap的出现问题，并抛出如下警告信息
尧小飞·2024-01-12 20:59

使用element_text在ggplot2中自定义文本

ggplot2的主题系统可以让我们更好的控制图形非数据元素的细节，通过更加精细的修改来提升图像的美感，ggplot2的主题系统自带多个element_功能element_text()element_line
R语言数据分析指南·2024-01-12 06:48

R 数据可视化 —— 图形排列之 cowplot

前言cowplot包是ggplot的一个简单插件，可以对多个图形进行排列和对齐，来生成复杂的出版级别的图片，还提供了一些主题和帮助函数。
名本无名·2024-01-11 09:21

R 数据可视化 —— ggplot 箱线图和小提琴图

箱线图箱线图用于展示5个统计量：最大值、最小值、中位数、第一分位数和第三分位数。从箱线图中可以很容易的看出数据是否对称分布、以及是否包含离散数据，分布的离散程度。也可以用于比较不同变量的分布示例来个最简单的箱线图p%group_by(x)%>%summarise(y0=min(y),y25=quantile(y,0.25),y50=median(y),y75=quantile(y,0.75),y1
名本无名·2024-01-11 02:53

R语言-配对T检验-配对连线图（Paried_line plots），也称为前后配对图（Before-after plots）

list=ls())library(ggstatsplot)#remove.packages(c("vctrs","dplyr"))#install.packages("dplyr")library(ggplot2
MRI_lab·2024-01-10 21:34

跟着Nature学作图：R语言ggplot2分组折线图完整实例

论文Graphpangenomecapturesmissingheritabilityandempowerstomatobreedinghttps://www.nature.com/articles/s41586-022-04808-9#MOESM8没有找到论文里的作图的代码，但是找到了部分组图数据，我们可以用论文中提供的原始数据模仿出论文中的图今天的推文重复一下论文中的Figure1cimage
小明的数据分析笔记本·2024-01-10 15:44

ggplot2绘制圆形热图

常见的热图看腻了，这节来介绍如何通过ggplot2绘制圆形热图，为了方便各位观众老爷观看，我制作了一个交互式文档https://mp.weixin.qq.com/s/lbTqk8ZlLp6A-VX-MYLgFA
R语言数据分析指南·2024-01-10 13:53

R语言ggplot2可视化多项式曲线、多项式方程以及多项式模型评估指标R方：使用ploynom包拟合三阶多项式模型

R语言ggplot2可视化多项式曲线、多项式方程以及多项式模型评估指标R方：使用ploynom包拟合三阶多项式模型目录
statistics.insight·2024-01-10 13:56

可视化学习笔记(八)：ggplot2：分面

1、分面设定1.1两种分面设定第一种分面是使用facet_grid()函数，它允许指定变量作为横向（或纵向）分割图像的依据facet_grid(row_var~col_var)当只想单独指定行分面或列分面时，没有指定分面变量的参数需要用'.'代替第二种是使用facet_wrap()函数，使用后则将图形按纸上的文字一样依次排布，但用法与第一种方法有所区别facet_wrap(row_var~)fac
100gle·2024-01-10 02:09

R语言ggplot2堆积柱形图添加误差线的简单小例子

最近有人在公众号后台留言问到这个问题，今天的推文介绍一下ggplot2做堆积柱形图并添加误差线的办法完整代码'''堆积柱形图添加误差线'''getwd()library(ggplot2)library(
小明的数据分析笔记本·2024-01-09 18:16

r语言拟合曲线

r语言拟合曲线#圆滑曲线library(ggalt)library(ggplot2)df<-read.csv("lqs-1.csv",header=T)p2<-ggplot(data=df,
不懂python不懂R·2024-01-09 13:06

【R>>ggplot2】坐标轴刻度位置调整

tidyverse)library(ggsci)data(ToothGrowth)head(ToothGrowth)ToothGrowth$dose<-factor(ToothGrowth$dose)ggplot
高大石头·2024-01-08 18:48

R语言ggplot2作图离散变量更改坐标轴范围

首先是示例数据image.png使用R语言的ggplot2做一个热图#install.packages("see")df<-read.csv("20210809_example.csv")library
小明的数据分析笔记本·2024-01-08 11:40

ggplot2优雅的自定义分面轴刻度

tidyverse)library(ggh4x)数据清洗air_df%pivot_longer(cols=1:4,names_to="Env_vars",values_to="Values")绘制分面折线图P<-ggplot
R语言数据分析指南·2024-01-08 06:29

VlnPlot画的其实不是原始数据

因为我们去掉0之后就改变了本身的数据分布1.今天聊聊：如何用ggplot代替Vlnplot画图1.seurat包中Vlnplot.libPaths(c("/home/data/t040413/
生信小博士·2024-01-07 19:19

R 数据可视化 —— ggplot 散点图

ggplot2提供了geom_point函数，以及它的变体：geom_jitter()、geom_count()和geom_bin2d()来绘制点图。
名本无名·2024-01-07 13:36

2019-06-03绘制带有误差线的折线图

本段代码是探究不同处理条件，伤口面积随着时间的变化，通过Rmisc包summarySE函数，得出图片如下：Rplot.pngsetwd("~/Desktop/190603")getwd()library("ggplot2
森尼啊·2024-01-07 09:07

跟着Nature Communications学作图：R语言ggplot2画流程图

论文Ahighlyconservedcorebacterialmicrobiotawithnitrogen-fixationcapacityinhabitsthexylemsapinmaizeplantshttps://www.nature.com/articles/s41467-022-31113-w本地pdfs41467-022-31113-w.pdf数据代码链接https://github.
小明的数据分析笔记本·2024-01-07 01:51

借助 Chat GPT 绘制高亮柱状图

在询问ChatGPT和Bing搜索后，发现几种解决的办法：直接使用{ggplot2}包中的scale_fill_manual()函数来手动指定柱状图中某根柱子的颜色。
庄闪闪·2024-01-07 00:34

基于R语言（SEM）结构方程模型教程

结构方程模型教程01、R/Rstudio(2)R语言基本操作，包括向量、矩阵、数据框及数据列表等生成和数据提取等(3)R语言数据文件读取、整理（清洗）、结果存储等（含tidverse）(4)R语言基础绘图（含ggplot
夏日恋雨·2024-01-06 06:47

R语言频率分布直方图绘制教程

本篇笔记分享R语言绘制直方图的方法，通过多种展示风格对数据进行可视化，主要用到ggplot、ggpubr等包。什么是直方图？
生信分析笔记·2024-01-06 06:17

ggplot2绘制经典散点图

了解如何重现著名的gapminder散点图在本教程中，您将学习如何再现由HansRosling开发的世界上最著名的数据可视化之一喜欢的小伙伴可以关注个人公众号R语言数据分析指南在此先行拜谢了！！！汉斯·罗斯林（HansRosling）是国际卫生学教授，也是人类进步的发言人。在过去的几十年中，全球世界贫困已大大减少。过去几十年来地球上的生活得到了改善。散点图描绘了2007年人均收入与预期寿命之间的关
R语言数据分析指南·2024-01-05 23:46

跟着PNAS学作图：R语言ggplot2绘制面积图

论文中公布了部分作图代码，作图使用到的是R语言的ggplot2。跟着其中的代码学习一下。论文本地
小明的数据分析笔记本·2024-01-05 16:10

Matplotlib、Pandas可视化工具

Python提供了若干种用于绘图的扩展包，包括:Matplotlib、Pandas、ggplot和Seaborn等。Matplotlib是最基础的扩展包，它为Pandas和Seaborn等其他
姓蔡小朋友·2024-01-04 21:57

代码+视频，手把手教你R语言ggrcs包绘制限制立方样条图+阈值效应分析

代码+视频，手把手教你R语言ggrcs包绘制限制立方样条图+阈值效应分析library(ggrcs)library(rms)library(ggplot2)library(scales)library(
天桥下的卖艺者·2024-01-03 10:38

matplotlib（五） 样式色彩秀芳华

目录样式批量修改全局样式样式批量修改全局样式plt.style.use('ggplot')['Solarize_Light2','_classic_test_patch','bmh','classic'
代码小白QAQ·2024-01-03 07:53

生信人的20个R语言习题-高级

安装一些R包：数据包：ALL,CLL,pasilla,airway软件包：limma，DESeq2，clusterProfiler工具包：reshape2绘图包：ggplot2不同领域的R包使用频率不一样
DrKu·2024-01-02 17:56

R语言手动安装包-以ggplot2为例

呈现这样的页面TheComprehensiveRArchiveNetwork(r-project.org)https://cran.r-project.org/原网址改为（因为这里是ggplot2，所以网址末尾这样结尾
晨打水水水·2024-01-02 12:59

ggplot2回顾(12): 一页多图

library(tidyverse)library(grid)p1%ggplot(aes(x=mpg,y=wt,color=factor(cyl)))+geom_point()p2%ggplot(aes
TOP生物信息·2024-01-02 11:57

R语言之数据可视化（第三章Note）

第三章R的绘图系统目录：3-1三大绘图系统简介3-2基本绘图系统之基础知识3-3基本绘图系统之实践3-4基本绘图系统之全局变量3-5Lattice绘图系统之基础知识3-6Lattice绘图系统之实践3-7ggplot2
Ethan_pika·2024-01-01 17:54

可视化系列1 | ggplot2导引

在学习ggplot2之前，你可能是一个绘图小白，那么恭喜你，学习ggplot2将给你打开新世界的大门，让你用一种新的思想去接受数据可视化这个技术，并且对于你未来使用任何可视化工具都得心应手，甚至可以随意
onlybugs·2024-01-01 11:13

pie plot | ggplot2 画饼状图，排序并标注文字

难点，如何保证饼图的顺序？难点2，如何保证饼图顺序和文字顺序一致？解决方法：设置分类变量为因子。1.数据table()|>as.data.frame()获取统计变量，按Freq排序，对Var1和anno转为因子。>datFreqVar1annointron1061812intronintron\n(1061812)intergenic963824intergenicintergenic\n(963
biomooc·2024-01-01 00:36

ggplot2 | 单细胞类间比较的火山图 - 经典效果

1.定义画图函数定义函数。VolcanoPlot=function(dif,log2FC=log2(1.5),padj=0.05,label.symbols=NULL,label.max=30,cols=c("#497aa2","#ae3137"),title=""){if(all(!c("log2FoldChange","padj","symbol")%in%colnames(dif))){st
biomooc·2024-01-01 00:06

跟着Nature Genetics学画图：R语言ggplot2画点和连线展示群体间Fst值和群体内Pi值

看论文Genomicinsightsintotheorigin,domesticationanddiversificationofBrassicajunceaimage.png本地pdf文件s41588-021-00922-y.pdf今天的推文试着模仿一下论文中的Figure2dimage.png好多有关群体遗传的论文里都有这个图，每一个点是群体内的多样性用pi来衡量，连线表示群体之间的分化程度用
小明的数据分析笔记本·2023-12-31 18:52

R_handbook_作图专题

ggplot基本作图1条形图library(ggplot2)ggplot(biopics)+geom_histogram(aes(x=year_release),binwidth=1,fill="gray
越吃越胖·2023-12-31 16:29

R: Data visualization: ggplot

Introductionithasfourlayers:1)data2)aesthetics3)geometries4)themeaes()aes=aesthetics--color,size,shapelibrary(ggplot2
610今天长脑子了吗·2023-12-31 15:47

生信软件10 - DNA/RNA/蛋白多序列比对图R包ggmsa

R包安装BiocManager::install("ggplot2")BiocManager::install("ggmsa")DNA多序列比对图#导入内置核酸序列nt_sequences<-system.file
生信与遗传解读·2023-12-31 08:53

彻底解决可视化：中文字体显示「豆腐块」问题！

问题复现#导入必要的包library(ggplot2)#设置主题样式theme_set(theme_minimal(base_size=15))#创建一个简单的折线图ggplot(data=data.frame
qq_21478261·2023-12-31 05:32

ggplot2极简入门

一、基本思想和语法框架基本思想：图形分层是关键，图形叠加靠+来实现基本语法框架如下：ggplot()+#基础图层，不出现图形geom_xxx()|stat_xxx()+#几何图层或统计变化，出现图形facet_xxx
范垂钦_92be·2023-12-30 15:43

R语言ggplot2画右三角方块热图的简单小例子

还是这幅图image.png本来以为今天的推文可以重复出来的，但还是高估自己了，实现过程遇到了问题，暂时还不知道如何解决，后面想到办法再来介绍吧！今天的推文先介绍右上角的方块热图实现办法吧!首先是方块四周的灰色边框这里使用到的是geom_tile()函数。把填充设置为白色，然后把边框线设置为灰色就可以达成这种效果下面是一个简单小例子示例数据image.png代码library(readxl)df5
小明的数据分析笔记本·2023-12-30 02:26

用ggplot2中geom_bar做并行摆放条形图

setwd("C:/Users/chengdehe/Desktop/paper/自动核磁")library(tidyr)library(ggplot2)数据格式########TW=500data<-read.table
chengdehe·2023-12-30 00:01
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