ggplot 第8页

【R语言】--- 小提琴图

基本用法vioplot包：vioplot()函数ggplot2包：plot()函数示例vioplot包vioplot(x,#数据矩阵...,data=NULL,rang

生态数据·2023-10-01 17:36

提取柱状图RGB

/pd.txt',header=T,sep='\t')#安装和加载所需的包#install.packages("ggplot2")library(ggplot2)a=a[a$M=='surfavg',]

帅锅不识字·2023-10-01 15:41

ggplot做对角线火山图---与单细胞差异基因可视化更配哦

2、让火山图躺下来：倾斜45°的火山图3、跟着Cell学单细胞转录组分析(八):单细胞转录组差异基因分析及多组结果可视化4、ggplot做火山图---添加任意基因标签|||突出显示标记基因但是最近在做单细胞差异基因可视化火山图的时候

KS科研分享与服务·2023-10-01 02:16

R语言安装ggplot2时出现错误: package or namespace load failed for ‘ggplot2’ in loadNamespace(i, c(lib.loc, .li

1.问题描述:R语言在R_Studio里利用install.packages(“ggplot2”)安装ggplot2时出现错误:packageornamespaceloadfailedfor‘ggplot2

喜马拉雅的夜空·2023-09-30 18:51

R成精系列-R语言技能升级路径

数据处理：dataframe--data.table基础字符串处理函数：——stringr绘图系统：plot——ggplot2代码风格：函数嵌套——管道函数（%>%）列表处理：list（自建循环）——rlistjson

果果哥哥BBQ·2023-09-30 12:59

Matplotlib二十五种预设风格，让你的绘图秒变好看，快进来get一下吧！！！

目录前言Matplotlib预设风格第一种（dark_background）第二种（bmh）第三种（classic）第四种（fast）第五种（fivethirtyeight）第六种（ggplot）第七种

七七鸭灬·2023-09-30 06:42

跟着Science Advances学画图：R语言ggplot2画柱形图如何让屁股朝右

AAA今天推文模仿的图片是来自于论文Landscapesofbacterialandmetabolicsignaturesandtheirinteractioninmajordepressivedisorders。有读者在公众号的后台留言问论文中Figure2中的A图如何实现image.png今天的推文就介绍一下，因为A图的数据较多，我们来模仿B图，过程其实是一样的image.png左边两幅图是柱

小明的数据分析笔记本·2023-09-30 06:19

R语言实现随机生存森林（3）

常见问题解答1、计算C指数1-Errorrate，或者rsf.err%dcurves::as_tibble()library(ggplot2)ggplot(d,aes(x=threshold,y=net_benefit

weixin_49320263·2023-09-30 00:36

跟着Nature Genetics学画图：R语言ggplot2画曼哈顿图展示XP-CLR score

今天推文重复的图来自于论文Whole-genomeresequencingof445Lactucaaccessionsrevealsthedomesticationhistoryofcultivatedlettuceimage.png今天试着重复的图片对应着的是论文中的Figure3a,，曼哈顿图展示的是XP-CLRscore，这个分支具体是什么含义还得仔细学习，群体基因组类的论文通常都有这个数据

小明的数据分析笔记本·2023-09-29 10:27

跟着Nature Ecology&Evolution学数据分析：R语言ggplot2作图展示方差分解的结果

关于方差分解的内容之前已经分享过两篇推文之前的推文分享过一篇内容是重复了一篇NatureEcology&Evolution期刊论文的方差分解过程，虽然对运行过程还是不太理解，但是能得到结果。今天的推文我们利用得到的结果复现一下论文中的Figure4aimage.png前面的计算过程可以参考推文现在是假设我们已经拿到了计算结果，需要作图，组图用到的示例数据如下image.png（这里不再提供示例数据

小明的数据分析笔记本·2023-09-29 01:08

一起学画图：气泡图—常用于富集分析

本期使用R包gapminder中现有数据集，基于ggplot2制作气泡图Part2：图像与代码在加载数据并对

RookieNick·2023-09-28 23:04

复现《nature communications》图表（四）：ggplot画多组富集气泡图

还是NC的文章，这次我们探讨下Figure2a，这个富集气泡图可能平平无奇，但是仔细看发现它的横坐标是4个分组。这就值得去学习了，同时复现这个气泡图是为了任何气泡图达到举一反三的效果。图片首先自己构建一个数据，包含GOterms、分组和P值，读入文件。setwd("F:/生物信息学")A%as.data.frame()%>%mutate(group=rep(c("cluster1","cluste

KS科研分享与服务·2023-09-28 04:58

跟着Science学画图：R语言ggplot2作小提琴图展示NLRs基因的拷贝数（copy number）

论文是Denovoassembly,annotation,andcomparativeanalysisof26diversemaizegenomesimage.png部分数据代码是公开的下载链接https://zenodo.org/record/4781590#.YSB40Hzivic论文本地pdf玉米Science.pdf附件本地pdfabg5289_Hufford_SM.pdf今天的推文我们来

小明的数据分析笔记本·2023-09-27 22:25

跟着Nature Plants学作图：R语言ggplot2画分组折线图和置信区间

论文Theflyingspider-monkeytreeferngenomeprovidesinsightsintofernevolutionandarborescencehttps://www.nature.com/articles/s41477-022-01146-6#Sec44数据下载链接https://doi.org/10.6084/m9.figshare.19125641今天的推文重复一

小明的数据分析笔记本·2023-09-27 22:17

ggplot2绘制箱式图（并叠加小提琴图和点图）

本文使用基因表达数据绘制箱式图，并叠加小提琴图和点图(geom_boxplot绘制箱式图，geom_violin绘制小提琴图，geom_dotplot和geom_jitter绘制点图).了解一下R语言中箱式图的术语，以及它的含义：导入数据：>genefpkmhead(genefpkm)x_d<-genefpkm#复制数据框，万一后面操作失误就不用重新导入数据。x_d<-as.matrix(x_d)

钿璎纍纍佩珊珊·2023-09-27 20:17

用magick包和ggplot2包绘制动态条形图

其实有很多途径都可以实现动态图的效果，比如gganimate包和ggplot2联合绘图；如果利用Rmd生成报告的话，利用codechunk选项也可以实现动态图的效果。

普癌新声·2023-09-27 08:44

R语言包lemon

具体都有什么作用暂时还不知道，可以操作ggplot2作图的坐标轴，比如下图dsamp<-diamonds[sample(nrow(diamonds),1000),]library(lemon)library

小明的数据分析笔记本·2023-09-27 01:40

ggplot2再话箱线图之几何填充

有观众老爷询问如何对箱线图进行几何形状填充，那么今天就来具体介绍一番；在原有的基础上做了一些小的改动也许恰好您正好有此特殊需求，需要着重体会八个字变实为虚，变虚为实，希望对各位观众老爷有所帮助；下面来看具体案例；需要获取数据的欢迎关注我的号留言加载R包library(tidyverse)library(ggsci)library(ggprism)library(rstatix)library(gg

R语言数据分析指南·2023-09-26 06:32

R语言陆胖的数据分析之旅02

plot(mtcars$wt,mtcars$mpg)图2-1基础绘图系统绘制的散点图对于ggplot2系统，可用qplot()函数得到相同的绘图结果（见图2-2）：library(ggplot2)qplot

Larrylu007·2023-09-25 15:00

跟着Plos Biology学作图：R语言ggplot2双Y轴折线图

论文Largevariationintheassociationbetweenseasonalantibioticuseandresistanceacrossmultiplebacterialspeciesandantibioticclasses数据代码链接https://github.com/orgs/gradlab/repositories今天的推文重复一下论文中的FigureS3,双Y轴的折

小明的数据分析笔记本·2023-09-25 10:31

ggplot2-坐标系篇

library(ggplot2)dt=data.frame(A=1:10,B=c(2,15,6,18,9,7,13,15,10,3),C=c('A','C','A','B','C','D','A','C

DumplingLucky·2023-09-25 05:49

合并图形并共享同一个图例的三种方法

庄闪闪·2023-09-25 02:02

[跟着NC学作图]-柱状堆积图

本期内容为[[跟着NC学作图]-柱状堆积图代码部分：导入相关包和数据options(stringsAsFactors=FALSE)library(reshape)library(plyr)library(ggplot2

小杜的生信筆記·2023-09-24 18:40

R语言绘制环状柱状堆积图+分组+显著性

无叠加、显著性的代码：#设置工作环境rm(list=ls())setwd("D:/Desktop/0000/code-main/条形图")#加载R包library(ggplot2)#CreateElegantDataVisualisationsUsingtheGrammarofGraphicslibrary

清纯世纪·2023-09-24 16:35

2019-04-10 某CD网站用户消费行为分析常出错的语句总结

案例及代码来源：https://www.jianshu.com/p/4778bffbfcc6fromdatetimeimportdatetime%matplotlibinlineplt.style.use('ggplot

七七biubiu·2023-09-24 16:00

R_DATACAMP Working with Dates and Times in R

-c("September102009","2009-09-10","10Sep2009","09-10-2009")anytime(sep_10_2009)统一转化为2009-09-10UTC的格式ggplot

一条很闲的咸鱼·2023-09-24 08:07

ggplot2画箱线图将线改成虚线

ggplot2画箱线图默认情况下所有的线都是实线，如下ggplot(HMP,aes(x=country,y=log10(rel_crAss)))+geom_boxplot()image.png可以通过加参数

小明的数据分析笔记本·2023-09-24 05:21

R 数据可视化 —— 聚类热图 pheatmap

前言在前面的章节中，我们介绍了如何使用ggplot2绘制热图ggplot2绘制热图的方式很多，如geom_raster、geom_tile等但通常仅仅绘制热图是不够的，还需要对数据进行聚类，即绘制聚类热图

名本无名·2023-09-23 09:16

ggplot在直方图上添加核密度图及关于ggrcs包绘制直方图的说明

ggrcs包绘制直方图的代码为，就是使用核密度来表示直方图，ggplot(data,aes(x=x,y=..density..))

天桥下的卖艺者·2023-09-23 08:01

R-ggpmisc|回归曲线添加回归方程，R2，方差表，香不香？

一载入数据和R包使用内置数据集library(ggplot2)#加载ggplot2包library(dplyr)#加载dplyr包library(ggpm

生信补给站·2023-09-22 18:02

调色板颜色配色ggplot colorRampPalette(c(“royalblue“,“firebrick3“))(2) viridis包配色

ggplot(vis.data,aes(x=col,y=row,fill=Pgk1))+geom_point()+theme_void()+scale_fill_gradientn(colors=colorRampPalette

Young.Dr·2023-09-22 02:54

R试题可视化

Q1:一行行的运行：https://github.com/jmzeng1314/5years/blob/master/learn-R/tasks/top50ggplot.Rmd代码Q2:对RNAseq_expr

煎饼果子再来一套·2023-09-22 00:12

跟着PNAS学作图：R语言ggplot2作图展示多序列比对结果

论文Theevidenceremainsclear:SARS-CoV-2emergedviathewildlifetradehttps://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2214427119在饶毅科学公众号看到的推文美国科学院院刊：逐条反驳新冠是实验室产物的错误说法其中有一个图是image.png今天的推文我们来试着复现一下这个图首先是一个多序列比对文件image.p

小明的数据分析笔记本·2023-09-21 21:17

R语言ggpubr包优雅绘制带统计数据的箱线图

ggpubr包是个很经典的R包，能绘制专业的论文绘图，它是对ggplot2进行了加强，R包的说明也是介绍用于创建和自定义基于“ggplot2”的出版物绘图，就是个为SCI而生的R包呀，今天咱们使用ggpubr

天桥下的卖艺者·2023-09-21 18:18

跟着Science学画图：R语言ggplot2作热图展示基因存在缺失

论文是Denovoassembly,annotation,andcomparativeanalysisof26diversemaizegenomesimage.png部分数据代码是公开的下载链接https://zenodo.org/record/4781590#.YSB40Hzivic论文本地pdf玉米Science.pdf附件本地pdfabg5289_Hufford_SM.pdf今天的推文我们来

小明的数据分析笔记本·2023-09-21 11:49

ggplot绘图之基本语法

1.ggplot2图形之基本语法：ggplot2的核心理念是将绘图与数据分离，数据相关的绘图与数据无关的绘图分离。

一个人旅行*-*·2023-09-21 06:12

R 语言画图中英文字体解决方案

如果需要将含有中文字体的图形保存为pdf文件，可以使用下面讲到的方案，最新版的showtext已经支持了ggplot2，推荐使用此种方案。

程皮·2023-09-21 01:00

R常用包

1.数据处理dplyrlubridatesqldfstringr2.数据可视化包ggplot2lattice3.时间序列forecast4.聚类clusterkmeans5.分类rpartrandomForest

DB_UP·2023-09-20 14:51

ggplot2做图（填坑中）

数据df<-data.frame(x=1:10,y=1:10,f=c(rep("A",5),rep("B",5)))做图1.散点图(scatterplot)#scatterplotscatter_plot<-function(df,metadata){identical(rownames(df),rownames(metadata))data<-cbind(df,metadata)cor_res<

竹舞清风_忆·2023-09-20 08:57

复现NC图表：相关性分析气泡图（热图）---同时展示正负调控关系和显著性

TS的美梦·2023-09-20 03:04

R数据科学chapter 1

mpg#创建ggplot图形##将displ放在x轴，hwy放在y轴ggplot(data=mpg)+geom_point(mapping=aes(x=displ,y=hwy))#引擎大小(displ)

枸杞子岛年·2023-09-20 01:07

R数据分析：结合APA格式作图大法讲讲ggplot2和ggsci，请收藏

不过主流的用的多的还是ggplot2，所以今天打算结合一个形成APA样板格式图片的实例写写ggplot2的操作和图的配色。

Codewar·2023-09-19 23:07

ggplot2：U2

qplot()快速作图#准备工作library("ggplot2")set.seed(1410)dsmall<-diamonds[sample(nrow(diamonds),100),]qplot(x,

章植梨柝·2023-09-19 20:52

（2）10X单细胞聚类

Seurat使用image.pnglibrary(Seurat)library(ggplot2)library(dplyr)options(stringsAsFactors=F)##第1步：读入表达矩阵

呆呱呱·2023-09-19 10:34

跟着Cell学作图：R语言ggplot2做蜂群图的简单小例子

论文https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867421008916#da0010Ancientandmoderngenomesunraveltheevolutionaryhistoryoftherhinocerosfamilyimage.png犀牛本地论文1-s2.0-S0092867421008916-main.pdf数据和

小明的数据分析笔记本·2023-09-19 07:11

R语言绘图-3-Circular-barplot图

0.参考：https://r-graph-gallery.com/web-circular-barplot-with-R-and-ggplot2.html1.说明：利用ggplot绘制环状的条形图(circularbarplot

@ZyuanZhang·2023-09-18 19:20

python3画hist图和曲线图(tSNE原理)

#coding:utf-8importnumpyasnpfromnumpy.linalgimportnormfrommatplotlibimportpyplotaspltplt.style.use('ggplot

RedStones·2023-09-18 08:58

ggplot2画图之优化主题风格（BBC---bbplot）

最近在看文章图片的时候，发现每张图片的背景主题都非常的清爽，不像ggplot2的主题设置，后来在看一些文章时发现，发现很多人都在转发《BBC视觉和数据新闻团队如何使用R绘制图形》这个文章，里面讲述的是BBC

单细胞空间交响乐·2023-09-18 06:56

ggpubr 可视化R包

ggpubr/index.html及http://www.sthda.com/english/articles/24-ggpubr-publication-ready-plots/ggpubr包是基于ggplot2

我是Peace·2023-09-18 00:08

R语言ggplot2作图如何去掉图例中的NA

遇到这个问题是在使用ggtree可视化展示进化树的时候，我想给进化树的枝分组映射颜色第一步是准备进化树文件(((T1:0.4861354076,T2:0.2834595428):0.942360715,(((T3:0.3184458097,T4:0.9622228269):0.4969661732,T5:0.6340993682):0.5032551708,(T6:0.4230469938,(T7

小明的数据分析笔记本·2023-09-15 19:41

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