ggplot

R:如何将箱线图和点图画在一幅图上

这次我们来讨论下如何将箱线图和点图画在一幅图上：我们借用示例数据来说话：示例data好，我们上代码：library(gcookbook)data(heightweight)#示例数据#以sex为分类横坐标ggplot
小潤澤·2023-12-29 11:52

R语言学习笔记-R包的安装

1.首先在RGui：2.在RStudio的console下：如安装ggplot2包，则：install.packages("ggplot2")生信方面：首先安装：install.packages("BiocManager
生信研究猿·2023-12-29 10:12

【R画图学习21.3】ggplot回归模型

前面在13.1做过一些ggplot的简单拟合曲线和置信区间，今天我们就对ggplot2绘制回归曲线的方法作个汇总学习。
jjjscuedu·2023-12-29 04:01

R 数据可视化 —— ggplot 柱状图/条形图

前言ggplot2中有两种绘制条形图的函数：geom_bar()和geom_col()geom_bar()使条形的高度与每个组中的观察值的数目成正比，或者如果设置了weight参数，则为分组内指定的所有权重变量值之和如果你想直接使用条形图的高度来表示数据中的值
名本无名·2023-12-29 00:41

2019-04-19 R读取csv文件 绘制散点和密度图代码

原csv文件部分截图：字段名R语言绘图首先需要加载包install.package(ggplot2)#如果已经下载就不用install.packageinstall.package(reshape2)#
今年二圆可以到一百吗·2023-12-28 18:27

ggplot2绘制柱形图（2）

ggpolt2有两个函数可以绘制柱形图，一个是昨天介绍的geom_bar（stat_count），另一个是geom_colgeom_bar是对每一组中的样本个数进行计数后画图，柱子的高度代表组内样本的个数。然而在设定stat="identity"这个参数后，该函数就不会对样本进行计数，此时，柱子的高度就是你数据内相应的数值。本文要介绍的是geom_col,该函数是对每个组内不同类型的事件计数后，计
钿璎纍纍佩珊珊·2023-12-28 12:41

R语言|ggtreeExtra包绘制进化树

R包-ggtreeExtra绘制进化树ggplot2提供的geom_tile图层可以画热图了，ggplot2的geom_point或者ggstar的geom_star可以绘制点图层。
维凡生物·2023-12-28 10:47

【R语言科研绘图】--- 柱状图

R语言科研绘图——柱状图柱状图R语言科研绘图——柱状图前言一、柱状图二、使用工具1.所使用的包2.数据特征3.绘图3.1两组均值之间的比较3.2多组均值之间的比较后记前言使用R语言绘制能够发表的图片，ggplot2
生信小鹏·2023-12-28 09:12

FigDraw 6. SCI 文章绘图之箱线图 (Boxplot)

前两期简单介绍了R语言基础，比较简单粗略，然后介绍了R语言中表格的转换，因为现在绘图基本以及舍弃了基本绘图的方式，都会选择ggplot2来作图，这期SCI绘图介绍一下箱线图！
90066456ace6·2023-12-28 05:32

【R>>ggplot2】sec.axis第2坐标轴

ggplot2画图展示时，可用sec.axis直接添加标签。
高大石头·2023-12-28 02:40

瓷片图绘制教程，R语言ggplot2绘图笔记

今天分享一个在R语言中利用ggplot2包绘制瓷片图的方法，支持不同分组不同类型等数据合并展示，轻松完成可视化。
生信分析笔记·2023-12-28 00:58

R语言ggplot2做柱形图展示富集分析的结果

做完转录组差异表达或者其他的一些分析拿到一些基因名称之后下一步通常是做一些注释，比如GO或者KEGG的注释，注释好以后通常是富集分析。如果是研究比较多的物种，可以直接使用R语言包clusterProfiler做富集分析当然是最好，最后可以很少的代码拿到很漂亮的结果图。但是如果是比较小众的物种，没办法借助clusterProfiler这个R包的话,如何得到和clusterProfiler一样的可视化
小明的数据分析笔记本·2023-12-27 11:01

2021-03-24 R语言画柱状图

FDR）来排序的，我的代码是按照queritem多少来排序的，颜色填充都是根据FDR来的##画直方图，先是数据集，设置xy轴，这里用reorder按照queryitem排序Term，颜色根据FDR来决定ggplot
1f9e79f37c42·2023-12-26 16:09

ggplot2 | line plot 分组及均值线：聚类后的表达变化趋势图

1.效果图2.预处理及绘图#输入数据>head(dat)Speciescidvariablevalue1setosa1Sepal.Length5.12setosa2Sepal.Length4.93setosa3Sepal.Length4.74setosa4Sepal.Length4.65setosa5Sepal.Length5.06setosa6Sepal.Length5.4#预处理及绘图row.
biomooc·2023-12-26 08:21

R语言绘图练习01 -- 各种类型的饼图

本课程将从最基本的绘图开始讲解，深入浅出的带大家理解和运用强大而灵活的ggplot2包。内容包括如何利用ggplot2绘制散点图、线图、柱状图、添加注解、修改坐标轴和图例等。
生信师兄·2023-12-25 13:49

奇奇怪怪的知识又增加了--R语言创建文章流程图

，可以制作流程图的软件很多，今天咱们使用R语言来制作流程图需要用到hgutils包，这是一个很有意思的R包，废话不多说，下面立即开始，先导入R包和数据，library(hgutils)library(ggplot2
天桥下的卖艺者·2023-12-25 05:22

2019-04-19

R1.ggplot22.在R中函数是怎么使用的，如何发现新的函数3.stringsAsFactors=FALSE4.reshape25.melt()turnswidedataintolongdatacast
laughing_4963·2023-12-25 01:04

ggplot2画图的颜色自定义技巧

在ggplot2画图思维中最重要的一点是图层概念（即几何对象）。后面添加的图层就在上面，那么诸如大小和颜色之类的就会有重叠或者是覆盖前面的可能。
newbeeduan·2023-12-24 19:38

R语言ggplot2可视化：分组堆叠条形图，展示不同分组的多个处理数据特征，动态交互式条形图

在实验数据可视化过程中，经常需要对多个样本在多个处理条件下多种指标进行比较，使用下面这种分组堆叠条形图能从多个角度同时展示数据特征。备注：图中横轴以“0”为界左右分为两部分，可以用来表示处理A和处理B，纵轴表示样品，每行条形图中不同颜色分别代表不同类型的指标。今天分享的内容是在R语言中绘制该图的方法，包括数据的整理准备过程，以及绘图所用的代码，所有数据均随机生成，无实际意义。使用R语言中plotl
生信分析笔记·2023-12-24 06:54

upset 绘制

UpSet###最基本的upsetR包,使用方便,但是扩展不方便devtools::install_github("hms-dbmi/UpSetR")##complex-upset###UpSet的升级款支持ggplot2devtools
Aech·2023-12-24 03:21

R语言中使用ggplot2绘制散点图箱线图，附加显著性检验

散点图可以直观反映数据的分布，箱线图可以展示均值等关键统计量，二者结合能够清晰呈现数据蕴含的信息。本篇笔记主要内容：介绍R语言中绘制箱线图和散点图的方法，以及二者结合展示教程，添加差异比较显著性分析，绘制如上结果图。加载R包与数据library(ggpubr) library(patchwork) library(ggsci)library(tidyverse)# 使用R语言自带的iris数据集，
生信分析笔记·2023-12-23 07:07

跟着Science学作图：R语言ggplot2画箭头展示变量对主成分的贡献

论文https://www.science.org/doi/10.1126/science.abk0989image.png最近朋友圈好多人都在转这个论文，我也找来看了看，论文研究的内容看的还是一知半解。论文用到的数据代码都是公开的，我们可以学习一下其中的代码代码链接https://github.com/James-S-Santangelo/glue_pc今天的图文重复论文中的Figure2Bim
小明的数据分析笔记本·2023-12-23 04:02

7.ggplot2——网络图

由于这些复杂性，ggplot2不直接支持网络图。可以通过使用ggraph进行网络可视化。
denghb001·2023-12-23 00:12

RNA-seq下游分析之PCA画图

rm(list=ls())mydata1,]head(dds2)rld1<-rlog(dds2)plotPCA(rld1,intgroup=c("name","condition"))library(ggplot2
ECHO1216·2023-12-22 20:28

跟着JoVE学作图：R语言ggplot2做簇状柱形图并添加显著性标记的完整示例

昨天的推文发出后，好多人留言问如何添加显著性标记，今天的推文介绍下如何在簇状柱形图的基础上添加显著性标记添加显著性标记用到的是ggsignif包中的geom_signif()函数在昨天推文的基础上，如果是利用带重复的原始数据作图，然后利用geom_signif()函数作图的时候我遇到了报错，暂时还不知道如何解决。等找到原因了再来介绍。查找资料的过程中找到了一篇论文image.pnghttps://
小明的数据分析笔记本·2023-12-22 16:07

R语言的ggplot2+ggforce包绘制散点图并添加分组边界

之前的推文介绍过ggplot2绘图添加椭圆分组边界和圆形分组边界，借助的函数分别是stat_ellipse()ggforce包里的geom_circle()函数今天查找桑基图的资料的时候发现了一份介绍ggforce
小明的数据分析笔记本·2023-12-22 00:52

【R绘图】当图例映射color/shape等多个属性时，如何修改图例标题？

一般而言，我们修改ggplot2图例标题，常用以下三种方法：+guides(fill=guide_legend(title="NewLegendTitle"))+labs(fill="NewLegendTitle
生物信息与育种·2023-12-21 16:53

R 数据可视化 —— 径向柱状图

因此，柱形会被拉伸为扇形，堆积柱状图也就是堆积扇形图，适用于比较大小相近的数值，x轴为周期性变量的情况示例单数据型count(mpg,class)%>%ggplot(aes(x=class,y=n))+
名本无名·2023-12-21 11:18

R 语言 | 堆积图绘制教程|收藏

绘图##date:2022.0121##author:小杜的生信筆記#堆积图rm(list=ls())library("ggplot2")导入数据decoration-color:initial;">setwd
小杜的生信筆記·2023-12-21 05:16

跟着PNAS学画图：R语言ggplot2分面的堆积柱形图

论文https://www.pnas.org/content/118/20/e2010588118Deathratesatspecificlifestagesmoldthesexgapinlifeexpectancyimage.png论文本地存储e2010588118.full.pdf很有意思的一篇论文，研究的内容是为什么女生比男生活的时间长（Whydowomenlivelongerthanmen
小明的数据分析笔记本·2023-12-21 03:40

R语言ggplot2绘制中国区域地图并添加河流信息的小栗子

今天的推文来自于公众号读者的投稿，作者RGzxs，编辑排版由小明完成。下面是正文前几天看了几篇闫大佬绘制的中国沿海地区的地图（公众号：R语言数据分析指南），然后试着自己画了一下。大佬的代码里面只有中国主要河流的信息，没有区域河流信息。这几天我在网上找了找资料，将河流信息添加到地图上。山东地图及青岛地图下载因为要画的区域是黄海和胶州湾的地图，所以需要下载一个山东省地图和青岛地图。下载地址：http:
小明的数据分析笔记本·2023-12-21 02:43

R语言|绘制组间差异柱状图

柱状图也是差异可视化图形的一种，今天小编来分享一下组间差异柱状图在R语言中的绘制方法，主要用的是ggplot2包，这个包功能的确很强大。
维凡生物·2023-12-21 01:45

生物信息学R分析工具包ggkegg的详细使用方法

ggkegg是从KEGG获取信息并使用ggplot2和ggraph进行解析、分析和可视化的工具包，结合其他使用KEGG进行生物功能研究的软件包。该工具旨在利用图形语法来可视化KEGG的复杂组件。
小果运维·2023-12-20 14:22

ggplot2绘制棒棒糖图——Lollipop chart

棒棒糖图，就是长得像棒棒糖一样的图（一句废话），和柱形图，散点图想要表达的意思是一致的，不过展示会更加好看一点，是点图geom_point()和堆叠图geom_segment()的组合，今天这篇文章主要介绍几种常见的棒棒图表现形式，以及一些美化。0.准备工作#读取数据>datahead(data)IDNUM1A_1642A_2593A_3534A_4585A_558#调用R包>library(ti
Wei_Sun·2023-12-20 13:27

ggplot2绘制堆积柱形图

前面给大家简单介绍了如何用☞R绘制堆积柱形图，今天我们来看看如何用ggplot2这个包来绘制堆积柱形图。
生信交流平台·2023-12-20 03:33

R语言绘制频率直方图

频率直方图是数据统计中经常会用到的图形展示方式，同时在生物学分析中可以更好的展示表型性状的数据分布类型；R基础做图中的hist函数对单一数据的展示很方便，但是当遇到多组数据的时候就不如ggplot2绘制来的方便
种地的pele·2023-12-19 22:31

matplotlib绘图正常显示中文

frommatplotlibimportpyplotaspltplt.style.use('ggplot')plt.rcParams['font.sans-serif']=['SimHei']#用来正常显示中文标签
_龙雀·2023-12-19 15:35

宏基因组经典论文复现(1) ggplot2绘制散点图

之前写了不少微生物多样性的数据可视化案例，但是始终没有与宏基因组接触，如今大势所趋不得不走上这条道路，论文复现也得早日提上日程，今天就让我们开始来复现下述论文中的图Expandedcatalogofmicrobialgenesandmetagenome-assembledgenomesfromthepiggutmicrobiome今天先从图a开始，本打算将全部图片代码一起展示，但是的确很耗时遂作罢
R语言数据分析指南·2023-12-19 12:46

【R画图学习2.1】火山图-plot篇

今天学习画，分析转录组等数据时，最常见的火山图，其实就是优化的散点图而已，今天测试用plot实现，其实ggplot实现更方面，下篇测试如何用ggplot实现。
jjjscuedu·2023-12-18 06:47

R语言文本分析《三国演义》

getwd()setwd("E:\\三国")library(jiebaR)library(ggplot2)library(jpeg)library(reshape2)library(wordcloud)
乔巴爱雪雪·2023-12-18 01:31

python--seaborn散点图

seaborn是专门用于统计数据可视化的包，可媲美R语言中的ggplot2包。本文介绍用seaborn绘制散点图。
FTDdata·2023-12-17 12:27

跟着Nature Communications学作图：R语言ggplot2画图展示捐赠者的临床概况

www.nature.com/articles/s41467-022-33663-5#Sec18今天的推文我们重复一下论文中的Figure1a，看起来非常像一个表格，很有意思image.png我们使用ggplot2
小明的数据分析笔记本·2023-12-17 09:19

[R] 添加误差棒的分组折线图：geom_path: Each group consists of only one observation. Do you need to adjust the...

想做一个简单的分组折线图，并添加误差棒，类似下面这样的：image.png用ggplot似乎很简单就能实现：ggplot+geom_errorbar+geom_line+geom_point，重点在于计算误差棒
生物信息与育种·2023-12-17 08:27

R语言做箱形图

R语言做箱形图library(ggplot2)#loadingdatasetandstoringitindsvariableds<-read.csv("csv文件路径",header=TRUE)crop3
sherlockjjobs·2023-12-14 21:02

利用ggplot绘制密度散点图（同时附带spearman的R和P值）

正式操作首先，加载一些必须的包library(ggplot2)library(dplyr)library(viridis)#使用viridis提供的翠
Kevin_Hhui·2023-12-14 15:49

ggplot2回顾(4): 瓦片图、多边形图

瓦片图根据所提供点的位置和数量将画板规则地均分为若干块，再将点周围的一小块方形区域涂色small%ggplot(aes(x,y))+geom_tile(fill="lightblue")多边形图沿着第一个点到最后一个点
TOP生物信息·2023-12-06 16:25

R plot图片背景设置为透明_万能转换：R图转成Word、PPT、Excel、HTML、Latex、矢量图等...

你和PPT高手之间，就只差一个iSlideExcel改变了你的基因名，30%相关Nature文章受影响，NCBI也受波及特点可以用命令将交互式R图或ggplot2、Lattice或baseR图保存到MicrosoftWor
weixin_39851008·2023-12-06 07:12

ggplot2回顾(7): geom_bar()和 geom_histogram()比较

适用范围不同bar图x一般为离散变量，直方图x一般为连续变量默认的统计变换不同前者是stat="count"，统计一个数量就完事了，即生成新变量..count..diamonds%>%ggplot(aes
TOP生物信息·2023-12-05 20:59

ggplot2回顾(14): 绘图函数--以平行坐标图为例

library(ggplot2)library(reshape2)library(plyr)归一化range01testtestRNAX2005X2006X2007X2008X20091piRNA132212mRNA112133miRNA445314lncRNA351245circRNA12111&
TOP生物信息·2023-12-04 20:26

跟着Nature Communications学作图：R语言ggplot2气泡图组合水平柱形图完整示例

论文Pan-Africangenomedemonstrateshowpopulation-specificgenomegraphsimprovehigh-throughputsequencingdataanalysishttps://www.nature.com/articles/s41467-022-31724-3本地pdfs41467-022-31724-3.pdf论文中公布了大部分图的数据，
小明的数据分析笔记本·2023-12-03 14:44
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