illumina测序第30页

简化基因组分析注意事项

简化基因组的方法一定要问清楚建库前无论公司说的是RAD-seq，还是说的是GBS，都不要太当真，因为这两个名词定义越来越不清了，你只要问清楚，他们建库是检测哪个部分：1）对单酶切位点邻近片段测序，如最初的

xuzhougeng·2023-03-31 23:54

Harmony整合单细胞数

Seurat结合Harmony的整合流程参考：单细胞测序分析:SeuratV3联合harmony进行单细胞数据整合分析2021-07-21harmony整合不同平台的单细胞数据方法1使用Harmony之前

oceanandshore·2023-03-31 17:03

病原微生物高通量测序：第三节检测原理

临床微生物高通量检测，应用场景不同，各种测序技术令人眼花缭乱，但我们可以做如下总结。

简佐义的博客·2023-03-31 16:43

基于机器学习的基因组微卫星状态探测方法综述

【结果】基于机器学习的检测方法从大量测序数据中迭代学习,获取影响微卫星不稳定性的关键特征,该类检测方法可以取得较

罗伯特之技术屋·2023-03-31 16:12

手拆sanger测序套峰结果

在我们之前的推文中提到过，桑格测序是CRISPR-Cas9基因编辑结果的金标准。一般我们先将多个单克隆细胞的PCR产物送测序，选择拥有套峰的单克隆细胞进行T载体连接测序，用以检验最终的基因型。

冻春卷·2023-03-31 14:46

史上以来的59家测序仪公司

前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞

生信宝典·2023-03-31 09:31

等温扩增

这些技术在原位或细胞内生物成像和测序中的应用已得到充分证明。通过等温扩增方法生产的扩增子也已被用于构建通用的核酸纳米材料，有望用于生物医学，生物成像和生物传感领域。将

caoqiansheng·2023-03-31 06:53

关于编程学习的一些思考

▼生物信息学习的正确姿势（第三版）NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2023-03-31 02:11

生信入门学习顺序

cdlsmkdirrmpwdln-svishlesscatsortgrepawk2、学习linux运行程序的基本方法（1h）sh运行文件screen的使用如何向程序传递参数3、学习xshell和filezilla的使用（0.5h）4、在服务器上运行fastqc对二代测序结果进行质控

野生拟南芥·2023-03-31 01:25

汇总-单细胞测序技术(single cell sequencing)

liu_Shengbo·2023-03-30 21:33

数据查询

Query查一个病人的所有送样信息,及测序记录信息p=Patient.objects.get(id_number=)samples=p.samplesrecords=[]forxinsamples:foryinx.records

王江浩·2023-03-30 19:40

单细胞入门【3】：好用不踩坑的单细胞数据库合集

单细胞入门【1】：单细胞测序方法该如何选择？单细胞入门【2】：scRNA-seq测序数据的计算分析指南03单细胞数据库合集如何快速找到单细胞数据？有没有可以在线分析单细胞数据的工具？...

尐尐呅·2023-03-30 13:07

三代测序数据简单分析

三代测序数据简单分析原创saberuniversebiologygirlimage简单介绍：三代测序技术读长较长，针对比较小的基因组像只有16kbp的人类线粒体DNA（mtDNA）是非常适用的，未来其应用应该会在测序错误率降低后得到显著提高

天明豆豆·2023-03-30 11:28

生信软件的使用:bwa-mem2小测试

写在前面最近在利用小麦的重测序数据进行mapping，小麦是一个很奇特的物种，六倍体，有ABD三个基因组，基因组大小约为17Gb，因此，制约小麦重测序数据分析的一个很大的问题就是需要消耗大量的时间，进行

blue_unique·2023-03-30 10:08

2021-11-20 【全文翻译】植物基因组测序二十年：成就与挑战 ----植物基因组测序20周年重要综述文章

大致机器翻译+人工纠错，简单过了一下，供大家参考Twentyyearsofplantgenomesequencing:achievementsandchallenges-ScienceDirect植物基因组测序二十年

老_Z·2023-03-30 09:56

RNA核糖核酸修饰荧光染料|HiLyte Fluor 488/555/594/647/680/750标记RNA核糖核酸

RNA核糖核酸修饰荧光染料|HiLyteFluor488/555/594/647/680/750标记RNA核糖核酸RNA修饰测序的先驱，可针对mRNA和各种非编码RNA提供各类RNA修饰测序服务(m6A

qiyueshengwu·2023-03-30 04:34

如何上传转录组数据到NCBI的SRA数据库

SRA数是NCBI专门用于存储、显示、提取和分析高通量测序数据的数据库。第三步：选择Newsubmission→按要求填写，至少有一个科研单位/大学的email→…

纤蹄马·2023-03-30 00:32

文献阅读2.1.1 基因组结构预测微生物群落中的代谢物动力学（中文翻译版）

亮点1.微生物群落中的代谢物通量可从个体基因型中预测2.对79种不同的细菌分离株进行了测序和表型分析3.基因存在和缺失通过回归预测分离株的代谢表型

龙star180·2023-03-29 19:40

二代测序那些事

illumina二代测序:官方文档介绍不同的测序方案1.双端测序过程(双index标签策略)聊一聊最常用的二代测序那些事：转录组分析进阶20170319-第01期-Illumina测序原理在illumina

caokai001·2023-03-29 16:55

空间信息在空间转录组中的运用

空间分析目前已成为生命科学中发展最为迅速的领域之一，高通量测序的空间技术更是如火如荼，究其原因主要有三点：生命科学家越来越认识到空间结构在基础医学以及临床应用中的重要性我们所能测到的图谱（atlas/landscape

周运来就是我·2023-03-29 15:24

叶绿体基因组注释软件PGA-Plastid Genome Annotator

高通量测序技术的快

小不点打羽毛球·2023-03-29 13:49

低表达量的基因为什么往往差异不显著

对于有生物学重复的实验设计来说，随机误差就包括测序随机误差和生物样本的个体差异。其中，对于低表达的基因来说，测序的随机误差影响是比较

小黑黑黑黑·2023-03-29 09:15

认识序列

无论你是研究核酸的还是蛋白质的，无论你是搞测序的还是搞结构的，甚至是编程的，都逃不掉序列的比较。那什么是序列呢？-序列的英文名字是sequence，这个单词一定要记住。那序列长什么样子呢？

yhh_hygge·2023-03-29 07:18

Motif 文库筛选策略——精准定义转录因子结合 DNA 基序！—钟鼎生物

随着生物技术的创新发展，特别是高通量测序技术的日益成熟，近几年涌现出Dap-seq，Cut&tag,ATAC-seq等一系列新的技术手段，转录因子蛋白与DNA结合的面纱被一层层

钟小博·2023-03-29 05:31

linux BLAST序列比对（nt/nr库）

安装本地blast序列比对软件，我们可以搜索一个查询序列定制数据库，例如想研究一个新测序的基因组，或者感兴趣的一组蛋白质序列。

像鸟一样飞过你的高山·2023-03-29 04:20

RNA-seq实战分析流程

一、下载测序数据①SRA数据库[存储二代测序的原始数据]②在进行上游分析时，数据格式转换过程概述如下：sra↓FASTQ↓bam↓counts③质控处理的相关软件：•fastqc•cutadapt•TrimGalore

ShanSly·2023-03-29 04:58

实验记录1：安装Cellranger与Seurat，下载数据

2018-9-21梗概安装单细胞测序数据处理软件Cellranger安装R包Seurat下载cellranger参考数据Humanreference(GRCh38)dataset与HumanCellAlters

MC学公卫·2023-03-29 02:27

illumina、ion Torrent、MGI测序平台芯片通量汇总

原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s/q3pTJtJp2-C7GLau-XiKnQ大家好，今天的OnePIC系列制作了三大高通量基因测序平台目前在售的基因测序芯片的通量对比图，

基因Share·2023-03-29 00:19

R实现Kmeans方法的细节

但是在生物表达模式上时常会有共表达的模式，或者说是相似的测序峰，此时哪怕计算出来的绝对距离也就是欧式距离很大，但是实际上可能是一样的。这种情况下使用余弦函数来

大肥口水垫·2023-03-28 20:55

项目文章 | 细菌基因组测序助力艰难梭菌研究再攀高峰

文章题目：IndependentMicroevolutionMediatedbyMobileGeneticElementsofIndividualClostridiumdifficileIsolatesfromClade4RevealedbyWholeGenomeSequencing基于全基因组的可移动元件分析揭示进化支4艰难梭菌的独立微进化文章杂志：mSystem影响因子：7.324分析方法：D

诺禾致源科技服务·2023-03-28 17:19

Spades

并且SPAdes是一款非常好用的软件，而且该软件不仅支持illumina测序数据，而且还可以用于IonTorrent测序数据，PacBio测序数据、sanger数据，Nanopore。

YX_Andrew·2023-03-28 16:07

【转录组】文库数据标准化方法RPKM FPKM TPM CPM RPM（理论篇）

文库标准化的目的RNA-seq每个基因的长度和深度均不相同，所以需要对基因的长度和测序深度进行Normalize输入一个ReadCount的数据矩阵（行为基因，列为样本）。

Geekero·2023-03-28 11:14

稳健生物信息学研究的“黄金法则”

搜索关注【生物城堡】超乎想象的干货分享生物信息学面临的挑战生物学对大型测序数据集的频繁使用，正在改变我们所需的工具和技能，它也在改变科学发现的可重复性和稳健性。

沈博士·2023-03-28 03:11

DAY7-孟思博

孟思博·2023-03-27 23:25

基础知识 — 基因组变异类型

但是其实完美的“参考基因组”并不存在，因为我们只是选择某一个物种里的其中似乎比较正常的个体进行测序组装，然后基于它进行后续的研究。简单的说，参考和变异是相对而言，变异也可能完全正常。

ytbao·2023-03-27 19:43

我们从哪里来？——基因祖源分析

这是根据基因测序结果来找到的。每个人的基因里面都有个叫做父系单倍群的编码。

kunyun·2023-03-27 18:16

二代数据组装叶绿体基因组

与核基因组相比，细胞器基因组相对来说，更为保守，并且序列较短，更加易于组装，仅仅根据二代测序reads即可进行组装。下面简单介绍我在本项目中的方法，仅供参考。1数据本次我使用的二代数据为50X。

斩毛毛·2023-03-27 13:22

RNA-seq原理

测序技术发展：1977Sanger测序--1996焦磷酸测序--2003cmPCR--2003ZMW---2012纳米孔测序RNA-seq的一些技术限制，测序误差主要由生物学误差(生物学重复，比如取30

生信大猫·2023-03-27 13:42

单倍体组装工具Hifiasm简介及基本运行命令(一)

随着测序技术的发展及新的组装工具的不断开发应用，基因组denovo测序及组装进入了Genomic2.0时代，我认为Genomic2.0时代的标志有两点：1.三代长读长测序及Hi-C测序技术在基因组denovo

吕强强学生信·2023-03-27 09:49

研究进展 | 当乳腺癌遇上单细胞测序技术（上）

目前，单细胞测序技术已广泛应用于解析乳腺癌肿瘤异质性、肿瘤微环境、转移侵袭、治疗耐药等方面。本期，将通过展示单细胞测序研究乳腺癌的部分已发表研究成果，从乳腺癌单细胞图谱构建、肿瘤微环

贝瑞科服·2023-03-27 03:07

如何挖掘外显子变异频率信息

转载：http://www.omicshare.com/forum/thread-2703-1-1.html外显子虽然只占约1%人类基因组大小，但多数疾病都是由编码基因的低频或罕见突变引起，同时外显子测序容易实现

oddxix·2023-03-26 21:44

单细胞文献5-通过单细胞测序对处于恢复期的COVID-19患者进行免疫细胞分析

0168-9影响因子：6.255PMID：32377375期刊年卷：CellDiscov2020;6生物二区细胞生物学Q260/190DOI：10.1038/s41421-020-0168-9概要使用单细胞测序

土豆学生信·2023-03-26 16:10

生信学习Day4笔记--测序--周晓飞

小灰_6edc·2023-03-26 14:28

扩增子和宏基因组分析实用指南 | 微生物组研究

高通量测序技术和分析方法的发展为微生物组研究提供了新见解。然而，这些新的发展让研究人员（特别是没有生物信息背景的研究人员）在选择合适的分析软件/脚本上面临挑战。

尐尐呅·2023-03-26 13:38

转录组差异表达基因分析基本流程（上）

入门而已，主要是为了熟悉转录组分析的基本流程，得到差异表达基因，所以在数据上选择了比较小的单端测序数据，同时也不考虑论文出处，仅简单分析数据。

咸鱼426·2023-03-26 08:34

本地化BLAST+详细使用方法

序列相似性搜索是重要的生物信息学研究之一，常常为新测序基因组或序列片段的功能提供参考，而BLAST是这一系列工具中最流行的相似性搜索工具。

Boer223·2023-03-26 05:20

昆虫和甲壳动物是一家？

（模子先辈）给爷整懵了都，虽然知道几年前昆虫测序完成后内部发生了翻天覆地的变化，但没想到这变化直接影响到了整个节肢动物门，之前完全没有人想到昆虫竟然和传统的甲壳动物关系更近，之前的各种假说全部推翻，昆虫现在和原本的那些甲壳动物共同组成了泛甲壳动物

要佛不要火·2023-03-26 00:53

禾谷镰刀菌转录组分析--准备数据

1、准备数据：测序数据和参考基因组测序数据：NCBI中SRA数据库，Accession:PRJNA522013ASPERA，类似下载加速器，要安装在个人目录才能使用wgethttp://download.asperasoft.com

马连洼小法师·2023-03-25 21:07

单细胞转录组数据分析流程

回顾一下：什么是单细胞转录组测序技术？细胞异质性是生物组织的普遍特征。

iBioinformatics·2023-03-25 17:55

单细胞测序用于临床肿瘤研究的最新进展:鉴定循环抗肿瘤CD8 T细胞及功能

本研究中，作者通过单细胞转录组+TCR测序技术对肿瘤小鼠和黑色素瘤患者的血液和肿瘤组织进行分析，利用TCR序列作为“分子条形码”的方法为鉴定循环抗肿瘤CD8+T细胞提供新的思路。

SBC生物芯片·2023-03-25 16:08

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