illumina测序

Paragraph对SV进行基因分型

基于重测序数据用于对sv进行genotype.githup:https://github.com/Illumina/paragraph相关文章：Chen,S.etal.Paragraph:agraph-basedstructuralvariantgenotyperforshort-readsequencedata.GenomeBiol
斩毛毛·2023-03-11 12:55

【豆科基因组】普通豆/菜豆/四季豆Common bean (Phaseolus vulgaris L.) 683个自然群体重测序2020NG

一、来源Resequencingof683commonbeangenotypesidentifiesyieldcomponenttraitassociationsacrossanorth–southcline.January2020NatureGenetics52(1):1-8.DOI:10.1038/s41588-019-0546-0单位：中国农科院作科所普通菜豆，也叫四季豆，是全球种植范围最广
Bioinfarmer·2023-03-11 03:13

测序短读映射

2021/03/12ShortReadMappingforExomeSequencingsoftware：1.FastQC(v0.11.9)wasusedtoassessthereadqualityhttp://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/2.BWA(v0.7.17)wasusedforreadmappinghttp://bi
所以suoyi·2023-03-11 02:32

运行FastQC报错

近期使用RNA-seq，在NCBI上获取原始数据后，想使用fastqc检查二代测序数据是否存在问题。于官网下载fastqc的软件包，并解压至Biosofts文件夹。
孤久成瘾_1180·2023-03-10 21:58

测序数据的质控：你需要Trimmomatic！

原文链接：测序数据的质控：你需要Trimmomatic！
SYSU星空·2023-03-10 19:48

文献解读|气管抽吸物RNA测序可识别COVID-19 ARDS的不同免疫学特征

TITLE：TrachealaspirateRNAsequencingidentifiesdistinctimmunologicalfeaturesofCOVID-19ARDS译名：气管抽吸物RNA测序可识别
作图帮·2023-03-10 07:01

分子遗传学名词解释总结

3系谱分析法+测序，mutmap。VIGS：病毒诱导的基因沉默。协同进化：在一定情况下，一个物种的进化使得与其有关系的物种之间产生协同作用，影响其进化。两个或多个物种互相影响进化的，叫做协同进化。
徒唤奈何_c5f0·2023-03-10 03:31

三代基因组测序技术原理简介

摘要：从1977年第一代DNA测序技术（Sanger法）1，发展至今三十多年时间，测序技术已取得了相当
无理取now·2023-03-09 21:38

Bowtie Error: Saw ASCII character 10 but expected 33-based Phred qual

关于这个问题的解决方法：是解答说因为有长度为0的测序数据。所以使用cutadapt的-m参数设置一个最短序列长度，去掉太短的测序结果。
也少女·2023-03-09 19:14

分子（DNA、RNA）样品的保存

下面介绍以测序为目的的植物DNA采集与保存方法。
Yizhe_Lin·2023-03-09 11:30

学习小组Day7笔记——测序基本知识（张震）

测序基本知识测序是啥东东？——顾名思义，就是测顺序，测序列（好像比较简单）怎么测？什么机子？特殊的平台？——利用专门的测序仪器，目前主要是illumila仪器测序产品测序的本质是？
行者_麦田守望·2023-03-09 05:52

Mac下用aspera上传重测序数据遇到的坑

关于Macaspera的问题，困扰了几个月。1.没有此目录解决办法：添加环境变量2.stringnotinpwd找了很久，这样可以解决：/Users/apple/Applications/Aspera\Connect.app/Contents/Resources添加一个转义字符\，解决啦，开心！！！3.NCBI连接不上去，加了端口也没用好吧，转战NGDC，和ncbi命令行差不多/Users/app
是鸣·2023-03-09 04:19

HMM 中文分词

隐马尔科夫模型HMM通常用于处理时间序列数据，数据包含长度一样的隐藏状态和观测序列，可以通过观测数据预测出隐藏状态。
NLP与人工智能·2023-03-09 04:11

基因组学总结

基因组学还包括基因组测序和分析，通过使用高通量DNA测序和生物信息学来组装和分析整个基因组的功能和结构。
花生学生信·2023-03-09 00:33

2022-09-26

-09-2610:10发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=87.241推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、作者对来自八个多病灶IDH野生型原发性GBM的61062个单细胞进行了测序
图灵基因·2023-03-08 23:51

文献学习019--[sc]人类胎儿心脏细胞图谱及其在自身免疫性心脏传导阻滞中的意义

作者对三个孕19-22周健康胎儿心脏和一个孕21周CHB(congenitalheartblock)心脏进行了灌流和10x单细胞测序。
Hayley笔记·2023-03-08 21:37

NGS 测序深度和覆盖度—Depth、Coverage

文章目录前言这是比较基本的两个概念：二者的关系：例子：使用**bamdst**计算覆盖度安装使用参考：前言温故而知新，刚入门的时候没有好好记笔记，现在补上公众号：猪猪的乌托邦这是比较基本的两个概念：覆盖度（Coverage）：测序获得的序列占整个基因组的比例
万木春❀·2023-02-28 06:11

ChIP-seq 分析：评估片段长度与处理（6）

片段的5'将在“+”链上测序片段末端的3'将位于“-”链上。虽然我们只有部分链序列，但根据预测的片段长度，我们可以预测整个片段“+”读数应仅在正方向延伸“-”只读负数2.交叉覆盖图plotCC
·2023-02-21 23:50

芯周刊·第32期 |单细胞转录组测序：揭示肝母细胞瘤的细胞结构和发育轨迹

///01单细胞转录组测序：揭示肝母细胞瘤的细胞结构和发育轨迹本研究对五名肝母细胞瘤（HB）患者的肿瘤和远端肝组织样品进行单细胞转录组分析，利用反卷积分析将单细胞转录组谱与神经辅助化学疗法治疗后的HB队列转录组相结合
生物芯时空·2023-02-20 09:32

学习笔记--转录组测序数据分析笔记【生信技能树】

【生信技能树】转录组测序数据分析视频地址转录组测序数据分析2020-12-2完成视频的学习及笔记记录；后面学习完下一个视频后，会有一波对笔记的补充学习小结：这是第二次看视频，第一次就大概浏览了一下，这一次非常认真地做了笔记
FFwizard·2023-02-19 07:49

单细胞测序分析上游cellranger软件入门介绍

公共数据库中的SRA单细胞转录组数据究竟包含了哪些数据？CellRanger怎样利用10x平台下机数据进行下游一系列分析？这篇文章简单记录CellRanger包括的主要分析步骤，纯理论。SRA原始数据转fastq公共数据库的SRA数据需要借助fastq-dump转为fastq文件，然后进行质控、CellRanger定量等操作。相较于普通转录组数据，原始SRA数据会得到3个fastq文件，分别是Li
Seurat_Satija·2023-02-19 02:53

fastq、fasta、bed、gtf、gff、sam、bam生信分析常见文件格式查看

生信分析过程中的文件格式：除了原始测序数据fastq、fasta之外，还有基因组文件fasta格式，基因注释文件gtf格式。
笺牒九州的怪咖·2023-02-18 22:37

利用Minia软件对基因组测序二代数据的初步组装

contig表示从大规模测序得到的短读(reads)中找到的一致性序列，组装的第一步就是从短片段(pair-end)文库中组装出contig。
吕强强学生信·2023-02-18 19:38

在开始前定一个主基调

对于测序大家应该都不陌生，我所研究的课题主要是通过二代测序获得基因组数据进而进行分析。
十三而舍·2023-02-18 17:54

16S扩增子之Vsearch使用

最终结果#文件dp_16s_v18.fa#16S参考数据库第18版（可在http://www.drive5.com/sintax/rdp_16s_v18.fa.gz获得）seq/*.fq.gz#压缩的原始测序数据
leoxiaobei·2023-02-18 10:08

易基因 | 精准医学：DNA甲基化图谱在发现和精确诊断神经肿瘤领域的应用

虽然过去的分子诊断包括特定突变、拷贝数变化或基因融合，但DNA甲基化测序的发展显著提高了诊断精度，增加了可靠性，并为发现新的肿瘤类型提供了思路。
易基因科技·2023-02-18 08:35

10X单细胞（10X空间转录组）基于马尔可夫过程和RNA速率的细胞命运预测（Cellrank）

Abstract计算轨迹推断能够从单细胞RNA测序实验中重建细胞状态动态。然而，轨迹推断需要已知生物过程的方向，这在很大程度上限制了其在正常发育中区分系统的应用。在这里，利用软件
Evil_Genius·2023-02-18 02:07

CUT&Tag技术势必将引领蛋白质—DNA互作新革命！【百迈客生物】

染色质免疫共沉淀测序技术（ChromatinImmunopreciptationwithSequencing，ChIP-Seq），作为传统的研究细胞内蛋白质与DNA互作的重要工具，技术成熟，已被广泛应用于动植物的表观遗传学研究
百迈客生物·2023-02-18 02:13

2022-06-14

NatBiotech|AI从测序数据中预测蛋白质-配体的结合力原创苏安图灵基因2022-06-1407:03发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：苏安IF：54.908推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1
图灵基因·2023-02-18 01:16

TE的鉴定

基于基因组序列比对的方法、K-mer方法、基于结构特征的方法基于同源性的方法包括：基于同源序列比对的方法、基于隐马尔柯夫模型(HMM)的方法不同的算法实现的目标有所不同，如从头算法主要是为了发现新的转座子，因此常用来在新测序的基因组中鉴别新的转座子
ytbao·2023-02-18 01:39

测序数据的解析：Fastq与FastQC

Fastq格式二代测序平台获得的原始数据为fastq（或为压缩文件fq.gz）格式，包含双末端测序所得的正向和反向两个文件（通常用“1”和“2”来区分），如下所示：fastq格式每一个read包含四行内容
SYSU星空·2023-02-18 01:13

利用masurca进行混合二、三代测序数据基因组组装

现在组装新基因组，一般用pacbio的hifi测序模式进行olc组装+Hi-c辅助组装染色体就行了，但是我们实验室以前测了一些基因组是低覆盖度的pacbio的clr模式测序+50x以上二代，没有HI-C
挖泥种地·2023-02-17 20:23

Cell：单细胞转录组测序揭示溃疡性结肠炎图谱和耐药机制

2020/5/26今天介绍的文献是美国哈佛大学和麻省理工学院的学者于2019年7月在Cell上发表的，名为Intra-andInter-cellularRewiringoftheHumanColonduringUlcerativeColitis（人类结肠在溃疡性结肠炎期间出现了细胞内与细胞间的重构）的文献。研究者们分析了溃疡性结肠炎（UC）患者结肠发炎区域、非发炎区域以及健康人结肠组织的单细胞表达
切瓜少年·2023-02-17 19:00

生物信息学习网站参考

Perl1.3R学习相关：菜鸟教程-R1.4Linux学习相关：菜鸟教程-Linux1.5生信综合类：生信技能树、语雀_生信技能树、生信菜鸟团、_生信菜鸟团、生信宝典文章集锦、sam’notes、知乎_高通量测序技术
莫讠·2023-02-17 19:33

【单细胞测序数据分析-1】认识Seurat对象数据结构/数据格式及操作

一文了解单细胞对象数据结构/数据格式，单细胞数据操作不迷茫。本文内容包括单细胞seurat对象数据结构，内容构成，对象的调用、操作，常见函数的应用等。1.单细胞seurat对象数据结构单细胞数据结构.jpg此图引用自周运来老师，稍作注释。原文地址https://www.jianshu.com/p/13142bf51e81。里面还有SingleCellExperiment，anndata，h5数据结
森尼啊·2023-02-17 18:43

二代测序序列拼接：flash

转自：https://mp.weixin.qq.com/s/lgJDpwk0vYipARfTorfCkA首先要说的是，并不是所有的分析都需要将双末端测序序列拼接，比如转录组就不需要，拼接最常见的是扩增子测序
佳名·2023-02-17 14:30

最新8+单基因泛癌生信，单细胞测序结合Bulk,你值得拥有！

影响因子：8.7关于单基因泛癌分析，我们已经介绍了很多，也发了数篇7分+的文章，只不过由于保密的原因，我们不会进行宣传，只能讲解别人发的文章。小编最近也筛选到一些结果比较好的基因，需要做深入分析的可以私戳小编喔。生信分析咨询请关注生信小课堂研究概述癌症是全世界各个国家人口死亡的主要原因。CD147是一种重要的细胞表面糖蛋白，在多种细胞（肿瘤细胞、上皮细胞、癌症相关成纤维细胞、T细胞、外周单核细胞）
生信小课堂·2023-02-17 05:09

RNA-seq 详细教程：实验设计（2）

学习目标了解设置重复对于RNA-seq分析的重要性了解生物重复次数、测序深度和鉴定到的差异表达基因之间的关系了解如何设计RNA-seq实验，以避免批次效应1.注意事项了解RNA提取和RNA-seq文库制备实验过程中的步骤
冷冻工厂·2023-02-17 04:21

转录组分析1 各种生信数据格式fq、fa、sam、bam等

sra和fq1sra或fq（fastq），都是测序格式的文件。通俗理解：sra是把双端测序的2个文件合成了1个，而fq文件是2个。
八段锦1134·2023-02-17 03:45

隐马尔科夫模型基础

一、定义是一种生成模型，是隐藏的马尔科夫链随机生成不可观测的状态序列，再由各个状态生成观测序列的过程二、符号含义其中：Q是所有可能的状态集合V是所有的可能的观测集合N是可能的状态数，M是可能的观测数其中
SmartDemo·2023-02-16 23:36

学习小组Day7笔记-梦幻天堂

今天学习测序相关知识学习内容怎么区分一二三代测序二代测序大体流程NGS组学都包括哪些分类（粗略）测序原理和过程原理介绍视频：https://share.weiyun.com/5qojuBY密码：密码：bxsry4
梦幻天堂_ccd5·2023-02-16 21:57

R语言中的时间序列分析模型：ARIMA-ARCH / GARCH模型分析股票价格|附代码数据

时间序列分析是统计学中的一个主要分支，主要侧重于分析数据集以研究数据的特征并提取有意义的统计信息来预测序列的未来值简介时序分析有两种方法，即频域和时域。
·2023-02-16 20:25

靶基因高通量测序建库流程介绍

高通量测序简单介绍：高通量测序技术（High-throughputsequencing）又称“下一代”测序技术（"Next-generation"sequencingtechnology），以能一次并行对几十万到几百万条
微基生物·2023-02-07 11:23

第三代测序的介绍

第三代测序技术是指单分子实时测序技术，也叫从头测序技术。与前两代测序技术相比，其最大的特点就是单分子测序，测序过程无需进行PCR扩增，实现了对每一条DNA分子的单独测序。
微基生物·2023-02-07 11:23

PICRUSt2功能预测分析

16S高通量测序的群落数据分析中,更深层次的数据挖掘是很重要的一环,但是微生物群落标记基因测序的一个局限性就在于它无法提供有关采样群落功能组成的信息。所以我们引入了功能预测分析.
微基生物·2023-02-07 11:23

微生物分析培养介绍

微基生物微生物分离培养项目主要采用下面的流程：实验流程和目的步骤一、原始样本微生态检测：在进行分离培养前，需要首先确认待分离的样本中是否有目标菌株，这时需要通过高通量测序的方法来检测样本中微生物的种类和相对丰度
微基生物·2023-02-07 11:53

细菌基因组框架图

介绍细菌基因组研究，是通过基因组测序和组装，获得细菌全基因组序列，并对基因组开展结构预测，功能注释、比较基因组学及泛基因组研究。
微基生物·2023-02-07 11:52

高通量二代测序如何建库？

第二代高通量测序也称为下一代测序技术，相比于第一代测序通量更高、速度更快、成本更低，主要有样本制备、文库构建、测序反应等过程。
微基生物·2023-02-07 11:22

宏基因组分析-基于binning

一般从环境样品中提取基因组DNA,进行高通量测序，从而分析微生物多样性、种群结构、功能信息、与环境之间的关系等。宏基因组的分析目前主要包括三种方法：基于组装分析、基于reads分析、基于bin分析。
微基生物·2023-02-07 11:22

组织样本微生物检测介绍

而近年来发展出来的高通量测序技术从根本上改变了
微基生物·2023-02-07 11:22
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