illumina测序第28页

linux学习100篇40：转录组分析用软件及安装featureCounts

原理文献参考：featureCounts:anefficientgeneralpurposeprogramforassigningsequencereadstogenomicfeatures摘要1、在高通量测序分析中用于下游分析的关键信息是比对到每个

Seurat_·2023-04-08 00:09

数据过滤-Trimmomatic

为什么要进行数据过滤二代测序的下机数据经碱基识别得到的原始序列称为raw-data。raw-data中可能含有接头（adapter）、低质量序列及N序列（N表示无法确定碱基信息）。

bioyangyang·2023-04-07 21:20

论文阅读杂记

论文阅读杂记文章目录论文阅读杂记目标检测Backbone细粒度识别Attention机制剪枝超分辩率图像恢复MIMO问题目标检测序号名称备注1learningEfficientConvolutionalNetworksthroughNetworkSlimming

椰子奶糖·2023-04-07 18:47

2020-10-13 第二代测序原理的详细解析

来源：https://zhuanlan.zhihu.com/p/91913739第二代测序原理的详细解析！[图片上传失败...

__一蓑烟雨__·2023-04-07 18:19

单细胞测序文章图表复现04—聚类分群的resolution参数问题

本文是参考学习CNS图表复现04—单细胞聚类分群的resolution参数问题的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。这个resolution参数到底应该是选择多少呢？难道这个步骤没有一个绝对的标准吗？我之前给大家举例是使用balloonplot这个可视化函数，代码如下：>`library(gplots)tab.1=table([email protected]$RNA_snn_res.0.2,sce@me

Seurat_·2023-04-07 16:08

maftools : WES外显子测序数据分析总结、分析、可视化-汇总分析

maftools_2clp02June,2020maftools:总结、分析、可视化MAF文件maftools:总结、分析、可视化MAF文件1简介随着肿瘤基因组学的发展，突变注释格式(MAF)正被广泛接受并用于存储检测到的体细胞变异。癌症基因组图谱项目已经对30多种不同的癌症进行了排序，每种癌症的样本量超过200。由体细胞变体组成的结果数据以突变注释格式存储。只要数据为MAF格式，此R包将尝试以高

Seurat_Satija·2023-04-07 15:55

16s分析

16s1.16S测序16SrDNA是编码原核生物核糖体小亚基的基因，常用于细菌系统分类学。其序列包含9个可变区和保守区，一般对可变区的V3，V3-V4和V6可变区域进行扩增和测序。

苏可_7fe6·2023-04-07 15:28

GATK4流程学习之DNA-Seq variant calling(Germline：SNP+INDEL)

INDEL)-GATK4流程学习之RNA-Seqvariantcalling(SNP+INDEL)-补：Mutect2+scRNAseq+cancercell-从四个样本（humansample）的全基因组测序

小贝学生信·2023-04-07 14:26

单细胞测序

eb8a60877514a4006fb8e4039d6dc86.pngeebb33facebe63d63b3a41725f1a493.png513b2da222c3e964cdeb630cdcef3b0.png7b428f56fa9657fdc4f093fdf7ddd4a.pngd8ef6c38b805592819dac8c08baf13e.png6cace5807bbe91ce7c659061c

李时刻·2023-04-07 13:35

肝癌代谢组学

Rhine3523·2023-04-07 13:39

DNA甲基化测序之TAPS

BS-seq做为DNA甲基化的“金标准”还是有一定缺陷的，所以科学家们一直在寻找更加无损的测序方法。目前已经崭露光芒的方向是将甲基化的C碱基转换为T碱基的技术。到底这种技术好不好呢

生信店小二·2023-04-07 12:38

表型不同的炎症性乳腺癌的全基因组测序揭示了与非炎症性乳腺癌相似的基因组改变

为了解决这一问题，我们报告了IBC病例全基因组测序（WGS）的最大队列。方法：我们对20例IBC样本和配对的正常血液DNA进行WGS，以确定基因组改变。

亦是旅人呐·2023-04-07 10:02

描述性文章写作思路-m6A测序

本期我们一起了解一下，m6A测序描述性文章的写作思路以下是视频录屏链接，有需要的老师可以观看。

纪伟讲测序·2023-04-07 09:22

眼见为实：HiFi测序挑战不同类型基因组组装

其实，自2018年10月PacBio公司发布高保真单分子长读长测序（HiFi）模式后，HiFi在基因组组装中的应用便如雨后春笋，势不可挡。

贝瑞科服·2023-04-06 23:44

干货 | 如何对fastq文件进行批量处理？

首先大家可以回顾一下小编之前关于RNAseq数据分析的推送：干货|一文教会你如何采用Linux系统处理RNAseq测序数据在熟悉单一样本的分析后，如何批量处理文件并在后台运行程序从而解放自己的电脑和双手呢

拾柒Zzz·2023-04-06 20:53

数据的预处理

(:,4)';%提取矩阵x的第四列数据，即收盘价数据figure;%新建一个图形窗口plot(price,'k','LineWidth',2);%绘制收盘价曲线图，黑色实线，线宽为2xlabel('观测序号

不怕钢叉的呱呱·2023-04-06 14:44

【科特怪】戴口罩或将成为日常

8月24日，香港大学微生物学系团队证实香港一名患者二次感染新冠病毒，这是全球首例通过基因测序确认的二次感染案例。患者是一名33岁的香港男子，3月26日首次感染，并出现咳嗽，发烧和头疼等症状。

三栖动物研究所·2023-04-06 13:39

No.1 第三代测序单分子荧光测序之Pacbio 测序原理

测序原理：边合成边测序测序特点：1.四色荧光基团分别将四色荧光基团标记在脱氧核苷酸的磷酸基团的末端。当碱基配对完成之后，随着磷酸基团的掉落而掉落，并且不会影响后续的测序过程。

曾杰_788c·2023-04-06 10:38

SRA数据库简介及使用方法

来源于SRA官网介绍SRA是NIH高通量测序数据的主要存档，并且是国际核苷酸序列数据库协作（INSDC）的一部分，该数据库包括NCBI序列阅读档案（SRA），欧洲生物信息学研究所（EBI）以及日本（DDBJ

正经昵称征集中·2023-04-06 10:13

SRA数据库简介

简介SRA是NIH的高通量测序数据的主要档案，是国际核苷酸序列数据库协作（INSDC）的一部分，包括NCBI序列阅读档案（SRA），欧洲生物信息学研究所（EBI）和DNA数据库。日本（DDBJ）。

Forest_Lee·2023-04-06 07:32

单细胞测序文章图表复现03—区分免疫细胞和肿瘤细胞

本文是参考学习CNS图表复现03—单细胞区分免疫细胞和肿瘤细胞的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。今天讲解第三步：根据一些基因的表达来区分细胞是否属于免疫细胞。我在单细胞天地的教程：是否是免疫细胞很容易区分那是否是肿瘤细胞呢？提到过Cellsweredefinedasnon-immuneifbelongingtoaclusterlowforPTPRC(geneforCD45)>rm(list=l

Seurat_·2023-04-06 06:54

生信数据库05-细胞标记数据库CellMarker

更大规模的单细胞测序和生物实验

科研私家菜·2023-04-06 06:53

bed文件转成等bin的bedgraph格式

image.png标准输入文件：一定长度为bins的count数统计文件（类似bedgraph格式）假设你手里有ChIP-seq测序结果的bed文件,如何得到等bin区间的bedgraph结果呢。

caokai001·2023-04-06 03:56

单细胞108篇文献解读之12---Promotion of cholangiocarcinoma growth by diverse cancer-associated fibroblast s...

本文研究了CAF在肝内胆管癌(ICC)中的功能作用，通过遗传谱系追踪、单细胞RNA测序和配体-受体分析发现肝星状细胞(HSC)是CAF的主要来源，而HSC来源的CAF是与肿瘤细胞相互作用的主要亚群。

Seurat_Satija·2023-04-06 03:17

7.单细胞 RNA-seq：单细胞归一化和识别高变基因

image目标：准确标准化和缩放基因表达值，以解决测序深度和过度分散计数值的差异。找出最有可能指示不同细胞类型的变异基因。

denghb001·2023-04-06 01:17

关于WES的简介

刘小泽写于19.1.4今天随便写了些关于外显子的介绍，飞来珠海见了一群小伙伴，十分开心WES（WholeExomeSequencing）全外显子测序是对基因组中所有外显子进行测序分析的方法。

刘小泽·2023-04-06 01:58

DNA 2. SCI 文章中基因组变异分析神器之 maftools

癌症基因组图谱项目已经对30多种不同的癌症进行了测序，每种癌症的样本量都超过了200个。由体细胞变体组成的结果数据以突变注释格式

桓峰基因·2023-04-06 01:56

基因组测序在真菌基因组中的应用

上海唯那生物·2023-04-05 19:43

微生物生态学研究中的宏基因组工具

从基因到生态系统功能的旅程宏基因组学（Metagenomics），即对微生物组合中的DNA进行直接测序和分析，已迅速成为确定微生物群落功能潜力的一种常规方法。

尐尐呅·2023-04-05 11:08

易基因 | 文献速递：重亚硫酸盐扩增子测序研究通过DNA甲基化监测急性髓系白血病MRD

今天要分享解读的是一篇发表于Leukemia（IF11.528）的DNA甲基化研究文章，本文通过重亚硫酸盐扩增子测序，分析了通过研究DNA甲基化模式来监测急性髓系白血病（acutemyeloidleukemia

易基因科技·2023-04-05 10:30

【动植物研究动态】20220417文献解读

GenomeResearch|上海交大&农科院作科所徐建龙：基于三代测序数据的水稻泛基因组构建及分析Long-readsequencingof111ricegenomesrevealssignificantlylargerpan-genomes

Bioinfarmer·2023-04-05 09:32

2021-10-29

Cancercell|单细胞测序检测揭示CAR-T脱靶效应原创骄阳似我图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：骄阳似我IF：31.743推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：嵌合抗原受体（CAR）工程细胞疗法

图灵基因·2023-04-05 08:28

基因组文章 | 海龙，芥菜，棉花

转自：https://view.inews.qq.com/a/20210916A06GMJ00基因组（Denovosequencing），即基因组从头测序，指在不依赖参考基因组的情况下绘制该物种的全基因组序列图谱

生信师姐·2023-04-05 07:11

10X单细胞（10X空间转录组）基因集打分方法汇总

研究背景在单细胞转录组测序中，整合多样本数据进行分析逐渐成为一种趋势。越来越多的研究者趋于使用未校正批次效应后的数据进行差异基因分析。校正批次效应后的数据，会掩盖部分真实的生物学差异。

Evil_Genius·2023-04-05 06:25

看不懂测序峰图就好像有答案都不会抄

这篇文章的测序原理的部分本不在我的计划范围内，原本只是想回复一下之前部分读者关于套峰的问题，想着学习一下不同测序峰形的结果以及改进方法。

冻春卷·2023-04-05 06:16

Seurat4.0系列教程11：使用sctransform

单细胞RNA-seq数据中的生物异质性经常受技术因素（包括测序深度）影响。每个细胞中检测到的分子数量在细胞之间可能显著变化，即使在相同的细胞类型内也是如此。

Seurat_Satija·2023-04-05 03:00

了解ChIP-Seq的实验流程

高通量测序（high-throughputsequencing,HTS）2005年首次提出，平台包含了：二代测序Illumina/Solexa,Roche

刘小泽·2023-04-04 23:17

2022-05-12大豆基因组文章集合

newsid=72291研究者利用全基因组鸟枪法对大豆进行全基因组测序，利用大豆栽培品种Williams82品种大豆家系的444个重组自交系构建遗传图谱用来辅助组装，最终组装后的基因组大小为994Mb，

君子一诺·2023-04-04 22:19

基因组序列比对算法介绍（一）

基因组重测序中序列比对介绍重测序基因组数据比对，是指将测序仪下机fastq数据（NGSread序列，通常100-150bp），与人类参考基因组（reference）进行匹配，允许错配（mismatch）

基因组分析·2023-04-04 22:13

世界上有两种大熊猫？高质量大熊猫基因组带你解密国宝

image本研究中大熊猫的全基因组测序数据和两个染色体水平的组

生信师姐·2023-04-04 20:57

2022-02-16

JCOPrecisionOncology|RNA测序实现癌症的基因融合检测原创图灵基因图灵基因收录于话题#前沿分子生物学技术383个近20%的癌症和转移是由基因融合导致的——染色体重排导致嵌合转录。

图灵基因·2023-04-04 18:13

关于readsCount、RPKM/FPKM、RPM(CPM)、TPM的理解

两类测序bias长度bias：相同表达丰度的转录本，往往会由于其基因长度上的差异，导致测序获得的Read（Fregment）数不同。总的来说，越长的转录本，测得的Read（Fregment）数越多。

模拟数据X·2023-04-04 17:52

高通量测序领域常用名词解释

什么是高通量测序？

flynnchan·2023-04-04 15:57

陈巍学基因视频学习笔记--视频8：外显子测序

前期笔记陈巍学基因视频学习笔记--视频1：Illumina测序化学原理陈巍学基因视频学习笔记--视频7：RNA-seq方法和应用第一部分：外显子测序技术1.外显子测序工作原理针对人外显子序列设计的生物素标记的捕获探针库

冻春卷·2023-04-04 13:56

陈巍学基因视频学习记录--甲基化测序

这篇笔记是把其中甲基化测序这一视频进行文字化，这样不方便看视频的时候可以随时翻看笔记。视频地址(youtube地址)：https://www.youtube.com/watch?

生信start_site·2023-04-04 11:47

重构人胚胎着床的单细胞转录组与DNA甲基化组图谱

作者结合胚胎体外培养（自组装）与单细胞多组学测序，对来自围着床期65个胚胎共八千余个细胞进行了系统分析。

Dengfeng_Gao·2023-04-04 11:46

2021-07-11 Day7 测序知识-雪雪

大纲怎么区分一二三代测序二代测序大体流程NGS组学都包括哪些分类（粗略）测序初涉一、一代测序一代测序Sanger测序原理Sanger测序原理参考文章：测序的世界-(jianshu.com)（只看原理部分

千寻_896b·2023-04-04 08:48

单细胞转录组-开端-2019-05-20

最为关键的步骤是：单细胞分离和捕获，作为单细胞测序的第一步，通分离捕获获得单个的细胞及细胞的数量会影响下游建库和分析。

天涯清水·2023-04-04 06:28

2022-07-27

NatCancer|2428个全基因组测序发现人类癌症基因组重排特征原创风不止步图灵基因2022-07-2716:28发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制语音朗读本文音频：00:0008:34撰文：

图灵基因·2023-04-04 06:23

10X单细胞（10X空间转录组）TCR（BCR）数据分析之洛伦兹曲线和ball-packing plots

hello，大家好，今天我们学习一些简单的内容，关于我们单细胞测序得到的TCR、BCR分析得到的数据如何进行良好的展示，我们来看看下面的分析部分。

Evil_Genius·2023-04-04 04:33

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