illumina测序

学习小组Day7笔记--单众

思维导图测序知识入门学习体会七天的学习结束了，感谢生信星球分享自己生信入门的经验。在这几天里，学到了不少，对如何进行生信学习有了初步的了解。希望在后续的学习中能够成功转型。
单大众·2023-03-17 19:19

转录组分析 | 使用STAR进行比对

通过二代测序我们可以获得150bp左右的reads，如果想要知道reads是从哪个转录本上测出来的，就需要将reads比对到参考基因组上。
生信小王子·2023-03-17 19:45

2021-06-27

Glioblastomacelldifferentiationtrajectorypredictstheimmunotherapyresponseandoverallsurvivalofpatients”），该文章基于GEO的单细胞测序数据发现了具有不同分化特征的胶质母细胞瘤
村长吃火锅·2023-03-17 18:26

使用长读长测序reads进行基因组组装-miniasm

三代测序因为长读长的特点，在基因组组装方面有明显的优势。今天给大家介绍一款基因组组装软件，miniasm。该软件可用于Pacbio和ONT两个平台的数据组装，分析速度很快。
xiaoji_hb·2023-03-17 16:20

NGS原理- mRNA-seq测序原理 - 普通，捕获，链特异

AbstractDeepsequencinghasbeenrevolutionizingbiologyandmedicineinrecentyears,providingsinglebase-levelprecisionforourunderstandingofnucleicacidsequencesinhighthroughputfashion.SequencingofRNA,orRNA-Seq
老_Z·2023-03-17 15:30

DADA2+Phyloseq分析16S-seq数据 2021-06-10

一.16S-seq实验所用示例数据使用Illumina公司两步PCR的方法进行扩增：1ststagePCR,使用含adaptor的16SrRNA基因的通用引物，比如505F-80R，799F-1192等
KXie·2023-03-17 13:17

宏病毒组学 | 病毒组组装软件如何选？

因此，对病毒宏基因组（virome）的研究在很大程度上依赖于短测序reads的从头组装来恢复组成和功能信息。宏基因组组装对于病毒组数据尤其具有挑战性，通常导致组装碎片化和病毒群落成员恢复不完全。今天我
易基因科技·2023-03-17 04:20

外显子测序简介及分析流程

Part0背景知识Q：什么是外显子测序呢？A：外显子组测序是指利用序列捕获或者靶向技术将全基因组外显子区域DNA富集后再进行高通量测序的基因组分析方法。
Seurat_Satija·2023-03-17 00:25

2018-09-24 wes文献阅读4

accepted2017April摘要：10%胃癌有家族遗传倾向，目前只发现CDH1与胃癌风险相关，为了鉴别与胃癌风险相关的基因，我们收集28个患者，遗传性弥漫性胃癌但不伴有CDH1突变，进行全外显子测序分析
凤凰_0949·2023-03-17 00:58

基因组学系列专栏

从本篇开始，我将分成17篇文章为大家介绍关于基因组学的以下方面内容：基因组学简介(IntroductiontoGenomics)测序技术(Sequencingtechniques)序列组装(GenomeAssembly
宇宙独一无二的我·2023-03-16 17:53

No.6 陈巍学基因--人的全基因组测序

（4）测序成本下降。X
曾杰_788c·2023-03-16 13:12

利用splatter从真实数据估计参数进行RNA数据仿真

@利用splatter从真实数据估计参数进行RNA数据仿真Splatter是一个模拟单细胞RNA测序计数数据的软件包。它提供了一个简单的界面，用于创建可复制且文档充分的复杂模拟。
苦笑的背后·2023-03-16 13:37

STAR序列比对（测试支原体污染序列）

转录组测序发现唯一比对率特别低，进一步将未比对到参考基因组的序列提出来比对到NCBINT库。
像鸟一样飞过你的高山·2023-03-16 12:35

GATK-找变异1

一、使用GATK前须知事项：对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据，而且全部是基于illumina数据格式，目前还没有提供其他格式文件（如IonTorrent）或者实验设计（RNA-Seq
家和建材广场·2023-03-16 10:16

个人感悟

我们在实验室专家的带领下走进微分基因实验室参观了质控上机观摩，主要包括FA检测文库片段大小，QPCR检测文库浓度，文库Pooling,文库变性稀释及上机，其中质控环节是整个实验过程中必不可少的的一项工作，二代测序能给出多么完整的结果除了测序平台与试剂外
龙_兔·2023-03-16 09:17

男人在未来会死光光，你造吗

一项刊登在《PLoSGenetics》杂志上的研究报告，来自丹麦的研究人员对62名不同男性的部分Y染色体进行了测序，结果发现，Y染色体更倾向于进行大规模的结构重组来促进基因扩增，而多个拷贝基因的获取或能有效促进健康精子的功能
两片冰心在玉壶·2023-03-16 08:32

2020-10-16学习小组Day7笔记-yikedou

Day7-测序知识测序的世界初涉测序测序技术原理及常用数据格式简介DNA测序技术的发展：第三代测序法测序发展史：150年的风雨历程【陈巍学基因】视频1:Illumina测序(字幕版)image.png二代测序大体流程
yikedou·2023-03-16 01:14

蛋白质组学定量 Normalization 方法之一

这种现象在基因测序中也存在，例如测序深度差异等，常用的R包edgeR等也有不同的Normalization方法。
上校的猫·2023-03-15 19:28

三代变异检测操作说明-DeepVariant

作者：Charon审稿：童蒙编辑：amethyst众所周知，三代测序的单碱基测序错误率远远高于二代测序，PB的单碱基错误率有10-15%，而ONT也有5-20%[1]，那么如此高的错误率是不是就一定不能做
生信阿拉丁·2023-03-15 19:12

三维基因组（Hi-C）的原理以及应用

Hi-C技术源于染色体构象捕获（ChromosomeConformationCapture,3C）技术，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质三维结构信息
生信编程日常·2023-03-15 12:45

零基础学生信入门笔记(R语言、Linux、Python、RNA-seq、单细胞测序、质谱流式、TCGA、GEO、单细胞经典文献解读)

医学生零基础学生信是先学Python还是先学R语言？如何学习R语言linux入门学习笔记100篇不止100篇，但上手上游分析远远不够，可以作为入门参考。linux学习100篇1：xshell、Xftp下载安装-(jianshu.com)linux学习100篇2：绑定Xftp和XShell上传和下载文件-(jianshu.com)linux学习100篇3：Errorinopen.connection
Seurat_Satija·2023-03-15 08:25

【原创】R语言实战：AnnoProbe安装和使用笔记 2020-11-21

想要给一个转录组测序结果添加注释信息，尤其是“转录本类型”信息，这样便于我之后分析时重点关注“proteincoding”的转录本。于是就搜索发现了建明老师开发的这个神奇的包AnnoProbe。
酷睿_1991·2023-03-15 07:47

科研快报|二代加三代扩增子测序探究苏铁植物根部复杂微生物群落组成

我国是世界上苏铁植物资源最丰富的国家之一，本文对我国的特有种德保苏铁（Cycasdebaoensis）和仙湖苏铁（Cycasfairylakea）的两种根型：正常根和珊瑚状根，利用PacBio三代测序技术
SHANGHAILINGEN·2023-03-14 22:55

科研快报|PacBio 16S全长测序探究游离唾液微生物群失调在牙周病中的潜在作用

背景介绍唾液是口腔中最重要的介质。唾液中游离细菌的生态失调可能与牙周病的发生、发展、预后和复发有关，但这种潜在的关系尚不清楚。本研究的目的是探讨游离唾液微生物群在不同牙周状态下的潜在作用，它们对非手术牙周治疗的反应，以及治疗后患病个体和健康人体之间的差异。样品收集研究共获得10例牙周健康成人(H组)、15例牙龈炎(G组)和15例全身牙周炎(I/II期)(P组)全唾液样本，共90例。G组和P组接受超
SHANGHAILINGEN·2023-03-14 22:55

凌恩生物资讯|宏基因组到底要不要去宿主？

HighSensitivityofShotgunMetagenomicSequencinginColonTissueBiopsybyHostDNADepletion”，该研究提出的优化去除宿主DNA方法提高了鸟枪宏基因组测序在活检中细菌检测中的敏感性
SHANGHAILINGEN·2023-03-14 22:55

凌恩客户文章|菜豆“不菜”——浙江省农科院新发现：菜用大豆和粮用大豆可能是独立训驯化

近日，凌恩客户浙江省农科院蔬菜研究所龚亚明团队发布最新研究成果——通过基因组重测序技术研究，发现菜用大豆和粮用大豆群体之间没有明显的基因流，基于此，研究首次提出菜用大豆和粮用大豆可能是独立驯化的论点。
SHANGHAILINGEN·2023-03-14 22:24

凌恩客户文章：16S全长鉴定癌症细胞组织特异性微生物谱

通过全长16SrRNA测序技术研究食管鳞状细胞癌(ESCC)患者肿瘤和邻近非肿瘤组织中微生物群的分类差异，探究肿瘤与相邻非肿瘤组织中微生物的相互作用以及功能差异。二、实验设计研究
SHANGHAILINGEN·2023-03-14 22:23

植物内生细菌——降解石油污染的新方向！

本研究利用高通量测序技术和传统微生物培养技术，研究了石油污染地区芦苇和虎尾草的内生细菌群落的特征及其在烃
SHANGHAILINGEN·2023-03-14 22:53

环境微生物测序采样指南

随着高通量测序技术飞速发展，人们对微生物的认知也在逐渐深入。
SHANGHAILINGEN·2023-03-14 22:52

三代全长扩增子——微生物多样性HiFi 3.0时代全面来袭！

微生物群落研究中，扩增子测序技术就是针对微生物中具有物种特异性序列进行测序。
SHANGHAILINGEN·2023-03-14 22:52

Qualimap安装及简单使用

对于高通量测序后的文件要进行质控QC有多个软件可以完成，包括最开始的fastqc以及对sam/bam文件的质控如：samtools、mosdepth、bamqst等。
xianmao123·2023-03-14 12:41

Monocle2 | 单细胞测序的拟时序分析（细胞轨迹分析）

背景介绍伪时间是衡量单个细胞在细胞分化等过程中取得了多大进展的指标。在许多生物学过程中，细胞并不是完全同步的。在细胞分化等过程的单细胞表达研究中，捕获的细胞在分化方面可能分布广泛。也就是说，在同一时间捕获的细胞群中，有些细胞可能已经很长时间了，而有些细胞甚至还没有开始这个过程。当您想要了解在细胞从一种状态转换到另一种状态时所发生的调节更改的顺序时，这种异步性会产生主要问题。跟踪同时捕获的细胞间的表
夕颜00·2023-03-14 05:11

亲和性调节的双特异性抗体对CD47和PD-L1进行双检查点阻断，最大限度地提高了抗肿瘤免疫

DualcheckpointblockadeofCD47andPD-L1usinganaffinity-tunedbispecificantibodymaximizesantitumorimmunity发表期刊：JournalforImmunoTherapyofCancer影响因子：12.469发表时间：2021年9月单细胞转录组测序用于临床前期
熊猫人和熊猫猫·2023-03-13 22:11

TcellExTRECT 利用全外显子测序（WES）评估肿瘤免疫浸润程度

TcellExTRECT应用场景肿瘤组织的免疫微环境影响肿瘤进化，可以预测肿瘤对于免疫疗法的反应性以及治疗预后。免疫检查点抑制剂治疗已经成功的应用到肿瘤免疫治疗中。但大多数肿瘤患者对于免疫检查点抑制剂反应性较弱。免疫检查点抑制剂的效应主要由T细胞识别肿瘤相关抗原介导。伦敦大学近期在Nature上发表题为UsingDNAsequencingdatatoquantifyTcellfractionand
bioyangyang·2023-03-13 16:53

肿瘤内异质性对肿瘤进展和免疫治疗的影响

以前我们的研究都是把混合组织作为一个整体进行研究，随着技术和研究方法的进步，如单细胞测序等技术的发明，人类对存在于肿瘤内部的异质性有了更多了解。
亦是旅人呐·2023-03-13 16:49

2022-05-25如何绘制转录组指定基因的热图

png2、利用R语言中的pheatmap包进行热图的制作#载入pheatmaplibrary(pheatmap)#进入到数据文件所在的文件夹路径下setwd("E:/shengwuxinxi/基因组重测序数据操作步骤
麦冬花儿·2023-03-13 14:33

单细胞学习4

对单细胞测序数据来说，通常需要先聚类之后把细胞群体进行分组，然后来比较不同的组的差异表达情况。跟bulkRNA-seq不一样的地方是，scRNA-seq通常涉及到的样本数量更多。
soleil要好好学习呀·2023-03-13 13:56

最近7.7分SCI，单细胞分析+WGCNA+实验验证，有实验条件者可轻易模仿，肿瘤非肿瘤均适合！

单细胞转录组测序可以为单个细胞提供准确的基因表达数据。大批量转录组测序(bulkRNA-seq)已经成为一种识别新的分子生物标志物和提高我们对肿瘤发展了解的强大技术。
生信小课堂·2023-03-13 13:23

《学习小组Day7笔记--于多多》

Fastq&FastaFastq格式：一种基于文本的，保存生物序列（通常是核酸序列）和其测序质量信息的标准格式,一般都包含有4行。
独角兽_0da0·2023-03-13 09:56

RNA-seq

检测范围：mRNA表达量；mRNA的可变剪接；融合基因；SNP测序方法建库（illumina公司的TruseqRNA建库）正常抽提到的总RNA有95%是rRNA，只有2-3%是mRNA。
没有眼镜·2023-03-13 06:22

学习小组Day7-杨帆

附上思维导图测序相关知识.png交作业后我接着去研究测序了……
EvelynYang_20af·2023-03-13 06:42

NLP预训练语言模型（一）：马尔科夫链与HMM的三个基本问题

隐马尔科夫模型（HMM）是一种有向图模型，是结构最简单的动态贝叶斯网，是可用于标注问题的统计学习模型，描述由隐藏的马尔科夫链随机生成观测序列的过程，属于“生成式模型”。
机智的可达鸭·2023-03-13 05:46

2022诺贝尔物理学奖“权威”解读

比如双脱氧终止法测序带动了测序行业，光纤通讯带动了互联网。量子力学貌似也带动了一批产业，几年前社会上出现的一些量子相关产品，比方说曾经风靡全国的量子波动速读，诺奖风向标啊。
布莱特杨·2023-03-13 04:03

RNA-seq 详细教程：分析流程介绍（1）

在本教程中，将会简要的介绍从原始测序读数到基因表达计数矩阵过程中，所采取的不同步骤。下图是整个分析过程的流程图。RNA-seqworkflow2.RNA提取与文库制备在对RNA进行测序前，必须从
冷冻工厂·2023-03-12 18:01

全基因组测序鉴定了家族性胰腺癌患者一级亲属中富含癌症相关基因的罕见种系变异

PMID:34313325DOI:10.1111/cge.14038CLINICALGENETICSIF：4.438(2021年6月30日公布)JCR小类二区摘要家族性胰腺癌(FPC)患者的一级亲属(FDR)患胰腺导管腺癌(PDAC)的风险增加。调查和了解FPC易感家庭中PDAC易感性的遗传基础可能有助于未来的风险评估和高风险个体的管理。使用丹麦的27个FPC家族队列，我们对61个FPC患者的一级
亦是旅人呐·2023-03-12 09:57

GEO数据挖掘（三）— 基因通路富集全套代码分享

前几次教程“GEO数据挖掘（一）简单快速下载GEO数据”、“GEO数据挖掘（一）下载SRA库原始测序数据”、“GEO数据挖掘（二）--基因差异表达分析及可视化全套代码分享”已经分享过下载数据、基因差异分析等步骤
诺禾致源科技服务·2023-03-12 07:15

二代测序数据质控 QC

NGS-QCillumina测序原理高通量测序（High-ThroughputSequencing）又名二代测序|下一代测序（NextGenerationSequencing，NGS），是相对于传统的桑格测序
点滴生信·2023-03-12 06:09

RNA-seq：DEseq2归一化

陆嘉祺2019.6.14主要能解决以下2个问题：①测序深度/文库大小导致的差异②文库补偿导致的差异DESeq2均一化步骤：step1：以原有reads数目取log2/10/e为底的对数!
Larrylu007·2023-03-12 05:59

学习小组Day7笔记-- Joanna

测序学习测序png基因测序对比一代测序image.png二代测序二代测序三代测序三代sRNA边测序边合成
十步芳艸·2023-03-11 23:31

基因芯片与基因测序的差异？

1.检测原理基因芯片的测序原理是杂交测序方法，即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定的方法。由于探针序列是根据目标序列进行设计，是确定的，因此，芯片是个相对封闭的系统。
FindandFound·2023-03-11 22:43
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