illumina测序第31页

研究进展 | 当乳腺癌遇上单细胞测序技术（上）

目前，单细胞测序技术已广泛应用于解析乳腺癌肿瘤异质性、肿瘤微环境、转移侵袭、治疗耐药等方面。本期，将通过展示单细胞测序研究乳腺癌的部分已发表研究成果，从乳腺癌单细胞图谱构建、肿瘤微环

贝瑞科服·2023-03-27 03:07

如何挖掘外显子变异频率信息

转载：http://www.omicshare.com/forum/thread-2703-1-1.html外显子虽然只占约1%人类基因组大小，但多数疾病都是由编码基因的低频或罕见突变引起，同时外显子测序容易实现

oddxix·2023-03-26 21:44

单细胞文献5-通过单细胞测序对处于恢复期的COVID-19患者进行免疫细胞分析

0168-9影响因子：6.255PMID：32377375期刊年卷：CellDiscov2020;6生物二区细胞生物学Q260/190DOI：10.1038/s41421-020-0168-9概要使用单细胞测序

土豆学生信·2023-03-26 16:10

生信学习Day4笔记--测序--周晓飞

小灰_6edc·2023-03-26 14:28

扩增子和宏基因组分析实用指南 | 微生物组研究

高通量测序技术和分析方法的发展为微生物组研究提供了新见解。然而，这些新的发展让研究人员（特别是没有生物信息背景的研究人员）在选择合适的分析软件/脚本上面临挑战。

尐尐呅·2023-03-26 13:38

转录组差异表达基因分析基本流程（上）

入门而已，主要是为了熟悉转录组分析的基本流程，得到差异表达基因，所以在数据上选择了比较小的单端测序数据，同时也不考虑论文出处，仅简单分析数据。

咸鱼426·2023-03-26 08:34

本地化BLAST+详细使用方法

序列相似性搜索是重要的生物信息学研究之一，常常为新测序基因组或序列片段的功能提供参考，而BLAST是这一系列工具中最流行的相似性搜索工具。

Boer223·2023-03-26 05:20

昆虫和甲壳动物是一家？

（模子先辈）给爷整懵了都，虽然知道几年前昆虫测序完成后内部发生了翻天覆地的变化，但没想到这变化直接影响到了整个节肢动物门，之前完全没有人想到昆虫竟然和传统的甲壳动物关系更近，之前的各种假说全部推翻，昆虫现在和原本的那些甲壳动物共同组成了泛甲壳动物

要佛不要火·2023-03-26 00:53

禾谷镰刀菌转录组分析--准备数据

1、准备数据：测序数据和参考基因组测序数据：NCBI中SRA数据库，Accession:PRJNA522013ASPERA，类似下载加速器，要安装在个人目录才能使用wgethttp://download.asperasoft.com

马连洼小法师·2023-03-25 21:07

单细胞转录组数据分析流程

回顾一下：什么是单细胞转录组测序技术？细胞异质性是生物组织的普遍特征。

iBioinformatics·2023-03-25 17:55

单细胞测序用于临床肿瘤研究的最新进展:鉴定循环抗肿瘤CD8 T细胞及功能

本研究中，作者通过单细胞转录组+TCR测序技术对肿瘤小鼠和黑色素瘤患者的血液和肿瘤组织进行分析，利用TCR序列作为“分子条形码”的方法为鉴定循环抗肿瘤CD8+T细胞提供新的思路。

SBC生物芯片·2023-03-25 16:08

SRA数据(2)------SRA数据处理

SRA（SequenceReadArchive）数据库是用于存储二代测序的原始数据，这种数据格式不能直接进行处理，需要转换成fastq或fasta文件格式才能进行质控以及去adapt等处理。

护旗小能手·2023-03-25 12:24

《学习小组Day7笔记--旮旯里的山大王》

Day7--测序知识学习笔记学习内容：怎么区分一二三代测序二代测序大体流程NGS组学都包括哪些分类（粗略）1.测序过程和原理公司是怎样测序的，数据怎么来的？

Happytinger·2023-03-25 11:37

Genome-scale transcriptome analysis of the desert poplar, Populus euphratica

可是基因组测序的结果发现基因编码序列只占整个基因组序列的很小一部分。因此，基因组应该指单倍体细胞中包括编码序列和非编码序列在内的全部DNA分子。

简单点lili·2023-03-25 04:55

利用TRUST4从bulk RNA-seq中重构免疫组数据

昨天老师发给我一篇生信女神ShirleyLiu的文章，看了里面的内容之后感觉很兴奋～它可以不做免疫组测序，直接从BulkRNA-seq或者scRNA-seq里面重构得到免疫组的信息。

Yayamia·2023-03-24 20:29

项目文章 | 缓解高胆固醇血症，浒苔多糖如何相助？

alleviatehypercholesterolemiaviamodulatingthe gutmicrobiotaandbileacidmetabolism发表期刊：Food&Function影响因子：6.317作者单位：福建医科大学百趣提供服务：16SrDNA扩增子测序

代谢组学相关资讯分享·2023-03-24 18:20

文献学习009--[sc]外周血PBMC单细胞测序揭示COVID-19和流感患者特异性免疫反应

1.COVID-19和IAV患者外周血PBMC单细胞转录图谱图A：患者信息：3个HD，5个COVID19，2个IAV患者；COVID19和IAV各取了不同的时间点的样本（见图COVID-19有6个时间点，IAV有3个），一共送了23个样。图B：23个样本的细胞数展示。过滤后得到46,022个细胞，平均每个样本约200细胞。⚠️其实仔细看样本间细胞数差挺大的，这个展示方式比较讨巧，至少看起来比较均一

Hayley笔记·2023-03-24 17:14

bioconvert计算测序覆盖度并使用R语言ggplot2画折线图进行可视化展示

参考基因组下载自NCBIhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/FN433596下载原始测序数据最近发现了两个新方法一个是bioconvert可以直接下载还有一个工具是

小明的数据分析笔记本·2023-03-24 15:14

大概是16S从实验到数据分析最全流程了吧

导航本文一共分为三个部分：实验部分建库测序16S测序数据分析一.实验部分：DNA提取与质检1.

斗战胜佛oh·2023-03-24 15:18

如何选择参考基因组和注释文件

参考基因组是生信分析的基础，重测、芯片、转录组等测序数据都需要首先与参考基因组进行比对，才能进行后续分析需要注意的是，下载的参考基因组一定要使用与其对应的注释文件，不能再Ensemble中下载参考基因组

韩建刚（CAAS-UCD）·2023-03-24 14:03

science一周要闻：孔雀蛛求偶，最古老的西瓜

得益于采样和测序技术的进步，此次发现的病毒种类比之前多了近18万种。该结果发表在最新一期的Cell上：https://www.cell.com/cell/fu

83844babf581·2023-03-24 11:07

GO富集分析

很多公司提供的测序分析结果都普遍使用这样的方法，导致很多后续的分析与实验结果不一致的情况。对于这种情况，目前还有其他算法来弥补这些缺点。

咸鱼426·2023-03-24 03:30

疫情.怡情(之六百八十五)

近日，测序结果显示：在1月3日时，奥密克戎变体已在意大利占主导地位，估计感染率为81%，而德塔变体当前只占检查样本的19%。而去年12月20日时检测结果显示奥密克戎变体感染率还只有21%。

飞扬的雪ing·2023-03-23 23:56

全基因组癌症分析(PCAWG)文献精读

全基因组癌症分析（Pan-CancerAnalysisofWholeGenomes缩写：PCAWG）项目旨在对38种不同肿瘤类型的2600多种原发癌及其配对正常组织进行了全基因组测序和综合分析。

科研菌·2023-03-23 22:20

全基因组重测序基础

www.360doc.com/content/18/0208/11/19913717_728563847.shtml/https://www.jianshu.com/p/7d4e4948b623全基因组重测序是通过对已有参考序列

夸克光子·2023-03-23 22:15

拿走不谢，38款测序仪性能指标统计

经常有人问我不同测序仪有哪些差别，我并不是做科技评测的，没法做开箱评测，主要是我也买不起，那么这里有一份材料可供查询。

基因学苑·2023-03-23 22:25

生物信息场景下的用户需求

背景分析概念定义基因测序是一种新型基因检测技术，是基因检测的方法之一，其又叫基因谱测序，是国际上公认的一种基因检测标准。基因测序技术能锁定病变基因，提前预防和治疗。

大道云行TaoCloud·2023-03-23 20:24

NMPA肿瘤相关基因注册性能评价指导原则

2019年12月05日国家药品监督管理局医疗器械技术审评中心发布了《肿瘤相关突变基因检测试剂（高通量测序法）性能评价通用注册技术审查指导原则》，该原则为NGSpanel的注册和评审提供了指导意见，其中一些内容是需要重点学习

生信小书童·2023-03-23 15:08

信息与生物

而二代测序，生物信息技术本质

必康一点·2023-03-23 11:43

动手学深度学习Task2笔记

我们的目的是基于当前的输入与过去的输入序列，预测序列的下一个字符。循环神经网络引入一个隐藏变量，用表示在时间步的值。

GaryLi077·2023-03-23 11:13

2018-11-18 学习小组Day7 笔记——基因测序入门（郭屹石）

2018-11-19_085357.jpg测序技术.png摘录参考整理：生信星球第九期Day7测序相关知识集中充电

albor·2023-03-23 03:50

全外显子测序（WES）分析流程

wes和存放每个步骤生成文件的子目录raw,clean,align,genome,hg19_VCFmkdir{raw,clean,align,genome,hg19_VCF}此流程包含两个raw外显子测序文件

多啦A梦詹·2023-03-22 19:36

根据barcode拆分测序数据

扩增子测序不同于其他高通量测序项目，扩增子测序往往样品量较大，但单个样品的数据量要求不高（因为仅仅研究扩增区域的序列）。

赵会成·2023-03-22 18:28

代码分析 | 单细胞转录组Normalization详解

标准化加高变基因选择NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：

生信宝典·2023-03-22 17:10

微生物组(16S rRNA)数据分析套件PMS尝鲜

前几日宏基因组公号上推送了《iMeta：青岛大学苏晓泉组开发跨平台可交互的微生物组分析套件PMS》一文，但软件中示例文件貌似是单端数据，于是想着拿手里一批已发表过的双端测序16S数据集尝试一番。

凯凯何_Boy·2023-03-22 12:34

文献阅读——原发性和转移性肿瘤中克隆扩增的EOMES+Tr1样细胞与疾病进展相关

——by不是杀杀Natureimmunology2021May20IF:20.477PMID:34017124该文章基于原发性非小细胞肺癌和结直肠癌单细胞转录组测序数据的分析，发现CDS4+T细胞中有两类细胞亚群在这两种癌症中具有高度相似的特征基因

不会生信哟·2023-03-22 00:26

走进单细胞10X genomics

了解什么是UMI，什么是barcode，再做分析之前，知道他们是在测序中引入，了解为什么引入即可。

Amy_Cui·2023-03-21 21:57

转录组分析(1) - 基础介绍

转录组分析是目前应用最广的高通量测序分析技术之一。常见设计是不同样品之间比较，寻找差异基因、标志基因、协同变化基因、差异剪接和新转录本，并进行结果可视化、功能注释和网络分析等。

半夜一更·2023-03-21 15:17

学习小组54期 7th day-测序--忍冬

2020-04-23今日内容:测序个人背景：有同门做单细胞，也有做转录组的，所里做测序的人也很多，算是对测序有基本了解测序过程和原理测序的世界1.1一代测序Sanger'sSanger测序模式图1.2二代测序

忍冬_a284·2023-03-21 12:36

一步到位-生信分析流程构建框架介绍

而随着高通量测序技术的不断发展，各种组学大数据正形成井喷的局面，我们越来越多地将目光聚焦在怎么才能准确、高效、低耗利用好这些数据。

亮亮就是亮·2023-03-21 11:43

单细胞测序（sc-RNA seq）分析：Seurat4.0系列教程、高级分析、文章复现

时代的洪流奔涌而至，单细胞技术也从旧时王谢堂前燕，飞入寻常百姓家。雪崩的时候，没有一片雪花是无辜的，你我也从素不相识，到被一起卷入单细胞天地。R语言和Seurat已以势如破竹之势进入4.0时代，天问一号探测器已进入火星乌托邦平原了，你还不会单细胞吗？那么为了不被时代抛弃的太远，跟着我们一起通过学习seurat系列教程入门单细胞吧。首先我们学习经典的标准流程，这个教程小编当初入门时候曾经花1000购

Seurat_Satija·2023-03-21 03:46

单细胞转录组测序分析--再说Seurat

上期我们讲了使用Seurat分析单个样本，那么2个或多个样本的分析会有哪些不同呢？单细胞转录组数据中一个重要的问题就在于批次效应，任何一个试验步骤都容易带来批次效应，多个样本的比较分析更甚。Seurat专门开发了一种能够比较多个样本的分析方法，我们一起来看看。假设有2个样本，分别对2个样本进行数据的预处理及标准化，类似于单个样本的分析：#样本1matrix<-Read10X_h5("filtere

HOLLYxiao·2023-03-20 14:15

hapmap 格式转化为Plink格式方法

1.需求说明进行重测序或者GBS时，hapmap是比较常见的格式，生信中经常使用这种格式。但是在GWAS和GS中，数据筛选，质控，构建矩阵都是使用的plink的格式。

朱磅强·2023-03-20 12:11

RAD测序鉴定鹅产蛋相关SNP标记

文章来源：IdentificationofLaying-RelatedSNPMarkersinGeeseUsingRADSequencing阅读者：樊云鹏摘要产蛋性能是鹅生产的一个重要经济性状。由于产蛋性能的遗传力较低，因此制定一种标记辅助选择(MAS)策略具有重要意义。确定与目标性状相关的序列变异是量化MAS的前提，但目前对鹅基因组的研究较少，这严重阻碍了鹅产蛋性状遗传标记的识别。最近开发的限制

虾里巴人·2023-03-20 07:36

前言

随着基因组测序技术的快速发展，以及大数据处理和人工智能技术的广泛应用，生物信息技术在遗传病预防、病原体检测(pathogendetection)、肿瘤诊断(cancerdiagnostics)及药物开发等方面都有重要的应用

adong·2023-03-19 15:48

RNA-Seq：从fastq到表达矩阵

一、测序数据的准备新建工作目录，RNASeq-analysismkdirRNASeq-analysiscdRNASeq-analysis/新建data文件夹；mkdirdata1.1公司返回的测序下机数据例如

胡小兵plus·2023-03-19 13:21

转录调控专题 | 概念篇：转录组学介绍及应用

“实验找不到方向了，要不做个转录组测序吧！”作为入门级的NGS产品，转录组测序在近年来愈发普及，逐渐成为生物学中常规的研究手段。即使在组学研究突飞猛进的今天，转录组也依然占据着极其重要的地位。

诺禾致源科技服务·2023-03-19 11:55

2019-10-03-学习RNA-seq这十年记录

学习生信技能树的RNA-seq这十年（3万字长文综述）首先是目前10年来测序技术的的发展平台的更迭变化来自生信技能树我摘抄了重点的内容关于不同读长方式测序结果的优缺点比较如下短读长、长读长cDNA与直接

程凉皮儿·2023-03-19 04:56

2021-09-21基因的“命运”

随着技术的发展，动植物的全基因组测序到现在已经超过了2000个，而且这个惊人的数字是在最近三年内得到爆发的。这样体量的数据涌现，为分子生物学的发展提供了巨大的助力。

阿乜太帅·2023-03-19 02:56

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