limma

R 数据可视化 —— 韦恩图

下面，我们来简单介绍一下如何绘制韦恩图韦恩图绘制韦恩图的包有很多，比如gplots包的venn()函数、limma包的vennDiagram()函数、venneuler包的venneuler()函数。
名本无名·2024-09-15 07:52

用DESeq2包来对RNA-seq数据进行差异分析

差异分析的套路都是差不多的，大部分设计思想都是继承limma这个包，DESeq2也不例外。
Seurat_Satija·2024-09-13 23:49

illumina beadchip 芯片原始数据处理

需求和这一篇的需求一致，不同公司的芯片原始数据处理方式也不同，最终都是为了得到表达矩阵，今天介绍的是illuminabeadchip芯片，用神奇的limma搞定它。
小洁忘了怎么分身·2024-02-12 04:23

R语言杂谈（一）

require("limma"))BiocManager::install("limma"
爱思考的照·2024-02-12 03:46

GSVA全名Gene set variation analysis（基因集变异分析）简介

如果用limma包做差异表达分析可
Seurat_Satija·2024-02-07 02:01

2019-12-05（关于logfc和p值）

limma接受的输入参数就是一个表达矩阵，而且是log后的表达矩阵（以2为底）。
Clouddong·2024-02-02 20:12

RNA 3. SCI 文章中基于T CGA 差异表达基因之 DESeq2

前言上期我们介绍了基于limma来做差异表达基因，那么这期来讲一下DESeq2，那么这两款软件有什么区别吗？
90066456ace6·2024-01-29 12:48

TCGA合并GETx数据进行免疫lncRNA提取，代码提问

问题如下：下载TCGA肿瘤样本，但该数据中无正常组织，合并GETx数据进行免疫lncRNA提取，代码部分如下：rm(list=ls())library(limma)corFilter=0.4pvalueFilter
叶间露·2024-01-23 06:11

limma包中的数据对象（data objects）

limma包主要生成和使用6种数据对象（dataobjects)EListRaw全称RawExpressionlist.储存normalization前的single-channelrawintensities.Intensities
王子威PtaYoth·2024-01-19 06:47

WGCNA数据导入

这与在limma中是的表
瞌睡斋主人·2024-01-14 04:23

2021-09-08 批次TCGA（1）

样本过滤基因过滤过滤完后，做质控，有下面三个图箱线图，密度图PCA图层次聚类分析现在做完后，究竟是先标准化还是先去去除批次差异需要做批次矫正因为在不同样本中，有一些基因的表达量是恒定的，可以以此为参照物来去除批次标准化：limma-voom
多去看看·2024-01-11 06:20

R：字符串拆分函数——strsplit2()函数

正好遇到一个更好的函数，即limma包内置的strsplit2()函数。strsplit2()返回的是一个矩阵类型的数据，更方便对拆分结果的使用。
图灵生信·2024-01-10 15:20

CPM做差异分析

我们通常优先选用edgeR或者DESeq，是因为这两个软件更容易接受整型的matrix，那么countmatrix显然符合我们的要求，那么如果是TPM，FPKM，CPM，RPKM的输入，那么我们更推荐于limma
小潤澤·2024-01-09 02:36

7+非肿瘤+WGCNA+机器学习+诊断模型，构思巧妙且操作简单

结果解读：DEGs和血小板相关基因的鉴定作者通过R的“GEOquery”和“limma”包，在数据预处理后获得了
生信风暴·2024-01-03 15:01

生信人的20个R语言习题-高级

安装一些R包：数据包：ALL,CLL,pasilla,airway软件包：limma，DESeq2，clusterProfiler工具包：reshape2绘图包：ggplot2不同领域的R包使用频率不一样
DrKu·2024-01-02 17:56

RNA-seq最强综述名词解释&思维导图|关于RNA-seq，你想知道的都在这（续）

单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析(step-by-step)-Limma
生信宝典·2024-01-02 16:05

差异分析|使用limma包

获取本章节数据和代码：关注微信公众号：小杜的生信筆記（ID：Du_Bioinformatics），回复关键词：limma差异分析------------------------基于R语言进行差异分析的包有很多个
小杜的生信筆記·2023-12-25 21:09

aglient芯片原始数据处理

本文讲的是aglient芯片原始数据的处理，参考资料是limma的userguide文档。GEO数据库下载的表达矩阵不符合预期，比如是空的，或者是有负值的，那我们就处理一下它的原始数据。
小洁忘了怎么分身·2023-11-26 20:37

2019-12-05

limma接受的输入参数就是一个表达矩阵，而且是log后的表达矩阵（以2为底）。
Clouddong·2023-11-24 21:01

数据分析：转录组差异分析总结（DESeq2+limma+edgeR+t-test/wilcox-test）

前言差异分析是转录组数据分析的必需技能之一，但众多的转录组分析R包如DESeq2，limma和edgeR等让分析人员不知如何选择，还有它们之间的优劣如何？
十三画者·2023-11-14 15:27

生信人的20个R语言习题

1.安装一些R包：数据包：ALL,CLL,pasilla,airway软件包：limma，DESeq2，clusterProfiler工具包：reshape2绘图包：ggplot2不同领域的R包使用频率不一样
生信小白白·2023-11-12 22:59

4+m6A+机器学习+分型，要素过多，没有思路的同学可借鉴

结果解读：脓毒症中m6A调节因子的转录改变为了鉴定脓毒症患者中编码m6A调节因子的差异表达基因，使用“limma”软件包进行差异表达
生信风暴·2023-11-05 04:54

2019-10-02-学习使用limma、Glimma和edgeR，RNA-seq数据分析记录

inst/doc/limmaWorkflow_CHN.html摘自原文：在这篇工作流程文章中，我们通过分析来自小鼠乳腺的RNA测序数据，示范了如何使用流行的edgeR包载入、整理、过滤和归一化数据，然后用limma
程凉皮儿·2023-10-30 05:34

limma function error

limma做差异分析分步运行时候没有问题,但是把步骤写成function时一直报错limma_DEG<-function(expr,Class,control_pattern,case_pattern)
F_U_N·2023-10-26 13:05

TCGA差异分析及热图火山图绘制

输入文件：immLncExp.png#引用包library(limma)library(pheatmap)expFile="immLncExp.txt"#表达输入文件fdrFilter=0.05#fdr
萍智医信·2023-10-21 11:45

百日筑基篇——差异基因分析Limma包（R语言初识七）

百日筑基篇——差异基因分析Limma包（R语言初识七）文章目录前言一、Limma包介绍二、使用步骤1.数据预处理2.进行voom转换3.得到差异表达数据4.样本间距离的可视化三、DESeq2包于limma
星石传说·2023-10-17 11:01

代码分析 | 单细胞转录组质控详解

单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析(step-by-step)-Limma
生信宝典·2023-09-25 08:00

基因相关性+药物敏感性分析

①高低风险组某基因表达量差异分析输入文件symbol.png输入文件risk.png#引用包library(limma)library(ggpubr)gene="CXCL11"#基因名称，需修改expFile
萍智医信·2023-09-21 15:52

代码分析 | 单细胞转录组clustering详解

单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析(step-by-step)-Limma
生信宝典·2023-09-20 04:14

R语言 使用getGEO()直接进行差异表达分析并显示Entrez_id和Symbol_id

引入平常我们利用GEODatasets的表达量数据进行基因表达分析的时候，常常是下载表达矩阵，利用limma包进行分析，如果能找到注释包，那就把探针注释成Entrez_id或者是Symbol_id，如果找不到
twentyonepilots·2023-09-16 12:43

从基因表达文件提取单个基因表达量

symbol.txt.pnglibrary(limma)gene="AXCC"#基因名称，需修改expFile="symbol.txt"#表达输入文件setwd("D:\\biowolf")#设置工作目录
萍智医信·2023-09-07 06:01

使用limma、Glimma和edgeR对RNA-seq数据分析笔记

在本工作流程中，我们将通过分析来自小鼠乳腺的RNA测序数据，演示如何使用流行的edgeR包载入、整理、过滤和归一化数据，然后用limma包的voom方法、线性模型和经验
玄都维维子·2023-08-22 15:12

Bioconda软件安装神器：多版本并存、环境复制、环境导出

单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析(step-by-step)-Limma
生信宝典·2023-08-19 01:51

单细胞测序GSVA基因集变异分析

GSVA基因集变异分析结合limma包分析差异基因集基因集变异分析即GSVA（Genesetvariationanalysis）,是一种非参数的无监督分析方法，主要用来评估芯片和转录组的基因集富集结果，
像鸟一样飞过你的高山·2023-08-16 05:35

差异性分析傻瓜版

column_to_rownames(var="NA.")type%select(type)type%dimkeep_gene1)>=2dge%dimdge%na.omit()head(nrDEG_limma_voom
茅逗逗·2023-08-14 06:02

3.基于基因表达谱来确定腹主动脉的关键基因

IdentificationofkeygenesassociatedwiththehumanabdominalaorticaneurysmbasedonthegeneexpressionprofileDOI:10.3892/mmr.2015.4448数据集:GSE47472样本:GSE47472:14AAA,8normal分析方法:DEG:R语言(limma
D2聚体·2023-08-09 07:48

数据挖掘中的LogFC,p值和FDR值是什么？

limma接受的输入参数就是一个表达矩阵，而且是log后的表达矩阵（以
Seurat_Satija·2023-08-08 01:00

转录组专题：limma与芯片数据差异表达分析

https://bioconductor.org/biocLite.R")#options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")#biocLite("limma
挽山·2023-08-06 13:27

TCGA差异分析——limma, DEseq2, edgeR

一、数据整理这里我们需要count矩阵，以及对应的分组信息rm(list=ls())library(tidyverse)library(limma)lib
芋圆学徒·2023-08-06 11:41

【分享】使用limma、Glimma和edgeR，RNA-seq数据分析易如反掌

在这篇工作流程文章中，我们通过分析来自小鼠乳腺的RNA测序数据，示范了如何使用流行的edgeR包载入、整理、过滤和归一化数据，然后用limma包的voo
王诗翔·2023-08-02 19:42

高通量数据中批次效应的鉴定和处理 - 系列总结和更新

单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析(step-by-step)-Limma
生信宝典·2023-07-31 14:44

【生信技能树】R语言高级练习题

安装一些R包数据包：ALL,CLL,pasilla,airway软件包：limma，DESeq2，clusterProfiler工具包：reshape2绘图包：ggplot2了解ExpressionSet
函数IsLazy·2023-07-24 16:18

limma DESeq edger

Whenitcomestochoosingadifferentialexpressionanalysismethod,suchaslimma,DESeq,oredgeR,thereareseveralfactorstoconsider,includingthenatureofyourdataandtheassumptionsmadebyeachmethod.Here'sabriefoverview
Young.Dr·2023-07-21 22:27

Wilcoxon检验方法差异分析

文件要求：正常与肿瘤组的mRNA表达量本次前50列是正常组，后374是肿瘤样本setwd("C:/Users/仙女/Documents/livercancer")library(limma)inputFile
糖醋偏爱狂·2023-07-21 01:10

R语言学习——韦恩图

limma=read.table('/Users/zhangzhishuai/Downloads/31R韦恩图/31_venn/voom-DEG-res.txt',sep='\t',header=T,row.names
帅锅不识字·2023-07-19 14:36

Error in file(file, "rt") : cannot open the connection

读取数据>library(limma)>library(Seurat)>library(dplyr)载入程辑包：‘dplyr’Thefollowingobjectsaremaskedfrom‘package
Seurat_·2023-07-19 05:12

从GEO数据库下载数据并处理

rm(list=ls())Versioninfo:R3.2.3,Biobase2.30.0,GEOquery2.40.0,limma3.26.8RscriptsgeneratedSunAug1123:08
刘大帅1·2023-07-14 00:15

复现原文（二）：Single-cell RNA sequencing of human

单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析(step-by-step)-Limma
生信宝典·2023-06-24 11:04

软件安装不上，可能是网速慢！Conda/R/pip/brew等国内镜像大全拿走不谢~~

单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析(step-by-step)-Limma
生信宝典·2023-06-21 12:39

limma/voom，edgeR，DESeq2分析注意事项，差异分析表达矩阵与分组信息

给粉丝朋友们带来了很多理解上的挑战，所以我们开辟专栏慢慢介绍其中的一些概念性的问题，上一期：箱线图的生物学含义这一讲我们来说一下limma/voom，edgeR，DESeq2，转录组差异分析的三大R包!
无香真水_1c6c·2023-06-14 19:43
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