nnUnet

医学图像分类_ASNG：用于3D医学图像分割的自动数据增广

据作者称，这是首次在医学图像分割任务中采用可微分的自动数据增广，实验表明，所提出的方法明显优于现有的模型（如SCNA、nnUNet等），性能表现SOTA！
weixin_39870199·2022-12-06 21:11

医学图像分割

用于分割的数据集2、关于分割的论文介绍2.1nnU-Net:aself-configuringmethodfordeeplearning-basedbiomedicalimagesegmentation2.2使用nnunet
落花逐流水·2022-12-06 21:33

nnunet 训练分割

nnunet训练分割1、整理数据集2.设置nnUNet读取文件的路径关于nnunet的安装后面会说，或参考其他博客，这里暂时只整理与训练相关的部分。
落花逐流水·2022-12-06 21:33

nnUNet安装踩坑-自适应医学图像分割框架

nnunet是由德国学者提出来的一个用于医学图像分割的通用自适应框架项目地址：https://github.com/MIC-DKFZ/nnUNet最近想在电脑上部署一下，顺便踩踩坑，感觉其中最大的坑就是
老中医5555·2022-12-06 21:03

nnUNet一个医学图像分割神仙算法

很多年之前接触过UNet的细胞分割，这次突然拿出来做一个三维的腿骨分割，突然有点不知所措了，可能我的技术只局限于二维的吧，经过一个月的研究差不多鼓捣明白了一点，欢迎有经验的大佬赐教一些知识，我这就写写我自己做的过程吧。一训练前的准备工作算法框架搭建以及环境配置必要程序，环境就搞了我好多天，以为虚拟机就够了，结果配置还是不行，果断换成双系统，这个就不写了，网上太多了而且也不难，我以前都是用的虚拟机或
CZC_Boy·2022-12-06 21:00

医学图像分割 3D nnUNet全流程快速实现

前言nnUNet作为医学图像分割的各项SOTA实现的基础框架，基本是所有医学图像分割的研究者需要掌握的方法。
打南边来了个阿楠·2022-12-06 21:30

基于Keras搭建nnUNet（DRIVE数据集）

基础知识：1、VGG16：深度学习——VGG16模型详解_橙子吖21的博客-CSDN博客_vgg162、感受野：卷积神经网络物体检测之感受野大小计算-machineLearning-博客园(cnblogs.com)3、Unet原理：图像分割之U-Net-知乎(zhihu.com)4、UNet代码：UNet详解（附图文和代码实现）_liiiiiiiiiiiiike的博客-CSDN博客_unet结构图
很奇怪__·2022-12-06 11:17

论文解析[5] nnU-Net: Breaking the Spell on Successful Medical Image Segmentation

发表年份：2019论文地址：https://arxiv.org/abs/1904.08128v1代码地址：https://github.com/MIC-DKFZ/nnunet文章目录摘要2方法2.1预处理
默_silence·2022-12-04 10:26

（五：2020.07.31）nnUNet最简单的推理教程（让我的奶奶也会用nnUNet（下））

一、写在前面二、nnUNet的推理很简单！（仅针对简单的推理模式，不包括ensemble）1.准备好你的测试集。2.下载预训练模型或使用自己的模型。3.进行推理。4.注意!
花卷汤圆·2022-11-26 20:55

（十七：2020.09.10）nnUNet最全问题收录（9.10更新）

来这里寻找你的答案！一、写在前面二、GITHUBISSUEI.使用上的问题：#477《3DnnUNet支持FP16量化吗？》#474《ImportError:cannotimportnamefind_namespace_packages》#471《我怎么在本地评估一些预训练模型的指标呢？》#469《无任何报错的进程死亡》#464《如何对PET进行归一化》#459《`orientation`这个属性
花卷汤圆·2022-11-26 20:55

Ubuntu下使用nnUNet 训练自己的数据集（只管实现，不讲原理，通俗易懂）

方便日后跑通nnUNet进行对比实验，写下本文。本文只管如何在自己的数据集上跑通nnUNet，不讲解原理，因为我也是参考别人博文来做的，详情可参看Tina的四篇博文一、什么是nnUNet？
℡ヾNothing-_哥·2022-11-26 20:55

nnUNet在2D图像上的训练和测试的使用教程

写在前面的话本文是对nnUNet如何在2D数据上进行训练以及预测，是对几篇博文参考之后的总结，由于本人对nnUNet使用也是刚开始不久，所以对于nnUNet的理解肯定还停留在表层，所以原理上的东西就不多介绍了
键盘强者·2022-11-26 20:24

医学分割学习记录-AMOS22数据预处理(nnUnet)

方向针对血管介入手术,故只保留了主动脉标签.nnUnet对数据的预处理包括cropping,resample,normalization三个步骤.Github源码:GitHub-MIC-DKFZ/nnUNet
weixin_45116056·2022-11-26 20:24

nnUNet代码学习——数据预处理部分（二）

在将数据黑边crop并保存为npz、pkl文件之后，nnUNet接下来就是以数据集为单位，分析数据集基本信息。
潮月·2022-11-26 20:54

在ubuntu/windows中安装nnUNet并训练自己的数据

nn我的环境是windows10+1080ti11g30系列显卡首先安装适合的cuda再配置，建议cuda>11.x我的3090是torch1.8.0+cuda111torchvision是0.9.0+cu111大多数问题都是torch+cuda版本不正确1.首先创建conda环境condacreate-nnnUNetpython=3.7-y2.安装Pytorch环境，版本问题可根据自己的显卡cu
为了待会去码头整点薯条·2022-11-26 20:23

nnUNet使用教程（使用自己的数据训练自己的模型）

1.制作自己的数据集nnunet作为unet的一种改进，在3d医学图像上使用有非常好的效果，本篇教程主要说明nnunet在2d图像上的应用，也是相对来说更贴近我们平时使用的方向。
SetMaker·2022-11-26 20:22

nnUNet推理与预测（手把手一步一步实现。接上文用自己的数据训练）

如上图所示，当我们训练了大概几轮之后会在nnUNet_trained_models文件下生成nnUNet以及2d的模型文件，我们可以看到fold_4里面会有model_best.model，这个模型文件就是我们训练好的模型了
SetMaker·2022-11-26 20:22

nnUnet使用2d数据训练方法-DKFZ官方版

nnUnet使用2d数据训练方法-DKFZ官方版上一篇文章介绍了《保姆级教程：nnUnet在2维图像的训练和测试》，采用的是自己的2d数据集进行2d到3d的数据转换，内容包括nnUnet介绍、环境配置、
Minerva_·2022-11-26 20:52

关于在阅读nnUNet代码中的一些小细节的记录(一)

首先，感谢paper桑大佬关于nnUNet项目的解释，我从中获益很多。本片是关于nnUNet代码中我看到的认为可能比较重要的某些细节的记录。1.推理阶段。
镜中隐·2022-11-26 20:22

nnUNet（代码）-预处理

任务一：（论文）AutomatedDesignofDeepLearningMethodsforBiomedicalImageSegmentation//nnU-Net:aself-configuringmethodfordeeplearning-basedbiomedicalimagesegmentationFabian1.背景动机：简单来说医疗数据尤其是在3D医学图像领域，遇到图片质量、图片模态
lryjy·2022-11-26 20:21

nnUnet(代码)-训练部分

学习目标：逐步分析nnunet训练部分学习内容：training部分·拿到训练plans（计划）·初始化数据增强参数·采用五折交叉验证·dataset与dataloader/数据加载过程·初始化网络·初始化优化器与学习率函数
lryjy·2022-11-26 20:51

nnunet(十七) nnUNet_convert_decathlon_task

移除路径中左后的反斜杠defremove_trailing_slash(filename:str):whilefilename.endswith('/'):#以反斜杠结尾filename=filename[:-1]#去掉反斜杠returnfilename返回对应的子文件夹defsubdirs(folder,join=True,prefix=None,suffix=None,sort=True):i
shchojj·2022-11-26 20:21

nnUNet训练并推理自己的数据集

upgradegit+https://github.com/nanohanno/hiddenlayer.git@bugfix/get_trace_graph#egg=hiddenlayer（一行）（2）安装nnUNet1
litchi&&mango·2022-11-26 20:20

nnunet训练

数据预处理运行pythonTask042_oasis.py报错nnUNet_raw_data_baseisnotdefinedandnnU-Netcanonlybeusedondataforwhichpreprocessedfilesarealadypresentonyoursystem.nnU-Netcannotbeusedforexperimentplanningandpreprocessin
小女琅华·2022-11-26 20:50

【论文笔记 医疗影像分割—nnUNet】nnU-Net: Self-adapting Framework for U-Net-Based Medical Image Segmentation

文章目录1.Abstract2.网络架构2.1Unet优点（写论文参考）2.22DU-Net2.33DU-Net2.4U-NetCascade3.动态调整网络拓扑4.预处理4.1Crop—剪裁4.2Resampling—重采样4.3Normalization5.训练程序5.1损失函数5.2学习率—当某指标不再变化调整学习率5.3数据增广5.4PatchSampling6.推理7.后处理8.结果说明
Jy的炼丹炉·2022-11-25 16:44

深度学习论文精读[7]：nnUNet

相较于常规的自然图像，以UNet为代表的编解码网络在医学图像分割中应用更为广泛。常见的各类医学成像方式，包括计算机断层扫描（ComputedTomography,CT）、核磁共振成像（MagneticResonanceImaging,MRI）、超声成像（UltrasoundImaging）、X光成像（X-rayImaging）和光学相干断层扫描（OpticalCoherenceTomography
louwill12·2022-11-03 08:35

nn-UNet使用记录--代码配置

nnunet代码使用上一篇博文中，我在第三方的超算平台上配置了nnunet包，上手简单，但调参非常有限，也不能使用自己的模型。
宁眸·2022-10-04 11:33

nnUnet肾脏肿瘤分割实战(KiTS19)

nnUnet肾脏肿瘤分割实战KiTS19ChallengeHomepagennunet项目官方地址MIC-DKFZ/nnUNet使用nnunet之前，建议先阅读两篇论文nnU-Net:Self-adaptingFrameworkforU-Net-BasedMedicalImageSegmentationnnU-Net
宁眸·2022-10-04 11:33

nnUnet代码解读--模型训练

nnunet项目官方地址MIC-DKFZ/nnUNet准备工作关于nnUnet代码包的安装和配置参考nn-UNet使用记录–代码配置_宁眸的博客-CSDN博客确认安装nnUnet代码包，配置好环境变量，
宁眸·2022-10-04 11:33

nn-UNet使用记录--开箱即用

nnunet项目官方地址MIC-DKFZ/nnUNet(github.com)使用nnunet之前，建议先阅读两篇论文nnU-Net:Self-adaptingFrameworkforU-Net-BasedMedicalImageSegmentationnnU-Net
宁眸·2022-10-04 11:02

分割模型nnUNet学习日记（二）：常见问题报错解决方案

错误一：CUDAerror:nokernelimageisavailableforexecutiononthedevice在执行训练代码后报错：CUDAerror:nokernelimageisavailableforexecutiononthedevice这是因为CUDA和pytorch不匹配，需要卸载pytorch后重装。根据对应的版本到torch的官网找自己版本的安装命令也可在此网站找到对应
Joker 007·2022-07-04 07:12

分割模型nnUNet学习日记（一）：在Ubuntu系统下如何快速使用nnUNet跑通自己的数据

文章目录一、安装nnUNet方法一：直接安装方法二：下载仓库后安装二、建立文件夹三、设置环境变量四、原始数据文件的整理(1)建立子文件夹(2)建立Task文件夹(3)训练测试数据的划分imagesTr文件夹下数据的存放格式
Joker 007·2022-07-04 07:12

轻松nnUnet自己的训练集

nnUnet介绍本文主要解决拿来就用的问题，具体nnUet技术细节可以查看原文,代码,以及一些介绍的文章。
杨晓凯·2022-06-08 14:58

使用BraTS 2020数据集训练nnUNet（多模态和单模态）

目前主要工作是使用BraTS2020数据集训练nnUNet。对我来说这确实是新奇的体验，过程中我也遇到了一些实际问题，于是想记录一下。
苏黎世下雪了吗·2022-06-05 07:04

nnUNet使用笔记：如何自定义你的nnUNet？

简介nnUNet在许多医学challenge的分割任务上都达到了SOTA水平，身边一些人也实际使用过，验证了有效性。
一只白海豹·2021-06-18 22:41

教你用4行命令轻松使用nnUNet训练自己的医学图像分割模型

给定某个数据集，nnU-Net完全自动执行整个分割过程，包括数据预处理到模型配置、模型训练、后处理到集成的整个过程，而不需要人为干预。此外，训练好的模型还可以应用到测试集中进行推理。博主强烈建议：做医学图像分割的任何人，都必须要会使用nnU-Net理由2个：首先用nnU-Net测试一下。看一下该任务的大致效果，心里有个大致预测。第二，写论文的时候通常都要和nnU-Net对比，尤其是投英文期刊（SC
Tina姐·2021-06-01 09:29

nnU-Net 如何安装--傻瓜式安装教程

因此，最好安装在Linux上文章目录安装nnU-Net的硬件条件快速的创建Ubuntu虚拟环境1安装venv模块2创建虚拟环境存放目录3创建虚拟环境4激活该环境5退出该环境安装nnunet
Tina姐·2021-05-25 09:54

保姆级教程：nnUnet在2维图像的训练和测试

保姆级教程：nnUnet在2维图像的训练和测试一、nnUnet介绍nnUnet方法源自论文《AutomatedDesignofDeepLearningMethodsforBiomedicalImageSegmentation
Minerva_·2021-01-01 15:46

nnUNet使用指南＜1＞:使用自己的数据集做分割训练

目前数据都有，就按照步骤一步一步来吧设置路径nnUNet需要设置三个路径：nnUNet_raw_data_base:用于存放原始数据和crop后的数据。
老中医5555·2020-07-31 21:05

nnU-Net医学影像分割论文，可自动调参，适应所有数据集

源码：https://github.com/MIC-DKFZ/nnunet近日，一篇来自德国癌症研究中心、海德堡大学以及海德堡大学医院研究人员的名为nnU-Net的医学影像分割论文引起了广泛关注。
Mr.Jk.Zhang·2020-07-29 21:01

nnUNet 源码细节记录

源码地址：https://github.com/MIC-DKFZ/nnUNetnnUNet代码量还是很大的，许久不看再使用就有很多记不清楚了，一些细节的小点记录如下：一实验前的数据准备阶段：先把4D的image分成3D的数据，以_0000.nii.gz_0001.nii.gz...结尾cropping操作1gt_segmentation从crop操作开始存在的，就是原始的label文件复制过去而已
敲knock·2020-07-29 15:24

（三：2020.07.10）nnUNet附录解析（7.27更新认识）

医学图像深度学习分割方法的自动设计（三）（nnUNet/2020.04）《AutomatedDesignofDeepLearningMethodsforBiomedicalImageSegmentation
paper桑·2020-07-29 14:28

（一：2020.07.06）nnUNet论文主体解析（持续更新认识）

医学图像深度学习分割方法的自动设计（一）（nnUNet/2020.04）《AutomatedDesignofDeepLearningMethodsforBiomedicalImageSegmentation
paper桑·2020-07-29 14:28

（二：2020.07.08）nnUNet方法解析（7.27更新认识）

医学图像深度学习分割方法的自动设计（二）（nnUNet/2020.04）《AutomatedDesignofDeepLearningMethodsforBiomedicalImageSegmentation
paper桑·2020-07-29 14:57

（四：2020.07.28）nnUNet最舒服的使用教程（让我的奶奶也会用nnUNet）

一、写在前面二、nnUNet框架如何安装？1.你应该配置哪些环境？2.整理你的数据！
paper桑·2020-07-29 13:38
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