qiime

扩增子分析软件QIIME2 必知必会

QIIME2扩增子一站式分析平台QIIMEnature||qiime2018年1月QIIME2全面接档QIIME1极简操作sourceactivateqiime2qiimetoolsimport--type'SampleData
周运来就是我·2020-02-09 18:50

Qiime1-17.PICRUSt-16S预测宏基因组？

16S扩增子测序是对细菌中具有代表性的序列进行测序，相比宏基因组测序，16S扩增子测序无法提供基因功能信息，只能给出菌群丰度信息。但是PICRUSt工具可以帮助我们基于16S扩增子测序所得的OTU丰度推测基因丰度从而得到功能信息。本节我们就来介绍PICRUSt的使用。相比于宏基因组测序，16S扩增子测序是一种更加经济的方法，但是16S扩增子测序无法得到各个基因的丰度，只能得到物种丰度信息。想来，每
jlyq617·2020-02-06 17:35

1.QIIME 安装(virtualbox安装)

开始之前你需要知道的知识16S测序16SrRNA基因是编码原核生物核糖体小亚基的基因，长度约为1542bp，其分子大小适中，突变率小，是细菌系统分类学研究中最常用和最有用的标志。其序列包含可变区(Variableregion)和保守区(Constantregion)。可变区序列因细菌而异，且变异程度与细菌的系统发育密切相关，通过提取环境样品的DNA，并扩增和检测其中的一段或几段区域，可以了解环境样
主教主·2020-01-07 04:10

R数据可视化1: 火山图

拖延症让我一直疲于整理qiime2的分析过程。而且手上暂时也没有相应的16S数据要分析，所以打算整理整理R的画图脚本。而且总是百度一些画图细节让我“厌倦”了，觉得自己急需整理总结。
jlyq617·2020-01-04 22:08

微生物组16S rRNA数据分析小结：从OTU table到marker物种

可以使用usearch,vsearch,qiime等分析软件实现，在必要的时候需要根据序列信息的具体情况编写脚本予以实现。
GPZ_Lab·2019-12-25 04:37

Qiime2-2.导入文件

我我我终于要回来写qiime2了。折腾其他东西了一段时间，终于有时间回过来写这个了！
jlyq617·2019-12-24 13:49

微生物组16S rRNA数据分析小结: qiime2-2019.1

本次笔记内容：qiime2-2019.1的16s分析流程，以没有barcode，以demultiplexed的fastq文件为input.同微生物组16SrRNA数据分析小结：从fastq测序数据到OTUtable
GPZ_Lab·2019-12-22 02:37

QIIME2-CLI更新学习笔记

https://forum.qiime2.org/t/qiime-2-2018-8-release-is-now-live/5860qiime1已经不更新的维护，虽然可以使用，毕竟已经有点过时。
zd200572·2019-12-21 14:08

【教程】超级棒的QIIME16s数据分析流程

如果你是做16s分析的，你可以考虑使用QIIME2来替代QIIME1的教程了，并且使用exactsequencevariants来替代OTUs（哇，ISEM上面的文章哎，有空看看，继续）。
沈梦圆1993·2019-12-17 08:57

微生物组16S rRNA数据分析小结：从fastq测序数据到OTU table

可以使用usearch,vsearch,qiime等分析软件实现，在必要的时候需要根据样本信息的具体情况编写脚本予以实现。
GPZ_Lab·2019-12-12 01:53

QIIME2微生物组分析流程

QIIME2功能介绍Usage:qiime[OPTIONS]COMMAND[ARGS]...Commands:infoDisplayinformationaboutcurrentdeployment.toolsToolsforworkingwithQIIME2files.devUtilitiesfordevelopersandadvancedusers.alignmentPluginforgene
husy_·2019-10-11 11:42

QIIME2 流程

/lianm/basic_tool/anaconda3/bin/activateqiime2-2019.7source~/anaconda3/bin/activate~/anaconda3/envs/qiime2
苏可_7fe6·2019-08-21 10:25

R数据可视化1: 火山图

拖延症让我一直疲于整理qiime2的分析过程。而且手上暂时也没有相应的16S数据要分析，所以打算整理整理R的画图脚本。而且总是百度一些画图细节让我“厌倦”了，觉得自己急需整理总结。
jlyq617·2019-07-11 10:18

2019.7.9 训练基于Silva数据库的Qiime2特征分类器

GTGGACTACHVGGGTWTCTAAT方法：1.导入序列和分类文件qiimetoolsimport\>--type'FeatureData[Sequence]'\>--input-pathSILVA_132_QIIME_relea
dooockery·2019-07-10 11:06

微生物组16S rRNA数据分析

可以使用USEARCH、VSearch、Qiime来进行分析。1、划分OTUOTU为操作分类单元，基于序列相似度高于97%，将每个sample划分成不同OTU，每个OTU用一条序列read来代表，基
HerinaYang·2019-03-13 16:53

【生信】使用QIIME进行 进化树，Alpha,Beta多样性 分析

使用QIIME进行进化树，Alpha,Beta多样性分析上回讲到，使用Usearch进行进化树，Alpha,Beta多样性的分析。同时，我们还要再次强调QIIME的伟大之处在于全流程分析的能力。
游骑小兵·2019-03-01 11:25

【生信】联合使用 vsearch+usearch11+QIIME 处理双端测序数据

使用vsearch+usearch11+QIIME处理双端测序数据上文说到，使用Vsearch、Usearch、QIIME均可以处理双端测序数据。
游骑小兵·2019-03-01 11:00

【生信】使用VSEARCH处理双端测序数据

可以使用的软件有VSEARCH、USEARCH以及QIIME等。本文以VSEARCH为例，从输入双端测序序列到最终OTU表的生成。#!
游骑小兵·2019-03-01 11:48

Alpha多样性指数稀释曲线绘制

首先利用qiimediversityalpha-rarefaction命令进行Alpha多样性指数稀释曲线分析，具体用法参考qiime2官方文档。
超人立志做国王·2019-01-31 14:26

Qiime1-7.去除嵌合体

嵌合体(Chimeras)是PCR阶段不正常的扩增过程所产生的序列。嵌合体由两条及以上的模板链组成，是PCR延伸阶段的不完全延伸造成的。Chimeras通常有1%的几率会出现嵌合体序列，而在16S/18S/ITS扩增子测序的分析中，由于序列间相似度较高，所以概率会更高。在去除嵌合体的同时我们会造成一定的数据损失，是否需要去除嵌合体是一个有争议的问题，如果你不想去除嵌合体可以选择跳过这一步直接进行后
jlyq617·2018-12-11 10:15

Qiime1-8.如何从OTU表中挑选部分样本？

终于回来继续写了。本节讲解一下对OTU表的一些基本处理，提取生成你所需要的OTU表。查看OTU表的count数当运行完基本的分析流程后，我们往往会想要查看一下每个样本的OTUcount数量。知道所有样本的OTUcount数量的最小值、最大值、中位数等信息，对我们选取OTU和分析十分重要。如果存在个别样本的测序结果并不理想，count数目过低，那我们可能就需要对之前分析流程的一些参数进行适当的修改。
jlyq617·2018-11-30 10:45

收藏||微生物生态学网站贴（据说，最后一个很萌）

会不断更新了啦~~~knightslab||点击进入看这家实验室开发的工具就知道他们有多牛了：NINJA-OPS、BugBase、QIIME2、SourceTracker。
周运来就是我·2018-09-29 07:54

Qiime1-1.介绍

倒腾学习了一段时间的qiime1和qiime2，决定苦心整理一下学习成果。虽然不知道啥时候才能更完。
jlyq617·2018-09-20 15:12

0047-【宏基因组】-qiime2官方教程实践2-Microbiota Transfer Therapy

1.数据来源文章文章名称：MicrobiotaTransferTherapyaltersgutecosystemandimprovesgastrointestinalandautismsymptoms:anopen-labelstudy文章链接：https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-016-0225-
leadingsci·2018-06-21 11:24

0046-【宏基因组】-qiime2官方教程实践1-Moving pictures of the human microbiome

www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21624126样本选取：2个生物个体，4个部分，396个时间点文库构建：Meta16SV4区文库测序策略：illunima、454不同区域，选择不同的二代测序平台信息分析：qiime2
leadingsci·2018-06-21 10:05

0044-【宏基因组】-16S分析qiime1极简教程

1.数据介绍FASTQ数据下载-EBI-SRA数据地址：https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJNA246490Study:PRJNA24649016SrRNAsequencingofsoilmicrobialcommunitymetagenome土壤微生物SRP041809副登录号Description：Thestudygoalwastoinvestigat
leadingsci·2018-06-15 11:15

2018-04-16 宏基因组实战（二）—qiime2-2018.2数据导入(下机已经分装好的数据)

在学习宏基因组的过程中，这个大神的中文翻译可以让你快速上手https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/78407438在实践操作中，还是要针对自己个案做一些调整。我现在得到的一批数据，下机已经分装拆分好了，所以可以直接导入首先先说一个坑由于样品很多，如果公司给你的样品有问题，那你后面分析不下去，可能会一直找不到原因，我就是遇到了这么一个问题，公
小郑的学习笔记·2018-04-16 19:18

2018-03-12 宏基因组入门——QIIME2-201802 安装

这几天装了一个宏基因分析的软件——QIIME2好像以前安装很麻烦，但是现在整合到一起就很方便了，但是我还是遇到一个坑。。
小郑的学习笔记·2018-03-12 21:30

QIIME2学习笔记

本文主要参照QIIME2中文手册，并加入自己的一些理解https://forum.qiime2.org/t/qiime2-chinese-manual/8381.说下QIIME2是做什么的QIIME2是用来做
bioinfo2011·2017-08-27 13:18

QIIME2 学习笔记 （一）

本文主要参照QIIME2中文手册，并加入自己的一些理解https://forum.qiime2.org/t/qiime2-chinese-manual/838先来补充一下基础知识（原谅一下我是学计算机的
bioinfo2011·2017-08-25 16:12

物种丰度计算

由于Qiime出了点问题，ITS项目先缓几天，这两天先忙着做meta的内容。
·2015-10-31 08:17

primer漏配问题解决

终于解决Qiime的问题后，使用 split_libraries.py 做切分，发现同样有这样的问题，Qiime并没有解决漏匹配的问题。 考虑如果用正常方法去
·2015-10-23 08:53

alpha rarefaction using qiime

shannon菌群多样性指数 H=－∑（Pi）（㏑Pi） Pi=样品中属于第i种的个体的比例，如样品总个体数为N，第i种个体数为ni，则Pi=ni/N； 各种之间，个体分配越均匀，H值就越大。如果每一个体都属于不同的种，多样性指数就最大；如果每一个体都属于同一种，则其多样性指数就最小   Dominance：随即取两条序列，来自同一个样品的概率Σ (Si(Si-1))/N(N-
·2015-10-23 08:53

ITS简要分析流程(using Qiime)

Qiime安装 参考资料：http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940101h2rp.html Qiime script官方说明 http://qiime.org/
·2015-10-23 08:52

16s_rRNA分析软件

QIIME（QuantitativeInsightsIntoMicrobialEcology）是一个专门针对于微生物群落的分析管道，可以进行OTU,以及多样性分析，等等。
rogerzhanglijie·2015-04-29 08:00
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