qiime

菌群+代谢+QIIME2基因云，联手助力JHM土壤新作！

本研究使用派森诺基因云的微生物组QIIME2分析平台（www.genescloud.cn），并通过菌群+代谢的多组学整合研究方法，主要探讨了3个问题：在Cd污染土壤中，应用聚合物改良剂对土壤生物多样性和微生物群落演替的影响是
菌小落·2024-08-26 16:28

2018-04-18宏基因组实战qiime2-201802（四）用dada2 过滤 和建树

因为我是双端数据，所以这一步我主要是参考了这个实战：https://docs.qiime2.org/2018.2/tutorials/atacama-soils/我前一步已经拿到了我切过引物的数据，要先看一下这个质量分布切之后这里我先上代码
小郑的学习笔记·2024-02-08 15:10

qiime执行multiple_join_paired_ends.py 报错Cannot find fastq-join.

centos6.6通过conda安装qiime后,在执行multiple_join_paired_ends.py时,报错:burrito.util.ApplicationNotFoundError:Cannotfindfastq-join.Isitinstalled
yummy2009·2023-12-01 19:22

外部数据导入qiime2软件内部

外部数据导入qiime2软件序列、OTU(Feature)Table导入qiime2较为简单，可以按官方推荐方式进行导入。
zsbo2015·2023-11-26 18:28

基于Qiime2处理Silva数据库

基于Qiime2处理Silva数据库前言一、安装Qiime2二、通过Qiime2下载Silva数据库1.RESCRIPt安装2.下载处理Silva数据库3.构建分类器3.1全长分类器构建3.2特异引物分类器构建总结前言本文主要介绍怎样通过
Biostudy-1005·2023-11-26 18:27

qiime2安装和使用案例

QIIME是微生物组领域最广泛使用的分析流程。本文章介绍conda安装Linux（64-bit）以及使用脚本。数据为illuminaPE250的fq文件。
qq_27390023·2023-11-26 18:26

QIIME2进阶六_QIIME2训练分类器及物种注释

本教程将使用来自人源化(humanized)小鼠的一组粪便样品，展示16SrRNA基因扩增子数据的“典型”QIIME2分析。本教程旨在探讨人源化小鼠的遗传背景影响微生物群落的假设。
环微分析·2023-11-26 18:24

QIIME 2 使用总结

软件介绍这是一个关于该软件的overviewhttps://docs.qiime2.org/2020.11/tutorials/overview/主要工作流程下载安装如果没有conda环境，需要先安装conda
Julse·2023-11-26 18:24

QIIME2进阶二_元数据及数据导入QIIME2

本节主要讲解如何将元数据与数据导入生物信息分析软件QIIME2，实现数据导入与检查。
环微分析·2023-11-26 18:54

QIIME2进阶三_用QIIME2实现对数据的质量控制

本文主要介绍了使用生物信息软件QIIME2中的DADA2与Deblur插件对扩增子基因序列进行质量控制。
环微分析·2023-11-26 18:54

QIIME2进阶五_QIIME2扩增子基因序列多样性分析

本节主要介绍了如何使用生物信息分析分析软件QIIME2对扩增子基因序列进行Alpha和Beta多样性分析，以及Alpha稀疏和深度选择。
环微分析·2023-11-26 18:54

QIIME2进阶一_用QIIME2解析序列，诠释生命

本文旨在介绍生物信息学软件QIIME2及其核心组成。2010年，美国科罗拉多大学的RobKnight教授（现单位美国加州大学圣地亚哥分校）团队发布QIIME（发音同chime）分析流程。
环微分析·2023-11-26 18:53

QIIME 2介绍

QIIME2（QuantitativeInsightsIntoMicrobialEcology2）是一个用于分析和解释微生物组数据的开源生物信息学工具。
qq_27390023·2023-11-26 18:51

java fit 16s,科学网—16s rRNA分析流程和工具的介绍 - 肖斌的博文

不过QIIME和Mothur都不能直接处理sff文件(454下机产生的数据格式)，不过可各自利用“process_sff.py”和Sffinfo将sff格式转换为FASTA和QUAL文件。
xpf769815576·2023-11-04 12:56

R语言实现Alpha多样性指数的计算

不过你可能会说，这个不是测序公司都计算好了吗，而且还可以用qiime软件，为啥还要使用R，因为有些测序公司并没有帮你抽平，再一个我使用R语言比较多，如果你会使用其他软件当然更好。欢迎你与我分享一下。
fafu生信小蘑菇·2023-11-01 06:12

2021-09-24 qiime2 DADA2 去噪、序列质控和生成特征表

文字转载DADA2是用于检测和校正（如果有可能的话）Illumina扩增序列数据的工作流程。正如在q2-dada2插件中实现的，这个质量控制过程将过滤掉在测序数据中鉴定的任何phiX序列（通常存在于标记基因Illumina测序数据中，用于提高扩增子测序质量），并同时过滤嵌合序列。dada2denoise-single方法需要两个用于质量过滤的参数：--p-trim-leftm，它去除每个序列的前m
白告2333·2023-10-17 17:46

qiime2虚拟机安装

使用virtualbox安装qiime2https://download.virtualbox.org/virtualbox/6.0.10/VirtualBox-6.0.10-132072-Win.exe
赵会成·2023-10-09 06:54

Qiime2 数据导入

在qiime2中进行任何数据分析的第一步永远是将数据导入qiime2并储存为qiime对象(.qza)。
吴十三和小可爱的札记·2023-09-29 17:59

qiime2-2022.2发布啦

QIIME22022.2版本现已发布！感谢所有参与者的辛勤工作！提醒一下，我们计划的下一个QIIME2版本计划于2022年4月发布（QIIME22022.4），请继续关注更新。
zd200572·2023-09-29 02:55

利用qiime2分析微生物组16S rRNA数据小结

混合双端、V3-V4区域测序，00.RawData已经进行了样本拆分、barcode去除和引物切除。每个样本文件夹里有5个文件，第一个extendedfrags.fastq文件是拼接后的序列，raw_1fq.gz和raw_2.fq.gz是未去barcode和引物的双端序列；最后两文件是去掉引物和barcode后的原始数据。extendedFrags.fastq文件是由flash软件合并双端序列（即
竹舞清风_忆·2023-09-20 08:27

16S rRNA&rDNA测序分析

16SrRNA/rDNA测序分析，qiime操作，linux命令，系统发育树构建，venn图，heatmap热图，主分析RDA（Redundancyanalysis），典范对应分析CCA等R语言作图网易云课堂上有视频讲解
宁生信·2023-09-16 22:23

qiime2R包整合qiime2和R可视化分析16s数据

背景：qiimeartifact是用于存储qiime2的输入输出以及相关的元数据，并提供结果是如何产生的信息，但是qiime2所产生的artifacts（如.qza，虽然其是一个压缩文件）不能直接作为R
无言_俗人·2023-09-06 02:12

QIIME2流程分析

官网：https://docs.qiime2.org/2019.7/参考过的几篇笔记：https://www.jianshu.com/p/009963ac7393https://forum.qiime2
小王的学习杂记·2023-09-01 04:20

QIIME 2教程. 28参考数据库DataResources(2023.5)

数据资源Dataresourceshttps://docs.qiime2.org/2023.5/data-resources/q2-feature-classifie使用的分类学分类器Taxonomyclassifiersforusewithq2
刘永鑫Adam·2023-08-25 10:06

号外号外，最经典的16S数据库Greengenes2更新啦！！！

遥想当年小编还是一个小白研究生的时候，被师兄带入门接触到多样性研究，Greengenes数据库还是当时最火最核心的数据库，结果后继无力，被后浪拍在了沙滩上……时隔十年，本次更新的Greengenes22022.10版本数据库提供了Qiime2
SHANGHAILINGEN·2023-08-18 15:45

QIIME 2 2021.8到来啦

QIIME22021.8版本现已推出！感谢所有参与的辛勤工作！下一版计划于2021年810月（QIIME22021.10）发布，请继续关注更新。
zd200572·2023-08-07 13:08

q2galaxy部署运行

基础环境：fedora，x86，已安装podman1.抽取镜像dockerpullquay.io/qiime2/q2galaxy2.运行启动podmanrun-d-p8080:80-p8021:21-p8022
connora·2023-08-05 03:12

简单记录Podman（Docker）安装Qiime2环境

基础环境x86结构，fedora工作站版本，已安装python3.71.安装podmandnfinstallpodman2.抽取镜像podmanpullquay.io/qiime2/core:2023.53
connora·2023-08-05 03:11

2023.07.26【微生物】|qiime2组间分析，ANCOM算法介绍与结果解读

目录摘要ANCOM简介主要步骤数据聚合添加伪计数计算特征差异结果解读火山图差异显著特征统计表差异显著特征百分位数统计表优缺点总结摘要在使用qiime2进行16S/ITS分析的时候，少不了对样品进行组间分析
穆易青·2023-07-26 19:07

QIIME2的使用手册

image.png本文从QIIME2的官网进行查看翻译https://docs.qiime2.org/2021.8/tutorials/moving-pictures/首先使用Keemei对于metadata
Hello育种·2023-07-17 15:38

linux笔记

suke和cd两个目录阔以使用2.condacreate-y--namebioinfopython=3.7condaactivatebioinfo根据项目创建所需环境，以后可以某一系列只激活这个环境3.安装qiime2wgethttps
·2023-06-24 07:26

2021-09-14 qiime 2021.8 安装记录

1.环境：CentOS7+已安装好miniconda2.conda安装wgetcondainstallwget3.下载conda环境文件wgethttps://data.qiime2.org/distro
白告2333·2023-04-18 19:58

DRISEE安装与试用

但是到了qiime的安装就遇到了问题。piptoinstallqiime下载了一段时间后，问题是这样的pip3installqiimeCollectingqiimeUsingca
少年英雄小猪熊·2023-04-16 22:36

用微生物组学分析去解释生物学现象的原因

测序分析的价格越来越低，QIIME2更是给微生物分析领域制定了标准，虽然方法因人而异，因研究对象和想要呈现的结果而异，最终论文呈现的出的结果也不一样。但总体思想基本一致。
R语言_茶味先生·2023-04-16 05:57

QIIME 2 2021.4发布啦

qiime2可以在galaxy中使用啦！QIIME22021.4发布啦，一起来学习下最新发布亮点！
zd200572·2023-04-15 07:23

qiime2 使用dada2去燥时出现的问题

#导入Phred33格式单端测序结果qiimetoolsimport\--type'SampleData[SequencesWithQuality]'\--input-pathsample.txt\--output-pathsingle-end-demux.qza\--input-formatSingleEndFastqManifestPhred33V2#测序结果质量可视化qiimedemuxsu
修远无长·2023-04-08 15:29

微生物多样性qiime2分析流程(1）环境配置

生信分析中最主要的莫过于安装分析软件配置环境，conda的出现大大降低了软件的安装难度；当然conda也存在很多问题:篡改你的python版本,网速慢等问题,而清华的镜像站点也及其不稳定，所以想尽一切方法改善你的网速才是最终方案。推荐安装Ubuntu20.04来搭建分析环境，用了之后你会真的爱上他，安装请参考：https://www.jianshu.com/p/b24f3a06a905condai
R语言数据分析指南·2023-04-07 15:52

Qiime2-1.介绍及安装

今天开始将要介绍qiime2的使用。qiime2虽然和qiime1只差了一个数字，但是两者之间的差异很大，Qiime2是对Qiime1进行了重新设计和编程，弥补了很多qiime1中的不足。
jlyq617·2023-04-07 09:30

2022微生物组学扩增子数据分析实战pipeline

内部培训资料（2022.10.29）QIIME2分析实例--人类肠癌不同部位微生物多样性分析“MovingPictures”tutorial熊金波实验室出品⚠️⚠️⚠️内部交流培训使用宁波大学海洋学院Larry
Larrylu007·2023-03-26 00:39

Qiime2小bug

这些小bug折磨了我两天时间才解决，决定以后跑流程要洗心革面，从原始数据就得仔仔细细欣赏，每一个参数尽量搞懂，能用google搜错的一定不用百度。每逢demuxsummarize报错信息是酱紫的，没看懂，就各种试错。image.png最后发现问题是从NCBI下载的原始数据fastq有bug，每个文件最后都多了一个空行，心痛。gunzipSRR6651857.fastq.gz#解压wc-lSRR66
苏可_7fe6·2023-03-23 16:00

Empress可视化你的16S进化树

我们知道，宏基因组中krona图来展示某个样品的详细信息，最近有点好奇16S的进化树可视化问题，这不，在qiime2官方视频教程里发现了一个方法，很不错，分享下！
zd200572·2023-03-15 21:54

2021-07-18 win10系统安装WSL\Conda\QIIME2

1、适用于Linux的Windows子系统安装(1)参考官方教程进行安装步骤1需要先启用“适用于Linux的Windows子系统”可选功能，然后才能在Windows上安装Linux分发。以管理员身份打开PowerShell并运行：dism.exe/online/enable-feature/featurename:Microsoft-Windows-Subsystem-Linux/all/nore
jerry_bio·2023-03-14 23:45

Qiime2(一)-安装

QIIME2是一款功能强大、可扩展，去中心化的微生物组软件分析包，强调数据分析透明。QIIME2可以使研究者从原始DNA序列开始分析，直接获取出版级的统计和图片结果。
佳名·2023-02-18 21:19

QIIME 2 2021.11发布啦

QIIME22021.11版本现已推出！感谢所有参与者的辛勤工作！下一版计划于2021年2月(QIIME22022.2)发布，请继续关注更新。
zd200572·2023-02-18 13:27

qiime2遇到的问题

应用到timeqiimedada2denoise-paired进行质量控制时，出现以下问题：主要问题是：上下游序列不匹配，即6793和79184缺少匹配的双端文件找到问题来源：因为illumina测序产生双端数据。两条序列的长度基本相同，如果差距太大，无法进行质量控制，将上下游序列差距较大的样本去除即可。
叮铛_07a6·2023-02-06 12:17

使用table2itol生成itol美化文件

如果不会用linux的R，可以先激活qiime2的环境，命令行敲R进入交互界面，安装缺少的R包。下面以table2itoltests目录下的例子解读一下。
谷流觞·2023-02-03 17:11

Conda安装qiime2（目前最有效的方法）

一、环境linux-ubuntuanaconda3/miniconda二、实操演示1.conda是安装QIIME2的首选工具，但是很多国内的朋友苦于无法链接网络问题导致无法安装。  
R语言_茶味先生·2023-02-01 16:37

运行qiime2报错“cannot find any timezone configuration”

一、环境qiime2-2021.11远程linux服务器二、报错以及解决办法1.qiime2运行代码导出table.qza文件时报错  运行代码导出table.qza文件时，报如下错误。
R语言_茶味先生·2023-01-31 22:15

VritualBox安装QIIME2虚拟机

6.1.26VirtualBox6.1.26OracleVMVirtualBoxExtensionPackQIIME22021.4注：第二个和第三个版本一定要一致，否则后面安装增强功能的时候会报错二、安装过程1、安装VirtualBox下载好后双击VirtualBox运行文件图1VirtualBox界面2、下载QIIME2
R语言_茶味先生·2023-01-27 11:39

Mac M1系统 miniconda安装、配置conda环境，及在conda环境中安装激活QIIME2

MacM1系统miniconda安装、配置conda环境，及在conda环境中安装激活QIIME21.适配版本的miniconda软件安装包下载（windows,MAC,LINUX）Miniconda—Condadocumentation2
吴振华-Vera Wu·2023-01-10 10:28
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