qiime

QIIME 2教程. 28社区Community(2020.2)

文章目录前情提要社区Community论坛QIIME2Forum用户支持UserSupport技术支持TechnicalSupport社区插件支持CommunityPluginSupport一般讨论GeneralDiscussion
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:43

QIIME 2教程. 26为QIIME 2开发新插件DevelopingPlugin(2020.2)

文章目录前情提要为QIIME2开发新插件概述Overview插件组件Plugincomponents定义功能Definefunctionality创建一个函数并注册为方法CreateafunctiontoregisterasaMethod
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:43

QIIME 2教程. 24Python命令行模式Artifact API(2020.2)

文章目录前情提要Python命令行模式Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要NBT：QIIME2可重复、交互式的微生物组分析平台1简介和安装Introduction&Install2插件工作流程概述
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:43

QIIME 2教程. 25可用和开发中插件AvailableFuturePlugins (2020.2)

文章目录前情提要可用插件alignment对齐：[用于生成和处理序列对齐](https://docs.qiime2.org/2020.2/plugins/available/alignment/)composition
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:43

QIIME 2教程. 27语义类型Semantic(2020.2)

文章目录前情提要语义类型为什么定义语义类型常用的语义类型Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要NBT：QIIME2可重复、交互式的微生物组分析平台1简介和安装Introduction&Install2
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:43

QIIME 2教程. 23图形界面q2studio(2020.2)

文章目录前情提要图形界面`q2studio`Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要NBT：QIIME2可重复、交互式的微生物组分析平台1简介和安装Introduction&Install2插件工作流程概述
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:12

QIIME 2教程. 22命令行界面q2cli(2020.2)

开启命令行补全Enablecommand-linetabcompletionBashZsh验证标签页完成VerifytabcompletionReference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要NBT：QIIME2
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:11

QIIME 2教程. 21进化树推断q2-phylogeny(2020.2)

文章目录前情提要使用q2-phylogeny进行系统发育推断序列对齐SequenceAlignment减少对齐的歧义：屏蔽和参考对齐方式Reducingalignmentambiguity:maskingandreferencealignments构建系统发育Constructaphylogeny方法Methodsfasttreeraxml使用raxml执行多次搜索Performmultiples
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:11

QIIME 2教程. 19使用q2-vsearch聚类OTUs(2020.2)

聚类序列为OTUs下载数据序列去冗余特征[频率]和特征数据[序列]的聚类无参/从头聚类有参聚类半有参/开放参考聚类Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要以下是前面几节的微信推送文章：NBT：QIIME2
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:11

QIIME 2教程. 14数据评估和质控Evaluating and controlling(2020.2)

文章目录前情提要数据评估和质控`q2-quality-control`下载数据基于对齐过滤序列质量评估已知组成的样品评估序列质量译者简介Reference猜你喜欢写在后面前情提要以下是前面几节的微信推送文章：NBT：QIIME2
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:41

QIIME 2教程. 13训练特征分类器Training feature classifiers(2020.2)

文章目录前情提要训练特征分类器下载并导入参考序列提取参考序列训练分类集测试分类集分类真菌ITS序列译者简介Reference猜你喜欢写在后面前情提要以下是前面几节的微信推送文章：NBT：QIIME2可重复
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:41

QIIME 2教程. 17鉴定和过滤嵌合体序列q2-vsearch(2020.2)

-vsearch`数据下载无参嵌合体鉴定可视化统计结果过滤特征表和序列过滤嵌合体和可疑序列过滤嵌合但保留可疑序列Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要以下是前面几节的微信推送文章：NBT：QIIME2
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:41

QIIME 2教程. 11元数据Metadata(2020.2)

文章目录前情提要QIIME2用户文档.11元数据元数据格式要求元数据验证前导和尾随空格字符注释和空行标识符列标识符的建议元数据列列类型数字格式化高级文件格式详细信息TSV行话和语法分析器编码和行尾尾随的空单元格和交错数据译者注
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:40

安装QIIME

condacreate-nqiime1python=2.7qiimematplotlib=1.4.3mocknose-cbiocondasourceactivateqiime1print_qiime_config.py-tsourceactivateqiime1sourcedeactivatecondaremove
YX_Andrew·2020-08-01 12:53

QIIME 2 2019.7 更新

QIIME22019.7昨天发布了，让我们来看一下更新了哪些内容。下一次更新在2019.10下旬，请持续关注。虚拟机镜像更新将在下周放出。
zd200572·2020-08-01 08:22

qiime2+biom+qiime1获得16S物种丰度

我们知道，不管是16S等扩增子测序，还是宏基因组，最后最重要的结果，就是物种的丰度情况了，qiime2给出的16S丰度结果是一个计数，对于许多软件来说这是可用的，那么如果我们想获得一个直接的百分比数据应该怎样做呢
zd200572·2020-08-01 08:22

国内网络环境优化qiime2安装过程-QIIME 2安装慢或无法下载的解决方案

文章目录Fastinstallqiime2inChinaregionNote:安装q2-studio猜你喜欢写在后面原文：为qiime2国内社区贡献点力量：国内网络环境优化qiime2安装过程脚本下载目录链接
刘永鑫Adam·2020-08-01 07:53

QIIME 2教程. 10数据导出Exporting data(2020.2)

文章目录前情提要QIIME2用户文档.10数据导出导出特征表导出进化树导出与提取Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要以下是前面几节的微信推送文章：NBT：QIIME2可重复、交互式的微生物组分析平台
刘永鑫Adam·2020-08-01 07:21

QIIME 2教程. 12数据筛选Filtering data(2020.2)

文章目录前情提要QIIME2用户文档.12数据筛选下载实验相关数据过滤特征表按数据量过滤偶然因素的过滤基于标识符的过滤基于元数据的筛选基于物种过滤表和序列过滤序列过滤距离矩阵译者简介Reference猜你喜欢写在后面前情提要以下是前面几节的微信推送文章
刘永鑫Adam·2020-08-01 07:21

qiime 2分析菌群数据代码

installcondacondaupdateconda#升级conda程序condainstallwget#安装下载工具#installQIIME2withcondawgethttps://data.qiime2
一个人旅行*-*·2020-07-31 23:36

QIIME2-傻瓜式安装

傻瓜式安装QIIME2安装平台：WSL+Ubuntu20.04LTS+Minicondayml文件下载”q2“类型插件下载”q2“类型插件安装总结安装平台：WSL+Ubuntu20.04LTS+MinicondaQIIME2
吴苏·2020-07-31 22:01

QIIME 的 OTU分类

QIIME提供了3种OTU分类流程，分别为denovo,closed-reference和open-reference。
ylluX·2020-07-31 19:47

QIIME 2用户文档. 1简介和安装(2019.7)

写在前面QIIME是微生物组领域最广泛使用的分析流程，9年来引用量超1.6万次，2019年Nature杂志评为近70年来人体菌群研究的25个里程碑事件。
刘永鑫Adam·2020-07-31 13:10

QIIME 2教程. 32如何写方法和引用Citing(2020.2)

文章目录前情提要引用QIIME2引用插件检索特定于插件的引用Retrievingplugin-specificcitations使用来源追溯列出引用Usingprovenancetolistcitations
刘永鑫Adam·2020-07-31 11:17

关于我总结的QIIME 2 16S扩增子分析流程

整理了QIIME216S扩增子分析流程常用的命令和可视化结果的图文解释，挑选了非常基础实用的部分做一个QIIME2学习大礼包（没错就是这篇文章）。
砂之家Kora·2020-07-13 13:42

QIIME2导入数据-fq数据转换成qza数据-使用方法心得

启动QIIME2运行环境condaactivateqiime2-2019.4###新建并定位设置到存在fq数据的文件夹mkdirqiime2-importing-tutorial##建立新的文件夹cd*
醉月伐桂戏嫦娥·2020-07-09 05:26

久等了的QIIME 2 2020.2 更新来了

QIIME22020.2更新踩着2月的尾巴来了！疫情仍在，学习的好时光呀，加油！这次更新有一些小的命令更改，已经把需要关注的重点更新突出显示。
zd200572·2020-07-09 04:10

ubiome类似数据处理探索7

researchgate网站上有人说qiime1版本有这个双向数据配对不拼接的选项？这个没找到。
zd200572·2020-07-09 04:10

QIIME 2用户文档. 10元数据Metadata(2018.11)

文章目录前情提要QIIME2用户文档.9元数据元数据格式要求元数据验证前导和尾随空格字符注释和空行标识符列标识符的建议元数据列列类型数字格式化高级文件格式详细信息TSV方言和语法分析器编码和行尾尾随的空单元格和交错数据使用元数据使用
刘永鑫Adam·2020-07-09 00:22

QIIME 2用户文档. 3老司机上路指南(2018.11)

文章目录前情提要老司机上路指南为什么要改用QIIME2?
刘永鑫Adam·2020-07-09 00:21

QIIME 2教程. 08差异丰度分析gneiss(2020.2)

文章目录前情提要QIIME2用户文档.8差异丰度分析gneiss创建`balances`方法1：相关性聚类选项2：梯度聚类Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要NBT：QIIME2可重复、交互式的微生物组分析平台
刘永鑫Adam·2020-07-09 00:49

QIIME 2教程. 20实用程序Utilities(2020.2)

文章目录前情提要QIIME2中的实用程序命令行`q2cli`检索引文RetrievingCitations查看可视化ViewingVisualizations偷看结果PeekingatResults验证结果
刘永鑫Adam·2020-07-09 00:17

QIIME 2教程. 18序列双端合并read-joining(2020.2)

数据下载序列合并查看合并序列的数据质量和摘要序列质控Deblur查看Deblur特征表导入双端合并的序列导入序列查看导入含质量读长数据的摘要Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要以下是前面几节的微信推送文章：NBT：QIIME2
刘永鑫Adam·2020-07-09 00:17

QIIME 2教程. 29参考数据库DataResources(2020.2)

文章目录前情提要数据资源Dataresourcesq2-feature-classifie使用的分类学分类器标记基因参考数据库Greengenes(16SrRNA)数据库的各种版本及下载链接如下：Silva(16S/18SrRNA)数据库UNITE(fungalITS)数据库微生物组生物信息学评估Microbiomebioinformaticsbenchmarking公共微生物组数据Publicm
刘永鑫Adam·2020-07-09 00:17

QIIME 2教程. 07帕金森小鼠教程Parkinson's Mouse(2020.2)

文章目录前情提要QIIME2用户文档.7帕金森小鼠教程本节视频视频教程假设启动QIIME2运行环境元数据数据导入QIIME2序列质量控制和特征表特征表摘要构建多样性分析所需的进化树Alpha稀疏和深度选择多样性分析
刘永鑫Adam·2020-07-06 20:57

Nature Biotechnology：QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析平台

文章目录可重复、可交互、适用范围广和可扩展的微生物组数据科学——QIIME2作者名单作者单位热心肠导读正文附图1.QIIME2系统的示意图图1.QIIME2提供多种交互式可视化工具图2.迭代记录数据来源确保分析可重复附图
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:27

0049-【宏基因组】-16S分析qiime1极简教程2

1.软件安装qiime1.9.1——condainstallqiimeFLASh——condainstallflash2.数据和文件准备#pairfastq原始数据$ltrawdata/total3.8M-rw-r
leadingsci·2020-07-02 07:47

导出qiime2的树文件和taxonomy文件，并用ggtree美化树

跟着qiime2官方文档做完去噪和聚类后得到两个文件：table.qza（featuretable）,rep-seqs.qza（representsequence）。
吴十三和小可爱的札记·2020-07-02 03:16

QIIME 2用户文档. 4人体各部位微生物组分析实战Moving Pictures(2018.11)

文章目录前情提要QIIME2用户文档.4人体各部位微生物组启动QIIME2运行环境样本元数据下载和导入数据拆分样品序列质控和生成特征表方法1.DADA2方法2.Deblur特征表和特征序列汇总构建进化树用于多样性分析
刘永鑫Adam·2020-07-01 06:10

QIIME 2教程. 01简介和安装 Introduction & Install(2020.2)

文章目录写在前面QIIME2的优势QIIME2用户文档(版本:2020.2)视频：QIIME2用户文档01.1简介入门指南什么是QIIME2？
刘永鑫Adam·2020-07-01 06:09

QIIME 2教程. 04人体微生物组分析Moving Pictures(2020.02)

文章目录前情提要QIIME2用户文档.4人体各部位微生物组本节视频视频教程启动QIIME2运行环境样本元数据下载和导入数据拆分样品序列质控和生成特征表方法1.DADA2方法2.Deblur特征表和特征序列汇总构建进化树用于多样性分析
刘永鑫Adam·2020-07-01 06:09

你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(2020.03)

文章目录征稿、转载、合作文章分类导航目录精选文章推荐会议、招聘广告科研经验软件流程扩增子分析扩增子教程QIIME2最新教程中文(2019.7)易生信-扩增子教程Webserver在线分析平台相关软件和数据库教程宏基因组分析高分文章和图书推荐软件评测和简介教程系列有参分析
刘永鑫Adam·2020-07-01 06:08

你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(2020.5)

文章目录征稿、转载、合作文章分类导航目录精选文章推荐会议、招聘广告科研经验软件流程扩增子分析扩增子教程QIIME2教程(2020.2)易生信-扩增子教程Webserver在线分析平台相关软件和数据库教程宏基因组分析高分文章和图书推荐软件评测和简介教程系列有参分析
刘永鑫Adam·2020-07-01 00:42

QIIME 2用户文档. 14机器学习预测样品元数据分类和回归q2-sample-classifier(2018.11)

sample-classifier`预测样本分类预测样本连续型元数据嵌套交叉验证为所有样本提供预测最佳实践：不应该使用`q2-sample-classifier`做的事情Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要QIIME2
刘永鑫Adam·2020-06-29 20:21

【软件安装】---宏基因组分析软件qiime2的安装及使用

前言：QIIME2是一款强大的、可扩展的、分散的微生物组分分析包，其重点是数据和分析透明度。QIIME2能帮助研究人员分析原始测序数据，并得到出版物质量的数据和统计结果。
卡布达b1·2020-06-10 17:00

qiime2学习—Moving pictures

分享零编程语言基础的菜鸡在学习qiime2遇到的问题——实战Movingpictures附qiime2官方教学网站“MovingPictures”tutorial—QIIME22019.10.0documentation
终究是个dd·2020-04-28 14:48

QIIME2-Moving Pictures 和数据导出

qiime2获得帮助的方式qiime--help官方support网页官方技术支持网页质控过程中DADA2需要大量内存，出现errorcode-9可能是内存不够；选择Deblur可以减小内存需求。
吴十三和小可爱的札记·2020-04-09 09:38

16S rRNA 流程目录 - qiime2

QIIME2不仅可用于处理标记基因分析，而且在广泛的用户和社区人员参与开发下，已经产生了很多可用插件，在未来还有更多的插件整合到QIIME2中，它将成为适应多种微生物组数据特征的平台。
吴十三和小可爱的札记·2020-04-05 21:58

2018-04-19宏基因组实战qiime2-201802（五）Alpha and beta diversity analysis

其实应该好好理解一下这些分析背后的意义，但是我感觉我还是在跑程序。。这一步主要做Alpha和beta多样性分析还是中文版和英文版一次参考一下先上代码-计算多样性qiimediversitycore-metrics-phylogenetic\--i-phylogenyrooted-tree.qza\--i-tabletable.qza\--p-sampling-depth1109\--m-metad
小郑的学习笔记·2020-03-22 20:27

2018-04-20宏基因组实战qiime2-201802（六）物种分类和差异分析

物种分类第一步，下载注释看官方文档的介绍We’lldothatusingapre-trainedNaiveBayesclassifierandtheq2-feature-classifierplugin.ThisclassifierwastrainedontheGreengenes13_899%OTUs,wherethesequenceshavebeentrimmedtoonlyinclude25
小郑的学习笔记·2020-02-15 09:33
上一页 1 2 3 4 下一页
按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他