qiime 第2页

【最新版protocol】16S qiime2 ASV分析

#一、导入数据Importdata分析前需要准备的文件见上一篇文章qiimetoolsimport\--type'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]'\--input-pathsample_data/pe-33-manifest.csv\--output-pathresults/paired-end-demux.qza\--input-formatP

???514·2022-12-23 01:30

Qiime2 ASV特征名简化修改

问题描述：使用Qiime2生成的featuretable（特征表），注释文件以及代表性序列中的ASV名称往往是很长的一段数字（如：“84b577b185f76483981b055fc7c878cb”

道阻且长1994·2022-12-20 07:09

生物信息学Bioinformatics学习笔记（四）- Data analysis-16sRNA

2.OTU（可执行操作单元）分类和统计·以97%的序列相似度将所有序列进行同源比对并聚类成OTUs(QIIME-uc

cling5899·2022-12-19 13:50

libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.26‘ not found 的应对策略（没错libstdc++.so.6又又又坏了）

好久没有用qiime2了，今天看了qiime2sidle插件的使用说明，想用这个插件尝试一下5R16S，但是报错了：qiimesidletrim-dada2-posthoc\--i-tabletable-dada2

生信浪客·2022-12-08 12:54

conda 复制环境_Conda简单粗暴的环境移植(视频教程)

小背景用conda搭环境有时候让人很头疼，有些分析工具动不动就几百个依赖包(例如qiime2)，下载下到天荒地老，而且有些包只有国外的chanel有，国内的镜像chanel有时候就没有或者版本不是最新版本

weixin_39644614·2022-12-08 11:01

2022-11-30 qiime2最新yml文件

1.复制下面代码，存为TXT文件，文件名为qiime2-2022.8-py38-linux-conda.ymlchannels:-qiime2/label/r2022.8-https://packages.qiime2

孟婆给咱来碗汤_cc67·2022-11-30 18:41

16s扩增子测序分析及解读报告的制作

我目前通过自学懂得了利用qiime2做出了多样性分析和注释，但是看各大生物公司的16s解读报告上有的东西实在不知道怎么做出来，求问：各路大神有没有16s全套生信分析的教程？希望向各路大神学习学习！！！

生信小白到大神·2022-11-29 07:37

16S多样性ASV分析-低氧区ODZ水层分析

第一节.质控,实验设计,双端序列合并（在Qiime1中进行）此部分内容来自https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/76903998一、初步看下测序质量首先

???514·2022-11-23 01:52

Jason自习室导航

ggplot2图形艺术(更新中)2.BioScience生信工具箱vcf数据分析系列(已完结)NGS高通量分析管道(更新中)WGS全基因组分析管道GATK4RNA-seq分析管道教程宏基因组16S分析-qiime2

Jason数据分析生信教室·2022-10-29 16:34

Qiime2最全安装教程--包教包会，可私信远程免费帮装

吐个槽，相信凡是来到这的小伙伴肯定不是第一次遇到Qiime2，因为你们已经无数次安装卸载，仍痛苦不堪，你好，我是华佗再世。本教程教给你最简单的方式安装，请相信大道至简！啥？虚拟机？P！

神奇聂·2022-02-26 07:29

基于qiime2的扩增子流程

写在前面：扩增子在微生物组领域就像分子生物学里面的PCR一样常见、有用，像繁琐的PCR一样（虽然有说明书告诉你引物、Taq酶、dNTPs等的加入量，但是每次都加也很繁琐），扩增子分析的流程也是很复杂。逐渐发展后，PCR有了mix（有了它，你只需要加水和模板就能PCR了）。为了方便自我和大家，我也把扩增子这个繁琐的流程整合成了像mix一样的东西-Amp.sh。只需要输入几个简单的参数，就可以坐等结果

kkkkkkang·2022-02-18 05:13

QIIME基础应用（一）

一、数据准备1、Mapping文件Mapping文件为描述测序样本信息的文件，“数据的数据”，文件格式为.txt，需手动建立，其基本格式如下：其中前三列与最后一列为必备列，分别为样品名，Barcode序列，引物序列，以及样品描述信息，其余列可自行添加用于样品分组。准备好的Mapping文件需使用validate_mapping_file.py检验其正确性：validate_mapping_file

小河海·2022-02-15 10:11

Qiime2 cutadapt使用参数

qiimecutadapttrim-paired--helpUsage:qiimecutadapttrim-paired[OPTIONS]Searchdemultiplexedpaired-endsequencesforadaptersandremovethem.搜索并删除双末端序列中得接头序列Theparameterdescriptionsinthismethodareadaptedfromth

佳名·2022-02-14 03:03

扩增子分析：qiime2平台全流程分析

Ampliconsequencinganalysispipelinethroughqiime2platformqiime2是扩增子数据分析的最佳平台之一，其提供了大量从原始data到统计分析的插件，尤其是它的可重复分析且可扩展插件的理念使得其成为扩增子分析首选的平台。更多知识分享请到https://zouhua.top/。Platformqiime2是扩增子数据分析的最佳平台之一，其提供了大量从原

华仔少年·2022-02-06 16:10

微生物多样性qiime2分析流程(3) 使用figaro来得到dada2正反向截断参数

dada2插件对原始数据paired-end-demux.qza进行质量过滤需要两个参数，trunc-len-f和trunc-len-r。这个想法是通过尽可能多地删除较低质量部分来优化正向和反向的读取与合并，并且仍然保留足够的重叠部分。我们可以通过检查原始数据的质量值来获得过滤参数。现在可以通过figaro程序来得到合适的参数.1.安装figaro(https://github.com/Zymo-

益民厂老厂长·2021-06-23 01:10

扩增子分析

微生太扩增子分析系列第八节：QIIME2+GalaxyPICRUSt进行16S功能预测扩增子测序是一种二代靶向测序技术，它使用PCR技术来生成称为扩增子的DNA序列，它简单、快速、应用广泛。

高锰酸钾配甲醛_ab83·2021-06-20 13:06

Qiime1-16.LEfSe输入文件如何生成？如何使用LEfSe？

本节主要介绍两种方法第一种是由qiime1生成输入文件+LEfSeweb线上分析，第二种是使用Koeken工具产生LEfSe结果。

jlyq617·2021-06-11 01:22

Qiime2 DADA2使用参数

qiimedada2denoise-paired--helpUsage:qiimedada2denoise-paired[OPTIONS]Thismethoddenoisespaired-endsequences,dereplicatesthem,andfilterschimeras.该方法对双末端测序数据进行去噪、去重复、以及过滤嵌合体。Inputs:--i-demultiplexed-seqs

佳名·2021-06-08 12:14

Qiime feature-classifier使用参数

qiimefeature-classifierclassify-sklearn--helpUsage:qiimefeature-classifierclassify-sklearn[OPTIONS]Classifyreadsbytaxonusingafittedclassifier.Inputs:--i-readsARTIFACTFeatureData[Sequence]Thefeaturedat

佳名·2021-06-04 17:48

第二章微生物组数据的结构和特点

生物信息学工具包括QIIME和MOTHUR。例如，在对原始序列进行预处理之后，有两种方式可用于生成可分析的微生物组数据。

ZMQ要加油呀·2021-05-30 00:21

一文完不成qiime2微生物多样性分析(2021版上)

之前写过一系列qiim2的教程都是零零散散的记录，里面也有不少命令打错的步骤给各位小伙伴造成了不少的疑惑，恰逢qiime2-2020.11发布，所以就在重新总结一次，这次稍后会整理上传分析数据，希望对大家有所帮助

R语言数据分析指南·2021-05-26 12:13

扩增子分析——usearch+vsearch+qiime1

参考文章：1.https://www.jianshu.com/p/c72bb359f0502.http://blog.sciencenet.cn/blog-3334560-1071618.htmlusearch下载地址：https://drive5.com/software.htmlusearch安装：1.解压缩2.chmod+x/apps/users/user01/wanghhh/softwar

wanghaihua888·2021-03-20 10:22

微生物多样性qiime2分析流程(2）使用qiime2和dada2处理16S序列

我不太确定这篇文档里还有没有打错的命令，代码建议参考：一文完不成qiime2微生物多样性分析(2021版上)这篇文档，应该没错误命令了,希望对大家有帮助，喜欢的小伙伴可以关注我的公众号R语言数据分析指南持续分享更多优质资源

R语言数据分析指南·2021-02-22 21:00

Qiime2 (三)-DADA2降噪（Denoise）流程

双端数据命令示例：1.降噪输入：导入QIIME2的rawreads（summary_pe.qza）time

佳名·2020-12-30 15:45

微生物多样性qiime2分析流程(6) 数据可视化分析(上）

在之前的几篇文章里，介绍了如何整合dada2的分析结果，并且已经通过MicrobiotaProcess包转化为了phyloseq对象，接下来先让我们进行一些基础的可视化操作.示例数据:https://pan.baidu.com/s/1aY92IEQ_sDmLvEhJ_J4vkQ提取码:7ixa1.整合数据转换格式rm(list=ls())library(MicrobiotaProcess)libr

R语言数据分析指南·2020-11-30 10:41

微生物多样性qiime2分析流程(4) 训练特征分类器进行16s数据注释

经过前面的分析步骤，我们得到了特征表，代表序列及进化树文件，并更改了其名称；接下来就让我们根据silva138数据库训练特征分类器来对代表序列进行注释:1.导入参考序列数据库timeqiimetoolsimport\--type'FeatureData[Sequence]'\--input-pathsilva.16s_bacteria.fasta\--output-pathsilva.16s_ba

R语言数据分析指南·2020-10-31 10:45

微生物多样性qiime2分析流程(8) phyloseq整合已有OTU数据进行分析

前面一系列文章介绍了如何通过qiime2处理原始数据，进行聚类注释及可视化分析，但是现实中小伙伴们已经得到了处理好的OTU表及注释文件，那怎么基于此来进行后续分析呢？

R语言数据分析指南·2020-10-29 09:55

微生物多样性qiime2分析流程(7) 运用blast比对方法对16s数据进行注释

前面介绍了如何使用qiime2训练特征分类器对16s数据进行分类注释，但是由于其占用内存较高，个人电脑难以运行，现在介绍如何利用blast比对的方法进行数据注释。

R语言数据分析指南·2020-10-28 10:02

生物分析平台整理

1：Mothur:http://www.mothur.org/wiki/Main_Page-------分析管道2：QIIME:http://qiime.org/-----分析管道，python编写，3

quan575·2020-10-10 22:39

qiime taxonomy出现CategoricalMetadataColumn does not support values with leading or trailing whites...

实际原因是因为其中有空格导致程序报错，处理的方式如下：参考来源：https://forum.qiime2.org/t/qiime-taxa-filter-t

yilunanxia·2020-09-22 14:52

QIIME 2用户文档. 8数据导入Importing data(2018.11)

文章目录前情提要QIIME2用户文档.8数据导入导入带质量值的FASTQ测序数据EMP标准混样单端数据EMP混样双端数据Casava1.8单端混样数据Casava1.8双端拆分后数据**Fastq样品文件清单格式

刘永鑫Adam·2020-09-15 06:02

QIIME2教程. 03老司机上路指南Experience(2020.2)

文章目录前情提要老司机上路指南本节视频视频教程为什么要改用QIIME2?

刘永鑫Adam·2020-09-15 06:02

16S扩增子分析 | 02 去噪和聚类

读前须知nohup后台运行nohup后台运行时，要将qiime2-2019.7环境激活，否则会报错！一定要记得激活！激活！激活！

小虎牙儿·2020-09-15 06:21

QIIME 2教程. 06沙漠土壤分析AtacamaSoil(2020.2)

文章目录前情提要QIIME2用户文档.6阿塔卡马沙漠微生物组分析本节视频视频教程启动QIIME2运行环境实验数据下载双端数据分析方法去噪并生成特征表和代表序列接下来分析要回答的科学问题参考答案重抽样数量的选择环境因子关联分析

刘永鑫Adam·2020-09-15 04:51

QIIME 2教程. 05粪菌移植分析练习Fecal microbiota transplant (FMT)(2020.2)

文章目录前情提要QIIME2用户文档.5粪菌移植分析练习本节视频视频教程实验设计简介启动QIIME2运行环境实验数据下载序列质控评估生成特征表和代表性序列查看去噪过程统计合并不同批的代表序列和特征表表1

刘永鑫Adam·2020-09-15 04:50

QIIME 2教程. 09数据导入Importing data(2020.2)

文章目录前情提要QIIME2用户文档.9数据导入导入带质量值的FASTQ测序数据EMP标准混样单端数据EMP混样双端数据Casava1.8单端混样数据Casava1.8双端拆分后数据**Fastq样品文件清单格式

刘永鑫Adam·2020-09-15 04:20

2018-04-17宏基因组实战qiime2-201802（三）去除引物和Barcode

我还在论坛发了一个帖子询问https://forum.qiime2.org/t/self-consistency-loop-terminated-before-convergence-an-error-was-encountered-while-running-dada2

小郑的学习笔记·2020-08-26 23:41

随手“一片”SCI，Qiime2扩增子处理流程确定不了解一下？

文章目录conda安装qiime2导入数据制作Manifest和Metadata表Import数据查看原始数据质量DADA2去噪、去嵌合体和生成OTU构建进化树绘制稀释曲线计算物种多样性物种组成分析基于

Neptuneyut·2020-08-25 01:55

Mothur配合qiime生成otutable

qiime设置傻瓜化，安装起来欲仙欲死，操作起来爽翻天。第一次用qiime就发觉这个软件果然酸爽。公司测序回来发了好几个文件回来，我选择质量控制并拼接好的数据直接上手。

马志远的生信笔记·2020-08-21 22:39

QIIME 2用户文档. 2插件工作流程概述(2018.11)

文章目录前情提要QIIME2插件工作流程概述零基础上手开始前重要的知识点样本拆分Demultiplexing去噪和聚类去噪聚类特征表物种分类和分类学分析序列分类注释后多序列比对和进化树构建多样性分析玩转特征表译者简介

刘永鑫Adam·2020-08-16 22:30

Qiime学习1

LogInQIIME2中文帮助文档(ChineseManual)CommunityContributionsTranslationsin-progressinstallThisistheofficialforumfordiscussionofQIIME2.Ifyou’relookingforhelpwithQIIME1,pleasegototheQIIME1Forum.Thisforumisfor

zoo_·2020-08-16 02:37

qiime2-2019.1更新学习笔记

后面qiime2的发布节奏会是这样的：QIIME22019.4QIIME

zd200572·2020-08-08 01:43

使用R语言获得16S物种丰度

还是获得16S物种丰度得老问题，最近在一台新机器上安装qiime1，发现有报错，对于这种停止维护的软件，也是正常现象吧，于是想别的办法解决，恰巧最近读R几本R语言的入门书，发现prop.table()这个函数是可以实现相关功能的

zd200572·2020-08-08 01:11

QIIME 2用户文档. 6沙漠土壤分析Atacama soil(2018.11)

文章目录前情提要QIIME2用户文档.6阿塔卡马沙漠微生物组分析启动QIIME2运行环境实验数据下载双端数据分析方法去噪并生成特征表和代表序列接下来分析要回答的科学问题Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要文章导读

刘永鑫Adam·2020-08-08 01:32

QIIME 2用户文档. 5粪菌移植分析练习Fecal microbiota transplant (FMT) study

文章目录前情提要QIIME2用户文档.5粪菌移植分析练习启动QIIME2运行环境实验数据下载序列质控评估生成特征表和代表性序列查看去噪过程统计合并不同批的代表序列和特征表表1.OTU表总结表2.样品数据量分布表