r语言aggredate

洛克菲勒大学2021年生信课1：Introduction to R, session 1

R语言零基础同学看过来了，RockefellerUniversity最新的生信公开课。因为这个系列的课有PPT，所以我直接把PPT贴上来了，就不自己逐字逐句的打了（我好懒）。
生信start_site·2023-09-19 09:37

在R语言中轻松搞定数据透视表操作

【R语言】长宽格式数据相互转换函数介绍函数使用这里使用reshape2包中的dcast函数和acast函数，两个函数都可以将长格式数据转换成宽格式数据，dcast与acast几乎没有区别，唯一的差别在于
Sim1480·2023-09-19 08:16

跟着Cell学作图：R语言ggplot2做蜂群图的简单小例子

论文https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867421008916#da0010Ancientandmoderngenomesunraveltheevolutionaryhistoryoftherhinocerosfamilyimage.png犀牛本地论文1-s2.0-S0092867421008916-main.pdf数据和
小明的数据分析笔记本·2023-09-19 07:11

学习小组Day4笔记--彦凯

1.安装R（基础）和Rstudio2.了解R语言，认识Rstudio的工作界面2.1R是一种编程语言，也是统计计算和绘图的环境，它汇集了许多函数，能够提供强大的功能。
前方道阻且长·2023-09-19 01:12

观察者笔记——阶段学习总结与未来安排（百日一更）

matplotlib四、网络爬虫五、人工智能5.1.传统机器学习5.2.深度学习六、数学建模七、数据结构与算法八、生物信息学九、人工智能+生物信息学十、常规软件系统的开发十一、观察者眼中的植物学十二、R语言十三
星石传说·2023-09-18 23:46

R语言Apriori算法关联规则对中药用药复方配伍规律药方挖掘可视化|附代码数据

全文链接：http://tecdat.cn/?p=32316原文出处：拓端数据部落公众号我们常说的中药挖掘，一般是用药挖掘，还有穴位的挖掘，主要是想找出一些用药的规律。在中医挖掘中，数据的来源比较广泛,有的是通过临床收集用药处方，比如，一个著名老中医针对某一疾病的用药情况;有的是通过古籍，古代流传下来的药方;还有一种情况是在论文数据框里查找专门治疗某一疾病的文献，从中找到处方，用来分析。Aprio
·2023-09-18 23:04

视频|分类模型评估:精确率、召回率、ROC曲线、AUC与R语言生存分析时间依赖性ROC实现|附代码数据

p=20650原文出处：拓端数据部落公众号视频|分类模型评估:精确率、召回率、ROC曲线、AUC与R语言生存分析时间依赖性ROC实现分类模型评估精确率、召回率、ROC曲线、AUC与R语言生存分析时间依赖性
·2023-09-18 23:03

R语言Apriori关联规则、K-means均值聚类数据挖掘中药专利复方治疗用药规律网络可视化|附代码数据

全文链接：http://tecdat.cn/?p=30605原文出处：拓端数据部落公众号应用关联规则、聚类方法等数据挖掘技术分析治疗抑郁症的中药专利复方组方配伍规律。方法检索治疗抑郁症中药专利复方，排除外用中药及中西药物合用的复方。最近我们被要求撰写关于用药规律的研究报告，包括一些图形和统计输出。对入选的中药专利复方进行术语规范化等处理，抽取信息、建立表，应用数据分析软件R对数据进行关联规则分析，
·2023-09-18 23:03

R语言生态学种群空间点格局分析：聚类泊松点过程对植物、蚂蚁巢穴分布数据可视化

全文链接:https://tecdat.cn/?p=33676原文出处：拓端数据部落公众号点模式分析（点格局分析）是一组用于分析空间点数据的技术。在生态学中，这种类型的分析可能在客户的几个情境下出现，但对数据生成方式做出了特定的假设，因此让我们首先看看哪些生态数据可能与点模式分析相关或不相关。哪些数据适用于点模式分析？点模式分析的最重要假设是点的数量和位置都需要是随机的。此外，我们需要知道客户的采
·2023-09-18 23:32

R语言绘图-3-Circular-barplot图

0.参考：https://r-graph-gallery.com/web-circular-barplot-with-R-and-ggplot2.html1.说明：利用ggplot绘制环状的条形图(circularbarplot)，并且每个条带按照数值大小进行排列。2绘图代码:注意：绘图代码中的字体为“TimesNewRoman”，如果没有这个字体的话，可以更换为其他字体，或者用下面代码加载改字体
@ZyuanZhang·2023-09-18 19:20

数据代码分享|R语言回归分析：体脂数据、公交绿色出行与全球变暖2案例|附代码数据

全文链接：http://tecdat.cn/?p=32520原文出处：拓端数据部落公众号通常在现实应用中，我们需要去理解一个变量是如何被一些其他变量所决定的。最近我们被客户要求撰写关于回归分析的研究报告，包括一些图形和统计输出。回答这样的问题，需要我们去建立一个模型。一个模型就是一个公式之中，一个因变量（dependentvariable）(需要预测的值)会随着一个或多个数值型的自变量（indep
·2023-09-18 16:59

R语言关联规则Apriori对抗肿瘤中药数据库知识发现研究|附代码数据

全文链接：http://tecdat.cn/?p=32660原文出处：拓端数据部落公众号肿瘤是近年来严重威胁人类的健康的疾病,据统计,目前大部分种类的肿瘤都呈现不同程度的上升趋势,中国因患肿瘤而死亡的人数约占全球肿瘤死亡总人数的1/4左右,人类正面临着肿瘤防治的新挑战。现代医学治疗肿瘤的手段和方式已经日臻完善,主要为手术配合放、化疗联合治疗。但传统西医治疗在提高缓解率的同时易产生较强的毒副作用与耐
·2023-09-18 16:58

R语言用logistic逻辑回归和AFRIMA、ARIMA时间序列模型预测世界人口|附代码数据

全文下载链接:http://tecdat.cn/?p=27493最近我们被客户要求撰写关于预测世界人口的研究报告，包括一些图形和统计输出。本文应用R软件技术，分别利用logistic模型、ARFMA模型、ARIMA模型、时间序列模型对从2016到2100年的世界人口进行预测作者将1950年到2015年的历史数据作为训练集来预测85年的数据。模型稳定性经过修正后较好，故具有一定的参考价值。引言随着时
·2023-09-18 16:37

数据分享|R语言逻辑回归、线性判别分析LDA、GAM、MARS、KNN、QDA、决策树、随机森林、SVM|附代码数据

全文链接:http://tecdat.cn/?p=27384最近我们被客户要求撰写关于葡萄酒的研究报告，包括一些图形和统计输出。在本文中，数据包含有关葡萄牙“VinhoVerde”葡萄酒的信息介绍该数据集（查看文末了解数据获取方式）有1599个观测值和12个变量，分别是固定酸度、挥发性酸度、柠檬酸、残糖、氯化物、游离二氧化硫、总二氧化硫、密度、pH值、硫酸盐、酒精和质量。固定酸度、挥发性酸度、柠檬
·2023-09-18 16:06

R语言用logistic逻辑回归和AFRIMA、ARIMA时间序列模型预测世界人口|附代码数据

全文下载链接:http://tecdat.cn/?p=27493最近我们被客户要求撰写关于预测世界人口的研究报告，包括一些图形和统计输出。本文应用R软件技术，分别利用logistic模型、ARFMA模型、ARIMA模型、时间序列模型对从2016到2100年的世界人口进行预测作者将1950年到2015年的历史数据作为训练集来预测85年的数据。模型稳定性经过修正后较好，故具有一定的参考价值。引言随着时
·2023-09-18 16:35

R语言与数据分析实战7-时点类函数

第1关：R自带的时点类函数任务描述R中其实有不少比较实用的时点类函数，我们在上一实训末尾介绍的几个时点计算方法算是其中的基础，而对于日期以及时间的相关时点处理，除了在上一个实训中提到的差值运算，还有很多高阶处理手段，比如日期或者时间的分组、关键日期（或时间）信息提取等。我们将在本关介绍Rstudio中相关自带函数的使用方法。#####R_date_adv.R###########begin####
Ssaty.·2023-09-18 14:37

代做CSE207、代写java/C++、代做systems、代写CS/Python程序设计调试C/C++编程|代做R语言编程

CSE207-Assessment2Semester1–2018/2019Section1.AssessmentInformationAssessmentNumber2ContributiontoOverallMark10%Submissiondeadlineat6pmonFriday,Nov.302018Section2.RelevantLearningOutcomesforthisAssess
guibijian·2023-09-18 13:35

R语言实现卡方检验并计算OR值

实现卡方检验和计算OR值library(epitools)tapw<-c("Lowest","Intermediate","Highest")outc<-c("Case","Control")#数据特点，第一行为基准，第一列为对照组，本例数据对照组在最后，后期需要设置rev="c"。dat<-matrix(c(2,29,35,64,12,6),3,2,byrow=TRUE)dimnames(dat
weixin_49320263·2023-09-18 12:43

R语言实现样本量的估算（2）

本文默认α=0.05(sig.level)，β=0.2(power)，根据研究需要可调整。导入包library(pwr)（1）已知标准差和预期差异1、单样本t检验：某治疗措施预期提高某物质水平8mg/L，标准差为10mg/L。#单样本t检验pwr.t.test(d=8/10,#期望的平均差异/总体标准差sig.level=0.05,power=1-0.2,type="one.sample",alt
weixin_49320263·2023-09-18 12:42

《R语言实战》自学笔记58-单因素方差分析

方差分析是小编工作中最常用到的统计分析方法，以往对于这个分析方法总是懵懵懂懂，在学习《R语言实战》的过程中发现只有对统计知识的原理学深学透，才能在运用R进行分析时做到知其然并知其所以然。
zjh9280·2023-09-18 12:27

Coding and Paper Letter（八十七）

1Coding:1.针对R语言新手的shiny培训教程。shinybeginners2.R语言包tinter，用于获取颜色的色调和阴影。tinterimage3.PowerBI的培训研讨会。
G小调的Qing歌·2023-09-18 11:54

在visual studio里安装Python并创建python工程

在"云优先，移动优先"的战略下，于2015年，微软收购了R语言的创始团队。又过5年，即在2020年，Python语言的创始人吉多·范罗苏姆(GuidovanRossum)也加入微软。
sanqima·2023-09-18 10:34

如何用mediation的R包做中介分析

用R语言进行中介分析的代码如下getmedre_vm2wmhv<-function(X,Y,M,C1,C2,C3,C4,C5,C6,C7){Data_X<-data.frame(M=M,X=X,C1=C1
kimu_4819·2023-09-18 06:05

R语言绘制PCA双标图、碎石图、变量载荷图和变量贡献图

1、原论文数据双标图代码：setwd("D:/Desktop/0000/R")#更改路径#导入数据df3){x_angle%dplyr::select(all_of(codes_4_PCA))#运行PCA。dplyr::select(-species)：将不需要的列数据去除pca_result%dplyr::select(-SITE_ID,-IGBP),scale.unit=T,ncp=10,gr
清纯世纪·2023-09-18 01:26

R语言画多变量间的两两相关性图

语言代码：setwd("D:/Desktop/0000/R")#更改路径df<-read.csv("kaggle/Seed_Data.csv")head(df)df$target<-factor(df$target)#因为目标是数字，所以加他，不加会报错cols<-c("steelblue","yellowgreen","violetred1")#install.packages("GGally"
清纯世纪·2023-09-18 01:56

R语言绘制热图

1、初步绘图rm(list=ls())#clearGlobalEnvironmentsetwd('D:/Desktop/0000/code-main/热图')#设置工作路径#加载R包library(pheatmap)#读取数据df<-read.table(file="data.txt",sep="\t",row.names=1,header=T,check.names=FALSE)#查看前3行he
清纯世纪·2023-09-18 01:55

R语言基础教程

常用机为Mac，但window也是一样的哦（有差别的地方有讲解）R语言和其他语言差别很大哦，里面有很多基础基础基础的内容，包括介绍数据结构。但语法还是和其他语言一样哦，比如循环、判断。有基础食用更香！
hanhan不是很憨憨·2023-09-17 22:00

数据分享|R语言武汉流动人口趋势预测：灰色模型GM（1，1）、ARIMA时间序列、logistic逻辑回归模型...

本文帮助客户综合运用R语言灰色预
拓端研究室TRL·2023-09-17 21:36

[跟着NC学作图]--箱线图

对于多少数据集，还是推荐我们的以前的教程[[R语言可视化-精美图形绘制系列]--显著性箱线图](http://mp.weixin.qq.
小杜的生信筆記·2023-09-17 20:09

R语言绘制染色体变异位置分布图，RIdeogram包

变异位点染色体分布图今天分享的内容是通过RIdeogram包绘制染色体位点分布图，并介绍一种展示差异位点的方法。在遗传学研究中，通过测序等方式获得了基因组上某些位置的基因型信息。如下表，第一列是变异位点的ID，第二列是染色体，第三列是物理位置，最后两列是两个样品的基因型。这个文件通常有好几万行，要想快速从中获得有效信息，可以借助变异位点染色体分布图功能实现。比如下图，红色部分表示样品A和样品B差异
生信分析笔记·2023-09-17 15:55

代写C#、代做RichTextBox、代写C#编程设计、代做C#调试C/C++编程|代写R语言程序

PracticeinC#1Practice9.Exercise1:UsingmenusInanicelittlevillageofNorthHungary,thereisapubwithafunnyname.Nowwewriteaprogramforthispub.Ourapplicationhasmoreforms,andonthemainform,thereisamenubar.TheFile
wuyubu·2023-09-17 09:56

R语言-13数据标准化与初步统计

将数据标准化或中心化#标准化，减去均值再除以均方根，scale设为FALSE的时候是中心化，也就不除均方根scmean<-scale(allmean[,2:17],center=TRUE,scale=TRUE)求第2列的方差、平均值sd(data[,2])mean(data[,2])简单分类统计引入plyr包library(plyr)按pic列和audios列分类统计count(data1,c(d
周一ing·2023-09-17 06:45

R语言实战分析预测海藻数量

********************预测海藻数量R语言脚本************************---加载数据包library(DMwR)head(algae)---对于数据给出行名称algae
hao1175513356·2023-09-17 04:47

R语言预测海藻频率（多元线性回归、回归树、组合随机森林）

结合刚刚学习R语言，进行分析数据集加载通过DMwR包来对海藻数据进行加载，并设定表头等数据。如
QQ未来星·2023-09-17 04:17

“对称散点图”的绘制（R语言）

R语言绘制基因表达基因的“对称散点图转录组分析中，计算了两组间差异表达的基因后，通常怎样表示？您可能第一时间想到可以使用火山图。
纪伟讲测序·2023-09-17 03:05

16S rRNA&rDNA测序分析

16SrRNA/rDNA测序分析，qiime操作，linux命令，系统发育树构建，venn图，heatmap热图，主分析RDA（Redundancyanalysis），典范对应分析CCA等R语言作图网易云课堂上有视频讲解
宁生信·2023-09-16 22:23

对偏态数据进行对数变换的方法及R语言代码实现

对偏态数据进行对数变换的方法及R语言代码实现在实际的数据分析中，我们经常会遇到一些偏态分布的数据。为了满足统计分析的前提条件或使数据更符合某些模型的假设，我们可以采用对数变换来处理这些数据。
Code_GO_GO·2023-09-16 17:11

R语言学习-1-Basic Building Blocks

介绍R中的一些基本模块，所有的命令都可以在R的console里交互式进行。推荐使用Rstudio进行学习变量R最简单的应用，是可以作为交互式的计算器，在console里输入5+7然后回车:>5+7#输入，R的控制台里输入的前方会有>标志[1]12#输出结果默认情况下，R仅打印结果12。但是，R是一种编程语言，通常我们使用一种编程语言而不是计算器的原因是为了使某些过程自动化或避免不必要的重复。在这种
星轨无尽·2023-09-16 14:43

R语言&Python GEO DataSets多个Series进行差异基因表达分析以及导入Excel到R的问题

引入GEODataSets上，某些Series是由多个series组成的，比如GSE6834,由六个Series组成：ThisSuperSeriesiscomposedofthefollowingSubSeries:Less…Less…GSE6771TemporalCortexControl(mesialtemporallobeepilepsycontrol)GSE6773Temporalneoc
twentyonepilots·2023-09-16 12:43

R语言 使用getGEO()直接进行差异表达分析并显示Entrez_id和Symbol_id

引入平常我们利用GEODatasets的表达量数据进行基因表达分析的时候，常常是下载表达矩阵，利用limma包进行分析，如果能找到注释包，那就把探针注释成Entrez_id或者是Symbol_id，如果找不到，那就下载对应GPL提供的注释文件，但是很可能还是不好注释，比如今天拿来做例子的GSE15222对应的GPL2700：我们看到这个GPL只提供了GB_ACC也就是Genebank的一个号码，我
twentyonepilots·2023-09-16 12:43

R语言中的数据框和列表

手动创建一个数据框(数据框每一列的数据类型必须相同，列与列之间可以不同patientID<-c(1,2,3,4)age<-c(25,34,28,52)diabetes<-c("Type1","Type2","Type3","Type2")status<-c("poor","Improved","Excellent","poor")patientsData<-data.frame(patientID
UlissesJr·2023-09-16 09:22

R语言用逻辑回归预测BRFSS中风数据、方差分析anova、ROC曲线AUC、可视化探索

全文链接：https://tecdat.cn/?p=33659行为风险因素监测系统（BRFSS）是一项年度电话调查。BRFSS旨在确定成年人口中的风险因素并报告新兴趋势（点击文末“阅读原文”获取完整代码数据）。相关视频例如，调查对象被询问他们的饮食和每周体育活动、HIV/AIDS状况、可能的吸烟情况、免疫接种、健康状况、健康日数-与健康相关的生活质量、医疗保健获取、睡眠不足、高血压认知、胆固醇认知
拓端研究室TRL·2023-09-16 06:07

Meta分析核心技术

R语言拥有完整有效的数据处理、统计分析与保存机制，可以对数据直接进行分析和显示，命令格式简单、结果可读性强，包含众多针对Meta分析软件包，是进行Meta整合分析及评价的有效平台。本内容从文
_遇见jia·2023-09-16 06:05

数据分享|R语言逻辑回归、线性判别分析LDA、GAM、MARS、KNN、QDA、决策树、随机森林、SVM分类葡萄酒交叉验证ROC...

全文链接:http://tecdat.cn/?p=27384在本文中，数据包含有关葡萄牙“VinhoVerde”葡萄酒的信息（点击文末“阅读原文”获取完整代码数据）。介绍该数据集（查看文末了解数据获取方式）有1599个观测值和12个变量，分别是固定酸度、挥发性酸度、柠檬酸、残糖、氯化物、游离二氧化硫、总二氧化硫、密度、pH值、硫酸盐、酒精和质量。固定酸度、挥发性酸度、柠檬酸、残糖、氯化物、游离二氧
拓端研究室TRL·2023-09-16 05:06

数据分享|R语言分析上海空气质量指数数据：kmean聚类、层次聚类、时间序列分析：arima模型、指数平滑法...

本文向大家介绍R语言对上海PM2.5等空气质量数据（查看文末了解数据免费获取方式）间的相关分析和预测分析，主要内容包括其使用实例，具有一定的参考价值，需要的朋友可以参考一下（点击文末“阅读原文”获取完整代码数据
拓端研究室TRL·2023-09-16 04:50

用R语言从数据库SQL中导入数据

具体实现安装数据库SQLServer2016,在其中创建一个名叫123的数据库，并且在里面创建一个Table_1的表，用于查询操作具体R语言代码如下：//首先下载RODBC包，RODBC包允许R和一个通过
Pang_ling·2023-09-16 03:38

R语言并行计算提高速度丨parallel包和foreach包

并行计算提高R语言速度今天与大家分享的是R语言中的并行计算的内容，将探讨如何使用parallel和foreach包在R中进行并行计算，以及在不同情况下提高计算效率的方法。目标：让计算等待时间缩短！
生信分析笔记·2023-09-16 01:03

R语言用列数据画PCA带椭圆图

之前找了很多信息，见到的都是用行画PCA，用列的大多都是使用fviz_pca_var这个函数，但这个函数椭圆我又死活加不上，再加上画椭圆时的分组信息又没法加在原数据里，纠结了很久。但最后还是被我试出来了。先放个原数据格式：datagrouplibrary("FactoMineR")library("factoextra")library("dplyr")data=read.csv("G:/TPTN
清珺·2023-09-15 23:17

R语言ggplot2作图如何去掉图例中的NA

遇到这个问题是在使用ggtree可视化展示进化树的时候，我想给进化树的枝分组映射颜色第一步是准备进化树文件(((T1:0.4861354076,T2:0.2834595428):0.942360715,(((T3:0.3184458097,T4:0.9622228269):0.4969661732,T5:0.6340993682):0.5032551708,(T6:0.4230469938,(T7
小明的数据分析笔记本·2023-09-15 19:41

跟着 Cell 学作图 | 3.箱线图+散点+差异显著性检验

“复现是学习R语言的最好办法。”2021.4.12_1DOI:10.1016/j.cell.2020.05.032这篇2020年发表在cell上关于新冠的组学文章里面有大量的生信内容。
木舟笔记·2023-09-15 18:24
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