rna聚类分析

Nature子刊：韩雪祥等总结用于RNA递送的可电离脂质工具箱

原创生物世界生物世界收录于话题#递送载体18个#mRNA技术54个撰文|晶晶编辑|王多鱼排版|水成文近年来，对RNA疗法的研究取得了重大进展。
Seurat_Satija·2023-04-13 01:02

LncACTdb 2.0：疾病相关的ceRNA网络数据库 | 数据库推荐

作为中心法则的关键分子，RNA家族一直是研究热点，microRNAs(miRNA)、长链非编码RNA（lncRNA）、环状RNA（circRNA）....以及竞争性内源性RNA(ceRNA)调控机制。
尐尐呅·2023-04-13 00:39

【数据分析4】scikit-learn机器学习

1.机器学习方法：•构造间隔理论分布：聚类分析和模式识别•人工神经网络•决策树•感知器•支持向量机•集成学习AdaBoos•降维与度量学习•聚类•贝叶斯分类器•构造条件概率：回归分析和统计分类•高斯过程回归
ZEVIN LI·2023-04-12 23:24

下雪会把新型冠状病毒杀死吗？

病毒是由蛋白质包裹的，一小段基因片段，这个基因片段可能是DNA，也可能是RNA。蛋白质是怕热不怕冷的。
小白大蓝鲸·2023-04-12 22:21

RNA-seq入门实战（四）：差异分析前的准备——数据检查

本节概览：数据预处理,进行样本间具有可比性boxplot查看样本的基因整体表达情况查看不同分组的聚类情况：样本hclust图、距离热图、PCA图、差异基因热图、相关性热图承接上节RNA-seq入门实战（
嘿嘿嘿嘿哈·2023-04-12 22:02

RNAseq教程(1.4)

IntroductiontoRNAsequencingInstallationReferenceGenomesAnnotationsIndexingRNA-seqDataPre-AlignmentQC2.Module2-RNA-seqAlignmentandVisualizationAdapterTrimAlignmentIGVAlignmentVisualizationA
周小钊·2023-04-12 18:45

王炸组合『单细胞+空间转录组』的科研应用【2】：肝脏生理学/疾病

王炸组合『单细胞+空间转录组』的科研应用【1】：心血管发育/疾病02肝脏生理学/疾病最近的技术进步使得在单个细胞中进行全基因组RNA分析成为可能，这种技术被称为单细胞转录组测序（scRNA-seq）。
尐尐呅·2023-04-12 16:30

使用Celaref包进行单细胞类型注释分析（一）：Celaref Overview and Installation

Celaref包简介单细胞RNA-seq测序（scRNA-seq）技术可以解析组织或样品内的细胞异质性，并查看特定细胞类型的特征和变化情况。
Davey1220·2023-04-12 16:45

RECORD MY GRADUATION THESIS: 生态环境中的小可爱_枝角类_201905于狮子山-2

第二章微型裸腹溞孤雌溞和有性雌溞RNA-seq与iTRAQ蛋白分析2.1前言微型裸腹溞（Moinamicrura）隶属节肢动物门（Arthropoda）、甲壳纲（Crustacea）、鳃足亚纲（Branchiopoda
怡然i_好久不见·2023-04-12 14:00

陈巍学基因视频学习笔记--视频10：单细胞DNA测序

前期笔记陈巍学基因视频学习笔记--视频1：Illumina测序化学原理陈巍学基因视频学习笔记--视频7：RNA-seq方法和应用陈巍学基因视频学习笔记--视频8：外显子测序陈巍学基因视频学习笔记--视频
冻春卷·2023-04-12 14:52

RNA-seq入门实战（一）：上游数据下载、格式转化和质控清洗

RNA-seq入门实战整体分析流程本节概览：1.在文章中找到GEOaccessionnumber,从NCBI获取数据SRR号2.在linux中使用prefetch命令根据SRR号下载SRA文件3.使用fasterq-dump
嘿嘿嘿嘿哈·2023-04-12 12:16

Mutect2+scRNAseq+cancer cell

GATK4流程学习之背景知识与前期准备-GATK4流程学习之DNA-Seqvariantcalling(Germline：SNP+INDEL)-GATK4流程学习之RNA-Seqvariantcalling
小贝学生信·2023-04-12 11:06

单细胞转录组测序知识一隅

单细胞RNA-Seq提供成千上万个单个细胞的转录谱，这种水平的通
生信阿拉丁·2023-04-12 07:16

R语言：UPGMA聚类分析和树状图

导读非加权组平均法(unweightedpair-groupmethodwitharithmeticmeans,UPGMA或averagelinkage)是一种较常用的聚类分析方法，可用于分析分类问题，
小白菜学生信·2023-04-12 05:21

单细胞文章（一些老方法的创新使用）Single-Cell RNA-Seq Reveals AML Hierarchies Relevant to Disease Progression and ...

今天分享一篇发表于cell的文章，其中很多方法十分的经典，希望大家可以借鉴。summaryAcutemyeloidleukemia(AML)（急性粒细胞白血病）是一种异质性的疾病，位于复杂的微环境中，使得了解不同细胞类型如何促进疾病进展的工作复杂化。结合单细胞转录组和基因分型技术------16个病人和5个正常患者，然后，我们应用机器学习分类器来区分恶性细胞类型的频谱，这些恶性细胞类型的丰度在患者
Evil_Genius·2023-04-12 04:47

新型冠状病毒肺炎试题(1)

第1章病因及临床表现1．冠状病毒是一种致病性很强的RNA病毒，下列关于该病毒的叙述正确的是A．有完整的细胞结构B．可利用自身的核糖体合成蛋白质C．能在宿主细胞中增殖D．特有的碱基为胸腺嘧啶E．以上均对答案
成都世纪益学·2023-04-12 03:57

细胞核酸提取产率高吗？

-1.95；◎产率高，同样的样本量提取的核酸量更多；◎标本范围宽，适合于各种培养细胞、针刺吸取物、尿沉渣细胞等细胞离散标本产品介绍BIOGNACeLLKit是专门用于从各种细胞样本中提取基因组DNA和RNA
清风拂面vv·2023-04-12 03:56

DSTG：基于图形的卷积网络对空间转录组数据进行去卷积

最近发展的空间转录组学（ST）能够将组织切片中不同点的空间信息与每个spots内细胞的RNA丰度联系起来，这对了解组织细胞结构和功能尤为重要。
尐尐呅·2023-04-12 01:55

RNAseq生信分析流程简介

文章目录RNAseq简介RNAseq分析流程1.实验设计1.1目标RNA提取策略和文库类型选择1.2测序深度或文库大小1.3实验重复2.RNAseq信息分析2.1质控和过滤2.2比对2.3新转录本的发现
心如止水-WTF·2023-04-11 21:38

RNA-seq从入门到自闭（数据下载）

使用TBtools，大家可以轻松从NCBI和ENA获得文件的下载地址。接下来就是下载SRA文件。sra文件的下载方式有很多种，你可以用迅雷离线拖，百度离线下载，也可以用选择网页下载。在这里我简单介绍上述方法外的三种下载方式。1.wget下载wget是linux下常用的下载方式，首先你需要安装linux。如果你是win10系统，把系统升级到最新版也能安装一个linux系统。具体安装方法可以参考下面的
邵扬_Barnett·2023-04-11 18:24

血液RNA是否可以直接提取得到血液中感染的微生物？

产品特点◎操作简便快速，20分钟左右可获得理想的RNA；◎提取RNA纯度高，无抑制剂，1.8
清风拂面vv·2023-04-11 17:25

RNA-seq入门实战（三）：从featureCounts与Salmon输出文件获取counts矩阵

本节概览：从featureCounts输出文件中获取counts与TPM矩阵:读取counts.txt构建counts矩阵；样品的重命名和分组；counts与TPM转换；基因ID转换；初步过滤低表达基因与保存counts数据从salmon输出文件中获取counts与TPM矩阵:用tximport包读取quant.sf构建counts与TPM矩阵；样品的重命名和分组；初步过滤低表达基因与保存coun
嘿嘿嘿嘿哈·2023-04-11 16:56

CopyKAT: 从高通量单细胞RNAseq数据推断人类肿瘤基因组拷贝数和亚克隆结构

人类肿瘤单细胞RNA测序的一个主要挑战是区分癌细胞和非恶性细胞类型，以及多个肿瘤亚克隆的存在。
Refrain_9738·2023-04-11 13:48

RT-qPCR 基本原理

内容目录：RT-qPCR简介起始材料：RNART-qPCR的一步法与两步法RT-qPCR逆转录过程总RNA与mRNA的选择逆转录引物逆转录酶逆转录酶的RNaseH活性RT-qPCR的qPCR过程引物设计
evolisgreat·2023-04-11 13:16

10种聚类算法的完整python操作示例

大家好，聚类或聚类分析是无监督学习问题。它通常被用作数据分析技术，用于发现数据中的有趣模式，例如基于其行为的客户群。有许多聚类算法可供选择，对于所有情况，没有单一的最佳聚类算法。
csdn1561168266·2023-04-11 10:58

基因表达聚类分析之初探SOM

更多聚类相关见：基因共表达聚类分析和可视化聚类分析factoextra获取pheatmap聚类后和标准化后的结果SOM分析基本理论SOM(Self-Organi
生信宝典·2023-04-11 09:48

RNA-seq入门实战（十）：PPI蛋白互作网络构建（下）——Cytoscape软件的使用

蛋白互作节点信息导入、其他注释信息的导入3.PPI网络图绘制：➀选取部分节点展示➁AnalyseNetwork➂node节点与edge连线的调整➃layout排布调整➄图像导出4.Apps的使用:待更新...顺接上节RNA-seq
嘿嘿嘿嘿哈·2023-04-11 09:10

RNAseq教程(1.1)

前言本教程来自与我保存在github上的RNAseq教程这是一个RNA-seq分析的教学教程和工作演示流程，包括介绍云计算(不介绍了，直接从第二章开始)、下一代序列文件格式、参考基因组、基因注释、表达分析
周小钊·2023-04-11 04:01

2022-03-31

做能力提升的RNA当前，我们正处于“十四五”规划的关键期，对党的执政能力和执政水平提出了更高的要求，迫切需要一批政治过硬、本领高强的高素质干部。
十月初围·2023-04-11 02:13

Therapy-Induced Evolution of Human Lung Cancer Revealed by Single-Cell RNA Sequencing

今天给大家介绍一篇2020年9月3号在cell上发表的一篇单细胞的文章，“Therapy-InducedEvolutionofHumanLungCancerRevealedbySingle-CellRNASequencing”。首先，给大家介绍下这篇文章的最后一位通讯作者，TreverG.Bivona,MD,PhD.他来自美国加州大学旧金山分校的MD和PhD，他是一个具有细胞和分子生物学PHD学位
花生米yangyang·2023-04-11 02:47

RNA-seq学习：No.6富集分析--GESA

如前所说，过表达富集分析有不少缺点。因此以GSEA为代表的FCS方法也是人们所倾向的选择。接下来将简单了解下方法原理，并利用差异分析数据实操一遍~1、基础知识GSEA,genesetenrichmentanalysis属于第二代富集分析方法--FCS(FunctionalClassScoring)功能集打分的范畴。（1）原始分析数据为差异分析所得到的所有有效结果（不需要过滤），取其中的的基因名（需
小贝学生信·2023-04-11 00:46

重要的是什么？-读《最熟悉又最陌生的14億消費者》

但转念一想那些复杂的分类，比如用聚类分析从七八个纬度分类的意义又在哪里呢？可能差别在于落地能力以及自由发挥的幅度。六大消费者类型消费能力和自我-他人消费导向分类出6个消费人群。
秦_Eric·2023-04-10 21:52

文献翻译--SRSF3通过调节可变剪接和转座元件来维持卵母细胞转录组的完整性

摘要：rna结合蛋白SRSF3(也称为SRp20)在调控pre-mRNA剪接中起着关键作用。srsf3的合子敲除导致胚泡阶段的胚胎阻滞。
ECHO1216·2023-04-10 15:07

从生物角度分析生物信息的研究领域

Gene(基因)，遗传的基本单元，是产生一条多肽链或功能RNA所必需的DNA片段，可以简单理解为DNA双螺旋的一截片段，其重要作用是指导RNA翻译出蛋白质。D
生信大猫·2023-04-10 14:20

SPSS聚类分析（含k-均值聚类，系统聚类和二阶聚类）

本篇博客主要是根据1、聚类的基本知识点_哔哩哔哩_bilibili系列视频进行的学习记录一、SPSS聚类分析的基本知识点1、什么是聚类分析?
成、谋·2023-04-10 12:28

（21）聚类分析基础知识

所谓聚类分析，就是按照个体的特征将他们分类，并且在于让同一个类别内的个体之间具有较高的相似度，让不同类别之间具有较大的差异性。
职场办公技能500强企业实战·2023-04-10 09:11

单细胞36计之17抛砖引玉---使用Seurat对空间转录组数据集进行分析，可视化和集成

概述本教程演示了如何使用Seurat（>=3.2）分析空间分辨的RNA-seq数据。
Seurat_Satija·2023-04-10 07:52

生物医学研究和临床应用中单细胞RNA-seq数据分析指南

单细胞RNA测序(scRNA-seq)在生物医学研究中的应用，提高了对疾病发病机制的认识，并为新的诊断和治疗策略提供了有价值的见解。
Evil_Genius·2023-04-09 23:55

RNAseq教程(4.1)

IntroductiontoRNAsequencingInstallationReferenceGenomesAnnotationsIndexingRNA-seqDataPre-AlignmentQC2.Module2-RNA-seqAlignmentandVisualizationAdapterTrimAlignmentIGVAlignmentVisualizationAli
周小钊·2023-04-09 22:19

用聚集算法计算轨迹中的滞留区域

一，聚类分析基本概念聚类分析仅根据在数据中发现的描述对象及其关系的信息，将数据对象分组。其目标是，组内的对象相互之间是相似的（相关的）
Comclay·2023-04-09 22:54

扩增子分析

具有高度保守序列，又有中度保守和高度变化的序列区域，因而它适用于进化距离不同的各类生物亲缘关系的研究；（9个可变区10个保守区）相对分子量大小适中，约1.5kb左右，便于测序和序列分析；种类少，含量大（约占细菌RNA
小王的学习杂记·2023-04-09 22:59

癌症基因组学和精准医学的全基因组测序分析

然而，关于非编码区(包括内含子、调控元件和非编码RNA)体细胞突变的信息有限。癌症基因组中的结构变异和病原体仍未得到广泛的探索。
亦是旅人呐·2023-04-09 19:16

Data Mining_聚类分析&分类器&关联规则&回归分析 (Python)

常见技术包括：聚类分析、分类器、关联规则挖掘回归分析。datamining学习平台(网站)：KDnuggets：该网站提供与datamining相关的新闻、教育资源和工具等。
Cmy_CTO·2023-04-09 19:58

Arxiv网络科学论文摘要12篇(2021-02-16)

Radflow：时间序列网络的递归、汇总和可分解模型;基于特征向量中心性的多层网络聚类分析;边最小化学生冲突图;使用BERT表征整个社交媒体社区的英语差异;超图上观点动力学的有界置信度模型;大流行的脉搏
ComplexLY·2023-04-09 16:05

中心法则

遗传信息过程遗传信息的过程大致为：DNA转录为RNA，RNA翻译为蛋白质，蛋白质再辅助前两个过程，并协助DNA自我复制。
生信大猫·2023-04-09 13:14

服务器 | 安装最新版R和Rstudio（3.5.3）

近来，再分析师兄的RNA-seq数据，两种处理5个时间点，差异基因很少，表型数据很多，想着再做个WGCNA分析。1.R安装目前，最新版本为R3.5.3，以此为例！
溪溪溪溪溪川·2023-04-09 12:22

R语言学习笔记 | R语言的入门

R语言的获取R语言的界面及编译器下载RStudio的获取RStudio界面介绍前言R语言是我2020年底开始接触的，出于科研，同时也在巫师兄的推荐下慢慢上手R语言，起初只是需要做一个DBSCAN的聚类分析
Giser@lin·2023-04-09 10:41

GEO数据库视频学习笔记（芯片数据下载和数据读取）

之前写的的CHIP-seq和RNA-seq很多练习的数据都是从GEO数据库下载的。但是从来没有细致的了解过GEO这个数据库。
生信start_site·2023-04-09 07:06

机器学习 - K-means聚类分析

对于该类情景题，可使用聚类分析方法。(2)聚类分析相关概念在没有给定划分类别的情况下，根据数据的相似度进行分组的一种方法，分组的原则是组内距离最小化而组间距离最大化。
开码牛·2023-04-08 20:28

【文献笔记】DNA，RNA以及组蛋白的甲基化在衰老和肿瘤中的作用

主要介绍了DNA,RNA和组蛋白甲基化在衰老和肿瘤中的作用。题目是：TherolesofDNA,RNAandhistonemethylationinageingandcancer。
生信start_site·2023-04-08 10:45
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