rna聚类分析第24页

TAC-seq:用于精准生物标志物分子计数的靶向 DNA 和 RNA 测序技术

TAC-seq:targetedDNAandRNAsequencingforprecisebiomarkermoleculecounting题目：TAC-seq:用于精准生物标志物分子计数的靶向DNA和RNA

猫姐Lily·2023-04-08 10:42

rna-seq定量分析流程

started12/05/2020rna-seq公司测出来的真是玄学数据，或许是重复测得太少了，反正测出来重复率都不是很好，这次重新分析，去掉两个不太好的重复之后再进行定量分析，记录一下流程。

无人写诗的日落·2023-04-08 09:26

【珍藏版】热点综述 | 人类脑疾病的多组学数据资源和综合分析总结

回顾了近年来单细胞技术在大脑研究中的发展（如单核RNA-seq、单细胞ATAC-seq和空间转录组学），同时进一步研究

尐尐呅·2023-04-07 22:28

R语言K-means和层次聚类分析癌细胞系微阵列数据和树状图可视化比较

最近我们被客户要求撰写关于聚类的研究报告，包括一些图形和统计输出。目标对“NCI60”（癌细胞系微阵列）数据使用聚类方法，目的是找出观察结果是否聚类为不同类型的癌症。K_means和层次聚类的比较。【视频】KMEANS均值聚类和层次聚类：R语言分析生活幸福质量系数可视化实例KMEANS均值聚类和层次聚类：R语言分析生活幸福质量系数可视化实例，时长06:05#数据信息dim(nata)nci.lab

拓端研究室·2023-04-07 21:56

单细胞测序文章图表复现04—聚类分群的resolution参数问题

我之前给大家举例是使用balloonplot这个可视化函数，代码如下：>`library(gplots)tab.1=table([email protected]$RNA_snn_res.0.2,sce@me

Seurat_·2023-04-07 16:08

GATK4流程学习之DNA-Seq variant calling(Germline：SNP+INDEL)

GATK4流程学习之背景知识与前期准备-GATK4流程学习之DNA-Seqvariantcalling(Germline：SNP+INDEL)-GATK4流程学习之RNA-Seqvariantcalling

小贝学生信·2023-04-07 14:26

K-means算法实现及分析

K-means算法对data中数据进行聚类分析实验要求K-means算法对data中数据进行聚类分析1.算法原理描述2.写出K-means具体功能函数3.可视化画图，不同类数据采用不同颜色foriteminrange

鲤鱼酒酒·2023-04-07 13:21

微生物组16S rRNA数据分析小结：raw data sequence及其注意事项

rawsequencedata的简要介绍checklist:拿到rawsequencedata后，需要check的事情16srRNA是什么，测它有什么用细菌的核糖体RNA(rRNA)按照沉降系数分为5S

GPZ_Lab·2023-04-07 11:26

疫情来了不要怕，医学手册来帮你！

冠状病毒属于单股正链RNA病毒。熟悉生物学的同学应该知道RNA分子没有DNA分子结构稳定。并且此次病毒还是单链RNA所以新型病毒很大

迷梦曙光·2023-04-07 10:16

如何从NCBI中获得16S rRNA序列

./16S_ribosomal_RNA-dbtypenucl-entryall-outfmt"%f"-out16

scdzzdw·2023-04-07 06:45

Linux | grep,cut

参考：http://man.linuxde.net/grep1.grep命令(1)查找genome.txt中的RNA有多少个grepRNAgenome.txt|wc(2)打印出genome.txt中以#

pomela·2023-04-07 01:13

生信星球转录组培训第一期Day3--善良土豆

如果我们想利用已发表的数据进行分析和数据挖掘，首先第一步要找到和你做的方向相关的文献，然后在文献中寻找其公开数据的AccessionID；实战文献为：RNA-SeqTranscriptomeProfilingIdent

善良土豆·2023-04-06 15:55

一文速学数模-K-means聚类算法实战：信用卡用户画像聚类分析

目录前言一、用户画像概述1.用户画像2.为何用聚类算法作用户画像二、数据质量校验1.数据背景2.数据说明三、数据预处理1.数据空缺值检验2.数据归一化四、K-means聚类step1:选取K值手肘法step2:计算初始化K点step3:迭代计算重新划分五.画像分析前言该项目算是非常经典的金融业务用户画像的基础分析了，主要根据用户信用卡使用行为数据进行分析，根据收集到的不同字段信息，对每个用户划分类

fanstuck·2023-04-06 12:21

物以类聚，人以群分：聚类分析

聚类分析是一种无监督学习方法，通过学习没有分类标记的训练样本发现数据的内在性质和规律；数据之间的相似性通常用距离度量，类内差异应尽可能小，类间差异应尽可能大；根据形成聚类方式的不同，聚类算法可以分为层次聚类

编程回忆录·2023-04-06 12:11

单细胞108篇文献解读之7---Single-cell RNA sequencing highlights the role of inflammatory cancer-associated ...

单细胞分析揭示iCAF亚群在膀胱癌治疗中的靶标作用作者：biogevin审稿：童蒙编辑：amethyst我们在前面已经介绍过膀胱细胞的相关背景（认识膀胱细胞——单细胞水平比较Human和Mouse的不同）以及膀胱癌的恶性影响，而今天这篇文章，则对膀胱癌做了进一步的挖掘。该文章中研究思路、分析方法都是值得学习和参考的，用到的生信工具也是比较常见和经典的，可以辅助肿瘤单细胞项目的研究更加清晰。一、材料

Seurat_Satija·2023-04-06 10:32

自组织映射(SOM)聚类分析Python第三方库实现＜minisom＞

最近在做SOM神经网络模型的项目，之前一直在用Matlab的工具箱，一直想转成Python的代码来实现，就到处找，结果还真有SOM相关的库。自组织神经网络（SOM）的Python第三方库minisom代码示例自组织神经网络（SOM）的Python第三方库minisom源代码实现自组织神经网络（SOM）的Python第三方库minisom聚类功能实现自组织神经网络（SOM）的Python第三方库mi

府学路18号车神·2023-04-06 09:12

第一个癌症蛋白质编码RNA与药物相关性数据库

要想文章发的好，数据挖掘少不了。今天就给大家介绍一个新鲜出炉的关于肿瘤药物的数据库——DREAM（http://bio-big-data.cn:8080/DREAM）。这个数据库是由哈尔滨医科大学和首都医科大学联合研发的，文章于今年11月发表在《MolecularCancer》（IF:27.401）上。随着高通量芯片技术等实验技术的快速发展和成本的不断降低，芯片数据的数量明显增加。但是海量的癌症相

概普生信·2023-04-06 04:45

RNAvelocity系列教程6：# scVelo用于RNA 速率基本流程

scVelo用于RNA速率基本流程在这里，您将学习RNA速率分析的基本流程。示例数据菜用胰腺发育数据集，其谱系包含四个主要细胞命运：α、β、δ和ε细胞。有关详细信息，请参阅此处。

Seurat_·2023-04-06 03:56

单细胞108篇文献解读之12---Promotion of cholangiocarcinoma growth by diverse cancer-associated fibroblast s...

本文研究了CAF在肝内胆管癌(ICC)中的功能作用，通过遗传谱系追踪、单细胞RNA测序和配体-受体分析发现肝星状细胞(HSC)是CAF的主要来源，而HSC来源的CAF是与肿瘤细胞相互作用的主要亚群。

Seurat_Satija·2023-04-06 03:17

7.单细胞 RNA-seq：单细胞归一化和识别高变基因

归一化和回归不必要的变异现在我们有了高质量的细胞，我们首先需要探索我们的数据并识别任何不需要的变异来源。然后我们需要对数据进行归一化，执行方差稳定并回归对我们的数据有影响的任何协变量的影响。image目标：准确标准化和缩放基因表达值，以解决测序深度和过度分散计数值的差异。找出最有可能指示不同细胞类型的变异基因。挑战：检查并消除不必要的变异，避免下游人为原因导致的细胞聚集建议：在执行聚类之前，要很好

denghb001·2023-04-06 01:17

关于WES的简介

首先利用DNA或RNA探针，将全基因组中外显子区域DNA进行捕获，然后对捕获的DNA进行PCR扩增，最后对扩增后的产物进行高通量测序。什么是外显子？

刘小泽·2023-04-06 01:58

RECORD MY GRADUATION THESIS: 生态环境中的小可爱_枝角类_201905于狮子山-3

第三章隆线溞不同生殖个体间RNA-seq与miRNA-seq分析3.1前言隆线溞（Daphniacarinata）隶属节肢动物门（Arthropoda）、甲壳纲（Crustacea）、鳃足亚纲（Branchiopoda

怡然i_好久不见·2023-04-05 23:02

ClusterMap：用于空间基因表达的多尺度聚类分析 | 空间转录组分析工具推荐

在空间背景下量化RNA是了解复杂组织中基因表达和调控的关键。原位转录组方法可以在完整的组织中产生空间分辨率的RNA图谱。然而，目前还缺乏一个统一的计算工具来综合分析原位转录组数据。

尐尐呅·2023-04-05 22:13

2021-03-03 基于lncRNA的功能富集分析——lncSEA

因此，对于像miRNA，lncRNA和circRNA等非编码RNA的功能预测与分析时就需要采取迂回战略，即通过靶向关系（例如miRNA靶向调控蛋白编码基因），共表达关系（例如非编码RNA与蛋白质编码基因的共表达情况

NAome·2023-04-05 16:54

易基因｜深度综述：RNA m5C修饰的生物学及在肿瘤发生和免疫治疗中的作用

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2022年4月1日，《BiomarkRes》杂志发表了题为“BiologicalrolesofRNAm5CmodificationanditsimplicationsinCancerimmunotherapy”的综述文章，综述了RNAm5C甲基化修饰的生物学作用及其在癌症免疫治疗中的潜在机制。期刊：BiomarkerResearch日期

易基因科技·2023-04-05 15:47

Protein Kinase D1, Reduced in Human Pancreatic Tumors, Increases Secretion of Small Extracellula...

摘要：胰腺肿瘤细胞释放含有脂质和蛋白质、RNA和DNA分子的细胞外小泡(SEV，Exosome)，这些小泡可能促进转移的形成。目前还不清楚这些小泡包含什么货物，以及它们是如何释放的。

一个没有感情的文献阅读机·2023-04-05 12:12

【随笔】核酸检测小记

检测是pcr法，用的是口腔黏膜的粘液，是rna检测。试剂容器是15ml离心管，里面可能是部分trizol溶液+3个钢珠。

笔花粥粥·2023-04-05 08:35

2018-09-06

提起lncRNAoptions(stringsAsFactors=F)expr_df_nopoint=read.table("RNA_count_data.txt",sep="\t",header=T)

一路向前_莫问前程_前程似锦·2023-04-05 06:54

ISLR读书笔记十九：主成分分析（PCA）

前面写的一些统计学习方法都是属于监督学习（supervisedlearning），这篇主成分分析（principalcomponentsanalysis，简称PCA）和下一篇聚类分析（clustering

晓炜·2023-04-05 04:52

Seurat4.0系列教程11：使用sctransform

单细胞RNA-seq数据中的生物异质性经常受技术因素（包括测序深度）影响。每个细胞中检测到的分子数量在细胞之间可能显著变化，即使在相同的细胞类型内也是如此。

Seurat_Satija·2023-04-05 03:00

Seurat4.0系列教程22：空间转录组的分析、可视化与整合

虽然分析流程类似于单细胞RNA-seq分析的Seurat工作流程，但我们引入了更新的交互和可视化工具，特别强调了空

Seurat_Satija·2023-04-05 03:21

fasta和fastq文件格式详解

1.fasta格式fasta格式是一种非常简单的储存序列的格式（主要是把序列储存到数据库中的一种形式），可以储存核酸序列（RNA/DNA）和氨基酸序列(AA)，主要包括2个部分。

熊猫人和熊猫猫·2023-04-05 01:48

基因组序列比对算法介绍（一）

（reference）进行匹配，允许错配（mismatch），插入缺失（indel），目的是在参考基因组找到序列最相似的位置，通常是基因组分析(包括variationcalling，ChIP-seq，RNA-seq

基因组分析·2023-04-04 22:13

本周最新文献速递2021-03-07

Population-scalesingle-cellRNA-seqprofilingacrossdopaminergicneurondifferentiation不想看英文题目：多巴胺能神经元分化的单细胞RNA-seq

橙子牛奶糖·2023-04-04 20:53

RNA 速率学习笔记

最近学习画单细胞的拟时序轨迹图，有一些收获。大家经常使用的一般是monocle，DPT等；RNAvelocity是一个比较复杂的方法，它通过细胞转录时细胞内成熟mRNA和mRNA前体的含量来计算细胞接下来生长分化的趋势。也就是说，它在计算细胞拟时序时考虑了细胞内在的结构，而非通过细胞中基因的表达量。所以它需要用到原始的bam文件。我们今天来解析一下这个方法的安装和使用。一、安装指导http://v

被格格巫抓到的蓝精灵·2023-04-04 20:50

2019-01-05

通过RNA-seq检测PBAF缺陷型B16F10细胞的转录组。知识积累：转录组研究可以从整体水平研究基因功能以及基因结构，揭示生物学过程及疾病发生过程中的分子机制。

Mingyan_C·2023-04-04 19:42

生信全书挑第一节:芯片基础知识

学习重点：碱基互补、中心法则在中心法则上，芯片的制备和使用涉及到DNA复制，DNA转录出RNA，以及RNA逆转录到DNA。待检核

Kururu1799·2023-04-04 19:27

2022-02-16

JCOPrecisionOncology|RNA测序实现癌症的基因融合检测原创图灵基因图灵基因收录于话题#前沿分子生物学技术383个近20%的癌症和转移是由基因融合导致的——染色体重排导致嵌合转录。

图灵基因·2023-04-04 18:13

RNA-seq入门实战（七）：GSEA——基因集富集分析

本节概览：1.GSEA简单介绍2.创建GSEA分析所需的geneList，包含log2FoldChange和ENTREZID信息3.利用clusterProfiler进行GSEA富集GO与KEGG通路4.GSEA富集结果可视化：GSEA结果图、gsearankplot、ridgeplot1.GSEA简单介绍以下对GSEA涉及的一些重要概念进行了简单介绍，详细介绍见：一文掌握GSEA，超详细教程-云

嘿嘿嘿嘿哈·2023-04-04 14:38

为什么国家禁止EGF在化妆品中的使用？

图片发自AppEGF在生物体内通过一系列细胞因子的磷酸化将生物信息传导至细胞内，激活DNA合成，RNA转录和蛋白合成，从而促进细胞的增殖分化，维持细胞的生长。还可以增强糖酵解，激活细

拈花老夏·2023-04-04 14:30

陈巍学基因视频学习笔记--视频8：外显子测序

前期笔记陈巍学基因视频学习笔记--视频1：Illumina测序化学原理陈巍学基因视频学习笔记--视频7：RNA-seq方法和应用第一部分：外显子测序技术1.外显子测序工作原理针对人外显子序列设计的生物素标记的捕获探针库

冻春卷·2023-04-04 13:56

10X空间转录组聚类分析之BayesSpace算法聚类

hello，大家好，要过礼拜了，但是今天还是要好好工作，今天我们来分享一个针对空间转录组的聚类算法，目前大多数多空间转录组的聚类还是基于找高变基因降维聚类，但是文献中采用这个方法的很少，我们来看看新方法有什么改进。文献在SpatialtranscriptomicsatsubspotresolutionwithBayesSpace,发表于NatureBiotechnology（IF54，相当高了）。

Evil_Genius·2023-04-04 07:13

2021-10-25

Science|张峰：利用RNA来定位DNA位置的蛋白的数量和种类可能远超想象原创骄阳似我图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学技术撰文：骄阳似我IF：47.728推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1.本文从IS200

图灵基因·2023-04-04 05:21

知耕快报 | CRISPR基因编辑工具CasX;重新设计的 cas9蛋白；无需DNA供体高效靶向插入大DNA片段技术

WrapUp科｜技｜突｜破ScienceBreakthroughPNAS：苦参素实现帕金森病治疗效果|功能性成分Science：不对称蛋白质的快速、定向化设计|AI辅助设计PBJ:包含~45,000个植物公共RNA-seq

知耕TechCube·2023-04-04 03:19

hisat2、stringtie、ballgown分析RNA-seq数据：安装及使用流程

参考文献:Transcript-levelexpressionanalysisofRNA-seqexperimentswithHISAT,StringTieandBallgown流程示意图图１安装软件HISAT2：将reads比对到基因组上wgetftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_6

东风008·2023-04-04 01:49

2021-01-05腺苷5'-三磷酸简介

5'-三磷酸腺苷参与代谢过程和RNA合成的能量产生。5'-三磷酸腺苷还充当神经递质;三磷酸腺苷（ATP）是由连接到核糖（戊糖）的第一个碳原子上的嘌呤碱基（腺嘌呤）组成的核苷酸。

范德biofount·2023-04-03 20:57

基因组学基本感念

lncRNA：长链非编码RNA(Longnon-codingRNA

wangchuang2017·2023-04-03 18:03

易基因 | 单细胞转录组：Smart-seq 2还是10X Genomics Chromium? — 技术解读

但是基于2017年ChristophZiegenhainetal[1]对6种单细胞转录组技术及2019Broad研究所的团队对7种单细胞RNA测序方法进行了比较[2]，某些特殊或者少量细胞样本的单细胞转录组研究中

易基因科技·2023-04-03 18:53

circRNA/lncRNA ceRNA机制

ceRNA机制是纯粹RNA之间的互作关系，circRNA/lncRNA等分子吸附miRNA，使miRNA不能结合到靶基因3'UTR区域，从而保护靶基因的功能。

纪伟讲测序·2023-04-03 16:18

第3周：利用大豆小RNA图谱鉴定来自编码基因区的phasiRNA

侵删小RNA是一类普遍

TOP生物信息·2023-04-03 15:50

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