rna聚类分析第22页

2022-05-24

NatRev|R-环和RNA-DNA杂交序列的来源与功能原创huacishu图灵基因2022-05-2409:14发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制撰文：huacishuIF=94.444推荐度：

图灵基因·2023-04-19 18:14

新冠病毒致死的7个阶段，无法确定病毒和自身免疫系统谁是凶手

在进入的同时，病毒脱去细胞膜释放病毒的RNA。这个只有3万个碱基对的小小病毒基因片段，会毫无节制地侵占细胞内的生产线，让细胞帮助自己复制，抑制细胞原有的基因表达，当

增量本人·2023-04-19 16:06

零膨胀负二项模型（ZINB，10X单细胞和10X空间转录组的基础知识）

学习一点简单的基础知识单细胞RNA测序(single-cellRNA-seq，scRNA-seq)数据是非常有特点的数据，具有很高的稀疏性(highsparsity)，具体表现为0非常多(zeroinflation

Evil_Genius·2023-04-19 10:36

RNA 7. SCI 文章中的基因表达——主成分分析 (PCA)

在RNA-seq中，主成分分析（PCA）是最常见的多元数据分析类型之一，这期主要介绍一下利用已有的表达差异数据如何分析，别着急，见下文。

桓峰基因·2023-04-19 07:36

人类肝脏的单细胞、单核和空间 RNA 测序可识别胆管细胞和间充质异质性

hello，周二了，隔离的第二天，一个人的日子总是难熬，耐得住寂寞的人，都成了圣人~~~，今天我们分享的文献在Single-Cell,Single-Nucleus,andSpatialRNASequencingoftheHumanLiverIdentifiesCholangiocyteandMesenchymalHeterogeneity,题目上就可以看出来，运用到了单细胞转录组，单核转录组，和空

Evil_Genius·2023-04-19 05:25

20171227-kmeans,knn,kmean+算法比较

#kmeans,knn,kmean+算法比较##1.K-Means介绍K-means算法是聚类分析中使用最广泛的算法之一。

pete1223·2023-04-19 01:26

转录组分析所需软件

SAMtools，Stringtie/Htseq，Deseq首先先下个conda，便于下载某些软件：1.先将这个链接中的命令跟着走一遍（安装的时候如果失败/出错，重新试一次就可以了，它经常出错）：用conda安装RNA-seq

清珺·2023-04-19 00:54

聚类分析

library(cluster)library(factoextra)data("mtcars")df<-scale(mtcars)#数据标准化km.dist<-get_dist(df,method='euclidean')#计算数据的euclidean距离矩阵fviz_dist(km.dist)#可视化距离矩阵image.png均值聚类fviz_nbclust(df,FUNcluster=kme

Whuer_deng·2023-04-18 20:29

R -- 层次聚类和划分聚类

brief聚类分析是一种数据归约技术，旨在揭漏一个数据集中观测值的子类。子类内部之间相似度最高，子类之间差异性最大。至于这个相似度是一个个性化的定义了，所以有很多聚类方法。

All_Will_Be_Fine噻·2023-04-18 13:24

数据分析：RNA-seq数据的批次校正方法

RNA-seq数据的批次校正方法bulk-RNAseq过程可能存在不同建库批次以及不同测序深度带来的如测序深度等batcheffects，那么该如何整合这些数据。

华仔少年·2023-04-18 13:46

miRNA的简介

microRNAs(miRNAs)是一类长度为18～24nt的小分子非编码RNA,转录后的miRNAs可调节基因表达，参与植物生长发育过程。

上官万尘·2023-04-18 07:15

文献阅读|单细胞+空间转录组-胰腺导管癌

Integratingmicroarray-basedspatialtranscriptomicsandsingle-cellRNA-seqrevealstissuearchitectureinpancreaticductaladenocarcinomas标题：结合基于微阵列的空间转录组和单细胞RNA-seq

_十三·2023-04-18 05:34

线性回归算法梳理

机器学习基本概念2、线性回归原理3、优化方法4、线性回归的评估指标5、sklearn参数详解1、机器学习基本概念监督学习：KNN、线性回归、逻辑回归、SVM、决策树和随机森林、神经网络无监督学习：K-means、聚类分析

pandawang830·2023-04-18 00:24

比对软件STAR的使用

在之前的学习和练习里，比对这一步我使用过bowtie2（DNA比对）和hisat2（RNA-seq比对），现在学习另一个很火的软件：STAR。

生信start_site·2023-04-18 00:47

陈巍学基因视频学习笔记--视频9：small RNA-seq

前期笔记陈巍学基因视频学习笔记--视频1：Illumina测序化学原理陈巍学基因视频学习笔记--视频7：RNA-seq方法和应用陈巍学基因视频学习笔记--视频8：外显子测序第一部分：smallRNA-seq

冻春卷·2023-04-17 20:43

microRNA数据库之mirDIP

microRNA又称miRNA，长度约为21-25nt，主要功能是RNA沉默和基因表达的转录后调控。这里我给大家介绍一个microRNA的数据库，mirDIP。

生信family·2023-04-17 13:59

PCR做了几次都是假阳性

然而，PCR作为一种高灵敏度的检测手段，PCR的实验结果也容易被各种无关的外源性DNA或RNA所干扰。

依文结琳宇·2023-04-17 11:23

高大石头·2023-04-17 02:18

2021-09-28PCR替代技术，RPA引物与探针的常见问题

在这个基础体系中添入不同的酶和探针，可以实现多样化的RPA应用，比如RNA扩增检测和实时RPA检测等等。

__一蓑烟雨__·2023-04-16 19:02

热点新CP：单细胞技术+癌症免疫治疗

大多数的研究人员都能在研究中熟练使用单细胞方法技术的流程和分析，如无监督聚类、系统发生、轨迹推断、RNA速率分析、谱系追踪和配体受体相互作用映射等。

概普生信·2023-04-16 14:10

2021-11-19 翻译组学技术对比

Ribo-seq虽然核糖体图谱技术具有诸多优点，但该技术操作相对比较复杂，对样本的需求量大，测序偏好性强，成本较高，而且影响RPF的因素众多，如RNaseI可降解单链RNA片段，而双链RNA则不受影响；

老_Z·2023-04-16 14:10

权威综述：RNA m6A与癌症

近年来m6A修饰是表观转录修饰中的研究热点，围绕Writer、Eraser、Reader展开了多项研究，整个动态可逆过程影响了被修饰分子的翻译、剪切、转运和加工。疾病方面，m6A调控异常可直接影响肿瘤发生进展，多项工作已经证明了m6A修饰在肿瘤学中的重要作用和分子机制。癌症是研究m6A的主要生物学领域，在多种癌症中，均发现m6A扮演不同角色，相同的regulator在不同的癌症、甚至同一癌症不同细

微生信·2023-04-16 02:20

基于OpenCV的硬币面值识别

首先通过Canny算子对图像进行边缘检测，然后进一步调用定义的函数去除边缘检测后图像中的孤立点，对处理后的图像进行Hough变换检测圆曲线，进而可以把圆的半径储存在列表中，对所得到的数据进行K-means聚类分析

早起的小懒虫·2023-04-15 23:46

监督学习和非监督学习

最典型的无监督学习就是聚类分析，它可以在探索性数据分析阶段

这里假装有个名字·2023-04-15 18:41

七-RNA-seq

RNA-seq(RNAsequence)RNA的高通量测序——帮助了解各种比较条件下，所有基因的表达情况的差异eg:正常组织和肿瘤组织之间的差异检测药物治疗前后，基因表达的差异检测发育过程中，不同的发育阶段

浪逐风华·2023-04-15 18:18

FSCapture一款超好用的截图工具

FSCapture一款超好用的截图工具下载安装包官网下载https://www.faststonecapture.cn/download百度网盘链接：https://pan.baidu.com/s/1rna7HHX6vRnVOXmt_ApCuQ

码农小旋风·2023-04-15 17:33

mysql+kettle+powbi可视化报表更新（分析师报表）

字段用于判断是否处于更新状态test1——原始数据test2——TEST1数据经清洗后入test2test3——test2表选取字段，做插入更新操作（此处做FRM模型（后续连python，计算FRM分值，或聚类分析

胖了会被宰·2023-04-15 14:24

陈巍学基因视频学习笔记--视频1：Illumina测序化学原理

RNA-Seq的原理我在一年前看过超过9个视频简介，但是还是没学得咋样，这两天在家又看了一遍陈巍学基因，大致明白了illumia的测序原理，可见学习有时候需要循序渐进，即使一开始花了很大的苦功，也不见得就可以理解

冻春卷·2023-04-15 14:33

第二次RNA-seq实战总结（1）软件的准备

在经历了第一次做·RNA-seq的摸爬滚打之后，我大概对RNA-seq的流程和要使用的软件有了一些了解，并知道了它们的用法，于是便做了第二次的RNA-seq，然后想做一个总结笔记1.原始数据下载软件AsperaAspera

邱俊辉·2023-04-15 10:08

Genomic Data Science- JHU Course 2 Genomic Data Science with Galaxy 笔记

IntroductionGalaxy是一个公开的基因组学分析平台，包含了一系列流程化分析工具，针对质控、组装、注释以及包括Chip-seq、RNA-seq、变异鉴定等常见的组学流程pipeline。

精神秃头生信小伙儿·2023-04-15 06:56

lNCipedia数据库

lncRNA全称为longnon-codingRNA,长链非编码RNA,指的是长度在200nt以上的非编码RNA。

victor卡西莫多·2023-04-14 23:24

10X Genomics单细胞转录组测序

10XGenomics应用的两个方向：1.可以做一群细胞当中，每个单细胞的RNA表达情况的定量分析（查看每个细胞的mRNA表达特征，并根据其表达特征划分细胞群体）；2.染色体的单倍体长片段的组装。

熊猫人和熊猫猫·2023-04-14 21:48

2021-12-22

癌症微环境影响药物敏感性原创图灵基因图灵基因2021-12-2207:03收录于话题#前沿分子生物学机制在一项关于胰腺癌细胞的新研究中，由DanaFarber癌症研究所的科学家领导的一个研究小组确定了三种典型的RNA

图灵基因·2023-04-14 18:27

主成分分析-PCA图的优化（R语言）

在RNA-seq中，主成分分析（PCA）是最常见的多元数据分析类型之一。基因表达定量后获得了各样本中所有基

纪伟讲测序·2023-04-14 16:59

davies_bouldin_score用于评估聚类模型

在之前写的一篇关于聚类分析的文章中，介绍了两种用于评价聚类模型好坏的标准，分别是elbowmethod和silhouettescore。现在使用另外一种评分方式。

FrenchOldDriver·2023-04-14 11:37

自我拷贝数的C语言编码,医学分子生物学王燕菲.ppt

第一章染色体和基因,第一节基因(Gene)的概念一、基因的生物学定义一个基因一个性状一个基因一个酶一个基因一个顺反子,二、基因的分子生物学定义,一个基因一条肽连基因：一个基因是编码有功能的蛋白质多肽链或RNA

weixin_39945523·2023-04-14 02:22

分子生物学第二章遗传物质

文章目录第二章遗传物质第一节遗传物质的分子本质大多数生物体的遗传物质是DNA有些生物体的遗传物质是RNA蛋白质能否充当遗传物质第二节核酸的结构1DNA双螺旋结构的特征2影响DNA双螺旋结构稳定性的因素3DNA

丸丸丸子w·2023-04-14 02:11

K均值聚类分析流程

K均值聚类分析流程一、案例背景在某体育赛事中，意大利、韩国、罗马尼亚、法国、中国、美国、俄罗斯七个国家的裁判对300名运动员进行评分，现在想要通过评分上的差异将300名选手进行分类，计划将选手分为高水平

spssau·2023-04-13 20:48

K-Means 聚类原理

原理假设有一些点分散在直线上，现在需要对这些点进行聚类分析。1聚类过程第一步，想一下我们希望最终将这些点聚为多少类？

安哥生个信·2023-04-13 20:04

RNAseq教程（3.4）

IntroductiontoRNAsequencingInstallationReferenceGenomesAnnotationsIndexingRNA-seqDataPre-AlignmentQC2.Module2-RNA-seqAlignmentandVisualizationAdapterTrimAlignmentIGVAlignmentVisualizationA

周小钊·2023-04-13 19:49

聚类分析_客户群聚类分析

聚类是非监督学习的一种算法，我们使用k-means聚类算法，实现客户细分，以及营销战略如何在实际业务中应用。1.导入数据importpandasaspdimportnumpyasnpimportmatplotlib.pyplotaspltimportmatplotlib.tickerastickerimportseabornassnsfromsklearn.clusterimportKMeansd

a_big_cat·2023-04-13 17:30

RNA-seq转录组数据分析丨一套完整的案例流程

转录组是在特定时空条件下细胞中基因转录表达产物，广义的转录组包括信使RNA，核糖体RNA，转运RNA及非编码RNA，狭义上是指所有mRNA的集合，转录组分析能够获得不同基因的表达情

生信分析笔记·2023-04-13 16:10

易基因｜RNA m5C甲基化测序(RNA-BS)全流程

m5C是RNA百余种修饰中研究较多的一种。

易基因科技·2023-04-13 14:29

一个超简单的转录组项目全过程--iMac+RNA-Seq（三）Alignment 比对

前期文章一个超简单的转录组项目全过程--iMac+RNA-Seq（一）一个超简单的转录组项目全过程--iMac+RNA-Seq（二）QC3Alignment有很多软件都可以比对到参考基因组，hisat2

冻春卷·2023-04-13 14:41

血液RNA该如何提取

BIOG产品特点◎操作简便快速，20分钟左右可获得理想的RNA；◎提取RNA纯度高，无抑制剂，1.8

清风拂面vv·2023-04-13 11:30

生信星球转录组培训第一期Day3——卖萌哥

要重现的文章是RNA-SeqTranscriptomeProfilingIdentifiesCRISPLD2asaGlucocorticoidResponsiveGenethatModulatesCytokineFunctioninAirwaySmoothMuscleCells

卖萌哥·2023-04-13 11:57

1.单细胞 RNA-seq：单细胞RNA测序介绍

为什么要学习单细胞RNA-seq？在人体组织中，细胞类型、状态和相互作用是非常多种多样的。

denghb001·2023-04-13 11:16

数据分析之聚类分析

这个分类的过程就是聚类分析。文/黄成甲聚类分析聚类分析，就是按照个体的特征将它们分类，目的在于让同一个类别内的个体之间具有较高的相似度，而不同类别之间具有较

黄成甲·2023-04-13 07:31

调节性R-loops：促进基因表达和基因组稳定性（一）

R-loops是一种含RNA-DNA杂合体的三链结构，经常在转录中形成。R-loop的错误调控与DNA损伤、转录延伸缺陷、过度重组和基因组不稳定性有关。

Ss_y·2023-04-13 05:23

常用的统计分析方法总结(聚类分析、主成分分析、因子分析)

一.聚类分析聚类的目的1.间隔尺度：变量用连续的量来表示【常用】2.有序尺度：有次序关系，指标有有序的等级来表示3.名义尺度：指标用一些类来表示，这些没有等级和数量的关系1.1聚类分析的类型Q型聚类：对样品的聚类

_諾_·2023-04-13 03:14

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