seurat

Seurat4系列教程（搬运工，细节待更新）

转自公众号《单细胞天地》系列文章标准流程Read10XCreateSeuratObjectPercentageFeatureSetsubsetNormalizeDataFindVariableFeaturesScaleData#这一步骤在下游分析中具有同等的权重，因此高度表达的基因不会占主导地位RunPCAJackStrawScoreJackStrawElbowPlotFindNeighborsF
白云梦_7·2023-08-22 20:05

单细胞多样本整合-GSE162631

Seurat+CCA整合+singleR跑了跑。
小洁忘了怎么分身·2023-08-20 16:35

Seurat24式太极拳之7左揽雀尾---将Seurat与多组学数据结合使用

七、左揽雀尾转体撤手收脚抱球转体上步弓步掤臂摆臂后捋转体搭手弓下前挤转腕分手后坐引手弓步前按载入数据同时测量来自同一细胞的多种数据类型的能力（称为多峰分析）代表了单细胞基因组学的一个令人兴奋的新领域。例如，CITE-seq可以同时测量同一细胞的转录组和细胞表面蛋白。其他令人兴奋的多峰技术，例如10x多基因组试剂盒，可以对细胞转录组和染色质可及性（即scRNA-seq+scATAC-seq）进行配对
Seurat_·2023-08-18 20:35

初学单细胞转录组差异分析

单细胞转录组差异分析主要分为两步：首先构建Seurat对象，然后查找或添加分组信息，最后执行差异分析即可。转录组差异分析在之前单细胞富集分析里，也有提到。
小贝学生信·2023-08-16 07:47

Seurat24式太极拳之3白鹤亮翅---空间转录组整合单细胞转录组数据

三、白鹤亮翅稍右转体跟步抱球后坐转体虚步分手与单细胞数据集成在〜50um时，来自于病毒测定的斑点将涵盖多个细胞的表达谱。对于可获得scRNA-seq数据的系统列表不断增加，用户可能有兴趣对每个空间体素进行“反卷积”以预测细胞类型的潜在组成。在准备此小插图时，我们使用了参考scRNA-seq数据集测试了多种decovonlution和整合方法使用SMART-Seq2协议生成的来自AllenInsti
Seurat_·2023-08-15 10:45

Seurat包合并多个单细胞样本

acc=GSE1393241我们选取其中十个，利用Seurat包下载合并，创建Seurat对象。
小贝学生信·2023-08-12 17:02

单细胞多模态数据整合分析

今年4月份发表在Cell杂志上单细胞多模态数据的整合分析这篇文章中介绍了WNN（Weighted-nearestneighbor,加权最近邻）的算法，seurat团队使用不同的数据集对算法模型的构建、验证及应用进行了深入浅出的说明
生信阿拉丁·2023-08-12 03:25

跟着Cell学单细胞转录组分析(六):细胞比例计算及可视化

跟着Cell学单细胞转录组分析(二):单细胞转录组测序文件的读入及Seurat对象构建跟着Cell学单细胞转录组分析(三):单细胞转录组数据质控（QC）及合并去除批次效应跟着Cell学单细胞转录组分析(
KS科研分享与服务·2023-08-11 11:45

如何看单细胞（或空间）亚群间关系2022-07-03

1umap降维图：亚群间距离越近，越相似方法2查看cluster间差异分析结果中marker基因，可从genecard中查看top的几个功能方法3（根据表达量进行相关性分析cor）单细胞亚群相关性分析基于seurat
Bio小盼·2023-08-10 11:51

Seurat24节气之4春分---Documentation Archive

春分：分是平分的意思。春分表示昼夜平分。DocumentationArchiveInversion4,theSeuratdocumentationwastransitionedtopkgdown.Hereweprovideaccesstoallpreviousversionsofthedocumentation.Version2-3tutorialsPBMCscATAC-seqVignettev3
Seurat_·2023-08-09 13:05

R语言安装包Seurat

curl’,‘openssl’,‘httr’,‘plotly’R包安装的时候报了这个错误ERROR:dependencies'httr','plotly'arenotavailableforpackage'Seurat
樱木之·2023-08-08 07:00

10X单细胞核转录组 + 10X单细胞ATAC的联合分析（WNN）

单细胞核转录组+10X单细胞ATAC的多组学测序技术日渐成熟，因为这样技术同时可以获得一个细胞表达的转录组信息和ATAC的信息，所以很多学者和公司开始关注和推广这项技术，目前来看，前景非常广阔，而且很早之前Seurat
单细胞空间交响乐·2023-08-07 11:44

利用ggplot2绘制SCI样式的UMAP图

Seurat包展示出来的umap/tsne图都是带有横纵坐标，基于Seurat包可能比较难调整图片的样式，只能借助AI或者PS处理图片。
Zee_李海海·2023-08-07 01:18

Seurat4.0系列教程20：单细胞对象的格式转换

在此教程中，我们演示了在Seurat对象、SingleCellExperiment对象和anndata对象之间转换的方法。
Seurat_·2023-08-05 10:43

安装R包出现rdb is corrupt报错

当安装R包时，出现如下问题的时候devtools::install_github('satijalab/seurat-data')DownloadingGitHubreposatijalab/seurat-data
云养江停·2023-08-04 02:07

单细胞转录组基础分析三：降维与聚类

寻找高变基因Seurat负责筛选高变基因的函数是FindVariableFeatures()，它并不删除scRNA对象中的非高变基因。找出的结果可以通过VariableFeatures()函数获取。
Seurat_·2023-08-03 22:20

monocle2 jimmy服务器

site-library","/home/data/t040413/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2","/usr/local/lib/R/library"))library(Seurat
Young.Dr·2023-08-01 19:15

20230703 -- scRNAseq from gastric cancer

tumormicroenvironmentandsubtypespecificexpressionprogramsingastriccancer》DOI:10.1158/2159-8290.CD-21-0683数据集组织形式快照：step1利用Seurat
All_Will_Be_Fine噻·2023-08-01 18:47

【有一才有二】scRNA-Seq数据分析第一步：数据载入方式的汇总

三个标准文件位于样本名称下setwd("F:/MyOneDriveCloud/OneDrive/GSE156329_RAW")rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)library(Seurat
研平方·2023-08-01 14:47

2021-06-29 4、Seurat多组样本数据合并

www.jianshu.com/p/29bccd5178dbscRNA数据校正批次效应的算法有很多：MNN,CCA+MNN,Harmony,Scanorama,scMerge等，本文推荐发表在Cell上的CCA+MNN方法，通过Seurat
不学无数YD·2023-07-31 15:38

Seurat包的打分函数AddModuleScore

在单细胞数据分析的过程中，Seurat包提供了一个为一个基因集打分的函数AddModuleScore（自定基因集），为基因集进行打分常见的富集分析软件GSVA，今天我们来看看Seurat这个函数的用法和意义
单细胞空间交响乐·2023-07-29 23:25

单细胞36计之9隔岸观火---Seurat中的数据可视化方法

我们将使用2700PBMC教程中先前计算的Seurat对象，在Seurat中演示可视化技术。
Seurat_Satija·2023-07-29 10:31

优雅的分析单细胞数据

https://satijalab.org/seurat/v4.0/weighted_nearest_neighbor_analysis.htmlWeightedNearestNeighborAnalysisCompiled
xmu_zhang_lab·2023-07-25 16:08

RNAvelocity系列教程3：使用Seurat和velocyto估算RNA速率

此教程演示分析存储在Seurat对象中的RNA速率定量。参数基于RNA速率教程。
Seurat_Satija·2023-07-25 02:13

Seurat - Guided Clustering Tutorial

Compiled:February08,2021Source:vignettes/pbmc3k_tutorial.RmdSetuptheSeuratObjectForthistutorial,wewillbeanalyzingtheadatasetofPeripheralBloodMononuclearCells(PBMC)freelyavailablefrom10XGenomics.Therea
Seurat_Satija·2023-07-24 08:58

Seurat4.0系列教程21： 结合Cell Hashing分析双细胞

欲了解更多信息，请参阅此文image.pngimage.png此教程简要演示如何处理Seurat中与CellHashing一起生成的数据。应用于两个数据集，我们可以成功地将细胞分离到它们原始
Seurat_·2023-07-21 08:33

Seurat v3.0命令列表

标准的Seurat工作流程标准的Seurat工作流程采用原始的单细胞表达数据，并旨在在数据中查找簇。有关完整的详细信息，请阅读我们的教程。
Seurat_·2023-07-19 23:55

跟着Cell学单细胞转录组分析(十一):单细胞基因评分|AUCell评分

更多精彩请至我的公众号《KS科研分享与服务》第一次接触基因评分是在一篇文章中，也不知道这样的叫法对不对，作者选定了几个炎症基因，利用seurat包的一个打分函数AddModuleScore，依据基因的平均表达水平进行分析
TS的美梦·2023-07-19 16:48

玩转单细胞(10)：替换单细胞Seurat对象UMAP坐标

玩转单细胞往期精彩系列：玩转单细胞(2):Seurat批量做图修饰玩转单细胞(3):堆叠柱状图添加比例玩转单细胞(4):单细胞相关性玩转单细胞(5):单细胞UMAP图只标记特定细胞群、圈定细胞群及坐标轴修改玩转单细胞
TS的美梦·2023-07-19 16:45

Error in file(file, "rt") : cannot open the connection

读取数据>library(limma)>library(Seurat)>library(dplyr)载入程辑包：‘dplyr’Thefollowingobjectsaremaskedfrom‘package
Seurat_·2023-07-19 05:12

window10 Rstudio Seurat包安装

总结了一下，可能是安装版本的问题，一：开始安装的时候，是直接在Rstudio右侧的package下install的seurat，但library(Seurat)后显示错误：Error:packageornamespaceloadfailedfor
笑星星_5904·2023-07-19 03:08

空间细胞类型密度分布图

同时展示几个其他文章的例子皮肤空间区域识别之后，第二步需要单细胞空间的联合分析，这部分R版本就是Seurat或者RCTD，python版本的就用cell2location，下面展示一张示例图，直接可以放在文
单细胞空间交响乐·2023-07-18 18:19

infercnv运行测试7

约800个细胞运行约1.5小时限速步骤在18>rm(list=ls())>options(stringsAsFactors=F)>library(Seurat)>library(ggplot2)>library
Seurat_Satija·2023-07-17 20:36

【R>>scRNA】单细胞交响乐2-从实验到下游分析workflow

先定个小目标，系统的学习完刘小泽老师的《单细胞交响乐1-31》两张非常重要的图scRNA-Workflow原来不用Seurat也可以做到质控、挑高变化基因：下面分析下droplet-based的视网膜数据
高大石头·2023-07-16 13:00

空间转录组第七讲：多样本合并、marker基因分析

前面介绍了利用Seurat对10x空间转录组数据单个样本进行数据预处理、降维、聚类分析。今天来继续分享怎么整合多个空间转录组样本，同时进行聚类和分析marker基因。
邓老师呦·2023-07-15 15:10

10X单细胞 & 10XATAC 联合分析表征细胞调控网络（MIRA）

联合之调控网络分析（IReNA）空间转录组+单细胞核+单细胞ATAC联合分析揭示人心肌梗死多组学图谱10X单细胞核转录组+10X单细胞ATAC的联合分析（WNN）10X单细胞转录组与10X单细胞ATAC联合分析之Seurat10X
单细胞空间交响乐·2023-07-13 16:18

R package：理解Seurat的 S4类（二）

以PBMC数据集进行探索1创建对象library(Seurat)pbmc.data<-Read10X(data.dir="./")class(pbmc.data)dim(pbmc.data)2创建对象pbmc
佳名·2023-06-26 09:08

Seurat4.0系列教程19：多线程并行策略

在Seurat，我们选择使用future框架进行并行。如果您有兴趣了解更多有关future框架的内容，请点击此处了解全面而详细的描述。
Seurat_Satija·2023-06-23 21:33

用Seurat移除细胞周期的影响

如何用Seurat去除细胞周期对下游分析的影响?首先，我们基于G2/M和S期的标志物表达给每个细胞赋值评分。
阿糖胞苷_SYSU·2023-06-23 11:19

Seurat24节气之2雨水---resolution参数

道理你都懂，还是做不好单细胞。沉下心来，再看一遍道理。积土成山,风雨兴焉；积水成渊,蛟龙生焉；积善成德,而神明自得,圣心备焉.故不积跬步,无以至千里；不积小流,无以成江海.骐骥一跃,不能十步；驽马十驾,功在不舍.锲而舍之,朽木不折；锲而不舍,金石可镂.--荀子《劝学》当初怎么背下来的这篇古文。雨水：降雨开始，雨量渐增。在单细胞数据分析过程中，往往需要看不同的参数下的数据表现，也往往需要循环某个列表
Seurat_·2023-06-19 08:12

如何将Seurat聚类结果导入到Loupe Browser

而Seurat作为使用最广泛的单细胞转录组分析软件，可以对数据进行各种质控以及下游分析。然而其官方可视化软件LoupeBrowser对于没有R语言基础的老师来说，是十分方便的分析工具。
生信阿拉丁·2023-06-17 05:56

10X单细胞和空间联合分析的方法---cell2location

目前联合分析的方法已经有了好几个，包括Seurat、scanpy等，但目前而言，利用的情况很少，今天我们来分享一下一种新的联合分析方法----cell2loca
Evil_Genius·2023-06-16 14:53

单细胞测序--Seurat包--官网经典流程

Seurat-GuidedClusteringTutorial,July16,2020https://satijalab.org/seurat/v3.2/pbmc3k_tutorial.html下载数据
Seurat_·2023-06-16 06:30

UCell:单细胞评分分析R包及可视化应用

****单细胞评分我们之前说过AUCell和seurat自带的打分函数：跟着Cell学单细胞转录组分析(十一):单细胞基因评分|AUCell评分我们之前讲过单细胞评分，一个是Seurat自带的打分函AddModuleScore
TS的美梦·2023-06-15 20:14

scPred：单细胞数据集有监督细胞聚类注释

首先平时我们拿到单细胞数据集，经过seurat标准流程，降维聚类，然后根据已知的marker基因对细胞进行注释，这个过程的降维分群是一个无监督的过程。
TS的美梦·2023-06-15 20:14

跟着Cell学单细胞转录组分析(六):细胞比例计算及可视化

跟着Cell学单细胞转录组分析(二):单细胞转录组测序文件的读入及Seurat对象构建跟着Cell学单细胞转录组分析(三):单细胞转录组数据质控（QC）及合并去除批次效应跟着Cell学单细胞转录组分析(
TS的美梦·2023-06-15 20:13

深入解析Seurat整合单细胞数据函数FindIntegrationAnchors 2（CCA和L2正则化算法）

hi各位，今天我们来深入了解一下Seurat做多样本整合的深入算法，CCA算法以及FindIntegrationAnchors函数中的的参数l2.norm先来知道一下CCA典型关联分析(CanonicalCorrelationAnalysis
Evil_Genius·2023-06-13 00:56

生信技能树单细胞数据挖掘笔记(2)

生信技能树单细胞数据挖掘笔记(1)：数据读入生信技能树单细胞数据挖掘笔记(2)：创建Seurat对象并进行质控、筛选高变基因并可视化生信技能树单细胞数据挖掘笔记(3)：降维与聚类生信技能树单细胞数据挖掘笔记
周小钊·2023-06-13 00:23

DoubletFinder

相信各位做单细胞的童鞋们，都遇到过去除多细胞的情况，而Cellranger默认的是前1%（3000cell），对于低质量的细胞有了算法来确认是否保留，但是对于多细胞而言，Cellranger和Seurat
Evil_Genius·2023-06-12 16:49

单细胞分析（四）——数据读入

image.png分析的数据应该是行为基因名称，列是样本（细胞）名称然后再对这个再把这个数据，转换成seurat对应的对象，进
生信小鹏·2023-06-11 19:59
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