simpleitk 第3页

[深度学习从入门到女装]keras实战-Unet3d（BRAST2015）

高分级胶质瘤），另一类为LGG（低分级胶质瘤）文件夹目录如图所示包含了MRIFlairT1T1cT2四种模态，OT为groundTruth（0，1，2，3，4五种标签）数据文件都为.mha文件，可以直接使用SimpleITK

炼丹师·2020-08-24 01:03

anaconda使用清华镜像下载SimpleITK

先说结论：1、添加SimpleITK清华镜像下载源condaconfig--addchannelshttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/

是暮涯啊·2020-08-18 15:02

python 用SimpleITK+pydicom 将4dnii图像转为单张dicom，并重新添加图像头信息

最近在处理一套心脏数据，需要将4dnii图像转换成单张的dicom图像进行试验，看了很多博客，发现SimpleITK是一个处理医学图像的很好用的包，里面支持很多医学图像的读取以及处理，以及对图像头信息的查看及修改

hear~·2020-08-18 01:35

【CT值与灰度值的总结】

接下来，就要看你具体是要处理哪种格式的文件了，是DICOM还是NIFTI；文件格式不同，用来做解析的Python库也就不同，譬如，要处理DICOM类型的数据，一般会用simpleitk,pydicom库

Pierce_KK·2020-08-17 20:59

【医学图像处理】之腹部骨骼提取（SimpleITK）

【医学图像处理】之腹部骨骼提取（SimpleITK）1.内容步骤：1.读取Dicom序列2.设置固定阈值为100，把骨骼和心脏及主动脉都分割出来3.形态学开运算+最大连通域提取,粗略的心脏和主动脉图像4

一只稚嫩的小金毛·2020-08-16 07:59

【医学图像处理】之图像增强、去噪、边缘检测（SimpleITK）

【医学图像处理】之图像增强、去噪、边缘检测（SimpleITK）1.内容1、对数变换图像对数变换首先将图像从SimpleITK图像数据转成Numpy矩阵数据，然后采用Numpy的log1p（）函数来计算数据的

一只稚嫩的小金毛·2020-08-16 07:28

Ubuntu下安装cmake，配置ITK 和 SimpleITK, VTK(已测试可执行)

curses库在安装cmake之前应该先安装一下curses库。如果系统中有curses库的话，cmake将生成一个可执行文件ccmake，它是一个基于文本程序的终端，有点类似windowsGUI。sudoapt-getinstalllibncurses5-dev备注：若无curses库，则不会生成ccmake。后续程序中可能会出现需要安装ccmake。虽然安装了ccmake，sudoapt-ge

帅气的弟八哥·2020-08-15 23:15

医学图像分割——Unet

，而数据格式上有诸如dicom(.dcm，.IMA，常用的python处理库有：SimpleITK,pydicom库)，Nifit(

XX|XX·2020-08-14 19:38

Anaconda+SimpleITK+pyCharm环境搭建

首先是Anaconda百度搜索anaconda官网下载就好，这里样例装的是2.x版本。下载后，就是这样一个文件打开，安装，一路next，到这步时，第一个是将anaconda安装的目录加入到环境变量中，这样以后就可以在cmd直接用pip,python命令了第二个勾，如果系统中没有装python版本，这个勾是默认勾选的，如果系统装的有python，这个勾不勾选，如果系统中有原有的python版本，可以

yueguanli·2020-08-14 01:05

python 读取保存三维图像数据

目录0.Motivation1.失败的case2.成功的case2.1SimpleITK2.2可视化0.Motivation因为项目需求，我需要将256×256×64256\times256\times64256

*小呆·2020-08-03 03:05

搭建Ubuntu18.04+Anaconda3.x+Pycharm+SimpleITK（一）

Ubuntu18.04系统内置了Python3.6和Python2.7。使用清华镜像：https://repo.continuum.io/archive/下载Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh，就是Ubuntu18.04的python3.6.8对应的anaconda对应的版本。二.anaconda的安装打开终端找到anaconda下载的位置，我是下载到software/

Li xiang007·2020-07-30 04:03

Pydicom+SimpleITK操作DICOM图像数据和TAG

操作过程中主要有几个问题：本来只用了pydicom库，发现它打不开有压缩的dcm文件，官网也说了只能借助其他工具打开（如gdcm），所以行不通（搞不懂这么好用的pydiocm怎么会有这种问题）后来改用SimpleITK

OShaoHui·2020-07-28 21:47

使用Anaconda搭建SimpleITK开发环境

ZStarWalker·2020-07-10 15:40

疗效预测中的影像组学特征提取

介绍最近一直在做关于肿瘤的放疗疗效预测相关的工作，遇到了一些问题主要是关于影像组学特征提取相关的问题，在这里做一个总结，主要是关于基于python提取影像组学特征：需要的module：主要需要的是SimpleITK

为什么四川人喜欢日李先人·2020-07-09 22:45

【python】SimpleITK 和 Nibabel 读取医学图像 nii 数据（2D显示）

SimpleITK和Nibabel的区别：SimpleITK加载数据是channel_first，即（155，240，240）；Nibabel是channel_last，即（240，240，155），其中

peanut。·2020-07-06 03:28

【python】读取.raw文件，将矩阵保存成.raw文件

（如果是.mhd和.raw文件成对出现的话，应该是需要simpleITK这个包进行读取）单独的.raw文件可以理解成裸数据，全都是像素点的像素值，我们不知道它

117瓶果粒橙·2020-07-06 03:06

使用SimpleITK读取和保存NIfTI/DICOM文件实例

我就废话不多说了，大家还是直接看代码吧~##usingsimpleITKtoloadandsavedata.importSimpleITKassitkitk_img=sitk.ReadImage('./nifti.nii.gz')img=sitk.GetArrayFromImage(itk_img)print("imgshape:",img.shape)##saveout=sitk.GetImag

·2020-07-01 12:05

SimpleITK计算dice系数及Hausdorff距离（python代码）

做医学图像分割，需要对分割结果进行评价，常用的有dice系数和Hausdorff距离等，如何在python中用SimpleITK自带函数实现这一功能呢，代码如下：#-*-coding:utf-8-*-importnumpyasnpimportosimportSimpleITKassitkdeffile_name

愿十四亿神州尽舜尧·2020-06-29 02:28

SimpleITK读取医学图像 .nii 数据（2D显示）

【环境】win10+python3.6+SimpleITKnii文件是NIFTI格式的文件，出现的原因是原来一种图像格式是ANALYZE7.5format，但是这个图像格式缺少一些信息，比如没有方向信息，病人的左右方位等，如果需要包括额外的信息，就需要一个额外的文件，比如ANALYZE7.5就需要一对文件来保存图像的完整信息。因此，解决这个问题DataFormatWorkingGroup(DFWG

猴毛与叫喊·2020-06-29 00:45

[Python教程] Python SimpleITK软件包常用参数与使用方法分析

目前在使用深度学习进行医学图像处理，主要进行肺部结节检测，在预处理时经常会使用到SimpleITK软件包，它是一个很好用的读取医学图像信息软件包。

gogogo！·2020-06-26 04:00

使用SimpleITK读取和保存Nii.gz文件

##usingsimpleITKtoloadandsavedata.importSimpleITKassitkitk_img=sitk.ReadImage('./nifti.nii.gz')img=sitk.GetArrayFromImage(itk_img)print("imgshape:",img.shape)##saveout=sitk.GetImageFromArray(img)##out

Wisley.Wang·2020-06-25 02:56

Python环境搭建及第三方库安装和卸载

因预处理医学图像数据需要用到以下的Python库SimpleITK；Anaconda；PIL(PythonImagingLibrary)，故重新安装Python和第三方库。

帅气的弟八哥·2020-06-23 21:26

python 可视化 raw，mhd 格式医学图像数据

目录源码下载文件格式simpleITK读取mhd文件显示每个切片肺部分割3D可视化源码下载Download:https://download.csdn.net/download/itnerd/11272030

颹蕭蕭·2020-06-23 20:21

python读取CT医学图像

需要安装OpenCV和SimpleItk。SimpleItk比较简单，直接pipinstallSimpleItk即可。

binbigdata·2020-06-22 18:37

python sitk.show()与imageJ结合使用常见的问题

在python中配置simpleITK时，遇到了以下这个问题。

mostztzhang·2020-04-20 10:17

Python中利用SimpleITK读取DICOM文件

有帮助的话请点赞收藏，谢谢当同一文件夹下有多个DICOM序列时：importosimportSimpleITKassitkreader=sitk.ImageSeriesReader()seriesIDs=reader.GetGDCMSeriesIDs(dcm_dir)dcm_series=reader.GetGDCMSeriesFileNames(dcm_dir,seriesIDs[0])read

Williamongh·2020-03-28 19:43

python读取dicom图像示例(SimpleITK和dicom包实现)

1.用SimpleITK读取dicom序列：importSimpleITKassitkimportnumpyasnpimg_path='F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick

愿十四亿神州尽舜尧·2020-01-16 17:04

python 将dicom图片转换成jpg图片的实例

使用到的python库：SimpleITK下面是一个将dicom（.dcm）图片转换成jpg图片的demo：importSimpleITKassitkimportnumpyasnpimportcv2defconvert_from_dicom_to_jpg

GoHowz·2020-01-13 15:34

使用SimpleITK进行nii 数据处理 2019-11-15

【SimpleITK】胸部CT数据3Dspace归一化，以及3Dplot1.读取文件读取DICOM序列医学图像中一个CT序列包含很多张图片，即一个case包含许多slice，使用SimpleITK可以直接读取一个序列

一只大南瓜·2020-01-07 23:19

对python读取CT医学图像的实例详解

需要安装OpenCV和SimpleItk。SimpleItk比较简单，直接pipinstallSimpleItk即可。

rongyongfeikai2·2019-01-24 09:18

关于SimpleITK

iamcfb_·2019-01-22 20:15

python-opencv 处理dicom格式图片

coding:utf-8-*-"""CreatedonSatJan511:18:112019@author:shenfangyuanpipinstallpydicompipinstalldicom1,本程序使用SimpleITK

yanlizhong62·2019-01-05 13:24

如何读取dicom文件并且转换成png

SimpleITK、dicom是操作医学影像的模块。

Adm1rat1on·2018-09-26 17:33

【SimpleITK教程】SimpleITK读取Dicom序列

医学图像数据常用的格式为dcm或者nrrd。下面的教程展示，如何读取一个包含多张切片的dicom序列，并将其转换为单个3D的dcm文件importSimpleITKassitk#Dicom序列所在文件夹路径（在我们的实验中，该文件夹下有多个dcm序列，混合在一起）file_path="/data/jianjunming/BEOT/BEOT_1st/B/B13-5219998/"#获取该文件下的所有

JianJuly·2018-07-26 09:02

python 中图像用SimpleITK和numpy.ndarray表示的差异

1、SimpleITK:image[x,y,z]x,y,z对应三维矩阵的列标、行标、深度，对应到图片上为图片宽度、高度、深度numpy:image_numpy_array[z,y,x]x,y,z对应矩阵的深度

doublepython·2017-05-12 16:25

Lung nodule 参考

LUngNoduleAnalysis2016DataScienceBowl2017LoadingandprocessingthesampleimagesCandidateGenerationandLUNA16preprocessingsimpleITK读取mhd的demo(4行,zraw和mhd放一起)SimpleITK

jiandanjinxin·2017-05-03 11:23

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