snp

根据vcf文件计算SNP密度并用circlize可视化结果

参考收集vcftools所有用法命令vcftools--vcfsnp.bialles.vcf--SNPdensity100000--outStatResults/SNPdensity100000是指定窗口长度--out是输出文件的前缀使用R语言中的circlize包画图参考用circlize包绘制circosplot代码df<-read.table("SNPdensity.snpden",sep=
小明的数据分析笔记本·2023-07-24 13:16

如何从vcf文件中批量提取一系列基因的SNP位点？

需求客户的一个简单需求：我有一批功能基因位点，想从重测序的群体材料中找到这些位点，如何批量快速获得？示例文件gene.txtimage.pngtest.vcfimage.png代码实现run.shcat$1|whilereadgenechrfromtodo#echo$chr$from$toifecho$2|grep-q'.*.vcf.gz$';thenvcftools--gzvcf$2--chr$
米源MY·2023-07-20 00:19

annovar积累

20170222ANNOVAR简介ANNOVAR是由王凯编写的一个注释软件，可以对SNP和indel进行注释，也可以进行变异的过滤筛选。ANNOVAR能够利用最新的数据来分析各种基因组中的遗传变异。
weixin_30907935·2023-07-19 07:49

Call种内微生物SNP用Parsnp

parsnp可进行核心基因组对齐、call核心基因组SNP、构建SNP进化树。
小白菜学生信·2023-07-19 05:53

[GWAS]plink基因数据性别质控并用R作图

不太熟悉plink的朋友先去熟悉一下它的一些用法plink常用参数→本篇主要针对人类性别的信息的质控,主要是根据性染色体上SNP的比值,判断性别,然后把性别错误的个体去掉或者更改性别信息.对其他的物种参考意义不大
Gremmie2003·2023-07-17 17:23

利用gatk进行calling-snp

calling-snp流程整理1.对每个样品进行SNPCalling得到gvcf文件##filterfastqfilebyfastp使用fastp对原始数据进行过滤$fastp-i.
生信学习小达人·2023-07-15 04:41

R语言丨根据VCF文件设计引物，自动识别两样本差异SNP位点，调用samtools获取上下游参考序列

根据变异位点设计引物序列今天碰到一个新问题：假如有一个vcf文件储存了两个样品的变异位点基因型数据，每行代表一个位点，我现在想找出两样本差异的SNP位点，再把差异位点用[REF/ALT]的形式表示，然后将其在参考基因组上下游
生信分析笔记·2023-07-15 02:21

基因检测报告都用了哪些数据库？

以下详细列出在基因检测诊断中常用的数据库：人群数据库某变异在大规模人群中发生频率dbSNP数据库（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp
毅硕科技·2023-07-14 13:23

2021-05-25记录一个beagle使用过程中的坑

对816个样品的SNP的VCF进行impute，首先上beagle，遇到了上个贴子说的各种内存不足问题，然后换tassel进行impute依旧不行，中间耗时小一周。
AsuraPrince·2023-07-14 07:42

伍尔特IT公司利用SNP软件实现SAP系统现代化

近日，SAP生态伙伴中的自动化数据迁移和数据管理软件提供商SNP公司，正在支持伍尔特IT公司（WürthIT）向SAPS/4HANA转型。
snpgroupcn·2023-06-23 19:14

IBM 创新方案+SNP数据转型助一汽大众实现数据平稳、高效迁移

近日，IBM采用基于SNPBluefield技术迁移的IBMRapidMove创新数据迁移方案,成功为一汽-大众实施了企业运营数据系统从ECC到S/4的升级项目。该项目系统切换耗时仅三天，不仅助客户高效、平稳迁移了系统数据，升级了数据底座，还通过系统集成统一和回归标准化，大大提升了整个企业的运营敏捷性，降低了运营成本，增强了系统稳定性，同时也为未来系统的进一步优化和扩容改造预留了空间，奠定了企业下
snpgroupcn·2023-06-23 19:13

SNP全称是什么？ SNP是什么公司？ SNP是什么意思？

一、SNP（SNPSchneider-Neureither&PartnerSE）是全球数据转型标准化软件公司，SAP全球金牌合作伙伴。我们为SAP系统用户提供数据转型服务。
snpgroupcn·2023-06-23 19:43

跨国能源公司如何成功地完成SAP S/4HANA迁移

与IBM和SNP合作的客户AraucoGroup，该企业的成功案例提供了一些启示。ARAUCO是世界领先的可再生能源生产商之一，产品包括木材、工程木材和能源。
snpgroupcn·2023-06-23 18:42

用组装出来的线粒体序列call SNP

本文的做法不合理，这里仅做流程的记录想用线粒体基因组建一个树，看一下系统发生关系。一个思路是从文献中看到的，将线粒体序列的13个蛋白编码基因分别先mafft比对，然后再串联到一起建树另一个思路用线粒体基因组callSNP，详情见下图第一种做法是用个体的重测序文件比对到参考(线粒体)基因组上；这种做法是合适的，一切流程都和正常的callSNP相同，只是换了个参考基因组。第二种是本文所用，是用重测序文
深山夕照深秋雨OvO·2023-06-23 17:12

GATK4.1 call SNP

GATK4.0和之前的版本相比还是有较大的不同，更加趋于流程化。软件安装1wgethttps://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.1.5.0/gatk-4.1.5.0.zip2unzipgatk-4.1.5.0.zip#该安装步骤仅供参考，需要加入环境变量才可以直接调用下载GATKwgethttps://github.com/b
陈光辉_山东花生·2023-06-18 17:02

excel 透视表功能

1.excel格式第一列为染色体；第二列为snp位置；第三列为取整列，步长为1M【=int（第二列/1000000）】；第四列第五列对数据统计影响不大excel格式透视表添加透视表添加.png数据添加.
dandanwu90·2023-06-17 04:24

孟德尔随机化——踩一个大家都没踩过的坑

发现为什么我的F值算出来，不同的SNP，F值居然一样。努力寻找原因：首先，F值的算法如下Fstatistic=((N−K−1)K)(
珏世佳人·2023-06-12 02:57

跟着Nature Genetics学数据分析~SNP数据计算距离矩阵然后构建NJ树

今天的笔记记录的是SNP数据计算距离矩阵，然后用距离矩阵构建进化树的过程。论文原文的方法部分写到：Aneighbor-joiningphyl
小明的数据分析笔记本·2023-06-12 01:57

结构变异，动植物基因组学研究的下一个风口

长期以来单核苷酸多态性（SNP）被认为是遗传变异的重要部分，随着二代测序技术的蓬勃发展，更是展开其研究的霸屏模式，随着测序技术的发展，特别是第三代长读长测序的崛起，越来越多的研究开始关注结构变异，包括模式物种及非模式生物的种内和种间的结构变异
贝瑞科服·2023-06-10 06:19

SNP/InDel变异注释解释

当SNP/InDelcalling完后，会采用annovar、SNPEFF、VEF等软件进行基因位置、数据库等的注释。
九月_1012·2023-06-09 03:48

SNP一秒解答SAP云迁移的四种部署模式

为了方便不同需求的用户，多云计算提供商提供了多种形式的云服务，常见的有公有云、私有云、混合云和社区云等。私有云(PrivateClouds)是为一个客户单独使用而构建的，因而提供对数据、安全性和服务质量的最有效控制。该公司拥有基础设施，并可以控制在此基础设施上部署应用程序的方式。私有云可部署在企业数据中心的防火墙内，也可以将它们部署在一个安全的主机托管场所，私有云的核心属性是专有资源。优势：■数据
snpgroupcn·2023-06-07 19:22

【Swift】开发笔记（一）

image.png1.iOS15使用UINavigationBarAppearance后Snapkit布局上移使用topMargin代替toplogo.snp.makeConstraints{(make
BeethOven·2023-05-30 11:01

SNP，SNV 傻傻分不清楚？

体细胞突变（somaticmutations）我们的体细胞时刻在发生着变异，但是一般突变率都很低，并且细胞会进行修复，不能修复就被免疫系统破坏掉。相对健康单个个体而言，所有细胞内的遗传物质应该是一样的。而癌症大部分是因为某个组织局部的细胞发生了突变的累积，免疫系统也无法起作用。但是这种变异是不遗传的，因为变异只是发生在个别细胞中，身体中其他大部分都是正常的，包括生殖细胞等。所以是细胞与细胞之间的差
上校的猫·2023-04-20 17:15

微生物基因组重测序得到的SNP、indel、sv等分析结果如何进行后续的实验验证？

①SNPs可以通过PCR扩增包含该SNP位点的区段，并进行测序；或采用SNPs分型检测的方法验证。
上海唯那生物·2023-04-20 17:09

admixture 群体结构分析

tructure是与PCA、进化树相似的方法，就是利用分子标记的基因型信息对一组样本进行分类，分子标记可以是SNP、indel、SSR。
斩毛毛·2023-04-20 17:14

用snpEff产出的vcf提取4DTv位点，构建进化树

用于构建进化树转载自https://blog.csdn.net/u012110870/article/details/105507476徐州更提到2019年NG414个西瓜重测序分析方法里，可以从重测序的SNP
wo_monic·2023-04-20 06:18

6. 《Bioinformatics Data Skills》之工程管理（1）

/www.ntaskmanager.com/blog/how-to-become-a-project-manager工程目录结构不同的生物信息学家的工程组织风格可能不同，这里作者给出自己的结构（以玉米SNP
DataScience·2023-04-19 19:42

【豆科基因组】大豆适应性位点GWAS分析[转载]

image.png本文利用99085个高质量SNP通过STRUCTURE，PCA和neighbour-joiningtree的群体结构分析将地方品种分为三个亚群，这些亚群表现出地理上的遗传分化。
米源MY·2023-04-19 14:34

2020-07-25全基因组重测序基础及高级分析知识汇总

通过全基因组重测序，研究者可以找到大量的单核苷酸多态性位点（SNP）、拷贝数变异（CopyNumberVari
阿乜太帅·2023-04-18 17:45

2020-05-11Strand bias 链偏好

一般来说，绝大部分需要进行重新比对的基因组区域，都是因为插入/缺失的存在，因为在indel附近的比对会出现大量的碱基错配，这些碱基的错配很容易被误认为SNP。
Soliva·2023-04-17 23:29

iOS-tableHeaderView利用自动布局自适应高度

privatefuncsetupSubViews(){topView=UIView()topView.backgroundColor=YZJRandomColor()addSubview(topView)topView.snp.makeConstraints
萌小菜·2023-04-17 17:23

7. 《Bioinformatics Data Skills》之工程管理（2）

统一的文件命名有助于自动化自动化举例说明，首先我们创建工程：mkdir-pzmays-snp/{data/seqs,scripts,analysis}注：“{}”用于参数展开，可以同时创建
DataScience·2023-04-17 16:09

plink对SNP进行关联分析

文件HapMap_3_r3_11.bedHapMap_3_r3_11.bimHapMap_3_r3_11.famHapMap_3_r3_11.log1.查看数据这里，文件是bed文件，二进制不方便查看，我们将其转化为ped文件和map文件注意，这里我使用的是ped和map格式，如果ped文件中有表型数据（第六列），如果想指定表型数据，用--pheno，包括三列：家系，个体，表型值。plink--b
淇酱酱爱吃棒棒鸡·2023-04-17 12:12

SnpKit 更新约束动画

UIView.animate(withDuration:0.25){kv.snp.updateConstraints{makeinmake.top.equalTo(350)}//(kv的父View).layoutIfNeeded
鬼丶白·2023-04-16 11:14

自动布局之某些特殊场景使用

infoView为自动布局撑大view.addSubview(infoView)infoView.snp.makeConstraints{(make)inmake.left.top.equalToSuperview
明谣_罗潇·2023-04-16 02:12

2018-11-01GWAS实战（四）plink 进阶之数据过滤

individualswithhighmissinggenotyperates（具有高缺失基因型率的个体）2.missinggenotyperate（缺失基因型率统计）3.minorallelefrequency（一个snp
小郑的学习笔记·2023-04-15 17:32

RegulomeDB和HaploReg数据库：后GWAS时代的数据整合

1.背景GWAS研究产生了大量的SNP，大部分在非编码基因组这些SNP其实是Lead/TagSNP，所以需要同时关注与这些SNP处于高LD（linkagedisequilibrium）的其它SNPENCODE
BryceBryce·2023-04-15 16:26

学习g：Profiler基因功能富集分析软件

g：GOSt用于分析flatorrankedgenelists以获得富集特征；g:Conver用于转换不同类别的基因标识符；g：Orth用于将基因映射到相关物种中的直系同源基因g：SNPense，它将SNP
Mingyan_C·2023-04-13 23:49

GWAS后续分析：多基因风险评分(Polygenic Risk Score)的计算

一、什么是多基因风险评分传统的GWAS研究只计算单个SNP位点与表型之间的关联性，再用Bonferroni校正，通过给定的阈值，筛选出显著的SNP位点。
橙子牛奶糖·2023-04-13 23:32

全基因组关联分析GWAS

consensussequence"globalreferencegenometrackhub"(UCSC)（目前的序列比对算法需要考虑同一个位点有多种核苷酸的情况）somaticandgermlineSNV/SNP
雾雨Vik·2023-04-13 09:04

跟着Nature Genetics学画图：R语言ggplot2画图展示SNP位点的碱基类型

Pan-genomeanalysishighlightstheextentofgenomicvariationincultivatedandwildriceimage.png今天重复的图是来自于论文中的figure3bimage.png之前的推文已经介绍过上半部分的基因结果的画法，今天的推文介绍下半部分SNP
小明的数据分析笔记本·2023-04-12 21:53

Call SNP用MUMmer

Mummer(NUCmer)通过比较基因组获取突变信息。NUCmer，该方法适合多个近缘物种的基因组比较。NUCmerisaPerlscriptpipelineforthealignmentofmultiplecloselyrelatednucleotidesequences.文献：这是老牌软件MUMmer1.0AlignmentofWholeGenomes.NucleicAcidsResearc
小白菜学生信·2023-04-12 21:41

全基因组关联分析流程（三）

拿到结果后，我们对结果进行展示，一般GWAS的标准结果图为曼哈顿图和QQ图，作图代码如下：##加载作图包library(qqman)##添加候选SNP标记位点显示candidate_Gene<-c("SYN2040
正踪大米饭儿·2023-04-12 19:33

Mutect2+scRNAseq+cancer cell

GATK4流程学习之背景知识与前期准备-GATK4流程学习之DNA-Seqvariantcalling(Germline：SNP+INDEL)-GATK4流程学习之RNA-Seqvariantcalling
小贝学生信·2023-04-12 11:06

生信小工具：Plink之下载安装与其基本格式（1）

谈起Plink相信熟悉的人更定都会知道，这是一个全面的基因组分析工具集，具有很多的小功能，在SNP数据统计，过滤，GWAS分析中都可以用得上，而且速度非常的快，堪称是生物信息分析软件中神器之一。
lakeseafly·2023-04-11 05:19

2021-01-06利用Aspera从ENA上下载SNP数据

1.Linux服务器安装AsperaNote:如果服务器无法用其中一个版本的Aspera，建议更换Aspera的版本。参考:https://www.jianshu.com/p/ff826d6591f5--服务器1参考(相对可以用较高版本)https://github.com/indexofire/bac-ngs-book/blob/master/chapter_1/sra.md--服务器2参考(相
bcl_hx·2023-04-10 18:56

简化基因组简介

简化基因组测序的最初目的是为了发现SNP位点以及基因组作图等。
Yizhe_Lin·2023-04-09 12:13

对SNP的VCF文件质控筛选

对SNP的VCF文件质控筛选1.vcfR简介vcfRisapackageintendedtohelpvisualize,manipulateandqualityfilterdatainVCFfile.参考资料链接
小鹏_哒哒哒·2023-04-09 00:38

生信笔记5-GWAS与eQTL

（GenomeWideAssociationStudy，GWAS）是指在全基因组层面上，开展多中心、大样本、反复验证的基因与疾病的关联研究，是通过对大规模的群体DNA样本进行全基因组高密度遗传标记（如SNP
江湾青年·2023-04-08 16:50

使用Snippy构建细菌基因组SNP、core SNP和系统进化分析

snippy是澳大利亚墨尔本大学的TorstenSeemann开发的用于细菌基因组snps、indels和coregenome分析的软件，可以快速分析SNP和coreSNP。
shenghuanjing·2023-04-08 14:07
上一页 1 2 3 4 5 6 7 8 下一页
按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他