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snp
如何从vcf文件中批量提取一系列基因的
SNP
位点?
需求客户的一个简单需求:我有一批功能基因位点,想从重测序的群体材料中找到这些位点,如何批量快速获得?示例文件gene.txtimage.pngtest.vcfimage.png代码实现run.shcat$1|whilereadgenechrfromtodo#echo$chr$from$toifecho$2|grep-q'.*.vcf.gz$';thenvcftools--gzvcf$2--chr$
米源MY
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2023-07-20 00:19
annovar积累
20170222ANNOVAR简介ANNOVAR是由王凯编写的一个注释软件,可以对
SNP
和indel进行注释,也可以进行变异的过滤筛选。ANNOVAR能够利用最新的数据来分析各种基因组中的遗传变异。
weixin_30907935
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2023-07-19 07:49
数据库
Call种内微生物
SNP
用Parsnp
parsnp可进行核心基因组对齐、call核心基因组
SNP
、构建
SNP
进化树。
小白菜学生信
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2023-07-19 05:53
[GWAS]plink基因数据性别质控并用R作图
不太熟悉plink的朋友先去熟悉一下它的一些用法plink常用参数→本篇主要针对人类性别的信息的质控,主要是根据性染色体上
SNP
的比值,判断性别,然后把性别错误的个体去掉或者更改性别信息.对其他的物种参考意义不大
Gremmie2003
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2023-07-17 17:23
遗传学
Linux生信小菜鸡
R语言
r语言
plink
GWAS
利用gatk进行calling-
snp
calling-
snp
流程整理1.对每个样品进行SNPCalling得到gvcf文件##filterfastqfilebyfastp使用fastp对原始数据进行过滤$fastp-i.
生信学习小达人
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2023-07-15 04:41
gwas
microsoft
R语言丨根据VCF文件设计引物,自动识别两样本差异
SNP
位点,调用samtools获取上下游参考序列
根据变异位点设计引物序列今天碰到一个新问题:假如有一个vcf文件储存了两个样品的变异位点基因型数据,每行代表一个位点,我现在想找出两样本差异的
SNP
位点,再把差异位点用[REF/ALT]的形式表示,然后将其在参考基因组上下游
生信分析笔记
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2023-07-15 02:21
程序人生
基因检测报告都用了哪些数据库?
以下详细列出在基因检测诊断中常用的数据库:人群数据库某变异在大规模人群中发生频率dbSNP数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
snp
毅硕科技
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2023-07-14 13:23
大数据
数据库
数据分析
2021-05-25记录一个beagle使用过程中的坑
对816个样品的
SNP
的VCF进行impute,首先上beagle,遇到了上个贴子说的各种内存不足问题,然后换tassel进行impute依旧不行,中间耗时小一周。
AsuraPrince
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2023-07-14 07:42
伍尔特IT公司利用
SNP
软件实现SAP系统现代化
近日,SAP生态伙伴中的自动化数据迁移和数据管理软件提供商
SNP
公司,正在支持伍尔特IT公司(WürthIT)向SAPS/4HANA转型。
snpgroupcn
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2023-06-23 19:14
大数据
人工智能
云计算
IBM 创新方案+
SNP
数据转型助一汽大众实现数据平稳、高效迁移
近日,IBM采用基于SNPBluefield技术迁移的IBMRapidMove创新数据迁移方案,成功为一汽-大众实施了企业运营数据系统从ECC到S/4的升级项目。该项目系统切换耗时仅三天,不仅助客户高效、平稳迁移了系统数据,升级了数据底座,还通过系统集成统一和回归标准化,大大提升了整个企业的运营敏捷性,降低了运营成本,增强了系统稳定性,同时也为未来系统的进一步优化和扩容改造预留了空间,奠定了企业下
snpgroupcn
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2023-06-23 19:13
大数据
数据库
数据分析
云计算
SNP
全称是什么?
SNP
是什么公司?
SNP
是什么意思?
一、
SNP
(SNPSchneider-Neureither&PartnerSE)是全球数据转型标准化软件公司,SAP全球金牌合作伙伴。我们为SAP系统用户提供数据转型服务。
snpgroupcn
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2023-06-23 19:43
SNP
中国数据转型公司
数据库
数据分析
es
跨国能源公司如何成功地完成SAP S/4HANA迁移
与IBM和
SNP
合作的客户AraucoGroup,该企业的成功案例提供了一些启示。ARAUCO是世界领先的可再生能源生产商之一,产品包括木材、工程木材和能源。
snpgroupcn
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2023-06-23 18:42
数据库
人工智能
大数据
用组装出来的线粒体序列call
SNP
本文的做法不合理,这里仅做流程的记录想用线粒体基因组建一个树,看一下系统发生关系。一个思路是从文献中看到的,将线粒体序列的13个蛋白编码基因分别先mafft比对,然后再串联到一起建树另一个思路用线粒体基因组callSNP,详情见下图第一种做法是用个体的重测序文件比对到参考(线粒体)基因组上;这种做法是合适的,一切流程都和正常的callSNP相同,只是换了个参考基因组。第二种是本文所用,是用重测序文
深山夕照深秋雨OvO
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2023-06-23 17:12
GATK4.1 call
SNP
GATK4.0和之前的版本相比还是有较大的不同,更加趋于流程化。软件安装1wgethttps://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.1.5.0/gatk-4.1.5.0.zip2unzipgatk-4.1.5.0.zip#该安装步骤仅供参考,需要加入环境变量才可以直接调用下载GATKwgethttps://github.com/b
陈光辉_山东花生
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2023-06-18 17:02
excel 透视表功能
1.excel格式第一列为染色体;第二列为
snp
位置;第三列为取整列,步长为1M【=int(第二列/1000000)】;第四列第五列对数据统计影响不大excel格式透视表添加透视表添加.png数据添加.
dandanwu90
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2023-06-17 04:24
孟德尔随机化——踩一个大家都没踩过的坑
发现为什么我的F值算出来,不同的
SNP
,F值居然一样。努力寻找原因:首先,F值的算法如下Fstatistic=((N−K−1)K)(
珏世佳人
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2023-06-12 02:57
r语言
跟着Nature Genetics学数据分析~
SNP
数据计算距离矩阵然后构建NJ树
今天的笔记记录的是
SNP
数据计算距离矩阵,然后用距离矩阵构建进化树的过程。论文原文的方法部分写到:Aneighbor-joiningphyl
小明的数据分析笔记本
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2023-06-12 01:57
结构变异,动植物基因组学研究的下一个风口
长期以来单核苷酸多态性(
SNP
)被认为是遗传变异的重要部分,随着二代测序技术的蓬勃发展,更是展开其研究的霸屏模式,随着测序技术的发展,特别是第三代长读长测序的崛起,越来越多的研究开始关注结构变异,包括模式物种及非模式生物的种内和种间的结构变异
贝瑞科服
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2023-06-10 06:19
SNP
/InDel变异注释解释
当
SNP
/InDelcalling完后,会采用annovar、SNPEFF、VEF等软件进行基因位置、数据库等的注释。
九月_1012
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2023-06-09 03:48
SNP
一秒解答SAP云迁移的四种部署模式
为了方便不同需求的用户,多云计算提供商提供了多种形式的云服务,常见的有公有云、私有云、混合云和社区云等。私有云(PrivateClouds)是为一个客户单独使用而构建的,因而提供对数据、安全性和服务质量的最有效控制。该公司拥有基础设施,并可以控制在此基础设施上部署应用程序的方式。私有云可部署在企业数据中心的防火墙内,也可以将它们部署在一个安全的主机托管场所,私有云的核心属性是专有资源。优势:■数据
snpgroupcn
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2023-06-07 19:22
云计算
运维
网络
数据分析
【Swift】开发笔记(一)
image.png1.iOS15使用UINavigationBarAppearance后Snapkit布局上移使用topMargin代替toplogo.
snp
.makeConstraints{(make
BeethOven
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2023-05-30 11:01
SNP
,SNV 傻傻分不清楚?
体细胞突变(somaticmutations)我们的体细胞时刻在发生着变异,但是一般突变率都很低,并且细胞会进行修复,不能修复就被免疫系统破坏掉。相对健康单个个体而言,所有细胞内的遗传物质应该是一样的。而癌症大部分是因为某个组织局部的细胞发生了突变的累积,免疫系统也无法起作用。但是这种变异是不遗传的,因为变异只是发生在个别细胞中,身体中其他大部分都是正常的,包括生殖细胞等。所以是细胞与细胞之间的差
上校的猫
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2023-04-20 17:15
微生物基因组重测序得到的
SNP
、indel、sv等分析结果如何进行后续的实验验证?
①SNPs可以通过PCR扩增包含该
SNP
位点的区段,并进行测序;或采用SNPs分型检测的方法验证。
上海唯那生物
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2023-04-20 17:09
admixture 群体结构分析
tructure是与PCA、进化树相似的方法,就是利用分子标记的基因型信息对一组样本进行分类,分子标记可以是
SNP
、indel、SSR。
斩毛毛
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2023-04-20 17:14
用snpEff产出的vcf提取4DTv位点,构建进化树
用于构建进化树转载自https://blog.csdn.net/u012110870/article/details/105507476徐州更提到2019年NG414个西瓜重测序分析方法里,可以从重测序的
SNP
wo_monic
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2023-04-20 06:18
6. 《Bioinformatics Data Skills》之工程管理(1)
/www.ntaskmanager.com/blog/how-to-become-a-project-manager工程目录结构不同的生物信息学家的工程组织风格可能不同,这里作者给出自己的结构(以玉米
SNP
DataScience
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2023-04-19 19:42
【豆科基因组】大豆适应性位点GWAS分析[转载]
image.png本文利用99085个高质量
SNP
通过STRUCTURE,PCA和neighbour-joiningtree的群体结构分析将地方品种分为三个亚群,这些亚群表现出地理上的遗传分化。
米源MY
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2023-04-19 14:34
2020-07-25全基因组重测序基础及高级分析知识汇总
通过全基因组重测序,研究者可以找到大量的单核苷酸多态性位点(
SNP
)、拷贝数变异(CopyNumberVari
阿乜太帅
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2023-04-18 17:45
2020-05-11Strand bias 链偏好
一般来说,绝大部分需要进行重新比对的基因组区域,都是因为插入/缺失的存在,因为在indel附近的比对会出现大量的碱基错配,这些碱基的错配很容易被误认为
SNP
。
Soliva
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2023-04-17 23:29
iOS-tableHeaderView利用自动布局自适应高度
privatefuncsetupSubViews(){topView=UIView()topView.backgroundColor=YZJRandomColor()addSubview(topView)topView.
snp
.makeConstraints
萌小菜
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2023-04-17 17:23
7. 《Bioinformatics Data Skills》之工程管理(2)
统一的文件命名有助于自动化自动化举例说明,首先我们创建工程:mkdir-pzmays-
snp
/{data/seqs,scripts,analysis}注:“{}”用于参数展开,可以同时创建
DataScience
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2023-04-17 16:09
plink对
SNP
进行关联分析
文件HapMap_3_r3_11.bedHapMap_3_r3_11.bimHapMap_3_r3_11.famHapMap_3_r3_11.log1.查看数据这里,文件是bed文件,二进制不方便查看,我们将其转化为ped文件和map文件注意,这里我使用的是ped和map格式,如果ped文件中有表型数据(第六列),如果想指定表型数据,用--pheno,包括三列:家系,个体,表型值。plink--b
淇酱酱爱吃棒棒鸡
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2023-04-17 12:12
SnpKit 更新约束动画
UIView.animate(withDuration:0.25){kv.
snp
.updateConstraints{makeinmake.top.equalTo(350)}//(kv的父View).layoutIfNeeded
鬼丶白
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2023-04-16 11:14
自动布局之某些特殊场景使用
infoView为自动布局撑大view.addSubview(infoView)infoView.
snp
.makeConstraints{(make)inmake.left.top.equalToSuperview
明谣_罗潇
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2023-04-16 02:12
2018-11-01GWAS实战(四)plink 进阶之数据过滤
individualswithhighmissinggenotyperates(具有高缺失基因型率的个体)2.missinggenotyperate(缺失基因型率统计)3.minorallelefrequency(一个
snp
小郑的学习笔记
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2023-04-15 17:32
RegulomeDB和HaploReg数据库:后GWAS时代的数据整合
1.背景GWAS研究产生了大量的
SNP
,大部分在非编码基因组这些
SNP
其实是Lead/TagSNP,所以需要同时关注与这些
SNP
处于高LD(linkagedisequilibrium)的其它SNPENCODE
BryceBryce
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2023-04-15 16:26
学习g:Profiler基因功能富集分析软件
g:GOSt用于分析flatorrankedgenelists以获得富集特征;g:Conver用于转换不同类别的基因标识符;g:Orth用于将基因映射到相关物种中的直系同源基因g:SNPense,它将
SNP
Mingyan_C
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2023-04-13 23:49
GWAS后续分析:多基因风险评分(Polygenic Risk Score)的计算
一、什么是多基因风险评分传统的GWAS研究只计算单个
SNP
位点与表型之间的关联性,再用Bonferroni校正,通过给定的阈值,筛选出显著的
SNP
位点。
橙子牛奶糖
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2023-04-13 23:32
全基因组关联分析GWAS
consensussequence"globalreferencegenometrackhub"(UCSC)(目前的序列比对算法需要考虑同一个位点有多种核苷酸的情况)somaticandgermlineSNV/
SNP
雾雨Vik
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2023-04-13 09:04
跟着Nature Genetics学画图:R语言ggplot2画图展示
SNP
位点的碱基类型
Pan-genomeanalysishighlightstheextentofgenomicvariationincultivatedandwildriceimage.png今天重复的图是来自于论文中的figure3bimage.png之前的推文已经介绍过上半部分的基因结果的画法,今天的推文介绍下半部分
SNP
小明的数据分析笔记本
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2023-04-12 21:53
Call
SNP
用MUMmer
Mummer(NUCmer)通过比较基因组获取突变信息。NUCmer,该方法适合多个近缘物种的基因组比较。NUCmerisaPerlscriptpipelineforthealignmentofmultiplecloselyrelatednucleotidesequences.文献:这是老牌软件MUMmer1.0AlignmentofWholeGenomes.NucleicAcidsResearc
小白菜学生信
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2023-04-12 21:41
全基因组关联分析流程(三)
拿到结果后,我们对结果进行展示,一般GWAS的标准结果图为曼哈顿图和QQ图,作图代码如下:##加载作图包library(qqman)##添加候选
SNP
标记位点显示candidate_Gene<-c("SYN2040
正踪大米饭儿
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2023-04-12 19:33
Mutect2+scRNAseq+cancer cell
GATK4流程学习之背景知识与前期准备-GATK4流程学习之DNA-Seqvariantcalling(Germline:
SNP
+INDEL)-GATK4流程学习之RNA-Seqvariantcalling
小贝学生信
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2023-04-12 11:06
生信小工具:Plink之下载安装与其基本格式(1)
谈起Plink相信熟悉的人更定都会知道,这是一个全面的基因组分析工具集,具有很多的小功能,在
SNP
数据统计,过滤,GWAS分析中都可以用得上,而且速度非常的快,堪称是生物信息分析软件中神器之一。
lakeseafly
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2023-04-11 05:19
2021-01-06利用Aspera从ENA上下载
SNP
数据
1.Linux服务器安装AsperaNote:如果服务器无法用其中一个版本的Aspera,建议更换Aspera的版本。参考:https://www.jianshu.com/p/ff826d6591f5--服务器1参考(相对可以用较高版本)https://github.com/indexofire/bac-ngs-book/blob/master/chapter_1/sra.md--服务器2参考(相
bcl_hx
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2023-04-10 18:56
简化基因组简介
简化基因组测序的最初目的是为了发现
SNP
位点以及基因组作图等。
Yizhe_Lin
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2023-04-09 12:13
对
SNP
的VCF文件质控筛选
对
SNP
的VCF文件质控筛选1.vcfR简介vcfRisapackageintendedtohelpvisualize,manipulateandqualityfilterdatainVCFfile.参考资料链接
小鹏_哒哒哒
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2023-04-09 00:38
生信笔记5-GWAS与eQTL
(GenomeWideAssociationStudy,GWAS)是指在全基因组层面上,开展多中心、大样本、反复验证的基因与疾病的关联研究,是通过对大规模的群体DNA样本进行全基因组高密度遗传标记(如
SNP
江湾青年
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2023-04-08 16:50
使用Snippy构建细菌基因组
SNP
、core
SNP
和系统进化分析
snippy是澳大利亚墨尔本大学的TorstenSeemann开发的用于细菌基因组snps、indels和coregenome分析的软件,可以快速分析
SNP
和coreSNP。
shenghuanjing
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2023-04-08 14:07
直播课程《Mutmap数据分析实操》重现NBT经典分析内容!
前面我们介绍了MutMap的分析原理,今天我们组学大讲堂推出直播课程,手把手教大家如何从原始数据做MutMap分析,包括计算
snp
-index,关联
组学大讲堂
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2023-04-08 10:25
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