snp

生物信息名词汇总|生物信息基础知识

Predixcan：GWAS找到大量的SNP，可是可以解释生物学功能的SNP位点却是很有限的。gene-based关联分析软件——PredicXcan。
Red Red·2024-09-11 09:31

如何对利用GWAS关联到的SNP位点进行注释

GWAS（全基因组关联研究）关联到的SNP（单核苷酸多态性）位点注释是一个复杂的过程，涉及多个步骤，旨在理解这些位点在基因组中的生物学意义。
生信学习小达人·2024-08-30 02:03

9.4 GWAS：显著性阈值确定——GEC

常用的显著性阈值确定方法是：Bonferronicorrection=显著性水平（0.01/0.05）/检验次数（numberofdetectedmarkers）Bonferroni校正P值是最严格的多重检验校正方法，由于SNP
Wei_Sun·2024-02-20 04:31

R语言|绘制曼哈顿图

曼哈顿图（manhattanPlot）是一种散点图，因形似曼哈顿摩天大楼而命名，常用于全基因组关联研究（GWAS）以显示重要的SNP。
维凡生物·2024-02-19 13:06

生信学习笔记：使用SNP data做基因渗入分析 (3)

距离上次更新这个专题后，该教程的原作者更新了一下原教程，使用了一个新的，非常好用的工具，Dsuite进行基因渗入分析，这期的推文就和大家一起回顾并学习一下该工具的使用，加深对基因渗入分析的了解。首先如果你是第一次或者没有看到之前的文章，先去看看渗入分析的背景介绍和该教程所用的数据的相关背景知识：然后还有就是旧版的教程，大家有兴趣可以看看，比较一下使用的方法的异同：准备工作测试数据的下载wgetht
lakeseafly·2024-02-14 04:15

R语言|CMplot包绘制环形曼哈顿图

R包-CMplot绘制环形曼哈顿图今天小编给大家分享的是R语言绘制环形曼哈顿图的方法，主要用到的是CMplot包，它是绘制SNP密度、曼哈顿图和QQ图的一个很实用的R包。大家感兴趣的话可以瞅瞅。
维凡生物·2024-02-10 05:10

2023-04-07

重测序分析-使用GATK进行SNP和INDEL检测GATK是Broad开发的用于二代测序数据变异检测的软件，后续推广到动植物研究中，是目前最广泛使用的变异检测软件。
小谷头·2024-02-05 00:49

Vue项目安装axios报错

尝试新的跨平台PowerShellhttps://aka.ms/pscore6PSD:\code\front\demo-eslint>npmiaxios-Snp
雪顶猫的鳄·2024-02-04 06:36

使用qqman包绘制曼哈顿图和QQ图

SNPCHRBPP1rs1110.91480602rs2120.93707543rs3130.28613954rs4140.83044765rs5150.64174556rs6160.5190959基本数据格式：SNP
Davey1220·2024-02-03 04:10

【R语言】如何利用SNP的rs号提取坐标信息

前面给大家介绍了【R语言】获取基因组上某个区域内的SNP信息我们经常会从一些文献或者数据库里得到一些与疾病相关的SNP信息。
生信交流平台·2024-02-02 21:26

生信学习笔记：使用SNP data做基因渗入分析 (1)

该教程的总结随机测序生信技术的进步，研究者已经开发了许多基于SNP数据的基因渗入分析方法和流程。其中包括最出名的ABBA-BABAtest，该方法使用所谓的D统计量来评估物种的基因渗入程度。
lakeseafly·2024-02-02 16:51

LOH杂合性缺失简介

由于SNP的存在，正常体细胞中的基因都具备了成为杂合的可能性。当其中某个allel突变或者缺失，导致一对等位基因只剩下了一个allel,就丧失了成为杂合的可能性，这个现象就叫做杂合性缺失。LOH在
生信修炼手册·2024-02-02 01:21

iMETHYL : 整合了DNA甲基化, SNP和RNA_seq的多组学联合数据库

在NGS飞速发展的时代，有大量研究通过GSWA的方法，阐述了SNP于疾病之间的关联;也有学者利用WGBS，RRBS,甲基化芯片等方式研究DNA甲基化与疾病之间的关系。
生信修炼手册·2024-02-01 07:13

Genome-wide association studies in R

本质上，给定p个SNP和n个样本或个体，GWA分析将拟合p个独立的单变量线性模型，每个模型基于n个样本，使用每个SNP的基因型作为感兴趣特征的预测因子。每个P检验中的关联显著性（P值）
m1chiru·2024-01-29 09:21

GWAS——Genome-Wide Association Study

通过大规模的群体DNA样本进行全基因组高密度遗传标记（如SNP或CNV等）分型，从而寻找与复杂疾病相关的遗传因素。
m1chiru·2024-01-29 09:51

GWAS分析-常用文件格式 (三)

（一）.bim/.fam/*.bed格式为一组*.bim文件,总共6列bim.png第一列：Chr染色体编号第二列：SNP标记名称第三列：GD遗传距离（摩尔根），一般情况写0即可第四列：BPP物理距离（
杨博士聊生信·2024-01-23 13:29

【TEE】【AMD SEV-SNP 白皮书】通过完整性保护加强VM隔离

文章目录介绍完整性介绍威胁模型细节完整性威胁反向映射表RMP页表验证页表状态虚拟机特权级别中断、异常保护可信平台信息TCB版本控制虚拟机启动和验证虚拟机迁移侧信道结论介绍2016年，AMD推出了第一个x86技术--安全加密虚拟化(SecureEncryptedVirtualization，SEV)，旨在将虚拟机与虚拟机管理程序隔离。虽然虚拟机管理程序在传统上是虚拟化安全模型中的可信组件，但许多市场
Destiny·2024-01-20 09:43

通过VCF文件制作定制化的参考基因组

其实就是把某个测序样本call出来的SNP&&indel替换掉参考基因组对应位置的碱基。自己可以编写脚本修改，使用Perl中的substr来进行单个位点修改，把坐标按照从后往前的顺序，而不是从前到后。
dulunar·2024-01-20 01:58

vcf文件提取SNP位点

测序得到VCF文件后，有时需要提取部分SNP位点，这里介绍的工具是VCFtools，安装以及基础功能见下贴：vcftools安装及基础用法-(jianshu.com)1.准备SNP位点list首先将需要提取的
Wei_Sun·2024-01-17 18:45

群体结构分析

对群体结构和亲缘关系进行评估以确定使用的统计模型和获得相应的矩阵评估内容（遗传上差异过大应剔除，相似性高的保留其一）Structure是与PCA、进化树相似的方法，就是利用分子标记的基因型信息对一组样本进行分类，分子标记可以是SNP
滴滴_54f1·2024-01-16 07:10

肿瘤为什么这么难治——肿瘤异质性背个锅

那SNV和CNV在肿瘤中哪个异质性更高呢，答案是CNV，SNP不具有显著的肿瘤异质性。下面以一项
生信杂谈·2024-01-15 07:37

2019-12-20Fst的计算原理与实战

它往往从基因的多样性来估计，比如SNP或者microsatellites(
Koalaemu·2024-01-14 11:00

绘制Cell文章中SNP的地理分布图

转自：https://mp.weixin.qq.com/s/F20F_Mn_8etC7dhVXGm46g1.RICESNP的使用由中国农科院作科所牵头的这项3000份栽培稻的测序工作(「Genomicvariationin3,010diverseaccessionsofAsiancultivatedrice」)是我们做遗传变异的基础，从2018年到现在，引用量已经达到417次，平均一年有140次的
生信师姐·2024-01-13 12:30

TCGA数据库与数据下载

TCGA数据库：主要储存关于各类肿瘤的一个基本信息，包括RNAseq，miRNAseq，DNA甲基化，CNV，SNP等信息，是目前为止可以获得的公开数据库里面数据相对全面的一个，33种癌症类型，在各个领域得到了广泛的应用
吴小玥·2024-01-13 10:00

全基因组关联分析(GWAS)protocol

全基因组关联分析（Genome-wideassociationstudy，GWAS）是应用基因组中数以百万级别的单核苷酸多样性（SingleNucleotidePloymorphism，SNP）作为分子遗传标记
只看不写_nathan·2024-01-12 17:06

使用SnapKit时 center 和snp.center 的区别

使用SnapKit时center和snp.center的区别@(编程笔记)[iOS开发,UI布局]以我们想让titleLabel水平➕垂直居中为例：1:titleLabel.snp.makeConstraints
tsiic·2024-01-11 07:47

全面解读｜“小”产品，“大”能量的 BSA 性状定位

对亲本和子代混池进行建库测序，检测SNP，根据亲本间纯和差异的位点，计算子代池的index值，进而挑选差异较大的位点。图1BSA原理图群体的选择根据群体的形成
ee00dc6faab7·2024-01-10 00:10

在基于FreeRTOS和LWIP的stm32H743上移植snp7

下面是Snap7移植步骤以及遇到的问题和解决方法：工程项目中新建Snap7文件夹，添加Snap源文件，如图：添加Snap7头文件路径到项目中注：在MiscControls一栏加上--exception点击运行工程，发现会报很多错误，有很多的数据类型未定义，比如u_short,u_int等,直接在相应位置重定义一下typedefunsignedshortu_short。定位到错误位置，sockadd
发生了什么Bug·2024-01-09 12:41

2022-12-06

重测序SNP分析------二代测序数据检测；SNPcalling；SNP过滤；遗传多样性分析；PCA分析；群体遗传结构分析；系统进化分析；QTL连锁不平衡分析；GWAS全基因组关联分析（关键基因挖掘）
王钦_ce33·2024-01-08 16:01

Rosalind 037 Counting Subsets

题目背景：这个问题来自于计算生物学领域，特别是涉及到了遗传学中的一个概念，即单核苷酸多态性（SNP）。SNP是遗传学研究中常用的一种基因特征，用于区分不同的生物个体或群体。
Kyookk·2024-01-04 07:34

功能富集分析、基因ID转换、查找同源基因、SNP注释一站式服务

看文献的时候，发现了g:Profiler这个宝藏工具，测试了一下，使用起来超级方便、好用，一定要分享给大家~g:Profiler网址：https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/下面具体讲一下该网站的功能。1、GO功能富集分析功能富集分析包括：Geneontology,biologicalpathways,regulatorymotifsinDNA,proteindatabas
橙子牛奶糖·2024-01-04 02:29

11.2 GWAS流程学习

主要使用plink和structure：1、在snp-calling后得到vcf文件2、基因型填充：https://www.jianshu.com/p/dafd1e6e4a98使用beagle3、数据质量控制
KK_f2d5·2024-01-02 17:39

荧光定量PCR引物设计

GC碱基之间为三个氢键连接，保证引物与模板连接的稳固性）；4.GC含量为45%~55%；5.PCR产物大小为85~300bp；6.如果目的基因有高度一致性的旁系同源蛋白，引物的3’端最后一个碱基一定要是SNP
转不停的夏天·2024-01-02 09:39

千人基因组计划基因分型数据下载

千人基因组计划数据库下载某段区域SNP传说中的千人基因组计划2.ftp或者ascp批量下载1)下载所有的数据和位点如果你需要所有的数
zd200572·2024-01-01 19:23

plink - 关于提取某一个特定的SNP

一、查看某一个snp的基因型频率plink--bfilefile--snprs10402893--freq--outrs10402893--noweb如果要计算全部snp频率则去掉“--snprs10402893
SnowPye·2024-01-01 08:36

DNA测序分析之Genetic variation和测序类型介绍

Geneticvariation分成4中类型：单核苷酸失常SNV(P)，单核苷酸失常又分成了两种，其中一种是snp，也就是单核苷酸多态性，是在人群中有的突变；另一种就是SNV,是单核苷酸突变，是在个体中发生的突变
gtt儿_生物信息学习·2023-12-31 07:26

基因组与群体进化，解析物种进化历程-01

技术介绍动植物特定群体的个体基因组之间往往会存在大量变异，如单核甘酸变异(SNP)、插入缺失变异(InDel)、结构变异(SV)等。
百迈客生物·2023-12-30 04:06

PLINK

Referenceshttp://zzz.bwh.harvard.edu/plink/tutorial.shtmlhttps://www.cog-genomics.org/plink/1.9/软件的输入：.map文件：SNP
不到15不改名·2023-12-29 14:20

plink清除snp位点

1.检查重复的样本或变异信息：使用PLINK的命令来查找并移除重复的信息。例如可以使用--list-duplicates来列出重复的个体或变异，然后使用--remove或--exclude参数将其剔除。2.确保数据唯一性：确保你的数据中个体和变异信息的标识符是唯一的。有时候数据处理或者合并过程中可能会导致重复。3.检查数据源：如果这些数据是从不同的来源合并而来，可能存在重复的情况。重新检查原始数据
咩小饬·2023-12-28 14:22

GWAS结果批量整理：升级版算法TidyGWAS

关键词：GWAS、R语言、TidyverseGWAS分析关键结果之一是显著性SNP位点的P值，通常多年份多地点多模型的GWAS分析将会产生很多结果文件，如何对这些数据进行整理？
生信分析笔记·2023-12-28 00:59

面膜哪个牌子的好用还便宜？性价比最高的面膜品牌

小编今天给大家带来了口碑最好的十大面膜品牌，上榜的十强品牌依次为：悦蕾、雪花秀、AHC、兰芝、妆蕾、百雀羚、JAYJUN、丽得姿、SNP、科颜氏，那么哪一款才最适合你呢，一起来看看吧！
高省张导师·2023-12-27 20:59

python 处理snp的vcf文件，统计snp在基因的intron、exon还是上游、下游还是不在基因及基因附近

1、c处理vcf文件，初步统计snp位置位置信息有5种down_stream是gene下游2k以内，up_stream是gene上游2k以内，gene_exon是snp在外显子内，gene_intron
离子回旋·2023-12-27 15:16

宽带与多级阻抗匹配设计

图一概要图二匹配用途图三SnP模拟原理图图四SnP模拟结果图五2号SnP原理图图六模拟结果图七两SnP级联原理图图八模拟结果图九对1Snp进行阻抗匹配图十得到6GHz的输入输出阻抗图十一还需要考虑用途和可实现性图十二查看匹配到的阻抗原理图图十三匹配到
射频老菜鸟·2023-12-24 04:23

遗传图谱应用分析案例：菊花高密度遗传图谱的构建和花型相关位点的鉴定【百迈客生物】

利用基因组重测序技术进行大规模高通量SNP标记鉴定是当前国际上动植物基因组学的研究热点。利用得到的大量SNP标记，可以对群体进行高密度遗传图谱、BSA、GWAS、遗传进化等分析。
百迈客生物·2023-12-23 03:06

Fst详解（具体计算步骤）

它往往从基因的多样性来估计，比如SNP或者microsatellites(串联重复序列一种，长度小于等于10bp)。是一种以哈温平衡为前提的种群遗传学统计方法。
-麦_子-·2023-12-21 16:10

GWAS--基本概念(未完待续...)

全基因组关联分析GWAS(Genome-wideassociationstudy)应用基因组中数以百万计的单核苷酸多态；SNP为分子遗传标记，进行全基因组水平上的对照分析或相关性分析，通过比较发现影响复杂性状的基因变异的一种新策略
晓佥·2023-12-18 21:05

使用binmapr进行定位

原文网址：http://www.jintiankansha.me/t/xiyYdz1Rmfbinmapr是我折腾的一个R包，它能够将NGS测序得到SNP数据基于binmap进行纠错，用于更好的遗传定位。
93830eddc2a4·2023-12-18 01:50

使用absCNseq

安装与导入使用测试SNP数据安装与导入if(!
王诗翔·2023-12-16 21:09

新版TCGA的突变SNP数据下载和整理

关于TCGAbiolinks包的学习前面一共介绍了5篇推文。今天继续学习如何使用TCGAbiolinks下载和整理MAF格式的突变数据。之前的TCGA的MAF文件是可以下载的，每个癌症包含4种软件得到的突变文件：之前能下载，现在不能了后来就改版了，不让你随便下载了。但其实还是可以下载的，只不过没有那么多选择了！现在的情况是每个样本都是一个单独的maf文件，需要下载后自己整理，就像整理表达矩阵那样。
医学和生信笔记·2023-12-16 17:57

孟德尔随机化+WGCNA+预后模型，7+轻松get

结果解读：SNP的选择总体而言，
生信风暴·2023-12-16 14:36
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